PFGE nella sorveglianza delle salmonellosi

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1 PFGE nella sorveglianza delle salmonellosi Torino, 15 novembre 2013 Stefano Pongolini IZSLER Sezione di Parma

2 Le tecniche - RFLP PFGE RIBOTIPIZZAZIONE SEQUENZE DI INSERZIONE AFLP - SEQUENZE RIPETUTE - SEQUENZIAMENTO - RAPD ERIC VNTR (MLVA) SPOLIGOTYPING RNA 16S MLST SEQUENZE VIRALI - MICROARRAY

3 PFGE (Pulsed-Field Gel-Electrophoresis) - Introdotta nel 1984 da David Schwartz - È ancora lo standard

4 PFGE Process Patient Specimen Collection Specimen Grow isolated colony = + Cell Lysis and Plug Washing US Dime coin Cells Trapped in Plug Agarose Cell Suspension Universal Standard Restriction Electrophoresis Imaging Each gel that cont with a kn pattern. lanes mu CDC glo compute can com other ge well as t labs. Th normaliz Standard Bacteria Standard Bacteria Standard Bacteria

5 ain... il risultato! Gel Properly De-Stained n e

6 Analisi dei tracciati

7 comparison

8 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) Svantaggi - Laboriosa - Complessa (necessaria buona competenza tecnica) - Non rapida - Risultati non standardizzabili in senso assoluto (bande) - Non tutti i ceppi sono tipizzabili

9 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) Vantaggi - Universale : applicata con successo a molti batteri - Dotata di ottimo potere discriminante - Abbastanza ripetibile e riproducibile - Vasta esperienza d uso - Standard consolidato

10 Il sistema regionale in Emilia-Romagna in cifre: 10 laboratori medici coinvolti tra cui 2 grandi hub 1 laboratorio di riferimento regionale isolati di Salmonella: 15-25/settimana ~ /anno IZSLER Parma dal 25 giugno 2012 lab. Enternet Emilia-Romagna ARPA Forlì ha svolto la funzione fine al 2012

11 Isolati /mese periodo giugno giugno 2013

12 Nuove finalità del sistema ENTERNET Emilia-Romagna tipizzare in tempo-reale genotipizzare fare analisi periodica delle frequenze dei sottotipi segnalare potenziali focolai ampliare la gamma dei patogeni Introdurre tecniche avanzate di epidemiologia molecolare

13 a questo scopo si sono introdotte modifiche al sistema: Gel Staining Background Due to Inadequate De-Staining nuova logistica - raccolta attiva settimanale degli isolati Stain in Ethidium Bromide genotipizzazione solution for sistematica minutes- PFGE su tutti gli isolati 40 µl of 10 mg/ml stock solution per 400 ml Remove stain and de-stain with Change water at least three times every minutes. As stain staining solution ages background may be observed Gel Properly De-Stained

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15 CODIFICA DEI PULSOTIPI il genere STYMXB_PR.0012 numero del pattern il sierotipo - TYM: typhimurium o var. monofasica; - non indicato in caso si tratti di altro sierotipo laboratorio di codifica enzima utilizzato (es. XbaI, BlnI, etc.)

16 isolati dell anno 2012 (n=924) - sierotipi vs genotipi % n.

17 anno 2012: Typhimurium isolati, 91 genotipi (in grafico n 3)

18 N Casi Salmonella enterica Monofasica Totale ceppi

19 N Casi 7 Salmonella enterica Monofasica STYMXB_PR.0001 STYMXB.0079 STYMXB.0131 Totale ceppi Numero Settimana

20 N Casi Salmonella enterica Monofasica 3,5 3 STYMXB ,5 2 1,5 1 0,

21 N Casi Salmonella enterica Monofasica 6 5 STYMXB

22 N Casi Salmonella enterica Monofasica 4,5 4 3,5 3 STYMXB_PR ,5 2 1,5 1 0,

23 N Casi 7 Salmonella enterica Monofasica STYMXB_PR.0001 Totale ceppi Numero Settimana

24 Sierotipo Typhimurium Var. Monofasica STYMXB isolati nel periodo 16/10/ /11/ province e 9 comuni interessati n.

25 Sierotipo Muenchen SXB_BS isolati nel periodo 12/ / isolati SXB_BS.0091 nel database 5 province

26 Sierotipo Typhimurium Var. Monofasica STYMXB_PR isolati in unica sezione del medesimo asilo 1 caso seguito dopo 19 gg da altri 4 in una sola settimana

27 Sierotipo Typhimurium Var. Monofasica STYMXB_PR isolati in nucelo famigliare (1 decesso) salame casalingo positivo con identico genotipo genotipo riscontrato solo 1 sola volta in precedenza

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30 Tutto questo è possibile grazie a: Servizio di Sanità Pubblica Emilia-Romagna Servizio Veterinario Emilia-Romagna Rete AO e ASL regionali IZSLER Chiara Chiapponi Marina Morganti Erika Scaltriti