Analisi della sequenza nucleotidica AP (gene BH3701) Davide Cittaro Valerio Reguzzi Marco Stefani

Dimensione: px
Iniziare la visualizzazioe della pagina:

Download "Analisi della sequenza nucleotidica AP001519 (gene BH3701) Davide Cittaro Valerio Reguzzi Marco Stefani"

Transcript

1 Analisi della sequenza nucleotidica AP (gene BH3701) Davide Cittaro Valerio Reguzzi Marco Stefani

2 Informazioni di base Sequenza estratta dal batterio Bacillus halodurans Codice di accesso sequenza proteica: Q9K6M7 Sequenza di 672 amminoacidi : MINEKLPKIW YGGDYNPEQW EKEVWDEDIR MFKLAGIDVA TLNVFSWALN QPDEETYDFT WLDEQIDRLY ENGIYTCLAT STAAHPAWMA KKYPDVLRVD YQGRKRAFGG RHNSCPNSPT YRKYAERMAD RLGERYKDHP GVLIWHVSNE YGGYCYCDNC AASFRKWLQQ KYGTLQNVNK AWNTRFWGHT FYDWDEIVPP NALSEEWEGD STNFQGISLD YRIFQSDSLL ECFKLERDAL KKHTPNLPVT TNLMGTYKEL DYFKWGKEMD VVSWDNYPAY DTPVSFTAMA HDLMRGLKSG QPFMLMEQTP SQQNWQPYNS LKRPGVMRLW SYQAVARGAD TVMFFQLRRS VGACEKYHGA VIEHVGHENT RVFRETAALG KELGNLSYAL LDARVQAKVA IVFDWENRWA TELSSGPSKA LDYVKEVHNY YAALFDENIP VDMIGVDEDL SKYEIVIAPV LYMVKSGYAD RVKEFVQNGG TFVTTFFSGI VNEHDLVTLG GYPGELRDLL GIWVEEIDAL PPEEKNQIVI TNDTGSLTGT YECRLLFDII HSEGADVLAE YGSDFYAGTP VITRHAYGKG KAYYVGTCPD QAFLTDFMKT VCAEKEIAPL LNVPKGVEVT ERRKDGASYF FIMNHNASTV ELEIGEGTDL LTGKELTGAT SLEAYGVMIV KR

3 DB secondari: ricerca motivi Prosite indica all estremità C-terminale un motivo per le fosfolipasi C specifiche per il fosfatidilinositolo. Prosite rules: mostrano i siti di modificazione chimica post-traduzionale Solo per proteine eucariotiche

4 DB secondari: ricerca motivi Nessun altro motivo in Prosite, Prints e Blocks con un grado di similarità del 100%

5 DB primari: Sequenze simili BLAST in Swiss-Prot e TrEMBL Ricerca limitata a batteri e archea Parametri di default

6 DB primari: Sequenze simili Db AC Description Score E-value tr Q9K6M7 Beta-galactosidase [BH3701] [Bacillus halodurans] tr Q9KI47 Beta-galactosidase [Planococcus sp. 'SOS Orange'] tr Q45092 Beta-D-galactosidase [BGAA] [Bacillus circulans] tr Q9WYE6 Beta-D-galactosidase [TM0310] [Thermotoga maritima] sp P19668 BGAL_BACST Beta-galactosidase I (EC ) (Lactase e-179 tr Q45093 Beta-D-galactosidase [BGAB] [Bacillus circulans] 602 e-171 tr Q8XP01 Beta-galactosidase [PBG] [Clostridium perfringens] 596 e-169 tr Q59312 Beta-galactosidase (EC ) (Lactase) [PBG] [Clos e-167 tr Q8ZHN8 Puative beta-galactosidase (EC ) [BGAB] [Yersi e tn AAN47234 Beta-galactosidase I (EC ) [LA0035] [Leptosp e-74 tr O31529 YESZ protein [YESZ] [Bacillus subtilis] 204 8e-52 tr Q56306 Beta-galactosidase (lacz) [Thermotoga maritima] 147 2e-34...

7 DB primari: Sequenze simili La proteina P19668 è presente in Swiss-Prot Origine:Geobacillus stearothermophilus ß-galattosidasi Appartiene alla famiglia 42 delle Glicosil-idrolasi, a tutt oggi l unico elemento caratterizzato. Sito attivo in cui gli amminoacidi E148 ed E303 sono responsabili della catalisi enzimatica.

8 Caratterizzazione NCBI Sequence Viewer... 1: P Beta-galactosidas...[gi:114936] BLink, Domains, Links... FEATURES Location/Qualifiers source /organism="geobacillus stearothermophilus" /db_xref="taxon:1422" gene /gene="bgab" Protein /gene="bgab" /product="beta-galactosidase I" /EC_number=" " Site 148 /gene="bgab" /site_type="active" /note="proton DONOR (POTENTIAL)." Site 303 /gene="bgab" /site_type="active" /note="nucleophile (POTENTIAL)."

9 Caratterizzazione: Allineamento multiplo Clustal-W La proteina YESZ di Bacillus subtilis (AC: O31529) come limite inferiore di significatività

10 tr Q9K6M7 109 GRHNSCPNSPTYRKYAERMADRLGERYKDHPGVLIWHVSNEYG----GYCYCDNCAASFR 165 sp P19668 BGAL_BACST 107 SRQHYCPNHPQLITHIKRLVRAIAERYKNHPALKMWHVNNEYACH-VSKCFCENCAVAFR 166 tr Q9F4C8 120 ARQHWRPTSPVFREYALRLCRAMAEHYRDNPYVVAWHVSNEYGCH-NRFDYSEDAERAFR 179 tn AAN ARQHWRATSPVFLDYALSLCRKMAEHYKDNPYVVSWHVSNEYGCH-NRFDYSEDAERAFQ 178 tr Q9X0S2 100 SRRHYCFSSPVYREEVKRIVTIIVKRYGKHPAVAGWQTDNEYGCHDTVRCYCPRCKKAFQ 160 tr Q9X6C6 100 GRRHYCFSSPVYHEETRRIVTLLGERYGKHPAVAGFQTDNEYGCHGTVRCYCERCQDAFR 160 tr O SRQHACTNNPYFRKKAAIITTAIAKELGRLPGLIGWQLDNEFKCH-VAECMCETCLRLWH 163.*::. * : : :. * : ::.**:.. ::... tr Q9K6M AY-DTPVSFT------AMAHDLMRGLKSGQPFMLMEQTPSQQN-WQPYNSLK 322 sp P19668 BGAL_BACST PRE-GLPIQH AMMNDLMRSLRKGQPFILMEQVTSHVN-WRDINVPK 318 tr Q9F4C PG--EAHLDEL------AFSASLVDGISRKNPWFLMEHSTSAVN-WRPINYRK 335 tn AAN PG--EAHFDEL------AYSASLCDGIARKNPWFLMEHSSSAVN-WRPINYRV 333 tr Q9X0S2 272 TLVFLRMKGETKNPFDRVGHPDIISFSHDLYRGVGRGR-FWVMEQQAGPVN-WAPYNLWP 329 tr Q9X6C6 271 TDLMP-LPEEEKLRYARTGHPDVAAFHHDLYRAVGRGR-FWVMEQQPGPVN-WAPHNPNP 327 tr O QENASAFLLN CDLWRNLKQGRPFWILETSPSYAASLESSAYPH 312.* :. : ::*..... Caratterizzazione: allineamento multiplo CLUSTAL W (1.74) multiple sequence alignment tr Q9K6M MINEKLPKIWYGGDYNPEQWEKEVWDEDIRMFKLAGIDVATLNVFSWAL 49 sp P19668 BGAL_BACST MNVLSSICYGGDYNPEQWPEEIWYEDAKLMQKAGVNLVSLGIFSWSK 47 tr Q9F4C8 1 MAQRRAHRWPKPLSGRPDRIWYGGDYNPDQWPEDVWDEDIRLMRQAGVNLVSVGIFSWAR 60 tn AAN MERKEFKWPQPLAGNKPRIWYGGDYNPDQWPEEVWDEDVALMQQAGVNLVSVAIFSWAK 59 tr Q9X0S MLGVCYYPEHWGTEKVEEDFRRMKELGIEYVRIGEFAWSR 40 tr Q9X6C MLGVCYYPEHWPRERWSEDARRMRELGLAYVRVGEFAWAL 40 tr O MRKLYHGACYYPELWDEETIQQDIDIMREVGVNVVRIGEFAWSV 44 * * *: * : :* :: *:. : *:*:...

11 Caratterizzazione: allineamento multiplo tr Q9K6M7 609 PLLNVPKG--VEVTERRKDGASYFFIMNHNASTVELEIGEG---TDLLTGKELTG----A 659 sp P19668 BGAL_BACST 598 PILEVAEN--VEVQQRETDEWKYLIIINHNDYEVTLSLPEDKIYQNMIDGKCFRGG---E 652 tr Q9F4C8 622 VPEASDPG-LLRVERVDEASGARFVFLFNRTHAVIEAMQDG---RPVIASLADVGDG--K 675 tn AAN TSAEDDRGEVLRVERADETGENHFVFLFNRTHDVAVVDVEG---EPLVASLAQVNESEHT 676 tr Q9X0S2 594 T-KRMPEG--VRIQRR----GEYVFSFNFTSEEVDLEIPTK---VQIVLG D 634 tr Q9X6C6 591 P-KPLPSG--LRLRWR----GHLVFAFNYGPEEVVLPVPSG---VRFRLG G 631 tr O SRSDVTPG--TIVAPRIGENGLVWIVVNMDGKGGSVTLPESG--TDLLTHRLEKAG---R 646. :... tr Q9K6M7 660 TSLEAYGVMIVKR sp P19668 BGAL_BACST 653 LRIQGVDVAVLREHDEAGKV 672 tr Q9F4C8 676 VTVRPNGVIVLRK tn AAN AAIQPNGVLVVKL tr Q9X0S2 635 QKIPPYGLLIWKENER tr Q9X6C6 632 PRLSPYEVAVWEEG tr O LAVGPHEYRVIQFDNHS : :. Gli amminoacidi conservati sono presenti soprattutto nella regione N-terminale, mentre nella regione C-terminale si notano numerosi inserimenti per mantenere l allineamento.

12 Caratterizzazione: allineamento multiplo Ulteriore analisi della regione C-terminale Ricerca di omologhi in Swissprot con PSI- BLAST riferita sia all intera proteina che alla sola regione C-terminale. Per la regione C-terminale ricerca ristretta agli ultimi 200, 150 e 100 amminoacidi Probabilmente non ha alcun ruolo funzionale.

13 Caratterizzazione: conservazioni MINEKLPKIW YGGDYNPEQW EKEVWDEDIR MFKLAGIDVA TLNVFSWALN QPDEETYDFT WLDEQIDRLY ENGIYTCLAT STAAHPAWMA KKYPDVLRVD YQGRKRAFGG RHNSCPNSPT YRKYAERMAD RLGERYKDHP GVLIWHVSNE YGGYCYCDNC AASFRKWLQQ KYGTLQNVNK AWNTRFWGHT FYDWDEIVPP NALSEEWEGD STNFQGISLD YRIFQSDSLL ECFKLERDAL KKHTPNLPVT TNLMGTYKEL DYFKWGKEMD VVSWDNYPAY DTPVSFTAMA HDLMRGLKSG QPFMLMEQTP SQQNWQPYNS LKRPGVMRLW SYQAVARGAD TVMFFQLRRS VGACEKYHGA VIEHVGHENT RVFRETAALG KELGNLSYAL LDARVQAKVA IVFDWENRWA TELSSGPSKA LDYVKEVHNY YAALFDENIP VDMIGVDEDL SKYEIVIAPV LYMVKSGYAD RVKEFVQNGG TFVTTFFSGI VNEHDLVTLG GYPGELRDLL GIWVEEIDAL PPEEKNQIVI TNDTGSLTGT YECRLLFDII HSEGADVLAE YGSDFYAGTP VITRHAYGKG KAYYVGTCPD QAFLTDFMKT VCAEKEIAPL LNVPKGVEVT ERRKDGASYF FIMNHNASTV ELEIGEGTDL LTGKELTGAT SLEAYGVMIV KR In rosso sono identificati gli amminoacidi del sito attivo conservati. In grassetto gli acidi glutammici.

14 Struttura 3D Modellizzazione in 3D-PSSM. Modello proposto β-galattosidasi di Thermus thermophilus (AC:1KWK) Modello proposto con E = 1.55e-14 L aggiunta della sequenza di 1KWK nel precedente allineamento multiplo mantiene le conservazioni trovate.

15 Struttura 3D: comparazione 1KWK Modello per Q9K6M7

16 Struttura 3D: comparazione La principale differenza strutturale è la mancanza della 12 a e della 13 a α-elica in Q9K6M7, a cui si sostituisce un breve random coil 9K6M7 YP AYD TPVS KWK YPLGFTDLMPLPPEEKLRYARTGHPD HHHHHHH HHHHHH

17 Caratterizzazione sito attivo In base all allineamento multiplo è possibile individuare le corrispondenze degli amminoacidi responsabili della catalisi P19668 E148 E303 1KWK E141 E312 Q9K6M7 E150 E307

18 Caratterizzazione sito attivo Gli aminoacidi E141 ed E312 sono orientati verso il legame β 1 4 del lattosio Sono stati evidenziati tutti gli aminoacidi che potenzialmente interagiscono con il substrato.

19 Caratterizzazione sito attivo 1KWK Phe 36 Arg 102 Asn 140 Glu 141 Asn 241 Asp 264 Tyr 266 Glu 312 Asn 319 Trp 320 Phe 350 Glu 360 His 363 Q9K6M7 Phe 45 Arg 111 Asn 149 Glu 150 Asn 252 Asp 275 Tyr 277 Glu 307 Asn 314 Trp 315 Phe 345 Glu 355 His 358

20 Indice= (0.5C+0.3S+0.2P)/3 Struttura 3D: ricerca conservazioni Delimitate regioni a diversa conservazione aa C S P indice posizione

21 Struttura 3D: regioni conservate La proteina è stata divisa in 4 sezioni in base alla conservazione: [1, 250] [301, 500] alta conservazione [251, 300] [501, 644] scarsa conservazione La regione maggiormente conservata circonda il β-barrel intorno al sito attivo. Tale motivo strutturale è parecchio conservato nelle glicosil-idrosilasi ed è omologo al TIMbarrel dell enzima triosofosfato-isomerasi Henrissat B et al.conserved catalytic machinery and the prediction of a common fold for several families of glycosyl hydrolases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92:

22 Comparazione conservazioni β-galattosidasi (1KWK) Triosofosfato isomerasi (8TIM)

23 Sito di legame cofattore metallico Esiste un sito di legame per uno ione Zn 2+ Tale sito, prevalentemente composto da residui di cisteina, sembra essere poco conservato nell allineamento multiplo tr Q9K6M7 110 GRHNSCPNSPTYRKYAERMADRLGERYKDHPGVLIWHVSNEYG----GYCYCDNCAASFR 165 sp P19668 BGAL_BACST 108 SRQHYCPNHPQLITHIKRLVRAIAERYKNHPALKMWHVNNEYACH-VSKCFCENCAVAFR 166 tr Q9F4C8 121 ARQHWRPTSPVFREYALRLCRAMAEHYRDNPYVVAWHVSNEYGCH-NRFDYSEDAERAFR 179 tn AAN ARQHWRATSPVFLDYALSLCRKMAEHYKDNPYVVSWHVSNEYGCH-NRFDYSEDAERAFQ 178 tr Q9X0S2 101 SRRHYCFSSPVYREEVKRIVTIIVKRYGKHPAVAGWQTDNEYGCHDTVRCYCPRCKKAFQ 160 tr Q9X6C6 101 GRRHYCFSSPVYHEETRRIVTLLGERYGKHPAVAGFQTDNEYGCHGTVRCYCERCQDAFR 160 tr O SRQHACTNNPYFRKKAAIITTAIAKELGRLPGLIGWQLDNEFKCH-VAECMCETCLRLWH 163 1KWK 101 GRRHYCFSSPVYREEARRIVTLLAERYGGLEAVAGFQTDNEYGCHDTVRCYCPRCQEAFR 160.*::. * : : :. : ::.**:.. ::

24 Sito di legame cofattore metallico

25 Sito di legame cofattore metallico Il sito di legame di Zn 2+ ha il 79% di similarità con un dominio di legame ai metalli pesanti [LIVNS]-x(2)-[LIVMFA]-x-C-x-[STAGCDNH]-C-x(3)- [LIVFG]-x(3)-[LIV]-(9,11)-[IVA]-x-[LVFYS] Prosite accession number: PS01047

26 O-glicosil-idrolasi Gruppo di enzimi assai vasto (circa 90 famiglie) Enzimi praticamente ubiquitari Partecipano a svariati processi vitali per gli organismi Idrolisi di polisaccaridi di struttura o di riserva Difesa contro patogeni Ricambio di carboidrati sulla superficie cellulare

27 O-glicosil-idrolasi: famiglie Clan GH-A GH-B GH-C GH-D GH-E GH-F GH-G GH-H GH-I GH-J GH-K GH-L GH-M Fold (β/α)8 β-jelly roll β-jelly roll (β/α)8 β-propeller - - (β/α)8 α+β - (β/α)8 (α/α)6 (α/α)6 Famiglie comprese

28 Descrizione attività catalitica Elevata specificità di substrato Rottura del legame per catalisi acida. Donatore di protoni e nucleofilo Due meccanismi di azione Mantenimento della configurazione anomerica Inversione della configurazione anomerica

29 Davies G, Henrissat B. Structures and mechanisms of glycosyl hydrolases. Structure 1995, 3: Tipologie di sito attivo Fenditura Cratere Tunnel

30 β-galattosidasi Idrolisi del residuo terminale, non riducente di β-d-galattosio lattosio β-d-galattosio glucosio

31 Sito attivo 1KWK La struttura del sito attivo è del tipo a cratere, tipica per il riconoscimento dell estremità non riducente di un polisaccaride La distanza tra i residui E141 ed E312 è di circa 5.5 Å, indicando che l idrolisi del lattosio mantiene la conformazione anomerica β del galattosio

32 β-galattosidasi

Macromolecole Biologiche. I domini (III)

Macromolecole Biologiche. I domini (III) I domini (III) Domini α/β La cross over connection è l unità costitutiva su cui si basa la topologia di 3 tipi di domini α/β osservati nelle proteine: - α/β barrel - motivi ricchi di Leu (fold a ferro

Dettagli

Continua. Peptidasi H 2 O

Continua. Peptidasi H 2 O Continua Peptidasi H 2 O Classificazione delle peptidasi 1. Meccanismo catalitico 2. Tipo di reazione catalizzata 3. Struttura molecolare e omologia 1. Meccanismo catalitico (mostrato per la chimotripsina)

Dettagli

Biosintesi non ribosomiale di metaboliti peptidici bioattivi

Biosintesi non ribosomiale di metaboliti peptidici bioattivi Biosintesi non ribosomiale di metaboliti peptidici bioattivi Principali bersagli degli antibiotici Gli antibiotici derivano per la maggior parte da composti naturali Strutture di alcuni peptidi bioattivi

Dettagli

L adattamento dei batteri. Strategie di adattamento

L adattamento dei batteri. Strategie di adattamento L adattamento dei batteri Strategie di adattamento mutazione trasferimento genico orizzontale regolazione dell espressione genica regolazione della trascrizione regolazione della traduzione regolazione

Dettagli

I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini.

I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I domini sono definiti come una catena polipeptidica

Dettagli

Meccanismo tio-templato delle NRPS

Meccanismo tio-templato delle NRPS Meccanismo tio-templato delle NRPS Meccanismo tio-templato delle NRPS Per l attività delle NRPS è necessaria l aggiunta della 4- fosfopanteteina sulla serina del sito attivo del dominio di tiolazione.

Dettagli

4. Ricerca di sequenze in banche dati e allineamento multiplo

4. Ricerca di sequenze in banche dati e allineamento multiplo 4. Ricerca di sequenze in banche dati e allineamento multiplo Collegatevi al sito www.ncbi.nlm.nih.gov/blast. Apparirà una pagina nella quale le versioni di BLAST disponibili sono organizzate in base al

Dettagli

Macromolecole Biologiche. I domini (II)

Macromolecole Biologiche. I domini (II) I domini (II) Domini β Nonostante l elevato numero di possibili disposizioni di filamenti β (a costituire foglietti β antiparalleli) connessi da tratti di loop, i domini β più frequentemente osservati

Dettagli

Le Biomolecole I parte. Lezioni d'autore di Giorgio Benedetti

Le Biomolecole I parte. Lezioni d'autore di Giorgio Benedetti Le Biomolecole I parte Lezioni d'autore di Giorgio Benedetti LE BIOMOLECOLE Le biomolecole, presenti in tutti gli esseri viventi, sono molecole composte principalmente da carbonio, idrogeno, azoto e ossigeno.

Dettagli

2011 - G. Licini, Università di Padova. La riproduzione a fini commerciali è vietata

2011 - G. Licini, Università di Padova. La riproduzione a fini commerciali è vietata Ammino acidi Composto che contiene una funziome acida e amminica. Usualmente però con amminoacidi si intendono gli alfa- amminoacidi. Tra questi composti ve ne sono 20 che vengono definiti geneticamente

Dettagli

Si dividono in: N-glicosilate (su Asparagina) O-glicosilate (su Serina o Treonina. Raramente su Tirosina, idrossiprolina, idrossilisina)

Si dividono in: N-glicosilate (su Asparagina) O-glicosilate (su Serina o Treonina. Raramente su Tirosina, idrossiprolina, idrossilisina) GLICOSILAZIONE La glicosilazione è la modificazione PTM più diffusa. Circa il 50% delle proteine umane sono glicosilate Caratteristica di molte proteine della superficie cellulare e delle d proteine di

Dettagli

Una proteina nella rete: Caccia al tesoro bioinformatica

Una proteina nella rete: Caccia al tesoro bioinformatica Una proteina nella rete: Caccia al tesoro bioinformatica Nel corso di questa attivita utilizzeremo alcune delle piu importanti banche dati disponibili in rete per cercare informazioni su una proteina.

Dettagli

REPLICAZIONE DEL DNA

REPLICAZIONE DEL DNA REPLICAZIONE DEL DNA La replicazione (o anche duplicazione) è il meccanismo molecolare attraverso cui il DNA produce una copia di sé stesso. Ogni volta che una cellula si divide, infatti, l'intero genoma

Dettagli

Una proteina qualsiasi assume costantemente un unica conformazione ben definita, cui è legata la sua azione biologica.

Una proteina qualsiasi assume costantemente un unica conformazione ben definita, cui è legata la sua azione biologica. Concanavalina A Emoglobina subunità Trioso fosfato isomerasi Una proteina qualsiasi assume costantemente un unica conformazione ben definita, cui è legata la sua azione biologica. 1 La conformazione è

Dettagli

Traduzione dell informazione genetica (1)

Traduzione dell informazione genetica (1) Traduzione dell informazione genetica (1) 1 Traduzione dell informazione genetica (2) Il processo negli eucarioti richiede: 70 diverse proteine ribosomiali >20 enzimi che attivano i precursori degli amminoacidi

Dettagli

la struttura tridimensionale può essere ottenuta solo per Un intero dominio in genere da 50 a 300 residui

la struttura tridimensionale può essere ottenuta solo per Un intero dominio in genere da 50 a 300 residui Durante la traduzione l informazione di ripiegamento codificata nella sequenza aminoacidica diventa disponibile in maniera vettoriale la struttura tridimensionale può essere ottenuta solo per Un intero

Dettagli

Legami chimici. Covalente. Legami deboli

Legami chimici. Covalente. Legami deboli Legami chimici Covalente Legami deboli Legame fosfodiesterico Legami deboli Legami idrogeno Interazioni idrofobiche Attrazioni di Van der Waals Legami ionici Studio delle macromolecole Lipidi

Dettagli

BIOLOGIA GENERALE 22-24 ottobre 2007

BIOLOGIA GENERALE 22-24 ottobre 2007 Biologia generale Massolo Alessandro massolo@unifi.it; Tel. 347-9403330 BIOLOGIA GENERALE 22-24 ottobre 2007 Facoltà di Psicologia Tecniche di Psicologia Generale e Sperimentale Alessandro Massolo Dip.

Dettagli

amminico è legato all atomo di carbonio immediatamente adiacente al gruppo carbonilico e hanno la seguente

amminico è legato all atomo di carbonio immediatamente adiacente al gruppo carbonilico e hanno la seguente Gli amminoacidi naturali sono α-amminoacidi : il gruppo amminico è legato all atomo di carbonio immediatamente adiacente al gruppo carbonilico e hanno la seguente formula generale: gruppo funzionale carbossilico

Dettagli

3.3. UMAMI NEGLI ALIMENTI

3.3. UMAMI NEGLI ALIMENTI 3.3. UMAMI NEGLI ALIMENTI In questo capitolo saranno esaminati i vari cibi, ad esclusione di quelli ittici che verranno presi in considerazione successivamente, allo scopo di scoprire se in essi è presente,

Dettagli

SINTESI DELL RNA. Replicazione. Trascrizione. Traduzione

SINTESI DELL RNA. Replicazione. Trascrizione. Traduzione SINTESI DELL RNA Replicazione Trascrizione Traduzione L RNA ha origine da informazioni contenute nel DNA La TRASCRIZIONE permette la conversione di una porzione di DNA in una molecola di RNA con una sequenza

Dettagli

Attori principali nei TCRS. Processi biologici in cui sono coinvolti sistemi a due componenti. Numero di TCRS nel genoma batterico

Attori principali nei TCRS. Processi biologici in cui sono coinvolti sistemi a due componenti. Numero di TCRS nel genoma batterico rocessi biologici in cui sono coinvolti sistemi a due componenti Utilizzazione di elementi necessari alla crescita (azoto); NtrC Virulenza (BvgAS di Bordetella pertussis) Resistenza a metalli pesanti (pco)

Dettagli

INTERAZIONE DI PROTEINE CON SFINGOLIPIDI

INTERAZIONE DI PROTEINE CON SFINGOLIPIDI Seminario Rafts INTERAZIONE DI PROTEINE CON SFINGOLIPIDI Motivi strutturali coinvolti nell interazione di proteine con sfingolipidi e colesterolo (1) Uno dei primi passi per l identificazione di tale motive

Dettagli

REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA

REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA Solo una piccola parte dei 4000 geni che costituiscono il genoma batterico o dei circa 30000 geni del genoma umano viene espressa in maniera costante (GENI COSTITUTIVI)

Dettagli

Applicazioni biotecnologiche in systems biology

Applicazioni biotecnologiche in systems biology Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #6 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Gene regulation analysis Lezione #6 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Regolazione genica Elementi molecolari e

Dettagli

Macromolecole Biologiche. I domini (I)

Macromolecole Biologiche. I domini (I) I domini (I) I domini I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I domini sono definiti come una

Dettagli

mediante proteasi industriali

mediante proteasi industriali Valorizzazione delle farine disoleate mediante proteasi industriali Alessandra Stefan Unità operativa: CSGI (Consorzio per lo Sviluppo dei Sistemi a Grande Interfase, Firenze) Dipartimento di Farmacia

Dettagli

SUPERAVVOLGIMENTO DEL DNA (ORGANIZZAZIONE TERZIARIA DEL DNA)

SUPERAVVOLGIMENTO DEL DNA (ORGANIZZAZIONE TERZIARIA DEL DNA) SUPERAVVOLGIMENTO DEL DNA (ORGANIZZAZIONE TERZIARIA DEL DNA) ORGANIZZAZIONE TERZIARIA DEL DNA Il DNA cellulare contiene porzioni geniche e intergeniche, entrambe necessarie per le funzioni vitali della

Dettagli

Il mantenimento dell omeostasi cellulare dipende dai sistemi che permettono lo scambio di molecole tra citoplasma e liquido

Il mantenimento dell omeostasi cellulare dipende dai sistemi che permettono lo scambio di molecole tra citoplasma e liquido Il mantenimento dell omeostasi cellulare dipende dai sistemi che permettono lo scambio di molecole tra citoplasma e liquido extracellulare e dalla loro regolazione. Membrana cellulare Ogni cellula presenta

Dettagli

Mutagenesi: introduzione di alterazioni in una sequenza nucleotidica. Mutagenesi random: le mutazioni avvengono a caso su un tratto di DNA.

Mutagenesi: introduzione di alterazioni in una sequenza nucleotidica. Mutagenesi random: le mutazioni avvengono a caso su un tratto di DNA. Mutagenesi: introduzione di alterazioni in una sequenza nucleotidica Mutagenesi random: le mutazioni avvengono a caso su un tratto di DNA. In genere si ottengono trattando il DNA con agenti chimici (es.

Dettagli

Rappresentazione dei Dati Biologici

Rappresentazione dei Dati Biologici Rappresentazione dei Dati Biologici CORSO DI BIOINFORMATICA C.d.L. Ingegneria Informatica e Biomedica Outline Proteine ed Amminoacidi Rappresentazione di Amminoacidi Rappresentazione delle strutture Proteiche

Dettagli

Banche Dati Secondarie. geni trascritti proteine profili strutture

Banche Dati Secondarie. geni trascritti proteine profili strutture Banche Dati Secondarie geni trascritti proteine profili strutture definizione Banca dati il cui contenuto deriva da una banca dati primaria DB sec DB primario informazione PROSITE SWISS Prot patterns Profiles

Dettagli

Relazione struttura-funzione

Relazione struttura-funzione Biotecnologie applicate alla progettazione e sviluppo di molecole biologicamente attive A.A. 2010-2011 Modulo di Biologia Strutturale Relazione struttura-funzione Marco Nardini Dipartimento di Scienze

Dettagli

Figura 1. Rappresentazione della doppia elica di DNA e struttura delle differenti basi.

Figura 1. Rappresentazione della doppia elica di DNA e struttura delle differenti basi. Sommario La molecola di DNA è deputata a conservare le informazioni genetiche necessarie per lo sviluppo ed il funzionamento degli organismi viventi. Poiché contiene le istruzioni per la costruzione delle

Dettagli

strutture di Proteine

strutture di Proteine Laboratorio di Bioinformatica I Database di strutture di Proteine Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Dal gene alla proteina La funzione della proteina è nella sua struttura 3D. Struttura delle proteine

Dettagli

Protocollo dei saperi imprescindibili

Protocollo dei saperi imprescindibili Protocollo dei saperi imprescindibili Ordine di scuola:professionale DISCIPLINA: Scienze integrate( Scienze della Terra e Biologia) RESPONSABILE: Meri Teti CLASSI SECONDE SEZIONE B INDIRIZZO: Grafico CONOSCENZE/CONTENUTI:

Dettagli

scaricato da www.sunhope.it

scaricato da www.sunhope.it Recettori a tirosina chinasi I recettori a tirosina chinasi presentano vari domini Una regione di legame (extracellulare) Una regione transmembrana Una coda intracellulare con numerose tirosine scaricato

Dettagli

KIR EVOLUZIONE RAPIDA E DIVERSIFICATA DEI RECETTORI DELL IMMUNITA INNATA E ADATTATIVA

KIR EVOLUZIONE RAPIDA E DIVERSIFICATA DEI RECETTORI DELL IMMUNITA INNATA E ADATTATIVA KIR EVOLUZIONE RAPIDA E DIVERSIFICATA DEI RECETTORI DELL IMMUNITA INNATA E ADATTATIVA C.Vilches, P. Parham Natural Killer Cellule di origine linfoide la cui funzione è lisare le cellule infettate da virus

Dettagli

SINTESI PROTEICA. Replicazione. Trascrizione. Traduzione

SINTESI PROTEICA. Replicazione. Trascrizione. Traduzione Replicazione SINTESI PROTEICA Trascrizione Traduzione 61 codoni codificanti 3 triplette non senso (STOP) AUG codone di inizio codone per Met Caratteristiche del codice genetico Specificità Il codice genetico

Dettagli

Struttura delle proteine

Struttura delle proteine Struttura delle proteine I II III Copyright 2001-2015 by Giorgio Sartor. All rights reserved. Versione 1.0.2 oct 2015 Struttura quaternaria Èil livello di organizzazione per il quale si formano strutture

Dettagli

I marcatori molecolari. Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Corso di Genetica Agraria Giovanna Attene

I marcatori molecolari. Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Corso di Genetica Agraria Giovanna Attene I marcatori molecolari Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Corso di Genetica Agraria Giovanna Attene Marcatori molecolari del DNA I marcatori molecolari sono sequenze di DNA

Dettagli

Prof. Maria Nicola GADALETA

Prof. Maria Nicola GADALETA Prof. Maria Nicola GADALETA Email: m.n.gadaleta@biologia.uniba.it Facoltà di Scienze Biotecnologiche Corso di Laurea in Biotecnologie Sanitarie e Farmaceutiche Biochimica e Biotecnologie Biochimiche DISPENSA

Dettagli

Caratteristiche generali

Caratteristiche generali AMMINOACIDI Gli amminoacidi sono le unità costruttive (building blocks) delle proteine. Come dice il termine, gli amminoacidi naturali sono costituiti da un gruppo amminico (-NH 2 ) e da un gruppo carbossilico

Dettagli

Integrali (transmembrana), si estendono attraverso l intera membrana. Classificate in famiglie a seconda del numero di segmenti transmembrana.

Integrali (transmembrana), si estendono attraverso l intera membrana. Classificate in famiglie a seconda del numero di segmenti transmembrana. Membrana cellulare Proteine inserite nella membrana cellulare: Integrali (transmembrana), si estendono attraverso l intera membrana. Classificate in famiglie a seconda del numero di segmenti transmembrana.

Dettagli

Proteine integrali di membrana legate sul versante esterno a gruppi di carboidrati. Formati da diverse subunità che circoscrivono un poro acquoso che

Proteine integrali di membrana legate sul versante esterno a gruppi di carboidrati. Formati da diverse subunità che circoscrivono un poro acquoso che Canali ionici Proteine integrali di membrana legate sul versante esterno a gruppi di carboidrati. Formati da diverse subunità che circoscrivono un poro acquoso che permette il passaggio selettivo di ioni.

Dettagli

Carboidrati puri : zucchero e amido nei cibi, cellulosa nel legno, carta e cotone = C 6 O 6 (H 2 O) 6

Carboidrati puri : zucchero e amido nei cibi, cellulosa nel legno, carta e cotone = C 6 O 6 (H 2 O) 6 Carboidrati Carboidrati puri : zucchero e amido nei cibi, cellulosa nel legno, carta e cotone Glucosio Carboidrati modificati: membrane cellulari, acidi nucleici, Da carbonio idrato: glucosio= C 6 H 12

Dettagli

Proteine strutturali Sostegno meccanico Cheratina: costituisce i capelli Collagene: costituisce le cartilagini Proteine di immagazzinamento

Proteine strutturali Sostegno meccanico Cheratina: costituisce i capelli Collagene: costituisce le cartilagini Proteine di immagazzinamento Tipo Funzione Esempi Enzimi Accelerano le reazioni chimiche Saccarasi: posiziona il saccarosio in modo che possa essere scisso nelle due unità di glucosio e fruttosio che lo formano Ormoni Messaggeri chimici

Dettagli

Bioinformatica (1) Introduzione. Dott. Alessandro Laganà

Bioinformatica (1) Introduzione. Dott. Alessandro Laganà Bioinformatica (1) Introduzione Dott. Alessandro Laganà Dott. Alessandro Laganà Martedi 15.30 16.30 Studio Assegnisti - 1 Piano (Davanti biblioteca) Dipartimento di Matematica e Informatica (Città Universitaria)

Dettagli

LE BIOMOLECOLE DETTE ANCHE MOLECOLE ORGANICHE; CARBOIDRATI PROTEINE. sono ACIDI NUCLEICI. molecole complesse = POLIMERI. formate dall'unione di

LE BIOMOLECOLE DETTE ANCHE MOLECOLE ORGANICHE; CARBOIDRATI PROTEINE. sono ACIDI NUCLEICI. molecole complesse = POLIMERI. formate dall'unione di LE BIOMOLECOLE LE BIOMOLECOLE DETTE ANCHE MOLECOLE ORGANICHE; CARBOIDRATI LE BIOMOLECOLE sono LIPIDI PROTEINE ACIDI NUCLEICI molecole complesse = POLIMERI formate dall'unione di molecole semplici = MONOMERI

Dettagli

moli OH - /mole amminoacido

moli OH - /mole amminoacido ) ) Di seguito è riportata la curva di titolazione di un amminoacido. Osservando il grafico: a) stabilire il valore dei pka dell aminoacido b) calcolare il valore del pi e individuarlo sul grafico. c)

Dettagli

-Glucosio e fruttosio. -Saccarosio. -Zuccheri minori. -Le sostanze pectiche. -I polisaccaridi esocellulari dei microrganismi

-Glucosio e fruttosio. -Saccarosio. -Zuccheri minori. -Le sostanze pectiche. -I polisaccaridi esocellulari dei microrganismi I CARBOIDRATI DEL MOSTO E DEL VINO -Glucosio e fruttosio -Saccarosio -Zuccheri minori -Le sostanze pectiche -I polisaccaridi esocellulari dei microrganismi Prof. - Vincenzo Leo - Chimica enologica - ITA

Dettagli

in Terminazione Neurone Dendriti Soma Fessura sinaptica sinaptica Nucleo dendrite Segmento iniziale Sinapsi inibitoria Segmento mielinico Assone

in Terminazione Neurone Dendriti Soma Fessura sinaptica sinaptica Nucleo dendrite Segmento iniziale Sinapsi inibitoria Segmento mielinico Assone Le funzioni del sistema nervoso si basano sull attività dei neuroni che consiste nel generare, trasmettere ed elaborare informazioni nervose, che dipendono da modificazioni del potenziale di membrana,

Dettagli

ATASSIA SPINOCEREBELLARE 17 (SCA17) (OMIM #607136)

ATASSIA SPINOCEREBELLARE 17 (SCA17) (OMIM #607136) ATASSIA SPINOCEREBELLARE 17 (SCA17) (OMIM #607136) Il gene implicato nella SCA17 è il gene TATA box-binding protein (TBP) che fa parte del complesso della RNA polimerasi II ed è essenziale per dare inizio

Dettagli

Regolazione della trascrizione. Operoni catabolici nei procarioti (controllo negativo)

Regolazione della trascrizione. Operoni catabolici nei procarioti (controllo negativo) Regolazione della trascrizione Operoni catabolici nei procarioti (controllo negativo) I geni possono essere accesi e spenti In un organismo pluricellulare adulto, vi sono molti tipi di cellule differenti,

Dettagli

Cofattori e vitamine

Cofattori e vitamine Enzimi: concetti di base e meccanismi di catalisi enzimatica a. Classificazione, meccanismo d azione b. Esempi di reazioni catalizzate c. Descrizione di alcune tipiche proteine enzimatiche. Cofattori e

Dettagli

dieta vengono convertiti in composti dei corpi chetonici.

dieta vengono convertiti in composti dei corpi chetonici. Metabolismo degli aminoacidi Metabolismo degli aminoacidi Gli aminoacidi introdotti in eccesso con la dieta vengono convertiti in composti precursori del glucosio, degli acidi grassi e dei corpi chetonici.

Dettagli

LA TRADUZIONE E IL CODICE GENETICO

LA TRADUZIONE E IL CODICE GENETICO LA TRADUZIONE E IL CODICE GENETICO La traduzione La traduzione è il processo di sintesi di una catena polipeptidica, un polimero costituito da amminoacidi legati insieme da legami peptidici Le molecole

Dettagli

Tratto dal libro Come vivere 150 anni Dr. Dimitris Tsoukalas

Tratto dal libro Come vivere 150 anni Dr. Dimitris Tsoukalas 1 Tratto dal libro Come vivere 150 anni Dr. Dimitris Tsoukalas Capitolo 7 Enzimi, le macchine della vita Piccole macchine regolano la funzione del corpo umano in un orchestrazione perfetta e a velocità

Dettagli

Università di Roma Tor Vergata - Corso di Laurea in Scienze Biologiche - Immunologia Molecolare - dott. Claudio PIOLI - a.a.

Università di Roma Tor Vergata - Corso di Laurea in Scienze Biologiche - Immunologia Molecolare - dott. Claudio PIOLI - a.a. Anticorpi generalità Riconoscimento antigene Anticorpi Molecole MHC Recettore per l Ag dei linfociti T (TCR) Anticorpi riconoscono diversi tipi di strutture antigeniche macromolecole proteine, lipidi,

Dettagli

3. Confronto tra due sequenze

3. Confronto tra due sequenze 3. Confronto tra due sequenze Esercizio 1: uso di DotLet Il programma DotLet è accessibile dal sito http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet, dove può essere utilizzato attraverso un interfaccia utente

Dettagli

Farmaci del sistema nervoso autonomo

Farmaci del sistema nervoso autonomo Farmaci del sistema nervoso autonomo Farmaci colinergici Esercitano i loro effetti farmacologici sul sistema nervoso parasimpatico che utilizza Acetilcolina come mediatore chimico L acetilcolina (Ach)

Dettagli

La trascrizione negli eucarioti. Prof. Savino; dispense di Biologia Molecolare, Corso di Laurea in Biotecnologie

La trascrizione negli eucarioti. Prof. Savino; dispense di Biologia Molecolare, Corso di Laurea in Biotecnologie La trascrizione negli eucarioti Il promotore eucariotico L inizio della trascrizione negli eucarioti necessita della RNA polimerasi e dei fattori di trascrizione. Qualsiasi proteina sia necessaria per

Dettagli

Metabolismo: Introduzione

Metabolismo: Introduzione Metabolismo: Introduzione METABOLISMO Insieme delle reazioni chimiche coordinate e integrate che hanno luogo in tutte le cellule C A T A B O L I S M O Ossidazioni esoergoniche Alimenti: Carboidrati Lipidi

Dettagli

AMINOACIDI - 1 AMINOACIDI - 2

AMINOACIDI - 1 AMINOACIDI - 2 AMINOAIDI - 1 Proteine (gr. pròtos = primo) 50-80% peso secco cellulare GENE POTEINA EFFETTO proteine calore idrolisi acida o alcalina α-aminoacidi proteasi Struttura generale degli α-aminoacidi primari

Dettagli

Il metabolismo dell RNA. Prof. Savino; dispense di Biologia Molecolare, Corso di Laurea in Biotecnologie

Il metabolismo dell RNA. Prof. Savino; dispense di Biologia Molecolare, Corso di Laurea in Biotecnologie Il metabolismo dell RNA I vari tipi di RNA Il filamento di DNA che dirige la sintesi dello mrna è chiamato filamento stampo o filamento antisenso. L altro filamento che ha sequenza identica a quella dello

Dettagli

Il genoma dinamico: gli elementi trasponibili

Il genoma dinamico: gli elementi trasponibili Il genoma dinamico: gli elementi trasponibili Anni trenta: studi sul mais ribaltano la visione classica secondo cui i geni si trovano solo in loci fissi sul cromosoma principale Esistono elementi genetici

Dettagli

9) Scrivere un disaccaride formato dal β-d-galattosio e dall α-d-n-acetil-glucosammina legati da un legame glicosidico β(1-4).

9) Scrivere un disaccaride formato dal β-d-galattosio e dall α-d-n-acetil-glucosammina legati da un legame glicosidico β(1-4). CARBOIDRATI - AMMINOACIDI - PROTEINE 1) Scrivere la proiezione di Fisher del D-ribosio e del D-glucosio. La lettera D a cosa si riferisce? Disegnare inoltre il disaccaride ottenuto dalla condensazione

Dettagli

Meccanismi molecolari di trasduzione del segnale. Le vie di trasduzione del segnale sono molto specifiche ed estremamente sensibili.

Meccanismi molecolari di trasduzione del segnale. Le vie di trasduzione del segnale sono molto specifiche ed estremamente sensibili. Meccanismi molecolari di trasduzione del segnale. Le vie di trasduzione del segnale sono molto specifiche ed estremamente sensibili. La sensibilita delle vie di trasduzione dipende da 3 fattori: -l affinita

Dettagli

glicogeno Glucosio 6-P Piruvato Acetil CoA Intermedi del ciclo di Krebs

glicogeno Glucosio 6-P Piruvato Acetil CoA Intermedi del ciclo di Krebs PIRUVAT glicogeno Glicogeno sintesi glicogenolisi Glucosio Glucosio 6-P Ribosio 5-P glicolisi Gluconeogenesi Amino acidi Piruvato Acetil CoA lattato Intermedi del ciclo di Krebs Concentrazione di glicogeno

Dettagli

La mutazione è una modificazione della sequenza delle basi del DNA

La mutazione è una modificazione della sequenza delle basi del DNA La mutazione è una modificazione della sequenza delle basi del DNA Le mutazioni sono eventi rari e importanti in quanto sono alla base dell evoluzione biologica Le mutazioni possono essere spontanee (dovute

Dettagli

Dal DNA all RNA. La trascrizione nei procarioti e negli eucarioti

Dal DNA all RNA. La trascrizione nei procarioti e negli eucarioti Dal DNA all RNA La trascrizione nei procarioti e negli eucarioti DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE Gene Regione di DNA che porta l informazione (= che CODIFICA) per una catena polipeptidica o per

Dettagli

AMMINOACIDI E PROTEINE

AMMINOACIDI E PROTEINE AMMINOACIDI E PROTEINE Vengono chiamate amminoacidi quelle molecole organiche in cui sono contemporaneamente presenti sia un gruppo acido carbossilico -COO che un gruppo amminico -N2. Una molecola appartenente

Dettagli

Modello del collasso idrofobico. Il folding è facilitato dalla presenza di chaperons molecolari quali le Heat Shock Proteins, Hsp70 e Hsp60

Modello del collasso idrofobico. Il folding è facilitato dalla presenza di chaperons molecolari quali le Heat Shock Proteins, Hsp70 e Hsp60 Modello gerarchico Modello del collasso idrofobico Il folding è facilitato dalla presenza di chaperons molecolari quali le Heat Shock Proteins, Hsp70 e Hsp60 Le Hsp70 si legano ai segmenti idrofobici di

Dettagli

Sistemi di regolazione. MICROBIOLOGIA GENERALE C. Mazzoni 05/16

Sistemi di regolazione. MICROBIOLOGIA GENERALE C. Mazzoni 05/16 Sistemi di regolazione Importanza del controllo I componenti cellulari devono essere presenti nelle giuste concentrazioni. La composizione chimica dell ambiente che circonda la cellula è in contante cambiamento

Dettagli

Peptidi-1 Peptidi-2 1

Peptidi-1 Peptidi-2 1 Peptidi-1 Peptidi-2 1 Peptidi-3 Peptidi-3 2 Peptidi-4 Peptidi-4 3 Peptidi-5 Peptidi-5 4 Peptidi-6 Peptidi-6 5 6 7 8 Spettrometria di massa di biomolecole: esempi ed esercizi Margherita Ruoppolo Dipartimento

Dettagli

Le idee della chimica

Le idee della chimica G. Valitutti A.Tifi A.Gentile Seconda edizione Copyright 2009 Zanichelli editore Capitolo 25 Le basi della biochimica 1. I carboidrati 2. I lipidi 3. Gli amminoacidi, i peptidi e le proteine 4. La struttura

Dettagli

BIOCHIMICA e BIOTECNOLOGIE degli ALIMENTI

BIOCHIMICA e BIOTECNOLOGIE degli ALIMENTI Seconda Università degli Studi di Napoli DiSTABiF Anno Accademico 2016-17 Corso di Laurea Magistrale in SCIENZE DEGLI ALIMENTI E DELLA NUTRIZIONE UMANA Insegnamento di BIOCHIMICA e BIOTECNOLOGIE degli

Dettagli

Corso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA. Angela Chambery Lezione 7

Corso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA. Angela Chambery Lezione 7 Corso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA Angela Chambery Lezione 7 La struttura delle proteine Concetti chiave: La struttura terziaria di una proteina descrive il ripiegamentodei suoi elementi

Dettagli

I gruppi R differenziano i 20 amminoacidi standard. Tratto da D. Voet, G. Voet e C.W. Pratt Fondamenti di biochimica

I gruppi R differenziano i 20 amminoacidi standard. Tratto da D. Voet, G. Voet e C.W. Pratt Fondamenti di biochimica Gli aminoacidi NOMENCLATURA Aminoacido Abbr. tre lettere Abbr. una lettera Aminoacido Abbr. tre lettere Abbr. una lettera Alanina ALA A Lisina LYS K Arginina ARG R Metionina MET M Asparagina ASN N Fenilalanina

Dettagli

DNA - RNA. Nucleotide = Gruppo Fosforico + Zucchero Pentoso + Base Azotata. Le unità fondamentali costituenti il DNA e l RNA sono i Nucleotidi.

DNA - RNA. Nucleotide = Gruppo Fosforico + Zucchero Pentoso + Base Azotata. Le unità fondamentali costituenti il DNA e l RNA sono i Nucleotidi. DNA - RNA Le unità fondamentali costituenti il DNA e l RNA sono i Nucleotidi. Nucleotide = Gruppo Fosforico + Zucchero Pentoso + Base Azotata. Esistono 4 basi azotate per il DNA e 4 per RNA Differenze

Dettagli

Valitutti, Taddei, Kreuzer, Massey, Sadava, Hills, Heller, Berenbaum

Valitutti, Taddei, Kreuzer, Massey, Sadava, Hills, Heller, Berenbaum Dal carbonio agli OGM VERSO L UNIVERSITÀ Le domande sono tratte dalle prove di ammissione emesse annualmente dal Ministero dell Istruzione, dell Università e della Ricerca (MIUR) e le soluzioni sono evidenziate

Dettagli

MACROSTRUTTURA DEL MUSCOLO STRIATO SCHELETRICO

MACROSTRUTTURA DEL MUSCOLO STRIATO SCHELETRICO FUNZIONE DEL MUSCOLO SCHELETRICO Ultrastruttura della cellula muscolare. Miofilamenti. Meccanismo della contrazione. Trasmissione neuromuscolare. Scossa semplice e tetano muscolare. Unità motoria. PROPRIETA

Dettagli

Il DNA e la duplicazione cellulare. Acidi nucleici: DNA, materiale ereditario

Il DNA e la duplicazione cellulare. Acidi nucleici: DNA, materiale ereditario Il DN e la duplicazione cellulare Il DN, materiale ereditario Struttura del DN Replicazione del DN Dal DN alla proteina Il odice genetico iclo cellulare Mitosi Meiosi Da Figura 8-11 ampbell & Reece cidi

Dettagli

formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita i da unoo più domini.

formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita i da unoo più domini. Idomini(I) I domini I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita i da unoo più domini. I domini sono definiti come parte

Dettagli

Le PROTEINE sono i biopolimeri maggiormente presenti all interno delle cellule, dal momento che costituiscono dal 40 al 70% del peso a secco.

Le PROTEINE sono i biopolimeri maggiormente presenti all interno delle cellule, dal momento che costituiscono dal 40 al 70% del peso a secco. Le PROTEINE sono i biopolimeri maggiormente presenti all interno delle cellule, dal momento che costituiscono dal 40 al 70% del peso a secco. Svolgono funzioni biologiche di fondamentale importanza e possono

Dettagli

Pectinasi. PECTINA composto estratto dalla frutta- MELE E PERE- gelificante. Grado di esterificazione

Pectinasi. PECTINA composto estratto dalla frutta- MELE E PERE- gelificante. Grado di esterificazione Pectinasi Le pectine sono carboidrati complessi che fanno parte della lamella mediana delle cellule vegetali e contribuiscono al mantenimento della struttura dei tessuti vegetali. L unità di base è costituita

Dettagli

Struttura e funzione dei geni. Paolo Edomi - Genetica

Struttura e funzione dei geni. Paolo Edomi - Genetica Struttura e funzione dei geni 1 Il DNA è il materiale genetico La molecola di DNA conserva l informazione genetica: topi iniettati con solo DNA di batteri virulenti muoiono 2 Proprietà del DNA Il DNA presenta

Dettagli

Giovanni Di Bonaventura, Ph.D., B.Sc. Università di Chieti-Pescara

Giovanni Di Bonaventura, Ph.D., B.Sc. Università di Chieti-Pescara Giovanni Di Bonaventura, Ph.D., B.Sc. Università di Chieti-Pescara Richieste metaboliche: elementi essenziali In generale, i batteri per la loro crescita hanno bisogno di elementi essenziali. In particolare

Dettagli

Mediatore chimico. Recettore. Trasduzione del segnale. Risposta della cellula

Mediatore chimico. Recettore. Trasduzione del segnale. Risposta della cellula Mediatore chimico Recettore Trasduzione del segnale Risposta della cellula I mediatori chimici sono prodotti da cellule specializzate e sono diffusi nell organismo da apparati di distribuzione Sistemi

Dettagli

SEQUENZIAMENTO DEL DNA

SEQUENZIAMENTO DEL DNA SEQUENZIAMENTO DEL DNA Il metodo di Sanger per determinare la sequenza del DNA Il metodo manuale La reazione enzimatica Elettroforesi in gel denaturante di poliacrilammide Autoradiografia Il metodo automatico

Dettagli

Lezione 4 *membrana cellulare *trasporti *specializzazioni del plasmalemma

Lezione 4 *membrana cellulare *trasporti *specializzazioni del plasmalemma Lezione 4 *membrana cellulare *trasporti *specializzazioni del plasmalemma Lezione 3 membrana cellulare Le membrane, sia quelle che delimitano e costituiscono gli organuli cellulari che quelle che rivestono

Dettagli

Le Ig sono glicoproteine costituite da 4 catene polipeptidiche:

Le Ig sono glicoproteine costituite da 4 catene polipeptidiche: Struttura delle Ig Le Ig sono glicoproteine costituite da 4 catene polipeptidiche: 2 catene pesanti H (heavy( heavy) di P.M. 50.000 D, formate da c/a 450 amminoacidi 2 catene leggere L (light) Di P.M.

Dettagli

Downloaded from www.immunologyhomepage.com. Riarrangiamento dei geni per le Immunoglobuline e sviluppo dei linfociti B

Downloaded from www.immunologyhomepage.com. Riarrangiamento dei geni per le Immunoglobuline e sviluppo dei linfociti B Downloaded from www.immunologyhomepage.com Riarrangiamento dei geni per le Immunoglobuline e sviluppo dei linfociti B I geni che codificano i recettori per gli antigeni (BCR e TCR) sono presenti in uno

Dettagli

PERCHE I BATTERI HANNO SUCCESSO

PERCHE I BATTERI HANNO SUCCESSO PERCHE I BATTERI HANNO SUCCESSO VERSATILITA METABOLICA VELOCITA DI ADATTAMENTO ALLE VARIAZIONI AMBIENTALI Livia Leoni Università Roma Tre Dipartimento Biologia Laboratorio di Biotecnologie Microbiche Stanza

Dettagli

IN GENERALE: INTRODURRE UNA NUOVA FUNZIONE E SEMPRE PIU COMPLESSO CHE ELIMINARNE UNA PRE- ESISTENTE

IN GENERALE: INTRODURRE UNA NUOVA FUNZIONE E SEMPRE PIU COMPLESSO CHE ELIMINARNE UNA PRE- ESISTENTE INGEGNERIA PROTEICA - SCOPI PRINCIPALI (A) CARATTERIZZAZIONE PROTEINE NATURALI (B)MODULAZIONE ATTIVITA PROTEINE NATURALI (C) INTRODUZIONE DI NUOVE FUNZIONI IN PROTEINE NATURALI (D) PROTEINE ARTIFICIALI

Dettagli

Regolazione dell espressione genica EUCARIOTI

Regolazione dell espressione genica EUCARIOTI Regolazione dell espressione genica EUCARIOTI Regolazione della espressione genica Molte proteine sono comuni a tutte le cellule RNA polimerasi, proteine ribosomali, enzimi che regolano il metabolismo,

Dettagli

Struttura e funzioni della cellula. Corso di Biofisica, Università di Cagliari 1

Struttura e funzioni della cellula. Corso di Biofisica, Università di Cagliari 1 Struttura e funzioni della cellula 1 Riferimenti Books and others Biological Physics (updated 1 st ed.), Philip Nelson, Chap. 2 Physical Biology of the Cell, Phillips et al., Chap. 2 Movies Exercise 2

Dettagli

La regolazione genica nei eucarioti

La regolazione genica nei eucarioti La regolazione genica nei eucarioti Lic. Scientifico A. Meucci Aprilia Prof. Rolando Neri Differenziamento negli eucarioti pluricellulari Negli eucarioti le cellule specializzate dei vari tessuti contengono

Dettagli

LA GENETICA: DNA e RNA LA GENETICA. DNA e RNA. Prof. Daniele Verri

LA GENETICA: DNA e RNA LA GENETICA. DNA e RNA. Prof. Daniele Verri LA GENETICA DNA e RNA Prof. Daniele Verri L'acido desossiribonucleico o deossiribonucleico (DNA) è un acido nucleico che contiene le informazioni necessarie per la formazione di RNA e proteine. LA GENETICA:

Dettagli

Biomarkers per la diagnosi precoce di tumori

Biomarkers per la diagnosi precoce di tumori Università degli Studi di Bari Aldo Moro Dipartimento di Bioscienze, Biotecnologie e Biofarmaceutica Biomarkers per la diagnosi precoce di tumori Dott.ssa Maria Luana Poeta Cos è un Tumore Omeostasi Tissutale

Dettagli