INDICE. RESPONSABILE DEI CONTENUTI: Dr.ssa Michela Zortea, Direttore Sanitario. CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 2 di 10

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1 Università degli Studi di Trento CIBIO - DMA Diagnostica Molecolare Avanzata Direttore Sanitario: dott.ssa Michela Zortea Direttore CIBIO: prof. Alessandro Quattrone Pag. 1 di 7 CARTA DEI SERVIZI CS Versione 2.3 del 17/06/2014 CibioDMA Diagnostica Molecolare Avanzata via delle Regole, , Mattarello (Trento) tel. laboratorio tel. studio

2 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 2 di 10 INDICE Premessa... 3 Presentazione... 4 Accesso al servizio... 4 Analisi eseguite... 5 Caratteristiche dei test eseguiti... 6 Fibrosi cistica... 6 Microdelezioni del braccio lungo del cromosoma Y:... 6 Genotipizzazione farmacoresistenze HBV... 7 Analisi dei polimorfismi rs e rs del gene IL28B... 8 Referti... 8 Comunicazioni del/con il laboratorio... 8 Reclami/elogi... 9 Assicurazione di qualità... 9 Direzione e responsabilità... 9 Per informazioni: REDAZIONE: Dr.ssa Francesca Di Leva, PhD, Responsabile progettazione, Laboratorio Genetica medica Dr.ssa Elisabetta Giacobazzi, Responsabile Laboratorio Microbiologia e Virologia Dr.ssa Michela Zortea, Direttore Sanitario RESPONSABILE DEI CONTENUTI: Dr.ssa Michela Zortea, Direttore Sanitario

3 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 3 di 10 Premessa La presente Carta dei servizi è lo strumento che regola i rapporti tra gli utenti e il CibioDMA (struttura che afferisce al CIBIO Centro per la Biologia Integrata - dell Università di Trento), al fine di garantire determinati standard di qualità del servizio. Questo documento tutela i diritti degli utenti che usufruiscono dei servizi offerti dal CibioDMA ed il suo obiettivo è quello di illustrare all'utenza l offerta dei Laboratori e le modalità per fruirne in modo ottimale. Il CibioDMA opera nel principio della massima precisione nel più breve tempo possibile, al fine di fornire un servizio sempre più conforme alle esigenze degli utenti. Per fare ciò, opera seguendo un programma di miglioramento continuo che permette di monitorare l affidabilità dei risultati mediante controlli di qualità interni ed esterni (CQI e VEQ, rispettivamente), l aggiornamento del personale mediante corsi di aggiornamento e perfezionamento e l allineamento con le nuove tecnologie mediante un contatto costante e continuo con la comunità scientifica, essendo parte di una struttura universitaria in cui si fa ricerca di base e in parte applicata. Il CibioDMA rispetta i principi fissati dalla DPCM del 27/01/94: Eguaglianza ed imparzialità: i servizi sono erogati allo stesso modo a tutti, a prescindere dal sesso, dalla razza, dalla lingua, dalla religione attraverso un comportamento imparziale; Continuità erogativa: il servizio è erogato con continuità secondo gli orari sotto riportati, pur non operando in regime di urgenza; l eventuale temporanea interruzione viene comunicata agli utenti; Diritto di libera scelta: l utente ha il diritto di scegliere la propria struttura di fiducia, secondo la normativa vigente; Efficienza ed efficacia: il servizio del laboratorio garantisce efficienza ed efficacia.

4 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 4 di 10 Presentazione Il CibioDMA è una struttura sanitaria ubicata in Via delle Regole, 101 a Mattarello (TN) e afferisce al CIBIO (Università di Trento). Esegue test diagnostici mediante tecniche di biologia molecolare ed eroga servizi in conto terzi regolati da specifico tariffario interno. La struttura è attiva dal lunedì al venerdì, esclusi i giorni festivi, dalle ore 9.00 alle ore e non opera in regime di urgenza. Fornisce prestazioni diagnostiche nei settori di Genetica medica e Microbiologia e Virologia molecolare. Il laboratorio di Genetica medica esegue analisi molecolari sul DNA genomico estratto da sangue periferico di pazienti affetti da malattia genetica o di possibili portatori sani di difetto genetico oppure su DNA di utenti che vogliano escludere lo stato di portatore sano; non esegue analisi prenatali. Il laboratorio di Microbiologia e Virologia esegue analisi molecolari su acidi nucleici virali e/o batterici estratti da campioni biologici umani. Il CibioDMA offre consulenze tecniche direttamente ai clinici relativamente alle analisi molecolari effettuate e su quesiti interpretativi dei referti. Accesso al servizio Il CibioDMA accetta campioni biologici provenienti da centri ospedalieri, cliniche e laboratori privati di analisi cliniche: l accesso per il paziente pertanto non è diretto. I campioni devono pervenire accompagnati da tutta la documentazione richiesta, ovvero: per analisi di Genetica medica: modulo Richiesta esami debitamente compilato e firmato dal medico inviante, indicazioni cliniche, albero genealogico (ove possibile), consenso/i informato/i firmato/i dal paziente o da chi ne fa le veci ed eventuale segnalazione di mutazioni già riscontrate in altri famigliari; per analisi di Microbiologia e Virologia: modulo Richiesta esami debitamente compilato e firmato dal medico o dal responsabile del laboratorio inviante I campioni biologici vengono accettati dal lunedì al venerdì dalle 9.30 alle 13.30, al di fuori di questo orario i campioni potranno essere accettati solo previo accordo telefonico diretto. Prima di ciascun prelievo di campione biologico non è necessario che l utente sia digiuno. Tutte le analisi di Genetica molecolare devono essere precedute e seguite da consulenza genetica, da effettuarsi presso strutture esterne di Genetica medica.

5 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 5 di 10 Analisi eseguite Codice CibioDMA Cod. Tariffario Materiale Esame Metodica sangue Estrazione acidi nucleici Estrazione manuale mediante kit Tempi di esecuzione (giorni lavorativi) 3 Laboratorio di Genetica medica Codice CibioDMA Cod. Tariffario Malattia Livello analisi Gene/i o cromosoma analizzati Metodica Tempi di refertazione (giorni lavorativi) Fibrosi Cistica I CFTR (69 mutazioni) PCR e Reverse dot blot Microdelezioni cromosoma Y (per infertilità maschile) I Cromosoma Y PCR e Reverse dot blot 10 Laboratorio di Microbiologia e Virologia Codice CibioDMA Cod. tariffario Materiale Esame Metodica Tempi di refertazion e (giorni lavorativi) plasma HBV genotipo farmacoresistenza PCR e Sequenziamento del dominio RT del gene della polimerasi del virus dell epatite B sangue periferico Analisi polimorfismi IL28B PCR e Reverse line blot 5

6 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 6 di 10 La struttura offre periodicamente nuovi test molecolari, implementati anche su richiesta degli utenti. Caratteristiche dei test eseguiti Fibrosi cistica: La fibrosi cistica (FC, OMIM ) è una malattia ereditaria cronica evolutiva che colpisce sia i maschi che le femmine. La patologia è causata da mutazioni nel gene CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance - OMIM ). Le mutazioni descritte nel gene CFTR (più di 1900) possono essere comuni (frequenti) o caratteristiche di gruppi ristretti come quelli familiari. La fibrosi cistica è una malattia autosomica recessiva: ciò significa che solo gli individui che hanno ereditato dai genitori entrambe le copie mutate del gene hanno la malattia. Gli individui che possiedono una sola copia del gene mutata e una normale sono privi di sintomi e vengono definiti portatori sani Il test genetico di I livello effettuato al CibioDMA, prevede l analisi delle 35 mutazioni più comuni nella popolazione caucasica, delle 21 mutazioni più frequenti nella popolazione italiana, degli 8 grossi riarrangiamenti più comuni e di ulteriori 6 mutazioni che causano fibrosi cistica. L analisi molecolare effettuata al CibioDMA prevede l amplificazione del DNA tramite reazione di PCR e rilevazione delle eventuali mutazioni tramite reverse line blot. Per l analisi si utilizzano kit marcati CE-IVD. L analisi si effettua su DNA estratto da linfociti di sangue periferico raccolti in provette contenenti EDTA. Indicazione dell analisi: test genetico per diagnosi di portatore nei casi di: o individui con storia familiare positiva per fibrosi cistica o coppie di consanguinei test genetico per diagnosi di malattia nei casi di: o sospetto clinico (test del sudore positivo o borderline) o CBAVD con test del sudore positivo o borderline o forme atipiche di Fibrosi cistica Microdelezioni del braccio lungo del cromosoma Y: Nella popolazione generale circa il 2% dei maschi in età riproduttiva sono infertili a causa di gravi anomalie nella produzione di spermatozoi. Molti studi hanno evidenziato che microdelezioni (perdite di piccole porzioni di DNA) del braccio lungo del cromosoma Y (Yq) rappresentano la causa genetica al momento più frequente di infertilità maschile. Tali microdelezioni si concentrano in tre diversi punti, detti AZoospermia Factors (AZFa, AZFb e AZFc). Poiché i pazienti con

7 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 7 di 10 microdelezioni in Yq possono presentare comunque spermatozoi nell eiaculato o nei testicoli, per essi è possibile accedere a tecniche di procreazione medicalmente assistita. Il test genetico effettuato al CibioDMA prevede l analisi di 6 specifici frammenti di DNA (STS- Sequence Tagged Sites) presenti nelle regioni AZFa, AZFb e AZFc del braccio lungo del cromosoma Y e di 2 STS di controllo mediante amplificazione del DNA tramite reazione di PCR e rilevazione delle eventuali mutazioni tramite reverse line blot. Per l analisi si utilizzano kit marcati CE-IVD. L analisi si effettua su DNA estratto da linfociti di sangue periferico raccolti in provette contenenti EDTA. Indicazione dell analisi: il test è offerto a soggetti con azoospermia non ostruttiva o con grave oligospermia. Genotipizzazione farmacoresistenze HBV Il virus dell epatite B è un virus a DNA appartenente alla famiglia Hepadnaviridae responsabile di infezioni acute o croniche del fegato. Circa 2 miliardi di persone presentano sierologia positiva per epatite B, delle quali circa 300 milioni sono portatrici di infezione cronica. In Italia la prevalenza di soggetti HBsAg-positivi è pari all 1%, con un incidenza annua di 1 su La prevalenza dell infezione in pazienti ricoverati per epatopatie è del 10% circa. In dipendenza da fattori virali o dell ospite, l esito dell infezione varia da clearance, a epatite cronica, allo sviluppo di cirrosi e carcinoma epatocellulare. Le linee guida attuali mettono in luce il ruolo critico del test della carica virale nella diagnosi, caratterizzazione dell infezione cronica e nel monitoraggio terapeutico dell infezione. Recentemente la genotipizzazione molecolare è stata aggiunta al percorso per la gestione clinica del paziente HBV positivo. Fanno parte della genotipizzazione molecolare la determinazione del genotipo virale e la rilevazione di mutazioni associate allo sviluppo della farmacoresistenza. In particolare la determinazione della resistenza genotipica risulta importante per l impostazione di una terapia antivirale adeguata. Il test effettuato al CibioDMA rileva, mediante sequenziamento del dominio RT del gene della polimerasi, mutazioni predittive della resistenza ai farmaci analoghi nucleos(t)idici (lamivudina, telbivudina, tenofovir, adefovir, entecavir). Il sequenziamento della regione genica sovrapposta che codifica per l antigene di superficie (HBsAg, parte del pre-s1 e pres2-s completo) permette inoltre l identificazione del genotipo virale (A-G). Il test consiste nella rilevazione del DNA virale estratto da campioni di plasma mediante PCR (reazione polimerasica a catena) con primers virus-specifici e sequenziamento nucleotidico (metodo Sanger) del prodotto di PCR. Il limite di sensibilità analitica del test corrisponde ad una viral load=20 UI/ml. Il sequenziamento genico rileva mutazioni presenti in almeno il 20% della popolazione virale totale.

8 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 8 di 10 Analisi dei polimorfismi rs e rs del gene IL28B L epatite C, causata dall infezione da virus dell epatite C (HCV), rappresenta la causa più comune di malattia epatica progressiva, cirrosi e carcinoma epatocellulare sia in Europa che in nord America. Circa il 50% dei soggetti con epatite C sviluppa infezione cronica. Attualmente la terapia raccomandata nelle epatiti C croniche consiste nel trattamento combinato con interferone (PEG- IFNα) e ribavirina (RBV) e, più recentemente con i DAA (Direct Acting Antiviral), tra i quali i farmaci antivirali della famiglia degli inibitori delle proteasi dell HCV (telaprevir e boceprevir). L impostazione del regime terapeutico dipende da diverse variabili cliniche oltre che dalla viral load (carica virale) e dal genotipo HCV. Due variazioni di una singola base del DNA umano (polimorfismi a singolo nucleotide o SNPs), localizzati a monte del gene IL28B codificante per un interferone di tipo III (Interleuchina 28B), sono associati ad una aumentata probabilità di ottenere risposta virologica sostenuta (SVR) dopo trattamento con PEG-INFα/RBV o clearance spontanea del virus in pazienti infetti con HCV genotipo 1. In particolare, si tratta del genotipo del DNA umano rs C/C e del genotipo del DNA umano rs T/T. Poiché la terapia con INFα presenta importanti effetti collaterali e costi elevati, il test genetico di questi polimorfismi del gene IL28B risulta utile nell individuare quei pazienti che hanno la maggiore probabilità di risposta e può quindi guidare il clinico nella definizione del regime terapeutico più appropriato. E da sottolineare che la decisione di somministrare la terapia con PEG-INFα/RBV non deve essere basata esclusivamente sulla genotipizzazione dei polimorfismi nel gene IL28B ma valutata nell ambito del quadro clinico completo del paziente. Il test effettuato dal CibioDMA analizza i polimorfismi rs e rs del gene IL28B e viene eseguito su DNA genomico estratto da sangue periferico. Per l analisi si utilizzano kit marcati CE-IVD. Il test si basa sul principio dell ibridazione inversa su striscia, in base alla quale sonde oligonucleotidiche allele-specifiche immobilizzate su strisce di nitrocellulosa ibridano con amplificati ottenuti mediante PCR multiplex con primers biotinilati delle regioni target del DNA. Il test si basa sul principio dell ibridazione inversa su striscia, in base alla quale sonde oligonucleotidiche allele-specifiche immobilizzate su strisce di nitrocellulosa ibridano con amplificati ottenuti mediante PCR multiplex con primers biotinilati delle regioni target del DNA. Referti I referti vengono inviati direttamente alla struttura richiedente, ovvero chi ha spedito il campione biologico e la richiesta (il dirigente medico, biologo o altro) tramite posta ordinaria. Comunicazioni del/con il laboratorio In caso di necessità di chiarimenti circa i risultati ottenuti, le metodiche utilizzate e il personale che ha eseguito le analisi, il CibioDMA si impegna a fornire informazioni al dirigente medico, biologo o

9 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 9 di 10 altro che ha spedito il campione e la richiesta. La comunicazione pertanto non avviene direttamente con il paziente. Reclami/elogi Per una gestione ottimale della nostra attività, in un ottica di miglioramento costante, riteniamo fondamentale il contributo di tutti per segnalare tempestivamente eventuali disservizi, imprecisioni, problemi, scarsa chiarezza o non rispetto degli standard di qualità. Le segnalazioni vanno fatte preferibilmente via all indirizzo cibiodma@unitn.it utilizzando il Modulo presentazione reclami ed elogi. Assicurazione di qualità Il CibioDMA considera obiettivo primario il conseguimento di una qualità ottimale del servizio fornito agli utenti, obiettivo che lo impegna ad adeguare il proprio sistema organizzativo ai reali bisogni espressi dagli utenti stessi. Per perseguire tale obiettivo il CibioDMA ispira il proprio Sistema Qualità alle Norme ISO 9001:2008 e 15189:2007, che impongono, tra l altro: il coinvolgimento di tutto il personale, la piena collaborazione con i clinici, la garanzia di identificazione dei campioni biologici in tutte le fasi del processo, l utilizzo di Controlli di Qualità Interni (CQI), la partecipazione a programmi di Valutazione Esterna di Qualità (VEQ), l allineamento con le nuove tecnologie, la formazione continua del personale mediante corsi di aggiornamento e perfezionamento. Direzione e responsabilità Direttore del CIBIO: Vice-direttore del CIBIO: Direttore sanitario: prof. Alessandro Quattrone prof. Olivier Jousson dott.ssa Michela Zortea Responsabile laboratorio Microbiologia e Virologia: dott.ssa Elisabetta Giacobazzi Responsabile di progettazione, laboratorio Microbiologia e Virologia: dott.ssa Clotilde Bettua Responsabile laboratorio Genetica medica: dott.ssa Valentina Greco Responsabile di progettazione, laboratorio Genetica medica: dott.ssa Francesca Di Leva Referente accademico per la Microbiologia: Referente accademico per la Genetica: Responsabile Assicurazione Qualità: prof. Olivier Jousson prof. Alessandro Quattrone dott.ssa Michela Zortea

10 CS, versione 2.3 del 17/06/2014 Pag. 10 di 10 Per informazioni: Dal lunedì al venerdì, esclusi i giorni festivi, dalle ore 9.00 alle ore (il CibioDMA non lavora in regime di urgenza). Telefono studio: Telefono laboratorio: Corrispondenza: dott.ssa Michela Zortea: cibiodma@unitn.it Indirizzo: CibioDMA - Via delle Regole, Mattarello (TN)