Schema Fibrosi Cistica

Transcript

1 CEQ 2 (XI turno) ISS Schema Fibrosi Cistica Presentazione a cura di: Dott. Marco Lucarelli Gruppo di valutazione Ave Maria Baffico Genova - Laboratorio di Genetica umana; E.O. Ospedali Galliera, Alessandra Coiana - Dipartimento di Sanità Pubblica, Medicina clinica e molecolare, Sezione di Scienze Biomediche e Biotecnologie; Università di Cagliari, Cagliari Marco Lucarelli - Dipartimento di Biotecnologie Cellulari ed Ematologia, Istituto Pasteur Fondazione Cenci Bolognetti; Sapienza Università e Policlinico Umberto I, Roma Elisabetta Pelo - Genetica medica; Azienda USL, Firenze Manuela Seia - Laboratorio di Genetica medica; Fondazione IRCCS Ca Granda Ospedale Maggiore Policlinico, Milano

2 DATI ANAGRAFICI Casi clinici DATI CLINICI GENOTIPO* Campione Sara Sancomes nata a Varese, di origine Italiana, ottobre 99 Paziente affetta di 2 anni con test del sudore positivo, insufficienza pancreatica ed infezioni ricorrenti alle vie respiratorie. Chiede caratterizzazione molecolare per rischio riproduttivo di coppia. Il partner, Sig. L. Aquintus, è clinicamente sano e non è mai stato indagato. c.[2_2delctt];[67c>t] [delta]f8/rx Campione 2 Sofia Contriel nata a Sondrio, da madre indiana e padre italiano, maggio 2 Bambina di mesi con tripsinemia neonatale e test del sudore positivo. Due recenti episodi di infezione delle vie aeree. Si richiede caratterizzazione molecolare per Fibrosi Cistica c.[62g>t];[62g>t] G2X/G2X Campione Luca Aquintus nato a Roma, da genitori italiani, aprile 988 Soggetto maschile, in apparente buona salute, partner della Sig.ra S. Sancomes affetta. Chiede caratterizzazione molecolare per rischio riproduttivo di coppia. c.[67c>t];[=] RX eterozigote Campione Alice Ronsilin nata a Madrid, da madre spagnola e padre italiano 27 agosto 999 Probanda di 6 anni, con test del sudore positivo, chiede caratterizzazione molecolare. c.[79+g>t];[89+g>t] 7+G>T/62+G>T

3 Criteri di valutazione ()

4 Criteri di valutazione (2)

5 N. Score poor 2 poor poor poor poor 6 poor 7 poor 8 poor 9 poor poor,8 2,72,88,98, 6,6 7,6 8,8 9,88 2,9 2 2, 22 2, 2 2,8 2 2, 2 2,6 26 2, ,7 28 2,7 29 2,7 2,82 2,92 2,2,2,28 6,28 7, 8,2 9,,, 2,,6,6,7 6,7 7,8 8,8 9,8,8,8 2,8,9,9,9 6,9 7,9 8,9 9,9 6,9 6,9 62,9 6,9 6,9 6,9 66,9 67,9 68, Laboratori partecipanti Partecipanti 7 laboratori (su 7 iscrizioni) La tabella a sinistra riporta tutti i laboratori in ordine di punteggio di valutazione, i numeri progressivi (da a 7) presenti su tutti i grafici corrisponderanno sempre ai laboratori riportati in questa tabella.

6 Risultati generali e confronto con gli anni precedenti Turno 2. Performance dei laboratori partecipanti Turno 2. Performance dei 9 laboratori partecipanti Perf ins Perf ins Perf ins Turno 2. Performance dei 7 laboratori partecipanti Risultati dei laboratori partecipanti espressi secondo il punteggio medio ottenuto nella valutazione di genotipizzazione, interpretazione e refertazione. In ordinate è indicato il numero di laboratori, in ascisse i punteggi ottenuti. In blu sono riportati i laboratori che hanno ottenuto un giudizio di performance sufficiente, in rosso i laboratori che hanno avuto un giudizio di performance insufficiente.

7 Performance insufficiente () Nell XI turno di CEQ 6 / 7 laboratori hanno avuto un giudizio di performance sufficiente. Il giudizio di performance insufficiente è stato assegnato a laboratori per i seguenti motivi: laboratori hanno riportato nel referto il genotipo errato; in tutti i casi l errore è stato commesso a fronte di un dato grezzo corretto 6 laboratori non hanno raggiunto il valore soglia di / ottenuto dalla somma dei punteggi dei campi relativi alla genotipizzazione e interpretazione a causa di gravi carenze in uno o più campioni (in due di questi lab c è anche stata assenza dell interpretazione). Non hanno raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi relativi a genotipizzazione e interpretazione: Hanno riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto: o Lab 2: nel Caso 2 o Lab : nel Caso o Lab : nel Caso o Lab : nel Caso 2 o Lab : nel Caso e nel Caso o Lab 6: nel Caso e nel Caso 2 o Lab 7: nel Caso e nel Caso o Lab 8: in tutti i casi. Inoltre, in tutti i casi non ha riportato l interpretazione rispetto all indicazione clinica al test o Lab 9: nel Caso. Inoltre, nel Caso non ha riportato l interpretazione rispetto all'indicazione clinica al test o Lab : nel Caso e nel Caso

8 Performance insufficiente (2) ID FC VII turno FC VIII turno FC IX turno FC X turno FC XI turno 2 Punteggio: 9 interpretazioni molto carenti Punteggio: 8 interpretazioni molto carenti Punteggio: 8.6 interpretazioni molto carenti Errore critico: dato grezzo di scarsa qualità e quindi non interpretabile in tutti i casi POOR: in un caso il laboratorio non POOR: referti carenti, ha raggiunto il valore soglia di / assenza di interpretazione dato dalla somma dei punteggi di in tutti i casi genotipizzazione e interpretazione x Punteggio: 2. Punteggio: 8 Punteggio: Punteggio:. Punteggio:. Punteggio: interpretazioni molto carenti Errore critico: interpretazioni assenti 6 x Punteggio: Punteggio:. Punteggio:.8 Errore critico: genotipo errato per errore di trascrizione in un caso Errore critico: interpretazione del risultato e commento assenti POOR: genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto in un caso x x POOR: in tutti i casi il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione 7 x x Punteggio: 2.6 Punteggio:.8 8 x x POOR: referto gravemente carente, manca interpretazione in tutti casi POOR: referto gravemente carente, manca interpretazione in tutti casi, inoltre un caso non raggiunge la soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione 9 x x x x x x x x POOR: nel Caso e nel Caso il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione POOR: nel Caso 2 il laboratorio ha riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto POOR: nel Caso il laboratorio ha riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto POOR: nel Caso il laboratorio ha riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto POOR: nel Caso 2 il laboratorio ha riportato nel referto il genotipo errato a fronte di un dato grezzo corretto POOR: nel Caso e nel Caso 2 il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione POOR: nel Caso e nel Caso il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione POOR: in tutti i casi il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione. Inoltre assenza di interpretazione rispetto all'indicazione clinica POOR: nel Caso e nel Caso il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma di genotipizzazione e interpretazione POOR: nel Caso e nel Caso il laboratorio non ha raggiunto il valore soglia di / dato dalla somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione Anni di partecipazione 9

9 Performance insufficiente () ID 2 (VII) ID 22 (VIII) ID 2 (IX) ID 2 (X) ID 2 (XI) FC VII FC VIII FC IX FC FC IX FC FC FC FC FC VII FC VIII FC IX FC VII FC VIII FC IX FC VII FC VIII FC IX FC VIII FC IX FC VIII FC IX FC IX FC IX FC IX FC IX FC VII FC VIII FC VII FC VIII FC VII FC VIII FC VII FC VIII FC VII FC VIII FC VII FC VIII FC VIII FC VIII FC VIII FC VIII FC VIII FC VII FC VII FC VII FC VII FC VII FC VII FC VII

10 Risultati per caso clinico DATI ANAGRAFICI DATI CLINICI GENOTIPO* Campione Sara Sancomes nata a Varese, di origine Italiana, ottobre 99 Paziente affetta di 2 anni con test del sudore positivo, insufficienza pancreatica ed infezioni ricorrenti alle vie respiratorie. Chiede caratterizzazione molecolare per rischio riproduttivo di coppia. Il partner, Sig. L. Aquintus, è clinicamente sano e non è mai stato indagato. c.[2_2delctt];[67c>t] [delta]f8/rx 2, /,6/ genotipizzazione,92/ interpretazione,76/ refertazione 6poor (tutte per il non raggiungimento della soglia) Campione 2 Sofia Contriel nata a Sondrio, da madre indiana e padre italiano, maggio 2 Bambina di mesi con tripsinemia neonatale e test del sudore positivo. Due recenti episodi di infezione delle vie aeree. Si richiede caratterizzazione molecolare per Fibrosi Cistica c.[62g>t];[62g>t] G2X/G2X 2,7 /,6/ genotipizzazione,/ interpretazione,7/ refertazione poor (2 per genotipo errato, 2 per il non raggiungimento della soglia) Campione Luca Aquintus nato a Roma, da genitori italiani, aprile 988 Soggetto maschile, in apparente buona salute, partner della Sig.ra S. Sancomes affetta. Chiede caratterizzazione molecolare per rischio riproduttivo di coppia. c.[67c>t];[=] RX eterozigote 2,7 /,6/ genotipizzazione,26/ interpretazione,67/ refertazione poor (tutte per il non raggiungimento della soglia) Campione Alice Ronsilin nata a Madrid, da madre spagnola e padre italiano 27 agosto 999 Probanda di 6 anni, con test del sudore positivo, chiede caratterizzazione molecolare. c.[79+g>t];[89+g>t] 7+G>T/62+G>T 2,76 /,/,/ genotipizzazione interpretazione poor (2 per genotipo errato, una per il non raggiungimento della soglia e una per errata interpretazione),72/ refertazione

11 Genotipizzazione - Sancomes Le frecce rosse indicano i lab che non hanno raggiunto il valore soglia di / Genotipizzazione - Contriel Genotipizzazione - Aquintus Genotipizzazione - Ronsilin media genotip. su max,6 6 poor (tutte per somma punti) media genotip. su max,6 poor (2 per somma punti, due per genotipo errato) media genotip. su max,6 poor (tutte per somma punti) media genotip. su max, poor (una per somma punti, due per genotipo errato)

12 Performance insufficiente 2 su 26 genotipizzazioni Genotipizzazione Turno 2 Turno 2 Performance insufficiente 6 (più per somma punti) su 26 genotipizzazioni Media punteggio genotipizzazione:.67 su Media punteggio genotipizzazione:. su Turno 2 Performance insufficiente (più per somma punti) su 28 genotipizzazioni Media punteggio Genotipizzazione:.6 su Performance insufficiente sulla genotipizzazione Gli errori di genotipizzazione sono stati tutti commessi a causa di errata lettura o trascrizione del dato grezzo corretto o Lab 2: nel Caso 2 o Lab : nel Caso o o Lab : nel Caso (errore causato dalla chiave di lettura non allineata con le strip) Lab : nel Caso 2 (sul foglio di lavoro la mutazione è riportata correttamente come omozigote, ma nel referto è riportata come eterozigote)

13 Esempio di errata lettura del dato grezzo corretto per chiave di lettura non allineata con le strip

14 Esempio di errata trascrizione del dato grezzo corretto Sul foglio di lavoro la mutazione è riportata correttamente come omozigote, ma nel referto è riportata come eterozigote.

15 Carenze nella genotipizzazione Carenze più frequenti nella genotipizzazione La versione dell'accession number citata nel referto non è aggiornata, quella corretta e aggiornata è NM_92. Ricerca inappropriata del poly-t Assenza accession number Qualità dei dati grezzi scarsa o non ottimale 7 lab 7 lab lab lab Campione La nomenclatura classica della mutazione [delta]f8 è riportata in modo non corretto: non aggiornata, nonostante sia citato il Cystic Fibrosis Mutation Database ( in cui la nomenclatura tradizionale è aggiornata Detection rate non corretta Campione 2 Detection rate non corretta La detection rate non tiene conto della popolazione indiana La detection rate della popolazione indiana è bassa, ma non ignota Campione Detection rate non corretta Campione Detection rate non corretta La detection rate non tiene conto della madre spagnola 2 lab lab 9 lab 2 lab 8 lab lab lab 22 lab

16 Detection rate India e Spagna

17 2 Interpretazione - Sancomes Interpretazione - Contriel Le frecce rosse indicano i lab che non hanno raggiunto il valore soglia di / media interpret. su max,92 6 poor (tutte per somma punti) Interpretazione - Aquintus media interpret. su max, 2 poor (tutti per somma punti) 2 non valutati Interpretazione - Ronsilin media interpret. su max,26 poor (tutte per somma punti) media interpret. su max, 2 poor (una per somma punti, una per assenza interpretazione) 2 non valutati Le frecce blu indicano i lab non valutati (perché in poor performance nella genotipizzazione)

18 Interpretazione Turno 2 Turno 2 Performance insufficiente su 2 interpretazioni ( interpretazione non valutata) Performance insufficiente (più per somma punti) su 2 interpretazioni (6 interpretazione non valutate) Media punteggio interpretazione:.77 su Media punteggio interpretazione:. su Turno 2 Performance insufficiente (più per somma punti) su 276 interpretazioni (2 interpretazioni non valutate) Media punteggio Interpretazione:.2 su Performance insufficiente sull interpretazione Lab 9: Nel Caso non ha riportato l interpretazione rispetto all'indicazione clinica al test

19 Carenze nell interpretazione () Campione Conferma genotipo genitori assente Rischio riproduttivo assente / errato Rimando consanguinei assente Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale assente La formula HGVS non è scritta come non conclusiva Formula HGVS non accurata / assente Il partner è studiato presso lo stesso laboratorio! La diagnosi prenatale non si consiglia, se ne riferisce la possibilità 8 lab 7 lab / 8 lab lab lab 2 lab 8 lab/ lab 28 lab lab Campione Non viene riportato che il soggetto è portatore sano o eterozigote Rischio riproduttivo assente / errato Rimando consanguinei assente Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale assente Formula HGVS non accurata / assente Il partner è studiato presso lo stesso laboratorio! La diagnosi prenatale non si consiglia, se ne riferisce la possibilità 7 lab lab / 6 lab 9 lab lab lab / lab 2 lab lab

20 Carenze nell interpretazione (2) Campione 2 Conferma genotipo genitori assente Rischio riproduttivo genitori assente Rimando consanguinei assente Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale per i genitori assente La formula HGVS non è scritta come non conclusiva Formula HGVS non accurata / assente La diagnosi prenatale non si consiglia, se ne riferisce la possibilità lab lab 8 lab 2 lab 2 lab 6 lab /9 lab lab Campione Conferma genitori genotipo assente Rischio riproduttivo dei genitori assente 6 lab Rimando consanguinei assente 8 lab Rimando alla possibilità di diagnosi prenatale per i genitori assente La formula HGVS va scritta come non conclusiva Formula HGVS non accurata / assente La diagnosi prenatale non si consiglia, se ne riferisce la possibilità 6 lab 2 lab 9 lab / lab 2 lab

21 Somma dei punteggi ottenuti dalla valutazione della genotipizzazione e interpretazione Soglia - Sancomes Soglia - Contriel Evidenziati in giallo i laboratori con performance insufficiente per non aver raggiunto un punteggio di almeno / Lab : Caso e Caso Lab 6: Caso e Caso 2 Lab 7: Caso e Caso Lab 8: Caso, Caso2, Caso e Caso Lab 9: Caso Lab : Caso e Caso Soglia - Aquintus Soglia - Ronsilin

22 2 2 2 Refertazione - Sancomes Refertazione - Contriel Refertazione - Aquintus media refertaz. su max,76 6 non valutati media refertaz. su max,7 non valutati media refertaz. su max,67 non valutati Refertazione - Ronsilin media refertaz. su max,72 non valutati Le frecce blu indicano i lab non valutati (perché in poor performance nella genotipizzazione e/o interpretazione e/o somma dei due non superiore a )

23 Refertazione Turno 2 Turno 2 6 referti non valutati su 26 referti non valutati su 26 Media punteggio refertazione:. su Media punteggio refertazione:.9 su 8 referti non valutati su 28 Media punteggio refertazione:.72 su Turno 2 Lab 9: referto non adeguato Carenze più frequenti nella refertazione Assenza o inappropriatezza del titolo del referto Campione analizzato errato o assente Indicazione all'indagine non riportata in modo corretto o completo Nomenclatura obsoleta riportata sulla lista di mutazioni ricercate 8 lab lab lab Quasi il % dei lab

24 Esempi di referto Caso e Caso

25 Esempio di referto Caso 2 e Caso

26 Raccomandazioni per la partecipazione al CEQ E importante che il referto inviato sia quello originale reso anonimo. L anonimizzazione deve riguardare le voci che possono far individuare il laboratorio ai valutatori, ma dovrebbero rimanere leggibili i campi e la struttura, al fine di poterne valutare la completezza (in allegato al manuale d uso è presente un esempio di referto anonimo). Per la partecipazione al CEQ è importante inviare la chiave di lettura dei dati grezzi al fine di poterne verificare la correttezza. A tale scopo si raccomanda di non inviarla in un file separato che non ne permette l uso. Nel caso del sequenziamento è opportuno inviare un elettroferogramma che comprenda almeno bp a monte e valle della mutazione di entrambe le sequenze, sia in forward che reverse. Inoltre è richiesto di segnalare il punto della mutazione. Le immagini inviate per i dati grezzi devono essere a colori e con una risoluzione tale da poter essere valutate.