[CRISTINA BATTAGLIA] CURRICULUM VITAE

Transcript

1 ALLEGATO B L oggetto della mail con la quale si invia il presente curriculum deve avere il seguente formato: Codice concorso n UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO Procedura di valutazione per la chiamata a professore II fascia da ricoprire ai sensi dell art. 24, comma 6, della Legge n. 240/2010 per il settore concorsuale: 05/E1 - Biochimica Generale e Biochimica Clinica, (settore scientifico-disciplinare BIO/10 - Biochimica) presso il Dipartimento di Biotecnologie Mediche e Medicina Traslazionale, Codice concorso 2884 [CRISTINA BATTAGLIA] CURRICULUM VITAE INFORMAZIONI PERSONALI COGNOME BATTAGLIA NOME CRISTINA DATA DI NASCITA [ 30, MARZO, 1964] ATTIVITÀ DI RICERCA E PUBBLICAZIONI SCIENTIFICHE ATTIVITÀ DI RICERCA L attività di ricerca riguarda l applicazione delle tecnologie genomiche per lo studio di malattie umane e di modelli cellulari avvalendosi di competenze multidisciplinari di biochimica, biologia, biotecnologia e bionformatica. Una linea dell attività di ricerca è focalizzata allo studio dei profili di espressione genica in campioni biologici (linee cellulari e tessuti clinici tumorali) mediante la tecnologia ad alta prestazione microarray e recentemente con metodologie di sequenziamento massivo (RNAseq). Parallelamente mi sono occupata dello studio delle variazioni del genoma (analisi di polimorfismi a singolo nucleotide SNP e analisi di copy number) presenti in DNA proveniente da campioni patologici umani. Grazie alla presenza di un gruppo di lavoro multidisciplinare e di collaborazioni consolidate con gruppi di bionformatica nazionali e internazionali, sono stati sviluppate e pubblicate metodologie bioinformatiche per l analisi e l integrazione di dati biologici complessi. Principali linee di ricerca A. Sviluppo di metodologie analitiche applicate agli acidi nucleici (DNA,RNA e microrna) basate su piattaforme tecnologiche ad alta processività B. Studio di malattie rare mediante l utilizzo di nuove tecnologie di microarray (SNP array) e sequenziamento massivo del genoma (next generation sequencing) C. Studio dei tumori umani e modelli di linee cellulari (linee ATCC e cellule primarie) mediante tecnologie genome-wide di analisi di geni e microrna (gene expression profiling) D. Sviluppo di metodologie bionformatiche per l integrazione di dati genomici 1

2 FONDI E PROGETTI DI RICERCA Coordinatore nazionale PRIN prot. 2007Y84HTJ Approccio integrato di biologia sistemica per la ricostruzione dei processi di segnalazione molecolari e di attivazione monocitaria/macrofagica in risposta a stimoli infiammatori in condizioni fisiologiche mediante tecnologie omiche Responsabile operativo progetti di ricerca fondazioni Progetto: Biological effects and human health impacts of ultrafine particles source ( Ente Cariplo) Capofila Università Milano Bicocca ; decorrenza 1/04/ /03/2016 Progetto TOSCA ( Ente Cariplo) Capofila Università Milano Bicocca ; decorrenza 01/07/ /06/2011 Contributo del Comune di Milano per il progetto PROLIFE ; decorrenza 1/09/ /09/2009 Programma di ricerca finalizzata 2003 progetto N 138: Sviluppo e applicazione di nuove tecnologie microarray per la diagnostica di patologie infettive, IRCCS Spallanzani) Responsabile operativo progetti di ricerca MIUR PRIN prot Modelli di invecchiamento di cellule eucariote: studi di genomica funzionale sugli effetti del resveratrolo FIRB2004-internazionale ProgettoRBIN04SSBC_00, Italia Israele: Un efficiente strategia per l identificazione di geni coinvolti nell espressione di malattie comuni: applicazione alla schizofrenia FISR prot. n. 1798/Ric/2004 Metodi e sistemi per aumentare la sicurezza nella catena agro-alimentare e nell ambiente (Progetto Safe-eat) PNR , protocollon RBNE01HCKF: Identificazione di nuovi marcatori molecolare per la diagnosi e la prognosi del carcinoma renale con tecniche genomiche e proteomiche. PNR protocollo RBNEO1TZZ8: Sviluppo e messa a punto di tecnologie per la sintesi e la manipolazione della materia su scala nanometrica Incarichi di ricerca presso istituzioni pubbliche Associatura Consiglio Nazionale delle Ricerche, Segrate (Italia) -Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) per partecipare a progetti di analisi genomica con riferimento alla commessa PM.P " Sviluppo di metodologie di indagine genomica basate su piattaforme tecnologiche ad alta processività" : dal febbraio 2012 ad oggi PUBBLICAZIONI SCIENTIFICHE 1. Italiani P, Mazza EM, Lucchesi D, Cifola I, Gemelli C, Grande A, Battaglia C, Bicciato S, Boraschi D. Transcriptomic profiling of the development of theinflammatory response in human monocytes in vitro. PLoS One Feb3;9(2):e doi: /journal.pone ecollection PMID: ; (IF:3.534) 2. Garaffo G, Provero P, Molineris I, Pinciroli P, Peano C, Battaglia C,Tomaiuolo D, Etzion T, Gothilf Y, Santoro M, Merlo GR. Profiling, Bioinformatic, and Functional Data on the Developing Olfactory/GnRH System Reveal Cellular and Molecular Pathways Essential for This Process and Potentially Relevant for thekallmann Syndrome. Front Endocrinol (Lausanne) Dec 31;4:203. doi:0.3389/fendo ecollection PMID: ; 2

3 3. Magi A, Tattini L, Cifola I, D'Aurizio R, Benelli M, Mangano E, Battaglia C,Bonora E, Kurg A, Seri M, Magini P, Giusti B, Romeo G, Pippucci T, De Bellis G,Abbate R, Gensini GF. EXCAVATOR: detecting copy number variants from whole-exome sequencing data. Genome Biol Oct 30;14(10):R120. PMID: (IF:10.28) 4. Proverbio MC, Mangano E, Gessi A, Bordoni R, Spinelli R, Asselta R, Valin PS, Di Candia S, Zamproni I, Diceglie C, Mora S, Caruso-Nicoletti M, Salvatoni A, De Bellis G, *Battaglia C. Whole genome SNP genotyping and exome sequencing reveal novel genetic variants and putative causative genes in congenital hyperinsulinism. PLoS One Jul 15;8(7):e doi: /journal.pone PMID: (* corresponding author) (IF:3.534) 5. Cifola I, Pietrelli A, Consolandi C, Severgnini M, Mangano E, Russo V, DeBellis G, Battaglia C. Comprehensive genomic characterization of cutaneous malignant melanoma cell lines derived from metastatic lesions by whole-exome sequencing and SNP array profiling. PLoS One May 21;8(5):e doi: /journal.pone PMID: ; (IF:3.534) 6. Sogno Valin P, Proverbio MC, Diceglie C, Gessi A, di Candia S, Mariani B,Zamproni I, Mangano E, Asselta R, Battaglia C, Caruso-Nicoletti M, Mora S,Salvatoni A. Genetic analysis of Italian patients with congenital hyperinsulinism of infancy. Horm Res Paediatr. 2013;79(4): doi: / PMID: ( IF:1.713) 7. Farina F, Sancini G, Battaglia C, Tinaglia V, Mantecca P, Camatini M, Palestini P. Milano summer particulate matter (PM10) triggers lung inflammationand extra pulmonary adverse events in mice. PLoS One. 2013;8(2):e doi: /journal.pone PMID: (IF:3.534) 8. Motta V, Angelici L, Nordio F, Bollati V, Fossati S, Frascati F, Tinaglia V,Bertazzi PA, Battaglia C, Baccarelli AA. Integrative Analysis of mirna and inflammatory gene expression after acute particulate matter exposure. ToxicolSci Apr;132(2): doi: /toxsci/kft013. PMID: ; ( IF:4.478) 9. Pitozzi V, Mocali A, Laurenzana A, Giannoni E, Cifola I, Battaglia C, ChiarugiP, Dolara P, Giovannelli L.Chronic resveratrol treatment ameliorates celladhesion and mitigates the inflammatory phenotype in senescent human fibroblasts.j Gerontol A Biol Sci Med Sci Apr;68(4): doi: /gerona/gls183, PMID: ( IF:4.984) 10. Gualtieri M, Longhin E, Mattioli M, Mantecca P, Tinaglia V, Mangano E,Proverbio MC, Bestetti G, Camatini M, Battaglia C. Gene expression profiling of A549 cells exposed to Milan PM2.5. Toxicol Lett Mar 7;209(2): PubMed PMID: ( IF:3.355) 11. Bardini M, Spinelli R, Bungaro S, Mangano E, Corral L, Cifola I, Fazio G, Giordan,M, Basso G, De Rossi G, Biondi A, Battaglia C, Cazzaniga G.DNA copy-number abnormalities do not occur in infant ALL with t(4;11)/mll-af4, Leukemia Jan;24(1): ( IF:9.379) 12. Cifola I, Bianchi C, Mangano E, Bombelli S, Frascati F, Fasoli E, Ferrero S, Di Stefano V, Zipeto MA, Magni F, Signorini S, *Battaglia C, Perego RA. Renal cell carcinoma primary cultures maintain genomic and phenotypic profile of parental tumor tissues. BMC Cancer Jun 13;11:244. PMID: ; (*corresponding author) ( IF:3.319) 13. Corrada D, Viti F, Merelli I, Battaglia C, Milanesi L. mymir: a genome-wide microrna targets identification and annotation tool. Brief Bioinform Nov;12(6): doi: /bib/bbr062. Epub 2011 Oct 22. PMID: (IF: 5.919) 3

4 14. Ferrari F, Solari A, Battaglia C, Bicciato S. PREDA: an R-package to identify regional variations in genomic data. Bioinformatics Sep 1;27(17): doi: /bioinformatics/btr404. Epub 2011 Jul 7. PubMed PMID: (IF : 4.621) 15. Cristoni S, Zingaro L, Canton C, Cremonesi P, Castiglioni B, Morandi S, Brasca,M, Luzzana M, Battaglia C. Surface-activated chemical ionization and cationexchange chromatography for the analysis of enterotoxin A. J Mass Spectrom Oct;44(10): PMID: ( IF:2.709) 16. Seneci P, Bianchi A, Battaglia C, Belvisi L, Bolognesi M, Caprini A, Cossu F, Franco E, Matteo M, Delia D, Drago C, Khaled A, Lecis D, Manzoni L, Marizzoni M, Mastrangelo E, Milani M, Motto I, Moroni E, Potenza D, Rizzo V, Servida F,Turlizzi E, Varrone M, Vasile F, Scolastico C. Rational design, synthesis and characterization of potent, non-peptidic Smac mimics/xiap inhibitors as proapoptotic agents for cancer therapy. Bioorg Med Chem Aug15;17(16): Epub 2009 Jul 10. PMID: ( IF:2.951) 17. Bicciato S, Spinelli R, Zampieri M, Mangano E, Ferrari F, Beltrame L, CifolaI, Peano C, Solari A, Battaglia C. A computational procedure to identify significant overlap of differentially expressed and genomic imbalanced regions in cancer datasets. Nucleic Acids Res Aug;37(15): Epub 2009 Jun 19. PMID: ; ( IF:8.08) 18. Agnelli L, Mosca L, Fabris S, Lionetti M, Andronache A, Kwee I, Todoerti K,Verdelli D, Battaglia C, Bertoni F, Deliliers GL, Neri A. A SNP microarray and FISH-based procedure to detect allelic imbalances in multiple myeloma: an integrated genomics approach reveals a wide gene dosage effect. Genes Chromosomes Cancer Jul;48(7): PMID: ( IF:3.836) 19. Beltrame L, Rizzetto L, Paola R, Rocca-Serra P, Gambineri L, Battaglia C,Cavalieri D. Using pathway signatures as means of identifying similarities among microarray experiments. PLoS One. 2009;4(1):e4128. Epub 2009 Jan 6. PubMed PMID: (IF:3.534) 20. Perego RA, Corizzato M, Brambilla P, Ferrero S, Bianchi C, Fasoli E, Signorini S, Torsello B, Invernizzi L, Bombelli S, Angeloni V, Pitto M, Battaglia C, Proserpio V, Magni F, Galasso G, Mocarelli P.Concentration and microsatellite status of plasma DNA for monitoring patients with renal carcinoma.eur J Cancer May;44(7): Epub 2008 Apr 7.PMID: (IF:4.819) 21. Cifola I, Spinelli R, Beltrame L, Peano C, Fasoli E, Ferrero S, Bosari S, Signorini S, Rocco F, Perego R, Proserpio V, Raimondo F, Mocarelli P, Battaglia C*. Genome-wide screening of copy number alterations and LOH events in renal cell carcinomas and integration with gene expression profile. Mol Cancer Jan 14;7:6.PMID: (* corresponding author) (IF: 5.397) 22. Severgnini M, Pattini L, Consolandi C, Rizzi E, Battaglia C, De Bellis G, Cerutti S.Application of the Taguchi method to the analysis of the deposition step in microarray production.ieee Trans Nanobioscience Sep;5(3): PMID: ( IF 1.768) 23. Peano C, Severgnini M, Cifola I, De Bellis G, Battaglia C.Transcriptome amplification methods in gene expression profiling. Expert Rev Mol Diagn May;6(3): Review. PMID: ( IF:4.27) 24. Severgnini M, Bicciato S, Mangano E, Scarlatti F, Mezzelani A, Mattioli M,Ghidoni R, Peano C, 4

5 Bonnal R, Viti F, Milanesi L, De Bellis G, Battaglia C*.Strategies for comparing gene expression profiles from different microarray platforms: application to a case-control experiment. Anal Biochem Jun 1;353(1): Epub 2006 Apr 3.PMID: (* corresponding author) ( IF 2.305) 25. Callegaro A, Spinelli R, Beltrame L, Bicciato S, Caristina L, Censuales S, De Bellis G, Battaglia*. Algorithm for automatic genotype calling of single nucleotide polymorphisms using the full course of TaqMan real-time data. Nucleic Acids Res Apr 14;34(7):e56. PMID: (* corresponding author) (IF :8.08) 26. Consolandi C, Severgnini M, Castiglioni B, Bordoni R, Frosini A, Battaglia C, Bernardi LR, Bellis GD.A structured chitosan-based platform for biomolecule attachment to solid surfaces: application to DNA microarray preparation.bioconjug Chem Mar-Apr;17(2): PMID: (IF 4,821) 27. Castiglioni B, Rizzi E, Frosini A, Sivonen K, Rajaniemi P, Rantala A, Mugnai MA, Ventura S, Wilmotte A, Boutte C, Grubisic S, Balthasart P, Consolandi C,Bordoni R, Mezzelani A, Battaglia C, De Bellis G.Development of a universal microarray based on the ligation detection reaction and 16S rna gene polymorphism to target diversity of cyanobacteria.appl Environ Microbiol Dec;70(12): PMID: (IF:3.952) 28. Consolandi C, Frosini A, Pera C, Ferrara GB, Bordoni R, Castiglioni B, Rizzi E, Mezzelani A, Bernardi LR, De Bellis G, Battaglia C.Polymorphism analysis within the HLA-A locus by universal oligonucleotide array.hum Mutat Nov;24(5): PMID: ( IF :5.05) 29. Bordoni R, Mezzelani A, Consolandi C, Frosini A, Rizzi E, Castiglioni B,Salati C, Marmiroli N, Marchelli R, Rossi Bernardi L, Battaglia C, De Bellis G.Detection and quantitation of genetically modified maize (Bt-176 transgenin maize) by applying ligation detection reaction and universal array technology.j Agric Food Chem Mar 10;52(5): PMID: (PM:3.107) 30. Bordoni R, Castiglioni B, Mezzelani A, Rizzi E, Frosini A, Consolandi C,Rossi Bernardi L, Battaglia C, De Bellis G. Apolipoprotein E and transferrin genotyping by ligation detection reaction and universal array. Clin Chem Sep;49(9): PMID: (IF ) 31. Consolandi C, Busti E, Pera C, Delfino L, Ferrara GB, Bordoni R,Castiglioni B, Bernardi LR, Battaglia C, De Bellis G. Detection of HLA polymorphisms by ligase detection reaction and a universal array format: a pilot study for low resolution genotyping. Hum Immunol Jan;64(1): PMID: (IF:2,282) 32. Bicciato S., Mangano E., Frosini A., Luchini A., De Bellis G., Battaglia C., Strategies and tools for upgrading the information content of regulated gene lists from microarray experiments, Minerva Biotecnologica 2003, 15: (IF :0,263) 33. Consolandi C, Castiglioni B, Bordoni R, Busti E, Battaglia C, Bernardi LR, De Bellis G. Two efficient polymeric chemical platforms for oligonucleotide microarray preparation. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2002;21(8-9): PMID: (IF:0,894) 34. Busti E, Bordoni R, Castiglioni B, Monciardini P, Sosio M, Donadio S, Consolandi C, Rossi Bernardi L, Battaglia C, De Bellis G.Bacterial discrimination by means of a universal array approach mediated by LDR (ligase detection reaction).bmc Microbiol Sep 20;2:27.PMID: (IF : 2,976) 5

6 35. Bordoni R, Consolandi C, Castiglioni B, Busti E, Bernardi LR, Battaglia C, De Bellis G. Investigation of the multiple anchors approach in oligonucleotide microarray preparation using linear and stem-loop structured probes.nucleic Acids Res Apr 15;30(8):E34-4.PMID: (IF :8.08) 36. Bianca Castiglioni, Ermanno Rizzi, Andrea Frosini, Maria Mugnai, Stefano Ventura, Kaarina Sivonen, Rajaniemi Pirjo, Rantala Anne, Annick Wilmotte, Christophe Boutte, Clarissa Consolandi, Roberta Bordoni, Alessandra Mezzelani, Elena Busti, Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia and Gianluca De Bellis. Application of an universal DNA microarray to cyano bacterial diversity assessment, Minerva Biotecnologica (3-4) (IF :0,263) 37. Alessandra Mezzelani, Roberta Bordoni, Clarissa Consolandi, Luigi Rossi Bernardi, Andrea Frosini, Bianca Castiglioni, Ermanno Rizzi, Cristina Battaglia and Gianluca De Bellis, Ligation Detection Reaction and Universal Array for detection and identification of Genetically Modified Organisms (GMOs), Minerva Biotecnologica, (3-4) (IF :0,263) 38. Gianluca De Bellis, Bianca Castiglioni, Roberta Bordoni, Alessandra Mezzelani, Ermanno Rizzi, Andrea Frosini,Elena Busti, Clarissa Consolandi,Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia, Ligase detection reaction (LDR) and universal array (Zip Code): application to DNA genotyping, Minerva Biotecnologica, (3-4) (IF :0,263) 39. Frosini A., Casati P., Bianco P. A., Bordoni R., Consolandi C., Castiglioni B., Mezzelani A., Rizzi E., Battaglia C., De Bellis G., Rossi Bernardi L., De Bellis G, Ligase detection reaction and universal array as a tool to detect grapevine infecting phytoplasmas, Minerva Biotecnologica, (3-4) (IF :0,263) 40. Roberta Bordoni, Clarissa Consolandi, Bianca Castiglioni, Andrea Frosini, Alessandra Mezzelani, Ermanno Rizzi, Cristina Battaglia, Luigi Rossi Bernardi, Gianluca De Bellis. Investigation of a subset of human polymorphisms by Ligase Detection Reaction and Universal Array. Minerva Biotecnologica, (3-4) (IF :0,263) 41. Consolandi C, Castiglioni B, Bordoni R, Busti E, C.Battaglia, G De Bellis*. Development of oligonucleotide arrays to detect mutation and polymorphisms. Minerva Biotec 2001; Vol.13 N4: (IF :0,263) 42. Valentini G, D'Andrea C, Comelli D, Pifferi A, Taroni P, Torricelli A, Cubeddu R, Battaglia C, Consolandi C, Salani G, Rossi-Bernardi L, De Bellis G.Time-resolved DNA-microarray reading by an intensified CCD for ultimate sensitivity.opt Lett Nov 15;25(22): PMID: (IF:3.179) 43. Battaglia C, Salani G, Consolandi C, Bernardi LR, De Bellis G.Analysis of DNA microarrays by non-destructive fluorescent staining using SYBR green II. Biotechniques Jul;29(1):78-81.PMID: (IF:2,754) 44. De Bellis G, Salani G, Battaglia C, Pietta P, Rosti E, Mauri P.Electrospray ionization mass spectrometry of synthetic oligonucleotides using 2-propanol and spermidine Rapid Commun Mass Spectrom. 2000;14(4):243-9.PMID: (IF 2,672) 45. Pietta PG, Mangano MF, Battaglia C, Salani G, Bernardi LR, De Bellis G.Application of capillary electrophoresis at low ph to oligonucleotides quality control. J Chromatogr A Aug 6

7 20;853(1-2):355-8.PMID: (IF :4,258) 46. G De Bellis, C Battaglia, G. Salani, L Rossi Bernardi, Microarray technology in molecular diagnosis and gene expression studies, Minerva Biotecnologica, 1999, 11: (IF :0,263) 47. Remuzzi A, Malanchini B, Battaglia C, Bertani T, Remuzzi G.Comparison of the effects of angiotensin-converting enzyme inhibition and angiotensin II receptor blockade on the evolution of spontaneous glomerular injury in male MWF/Ztm rats. Exp Nephrol Jan-Feb;4(1):19-25.PMID: Laurens W, Battaglia C, Foglieni C, De Vos R, Malanchini B, Van Damme B,Vanrenterghem Y, Remuzzi G, Remuzzi A. Direct podocyte damage in the single nephron leads to albuminuria in vivo. Kidney Int Apr;47(4): PMID: ( IF:8.52) 49. Remuzzi A, Perico N, Amuchastegui CS, Malanchini B, Mazerska M, Battaglia C,Bertani T, Remuzzi G.Short- and long-term effect of angiotensin II receptor blockade in rats with experimental diabetes. J Am Soc Nephrol Jul;4(1):40-9. PMID: (IF:7,111) 50. Battaglia C, Aumailley M, Mann K, Mayer U, Timpl R.Structural basis of beta 1 integrinmediated cell adhesion to a large heparansulfate proteoglycan from basement membranes. Eur J Cell Biol Jun;61(1):92-9.PMID: (IF:3,6) 51. Aumailley M, Battaglia C, Mayer U, Reinhardt D, Nischt R, Timpl R, Fox JW.Nidogen mediates the formation of ternary complexes of basement membrane components. Kidney Int Jan;43(1):7-12.PMID: (IF:8.52) 52. Battaglia C, Mayer U, Aumailley M, Timpl R.Basement-membrane heparan sulfate proteoglycan binds to laminin by its heparin sulfate chains and to nidogen by sites in the protein core.eur J Biochem Sep 1;208(2): PMID: (IF:3.356) 53. Sorokin LM, Conzelmann S, Ekblom P, Battaglia C, Aumailley M, Timpl R.Monoclonal antibodies against laminin A chain fragment E3 and their effects on binding to cells and proteoglycan and on kidney development. Exp Cell Res Jul;201(1): PMID: (IF:3,372) 54. Perico N, Remuzzi A, Dadan J, Battaglia C, Remuzzi G.Platelet-activating factor alters glomerular barrier size selectivity for macromolecules in rats. Am J Physiol Jul;261(1 Pt 2):F85-90.PMID: (IF:0,889) 55. Remuzzi A, Perticucci E, Battaglia C, D'Amico G, Gentile MG, Remuzzi G.Low-protein diet and glomerular size-selective function in membranous glomerulopathy.am J Kidney Dis Mar;17(3): PMID: ( IF: 5.756) 56. Remuzzi A, Viberti G, Ruggenenti P, Battaglia C, Pagni R, Remuzzi G.Glomerular response to hyperglycemia in human diabetic nephropathy. Am J Physiol Oct;259(4 Pt 2):F PMID: (IF:0,889) 57. Remuzzi A, Puntorieri S, Battaglia C, Bertani T, Remuzzi G.Angiotensin converting enzyme inhibition ameliorates glomerular filtration of macromolecules and water and lessens glomerular injury in the rat. J Clin Invest Feb;85(2):541-9.PMID: (IF:13,765) 7

8 PUBBLICAZIONE o CAPITOLI DI LIBRI A. Cristina Battaglia, Eleonora Mangano, Silvio Bicciato, Fabio Frascati, Simona Nuzzo, Valentina Tinaglia, Cristina Bianchi, Roberto A. Perego and Ingrid Cifola (2012). Molecular Portrait of Clear Cell Renal Cell Carcinoma: An Integrative Analysis of Gene Expression and Genomic Copy Number Profiling, (* corresponding author), Emerging Research and Treatments in Renal Cell Carcinoma, Robert J. Amato (Ed.), ISBN: , DOI: /1297 InTech B. Spinelli Roberta, Cifola Ingrid, Ferrero Stefano, Beltrame Luca, Mocarelli Paolo, Battaglia Cristina. Assessment of Common Regions and Specific Footprints of DNA Copy Number Aberrations Across Multiple Affymetrix SNP Mapping Arrays. In: Applications of Fuzzy Sets Theory. (vol. 4578/2007, pp ). ISBN: Book Series: Lecture Notes in Computer Science, ISSN (Print) (Online). HEIDELBERG: Springer Berlin C. Mattia Zampieri, Ingrid Cifola, Dario Basso, Roberta Spinelli, Luca Beltrame, Clelia Peano, Cristina Battaglia, Silvio Bicciato. Locally Adaptive Statistical Procedures for the Integrative Analysis on Genomic and Transcriptional Data In: Applications of Fuzzy Sets Theory. (vol. 4578/2007, pp ). ISBN: Book Series: Lecture Notes in Computer Science ISSN (Print) (Online). HEIDELBERG: Springer Berlin DOI / _87 D. Battaglia C: Tecnologie per l analisi del genoma, Capitolo del libro genomica e proteomica computazionale, Patron editore ISBN ATTIVITÀ DI DIDATTICA FRONTALE INCARICHI DI PROFESSORE AGGREGATO Affidamento del Modulo didattico di chimica e biochimica, corso di scienze della vita nel Corso di: Laurea triennale di infermieristica, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Milano Anno Accademico 2010/2011, 2011/2012, 2013/2014 Affidamento del Modulo didattico di biochimica BIO/10 nel Corso di: Laurea triennale di Tecnico Biomedico, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Milano Anno Accademico 2007/2008; 2008/2009; 2009/2010, 2010/2011, 2011/2012, 2012/2013, 2013/2014 Affidamento del Modulo didattico di biochimica BIO/10 nel Corso di: Laurea triennale di Tecnico nella prevenzione nell ambiente e nei luoghi di lavoro, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Milano Anno Accademico 2007/2008; 2008/2009; 2009/2010, 2010/2011, 2011/2012, 2012/2013, 2013/2014 Affidamento del Modulo didattico di biochimica BIO/10 nel Corso di: Laurea triennale di Tecniche Audiometriche, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Milano Anno accademico 2007/2008; 2008/2009; 2009/2010 Affidamento del Modulo didattico di biochimica BIO/10 nel Corso di: Laurea triennale di Tecniche Audioprotesiche, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Milano, Anno Accademico 2007/2008; 2008/2009; 2009/2010 ATTIVITA DI DIDATTICA INTEGRATIVA Attività di esercitazione (Chimica biologica e biologia molecolare) nell'ambito del CdL tecnici di laboratorio biomedico (TLB): Anno Accademico 2008/2009; Anno Accademico 2009/2010 ;Anno Accademico 2011/2012 ; Anno Accademico 2012/2013 8

9 Attività di tirocinio pratico (Chimica biologica e biologia molecolare, studenti primo anno) nell'ambito del CdL tecnici di laboratorio biomedico (TLB): Anno Accademico 2011/2012 ; Anno Accademico 2012/2013 Erogazione di attività elettive nell'ambito del CdL tecnici dell'ambiente nell'ambiente e nei luoghi di lavoro (TPA) Anno Accademico 2012/2013; Anno Accademico 2013/2014 Erogazione di attività elettive nell'ambito del CdL tecnici di laboratorio biomedico (TLB): Anno Accademico 2013/2014 Collaboratore alla didattica Partecipazione attiva alla sperimentazione di nuove modalità d insegnamento ed alla preparazione di lezioni integrative ed esercitazioni teoriche nel corso di Biochimica del corso di Laurea di Medicina e Chirurgia(AA 1999/2000) e del corso di Laurea di Odontoiatria e Protesi Dentarie (A.A.2000/2001 e A.A.2001/2002). Svolgimento di funzioni di assistenza agli esami del Corso integrato di Biochimica ( BIO/10) nel corso di Laurea di Medicina e Chirurgia (A.A. 1998/1999 e A.A. 1999/2000) e di Odontoiatria e Protesi Dentarie. ( A.A. 2000/2001 e AA 2001/2002). ATTIVITÀ DIDATTICA NELL AMBITO DEL DOTTORATO DI RICERCA DI MEDICINA MOLECOLARE La sottoscritta è membro del collegio docenti sin dalla sua nascita (ciclo XIV a.a ) ad oggi (ciclo XXIX, AA ) ed ha svolto le seguenti attività: 1) attività di organizzazione e coordinamento dell attività formative del dottorato che si articola su argomenti di genomica, proteomica, bioinformatica applicata alle malattie umane, scienze di base come la genetica, la biologia molecolare e la biochimica 2) Nel periodo tra il 2009 al 2014, svolgimento di corsi teorico-pratici di tecnologie genomiche e molecolari applicate alla medicina, focalizzate soprattutto sull approfondimento dei metodi per l analisi del genoma, dell espressione genica, mediante tecnologie microarray, sequenziamento di ultima generazione e la bioinformatica. 3) organizzazione di giornate tematiche sui microrna (25 maggio 2010 e 22 giugno 2011) che hanno riscontrato un consenso molto positivo non sono da parte dei nostri dottorandi ma di ricercatori provenienti da altre struttura di ricerca. 4) introduzione nel dottorato di corsi orientati allo sviluppo della competenza di scientific writing e di browsing in collaborazione con esperti del settore. Recentemente si è fatta promotrice di corsi di Comunicazione della ricerca scientifica (CRS) che si sono svolti a giugno 2013 e luglio 2014, quest attività ha ricevuto il consenso unanime dei dottoranti. 5) designazione dal collegio docenti come membro di commissioni esaminatrici per l ammissione nell anno accademico 2011/2012 (ciclo XXVII) e come membro interno nelle commissioni esaminatrici per l esame finale della sessione di novembre 2009 e di gennaio ) Promozione di forme di comunicazioni innovative tra docenti/ dottorandi con la pubblicazione e gestione del sito Ariel del dottorato di Medicina Molecolare e Traslazionale : 7) attività di tutoraggio : a. ciclo XXII al ciclo XXVI, preparazione di 16 tesi di dottorato, b. ciclo XIV al ciclo XXI, tutoraggio di 20 tesi di dottorato c. ciclo XXVII al ciclo XXIX, tutoraggio di 6 tesi in via di completamento. ATTIVITÀ DI TUTORAGGIO Tutore di tesi di dottorato del Dottorato di Medicina Molecolare ( Università di Milano) Dottorati completati ( 36 tesi) 9

10 ciclo XVI : Clarissa Consolandi, Elena Busti, Andrea Frosini, Marina Scarlato ciclo XVII Riccardo Villa, Elisa Consonni ciclo XVIII : Ermanno Rizzi ciclo XIX : Ingrid Cifola, Veronica Valsecchi, Sara Paina, Marilenia De Matteo, Roberta Bordoni,Giuseppe Diaferia ciclo XX: Pasqualina D Ursi, Luca Beltrame, Paride Pelucchi, Sveva Sanzone, Eleonora Mangano ciclo XXI: Alessandra Gessi, Roberto Malinverni ciclo XXII :Patrizia Pinciroli, Rosaria Cammarota, Roberta Roncarati, Cecilia Scimia, Cinzia Cocola ciclo XXIII: Elena Araldi, Dario Corrada, Arianna Gabrieli, Natalia Rivera ciclo XXIV: Moira Marizzoni, Valentina Tinaglia, Paolo Rossi, Francesca Corlazzoli ciclo XXV: Francesca Faggioli ciclo XXVI: Emilia Maria Mazza, Alessandro Pietrelli Dottorati in corso (6 tesi) ciclo XXVII: Luca Petiti; ciclo XXVIII: Cristina Cosentino; Stefano Molgora, Marta Reforgiato ciclo XXIX: Simone Puccio, Ruben Magni Correlatore di tesi di laurea specialistica Politecnico di Milano : Tesi di laurea di Bioingegneria ciclo unico (Marco Severgnini, AA. 2002/2003) Università di Milano Bicocca: Tesi di laurea specialistica in Bioinformatica (Eleonora Mangano, AA. 2003/2004) Università degli Studi di Padova: Tesi di laurea specialistica in Bioingegneria (Mattia Zampieri, AA. 2005/2006) Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia: Tesi di laurea specialistica in biotecnologie mediche e farmaceutiche ( Emilia Maria Cristina Mazza, AA. 2009/2011) Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia: Tesi di laurea specialistica in biotecnologie (Sara Valsoni) AA 2011/2012) Correlatore di tesi di master Università di Milano Bicocca: Tesi di master in economia aziendale.(a.a. 2003/2004: Roberta Spinelli ) Docente in corsi di aggiornamento svolti sul territorio nazionale Virtual karyotyping attraverso la tecnologia SNP-array: analisi dati, Istituto nazionale per la ricerca del cancro, ottobre 2010, Genova Tecnologie per l'analisi del genoma umano, XVI Scuola annuale di Bioingegneria, settembre 2007, Bressanone Overview of alternative microarray platforms, Corso EMBO 2005, Università Milano Bicocca, 14 febbraio 2005 Tecnologie microarray, ottobre 2004: Corso ECM, VII Congresso SIGU, Pisa 10

11 ATTIVITÀ ISTITUZIONALI, ORGANIZZATIVE E DI SERVIZIO MEMBRO DI COMMISSIONI Commissione esame finale di dottorato in "Tecnologie biomediche", 25/11/2008 Università degli studi di Milano Bicocca Commissione esame finale di dottorato in "Medicina molecolare", 27/11/2009 Università degli studi di Milano Commissione esame finale di dottorato in "Biologia cellulare e molecolare", 3/12/2012 Università degli Studi dell'insubria Commissione esame finale di dottorato in "medicina molecolare", 10/01/2014 Università degli studi di Milano Commissione esaminatrice per l'ammissione al dottorato di Medicina Molecolare, Università degli studi di Milano: anno accademico 2001/2002( ciclo XVII); anno accademico 2005/2006( ciclo XXI) anno accademico 2011/2012( ciclo XXVII) Membro della commissione paritetica del CdL tecnici di laboratorio biomedico (TLB) AA. 2013/2014 Valutatore MIUR e atenei italiani: Iscritta all albo dei Revisore per il Ministero MIUR Incarico di revisore Cineca-MIUR-VQR Valutatore esterno dell'università degli studi di Padova (dal 2010 ad oggi) Revisore per riviste: BMC genomics; BMC bionformatics; Nucleic Acid Research; Molecular Cancer Organizzazione di convegni e workshop nazionali Giornata di discussione sui DNA microarray, Milano 11/4/2001, dalle 10 alle 16, Palazzo LITA, Segrate, Mi Microarray meeting 2002 : New developments in mutation detection and gene expression, Milano 12/4/2002 dalle 9.30 alle 16.30, Palazzo LITA, Segrate, Mi Microarray meeting 2003: III convegno nazionale della tecnologia microarray, Milano 9-10/6/2003, due giornate con poster session Microarray meeting 2004: IV convegno nazionale della tecnologia microarray, Milano 11/6/2004 dalle 9.30 alle 17 RNA-Seq Workshop for the Bioinformatician, Milan 11/06/2014, dalle 9 alle 18 11

12 Organizzazione di Giornate tematiche 25/05/2010 giornata dal titolo : Regolare i geni con i microrna, Palazzo LITA, Segrate 22/06/2011 giornata dal titolo: Ruolo dei microrna come biomarcatori, Palazzo LITA, Segrate 23/06/2011 giornata dal titolo: Interazione dieta, geni e stato di salute, Palazzo LITA, Segrate Attività di orientamento e divulgazione Attività di orientamento per le scuole superiori Liceo Galilei; Caravaggio (BG) ( febbraio 2013, marzo 2014) Attività di divulgazione delle ricerca e delle scienze nell ambito dell evento organizzato dall Università degli studi di Milano Aperitivo EXPO, mese di maggio 2014 Seminari 15 Aprile 2003: Applicazioni della tecnologia microarray per la definizione dei profili trascrizionali nelle patologie tumorali, Ospedale San Paolo, Milano 15 Luglio 2003, Applicazioni della tecnologia microarray nell ambito dell analisi dei polimorfismi, dipartimenti BIODIP, Università degli studi di Milano 12 Maggio 2004: Strategie analitiche per la studio delle mutazione e dei polimorfismi, Corso di biologia molecolare clinica, Facoltà di scienze MFN, Università di Milano, Milano 19 marzo 2004: Ligation detection reaction and universal array ; application to DNA genotyping,, Cancer research UK Med Oncology unit, Barts and the London Hospital, London, UK 20 Settembre 2005: La tecnologia microarray come macchina fotografica per il genoma umano; (Dottorato di ricerca in matematica e statistica per le scienze computazionali), Dip. Matematica, Università di Milano Nov 2005, Whole genome single-nucleotide polymorphism mapping and analysis of loss of heterozigosity in clear renal cell carcinoma, ESG course; Best poster award, Bertinoro 12 settembre 2007: Copy number alterations in renal cancer, Dep of Statistics John Hopkins School of Pubblic Health, University of Baltimore, MD USA; 16 Novembre 2012: Lo studio italiano sull iperinsulinismo congenito: risultati genetici-molecolari avanzati, Ospedale di Circolo e Fondazione Macchi Varese, Italia 24 maggio 2014: La genetica personalizzata; Aperitivo EXPO, Università degli studi di Milano ALTRE INFORMAZIONI Titoli e formazione 1991 : Abilitazione alla Professione di biologo (Esame di stato), Università degli studi di Milano, Milano (Italia) 02/03/1989: Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Milano, Facoltà di Scienze, Milano (Italia) Corsi di perfezionamento Fondamenti di inferenza statistica per le applicazioni della medicina e alla bioingegneria 12,13, 19,20, 26, 27 Febbraio 2003, Milano, ITALY, Politecnico di Milano 12

13 7th Course in Molecular Citogenetics and DNA Microarrays,European School of Genetic Medicine, Novembre 2005,Bertinoro di Romagna, Italy 19th Course in Medical Genetics, European School of Genetic Medicine, maggio 2006, Bertinoro di Romagna, Italy Basic gene mapping & linkage analysis course. Max-delbruck centrum fur moleckular medizin / Baylor College of Medicine, Certificate of completion, Luglio 2007, Berlin; Germany MEDX202-01: Genomic Medicine Gets Personal, August 14, 2014, Georgetown University, Online courses Perfezionamento su argomenti di scientic writing 1) Corso residenziale di scientific writing, giugno-luglio 2009, Milano 2) Writing in the sciences, November 21, 2012, Standford University, corso-online,coursera.org 3) Critical thinking in global challenges, March 11, 2013, University of Edinburgh, corsoonline,coursera.org PROFILO BANCA DATI SCOPUS H INDEX : 18 Abilitazione scientifica nazionale (ASN) 17/06/2014 Abilitazione scientifica nazionale ( ASN) Bando 2012 ( DD n.222/2012) per Professore di seconda fascia per il settore concorsuale 05/E1 Biochimica 14/10/2014 Abilitazione scientifica nazionale ( ASN) Bando 2012 ( DD n.222/2012) per Professore di prima fascia per il settore concorsuale 05/F1 Biologia applicata Le dichiarazioni rese nel presente curriculum sono da ritenersi rilasciate ai sensi degli artt. 46 e 47 del DPR n. 445/2000. Il presente curriculum, non contiene dati sensibili e dati giudiziari di cui all art. 4, comma 1, lettere d) ed e) del D.Lgs n Il sottoscritto dichiara di essere consapevole che nel rispetto delle regole di trasparenza previste dalla legge e come stabilito dal bando di concorso, i curricula di tutti candidati saranno pubblicati sul sito Web dell Università degli Studi di Milano entro 30 giorni dalla scadenza del termine di presentazione delle domande. Data 10 settembre 2014 Luogo Milano Firma 13