Informatica di Base. Lez. XI. Data base scientifici. Ricerca di informazioni. in Banche dati e World wide web. Banche dati accessibili via WEB

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1 Informatica di Base Lez. XI in Banche dati e World wide web Data base scientifici Letteratura scientifica Pubblicazioni su riviste specializzate Alla base della comunicazione nella comunità scientifica internazionale Dati Sostanze chimiche Proprietà chimico-fisiche, tossicità, diffusione, tecniche di preparazione e stoccaggio. Farmaci Genoma 1 2 Informazioni e WEB Molti DBMS sono accessibili mediante browser l interfaccia è come quella del Web ma l organizzazione interna è quella del DBMS Molti siti Web sono organizzati in modo dinamico e si appoggiano su DBMS più facile l aggiornamento più facile la gestione l informazione è visibile solo su richiesta motori di ricerca Banche dati accessibili via WEB Ricerca guidata mediante menù Uso di maschere video Vengono presentati i campi selezionabili per eseguire la ricerca Si possono usare gli operatori matematici e logici per definire i criteri di ricerca Possibilità di salvare i risultati secondo vari formati 3 4 Ricerca sul Web Applicazioni scientifiche: Ricerca di letteratura scientifica distinguere tra letteratura refereed (recensita) e libera pubblicazione (vedi prossima slide) Ricerca di dati: possibili problemi definizione uniforme (nomenclatura) formato dei dati Letteratura scientifica Ognuno di noi è libero di scrivere una pagina di un sito WEB Ci sono pagine che parlano di hobby, di storia ed anche di scienza possono essere valide oppure no Esistono anche molte pagine WEB di università o enti di ricerca contenenti corsi-on line e materiale didattico In genere dovrebbero essere attendibili Controllare l attendibilità dell autore e l aggiornamento della pagina E possibile (e frequente) trovare pagine serie, che però non sono state aggiornate non vale tanto per la Scienza, ma soprattutto per organizzazione e orari 5 6 1

2 Letteratura scientifica Importanza della letteratura recensita Le riviste scientifiche sottopongono ogni articolo all approvazione di esperti del settore I commenti sono anonimi viene deciso se accettare / respingere / far correggere l articolo ogni rivista ha un proprio prestigio legato alla serietà del comitato di revisori i revisori non fanno parte dello staff della rivista, ma vengono scelti tra esperti internazionali del settore Ciò che viene giudicato è: l interesse dell articolo la sua chiarezza e leggibilità il rigore della parte sperimentale la correttezza delle conclusione Letteratura scientifica La letteratura è ormai così vasta che esistono data base specifici per ogni disciplina Tutti devono pubblicare perché la carriera dei ricercatori si basa spesso sulle pubblicazioni Vedi la recente proposta di riforma che al di là dei concorsi lega gli scatti stipendiali alla produzione scientifica Per poter rintracciare le pubblicazioni in ambienti così diversi, sono stati creati data base diversi a seconda del campo: Fisica, biologia, medicina, storia, economia.. Spesso offrono servizi solo per gli abbonati Sono accessibili dal personale delle università e degli istituti scientifici. 7 8 Articoli scientifici Dagli estremi si ricerca l articolo Gli articoli scientifici vengono citati secondo una prassi consolidata: Nome degli autori, anno di pubblicazione, titolo dell articolo, Rivista di pubblicazione, numero del volume, pagine. Queste voci guidano successivamente la ricerca sul data base Esempio: Parker MW, Buckley JT, Postma JP, Tucker AD, Leonard K, Pattus F, Tsernoglou D. Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states. Nature Jan 20;367(6460): Tutti possono vedere il riassunto Avendo l abbonamento si ottiene l intero articolo

3 Ma come sapere che l articolo esiste? Tramite banche dati Ma come sapere che l articolo esiste? Tramite banche dati Query su letteratura Si utilizzano gli attributi usati per la schedatura degli articoli Autori-rivista-titolo-anno di pubblicazione Oppure si cercano parole entro le relative istanze Titolo contenete le parole: Riassunto contenente le parole:---- Composizione di parametri Per affinare le ricerche, si utilizzano più criteri, che vengono composti usando operatori logici AND OR NOT Date due serie di tuple: tuple che soddisfano il criterio X tuple che soddisfano il criterio Y Si passano a considerare le tuple che soddisfano: X AND Y X OR Y X AND/OR (NOT Y) Ecc Risorsa libera Pubmed (NCBI) Parametri Advanced della search ricerca Autori, Titolo, Abstract, Anno di pubblicazione, Rivista (journal), Volume

4 Ricerca dell Aerolysina 154 articoli con la parola Aerolysin nel titolo/abstract 12 articoli tra i precedenti scritti da Parker Composizione di criteri Autore e rivista (author Parcker) AND (journal = Nature) Parola e rivista (title aerolysin) AND (journal = science) Attenti a non creare condizioni impossibili (journal = nature) AND (journal = science) Nessun articolo viene pubblicato su 2 riviste diverse (journal = nature) OR (journal = science) Scheda dell articolo Ricerca di dati I dati a disposizione sono moltissimi e spaziano argomenti diversi Occorre avere idea di cosa cercare e anche di cosa offre il WEB Molti siti sono ad accesso libero Alcuni offrono servizi solo ad utenti registrati non vuol dire a pagamento; vuol dire solo che occorre registrarsi, dopo di ché arriva la password alla propria come facebook Ricerca sul WEB Banche dati di interesse scientifico Quasi tutte le banche dati sono su siti in lingua inglese Da pagine italiane si trovano però elenchi di siti. (Sito dell università di Bari) (sito dell università di Padova) Attenzione ai link scaduti

5 National Institute of Standards and Technology NIST chemistry web-book Ricerca nel data base Ricerca per formula o per nome Inserite la formula bruta Indicate le informazioni che desiderate vedere Ricerca dell aspirina Scheda dell aspirina Per l aspirina: C9H8O4 esistono 16 isomeri

6 NIST costanti fisiche NIST costanti fisiche NIST sistema internazionale 33 Informazioni e WEB Le informazioni sono disponibili sia in database specifici sia sul Web Il World Wide Web, o WWW o Web non è una base di dati è un insieme di computer contenenti informazioni in formato ipertestuale accessibili mediante il protocollo di comunicazione http(hypertext Transf. Protocol) Web server, o server: i computer che mettono a disposizione le informazioni client: i computer che mediante browser accedono alle informazioni 34 Ricerca sul Web La ricerca delle informazioni disponibili sul Web viene svolta mediante directory o cataloghi accessibili da Portali (elenchi ragionati di siti) motori di ricerca Enciclopedia sul WEB Wikipedia Non è certificata libertà di scrivere la voci personalmente la trovo affidabile tante lingue disponibili compresi dialetti ovviamente l inglese ha più voci e sono fatte meglio

7 Portali WEB Sono cataloghi ragionati di siti; hanno l aspetto di una rivista da sfogliare e permettono di: Cercare informazioni generali nella pagina principale Usare le varie directory fino a trovare l argomento desiderato Usare parole chiave nella ricerca Per sondare automaticamente le sottodirectory del portale oppure sono collegate ad un vero motore di ricerca Spesso offrono anche un servizio di posta elettronica Portali comuni: Portali specializzati trattano argomenti specifici Finanza, sport, informazione Anche il sito può essere visto come un portale Il sito dell università Motori di ricerca Realizzano una scansione preliminare del web, che viene aggiornata periodicamente Organizzano le pagine in un data base Permettono la ricerca su tutte le pagine del data base mediante parole chiave Le query sono basate su parole da ricercare nel testo delle pagine In linea di principio in qualunque posizione della pagina Motori di ricerca Le query vengono formulate sulla base di parole chiave combinate secondo le regole della logica booleana (chiavi di ricerca) AND, OR, NOT Operatori AND e OR impliciti es.: alcuni interpretano lo spazio come OR es.: altri interpretano lo spazio come AND Formule ed esatte sequenze di parole solitamente parole tra

8 Ricerca sul WEB Ricerca di Informatica di base Cercando informatica di base (almeno una parola) url con altavista url con google Cercando informatica di base (tutte le parole) url con altavista url con google Cercando informatica di base (frase esatta) url con altavista url con google Cercando informatica di base + biotecnologie url con altavista url con google Cercando informatica di base + università di Milano + biotecnologie 33 url con altavista 196 url con google Ricerca sul Web Criteri di valutazione dei motori di ricerca metodo di costruzione della base di dati del motore e metodo di indicizzazione dei dati libero invio di URL indicizzazione del testo completo o del solo URL e descrizione sommaria del testo strategia di classificazione dei risultati (ranking) esame automatico e comprensivo del web frequenza dell aggiornamento della base di dati Ricerca sul Web Altri prodotti di Google Google svariati miliardi di URL pagine classificate in base al numero di link da altre pagine link da pagine a loro volta molto collegate sono valutati di più che da pagine isolate caching delle pagine pagine accessibili anche in caso di server offline altri servizi disponibili