ANALISI GENETICHE. Biologia molecolare

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1 ANALISI GENETICHE Biologia molecolare Via F. Ferrer 25/ Busto Arsizio (VA) - Italy Tel Fax TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 1 06/04/

2 ANALISI 4Screening molecolare di ß Talassemia 1. IVS IVS Codone 39 - IVS IVS IVS IVS Codone 8/9 - Codone 8 - Codone 6 - Codone codone 30 - IVS IVS IVS 1-25 codone 44- IVS ARMS (amplificazione con primers specifici per la sequenza wild type e mutata) e rilevamento dei dati su gel d agarosio IVS IVS Codone 39 - IVS IVS IVS 1.1- IVS 1.2 4Diagnosi pre e post natale di ß Talassemia 1. IVS IVS Codone 39 - IVS IVS IVS IVS Codone 8/9 - Codone 8 - Codone 6 - Codone codone 30 - IVS IVS IVS 1-25 codone 44- IVS ARMS (amplificazione con primers specifici per la sequenza wild type e mutata) e rilevamento dei dati su gel d agarosio IVS IVS Codone 39 - IVS IVS IVS 1.1- IVS 1.2 4Screening molecolare di Anemia Falciforme Mutazione indagata: gene dell emoglobina S 4Diagnosi pre e post natale di Anemia Falciforme Mutazioni indagata: gene dell emoglobina S 4Screening molecolare di Emoglobina C Mutazione indagata: gene dell emoglobina C 4Diagnosi pre e post natale di Emoglobina C Mutazione indagata: gene dell emoglobina C 4Screening molecolare di Fibrosi Cistica ΔF508 - G542X - N1303K GgA - W1282X - G551D - R553X - S1251N - R560T insT - Q552X - Δ delTT - G85E GgT - R117H delT - R347P - R334W - E60X 711+5GgA GgA - R1162X delC kbCgT delT - A455E AAgG delA - CFTRdele2,3(21kb) GgT AgG GgA - I148T 3199del GgA insA insT delA - 852del22 - D579G - G1244E - G1349D I502T - L1065P - R1158X - T338I - S549R(AgC) - 991del5 - D1152H AgG - R1070Q - R1066H - R347H AgG - E217G - R334Q e delle varianti all eliche poly T localizzate nell introne 8 del gene CFTR TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 2 06/04/

3 4Diagnosi pre e post natale di Fibrosi Cistica ΔF508 - G542X - N1303K GgA - W1282X - G551D - R553X - S1251N - R560T insT - Q552X - Δ delTT - G85E GgT - R117H delT - R347P - R334W - E60X 711+5GgA GgA - R1162X delC kbCgT delT - A455E AAgG delA - CFTRdele2,3(21kb) GgT AgG GgA - I148T 3199del GgA insA insT delA - 852del22 - D579G - G1244E - G1349D I502T - L1065P - R1158X - T338I - S549R(AgC) - 991del5 - D1152H AgG - R1070Q - R1066H - R347H AgG - E217G - R334Q e delle varianti all eliche poly T localizzate nell introne 8 del gene CFTR 4Ricerca di sbilanciamenti esonici del gene CFTR associati alla Fibrosi Cistica Tempi di refertazione media: 10 gg Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P091) e analisi dei dati con elettroforesi capillare Ricerca di delezioni/duplicazioni di tutti gli esoni del gene CFTR 4Screening molecolare di Atrofia Muscolo Spinale di Tipo 1, 2 e 3 1. Real Time PCR (amplificazione genica quantitativa) del gene SMN1 2. Amplificazione genica semiquantitativa e lettura dei dati con elettroforesi capillare del gene SMN1 Analisi di delezioni dell esone 7 del gene SMN1 4Diagnosi pre e post natale di Atrofia Muscolo Spinale di Tipo 1, 2 e 3 1. Real Time PCR (amplificazione genica quantitativa) del gene SMN1 2. Amplificazione genica semiquantitativa e lettura dei dati con elettroforesi capillare del gene SMN1 Analisi di delezioni dell esone 7 del gene SMN1 4Diagnosi pre e post natale di Disomia Uniparentale Amplificazione di microsatelliti specifici dei cromosomi imprinted (cromosomi: 2, 6, 7, 11, 14, 15, 16 e 20) e lettura dei dati con elettroforesi capillare Verificare l ereditarietà biparentale dei cromosomi indagati 4Diagnosi Fattore Rh Fetale su sangue materno fattore Rh Tipizzazione fattore Rh fetale nel sangue materno TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 3 06/04/

4 4Indagine di Paternità Tempi di refertazione media: 15 gg Amplificazione di microsatelliti distribuiti su vari cromosomi, elettroforesi capillare e confronto degli alleli amplificati nel DNA del probando con quelli paterni e materni Verificare la corrispondenza tra gli alleli del presunto padre e quelli del probando 4Rilevazione Molecolare del gene SRY Amplificazione genica del gene SRY e lettura dei dati con elettroforesi capillare Determinare la presenza o meno del gene SRY, deputato alla differenziazione dei caratteri secondari maschili 4Microdelezione del cromosoma Y (AZF) Amplificazione genica di STS della regione AZF presente sul braccio lungo del cromosoma Y e lettura dei dati su gel d agarosio evidenziare la presenza di delezioni della regione AZF 4Analisi Molecolare Emocromatosi Tempi di refertazione media: 10 gg C282Y - H63D 4QF- PCR per rilevare le trisomie 21, 18, 13 e le aneuploidie dei cromosomi sessuali Tempi di refertazione media: 48 ore Amplificazione di microsatelliti specifici per i cromosomi 13, 18, 21 e gli eterosomi, elettroforesi capillare e successiva interpretazione dei profili Verificare il dosaggio dei cromosomi 13, 18, 21 e degli eterosomi 4Diagnosi pre- e postnatale di Sindrome di Charcot Marie Tooth tipo 1A (CMT1A) e Hereditary Neuropathy with liability to Pressure Palsies (HNPP) Tempi di refertazione media: 10 gg 1. Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P033B) e analisi dei dati con elettroforesi capillare 2. Amplificazione semiquantitativa di microsatelliti localizzati nella regione critica e analisi dei dati con elettroforesi capillare Ricerca di delezioni/duplicazioni del locus PMP22 associati alle sindromi CMT1A e HNPP 4Ricerca sbilanciamenti subtelomerici Tempi di refertazione media: 15 gg Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P036/ P070) e analisi dei dati con elettroforesi capillare Ricerca di delezioni/duplicazioni delle regione subtelomeriche di tutti gli autosomi e cromosomi sessuali TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 4 06/04/

5 4Ricerca sbilanciamenti di geni associati al ritardo mentale mappati sul cromosoma X Tempi di refertazione media: 20 gg Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P106) e analisi dei dati con elettroforesi capillare Ricerca di delezioni/duplicazioni di geni mappati nel cromosoma X associati a ritardo mentale X-linked Geni indagati: FMR1-FMR2-ARX-ARHGEF6-RPS6KA3-OPHN1-GDI1- PQBP1-SLC6A8 - FACL4-DCX 4Caratterizzazione di marcatori soprannumerari Tempi di refertazione media: prenatale 4 gg / postnatale 20 gg 1. Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P036/ P070) e analisi dei dati con elettroforesi capillare 2. Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P181/ P182) e analisi dei dati con elettroforesi capillare 3. Array Comparative Genomic Hybriditation (acgh) con tre diversi livelli di risoluzione (vedi analisi Sbilanciamenti whole genome mediante array CGH ) Ricerca di sbilanciamenti (delezioni/duplicazioni) coinvolgenti le regioni terminali e pericentromeriche (MLPA) o dell intero genoma (acgh) 4Ricerca di aneuploidie di tutti i cromosomi Tempi di refertazione media: 20 gg 1. KaryoLite BoBs e analisi mediante tecnologia Luminex Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P036/ P070/P181/P182) e analisi dei dati con elettroforesi capillare 3. Array Comparative Genomic Hybriditation (acgh) con tre diversi livelli di risoluzione (vedi analisi Sbilanciamenti whole genome mediante array CGH ) Ricerca di sbilanciamenti (delezioni/duplicazioni) coinvolgenti le regioni terminali e pericentromeriche (KaryoLite e MLPA) o dell intero genoma (acgh) 4Ricerca sbilanciamenti esonici del gene SHOX Tempi di refertazione media: 20 gg Multiplex Ligation-Dipendent Probe Amplification (MLPA P018B) e analisi dei dati con elettroforesi capillare Ricerca di delezioni/duplicazioni di tutti gli esoni del gene SHOX in casi di nei ritardi di crescita idiopatici e per la diagnosi di Discondrosteosi di Leri-Weill 4Determinazione dell inattivazione del cromosoma X Amplificazione semiquantitativa del locus HUMARA (microsatellite), digestione con enzimi di restrizione metilazione sensibili HhaI - Hpa II, elettroforesi capillare e confronto degli alleli amplificati nel DNA del probando con quelli paterni e materni prima e dopo digestione enzimatica Verifica dello stato di inattivazione del cromosoma X (random o preferenziale) ed eventuale determinazione dell allele inattivato preferenzialmente TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 5 06/04/

6 4Sbilanciamenti whole genome mediante array CGH Tempi di refertazione media: 1-2 mesi (in base alla necessità di eseguire conferme) Piattaforme disponibili: - Genome wide BAC array Comparative Genomic Hybriditation con risoluzione spaziale media di 0.6Mb - Genome wide Nimblegen oligo CGX Array 55K con risoluzione nelle regioni critiche di 1 probe/10kb e risoluzione nel backbone 1 probe/100kb con chiamate da 400Kb - Genome wide Nimblegen oligo CGX Array 135K con risoluzione nelle regioni critiche di 1 probe/10kb e risoluzione nel backbone 1 probe/35kb con chiamate da 140Kb 4Esclusione di contaminazione materna Amplificazione di microsatelliti distribuiti su vari cromosomi, elettroforesi capillare e confronto degli alleli amplificati nel DNA fetale e nel DNA materno Escludere la presenza di DNA materno contaminante nel DNA fetale in esame TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 6 06/04/

7 ANALISI GENOMA DI AGENTE INFETTIVO IN DIAGNOSI PRE E POST NATALE 4Ricerca del genoma del Toxoplasma toxoplasma Determinare la presenza del genoma del protozoo nel liquido amniotico 4Ricerca del genoma di Epstein Barr Virus Real Time PCR (amplificazione genica quantitativa) del gene di Epastein Barr Virus 4Ricerca del genoma di Parvovirus B19 Real Time PCR (amplificazione genica quantitativa) del gene di Parvovirus B19 4Ricerca del genoma di Rubeo Amplificazione genica del gene di Rubeo e lettura dei dati su gel di agarosio 4Ricerca del genoma di Citomegalovirus Citomegalovirus 4Ricerca del genoma del Virus della Varicella Virus della Varicella 4Ricerca del genoma del Virus del Herpes 1 e 2 Virus del Herpes 1 e 2 TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 7 06/04/

8 4Ricerca del genoma del Virus dell Epatite C su siero Virus dell Epatite C Determinare la presenza del genoma virale nel siero 4Quantificazione del genoma del Virus dell Epatite C su siero Virus dell Epatite C Quantificare la carica virale nel siero 4Ricerca del genoma del Virus dell Epatite B su siero Virus dell Epatite B Determinare la presenza del genoma virale nel siero 4Ricerca del genoma del Papilloma Virus Amplificazione genica con microsatelliti specifici per la regione MY9 e MY11 e lettura dei dati su gel d agarosio evidenziare la presenza o meno del genoma virale 4Genotipizzazione del genoma del Papilloma Virus amplificazione genica e rilevamento dei dati con Reverse Dot Blot Caratterizzazione dei seguenti genotipi: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68, 73, 82, 26, 53, 66, 69, 71, 6, 11, 40, 43, 44, 54, 70 4Quantificazione del genoma del Virus dell Epatite B su siero Virus dell Epatite B Quantificare la carica virale nel siero TOMA_biologia_molecolare_scheda_CORR03.indd 8 06/04/