Università degli Studi di Verona. Dipartimento di Biotecnologie. BreveguidaLinux. Ottobre Sergio Marin Vargas

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1 Università degli Studi di Verona Dipartimento di Biotecnologie Biologia molecolare Laboratorio di Bioinformatica II BreveguidaLinux Ottobre Sergio Marin Vargas

2 Caratteristiche di Linux Nel 1991, uno studente finlandese, Linus Torvalds, per la sua tesi di laurea scrive un ''mini-unix per PC'', basandosi su software GNU, e nasce così LINUX. Linux possiede molte caratteristiche che ne fanno un ottimo sistema operativo: robusto e affidabile ampio supporto di processori e periferiche networking avanzato strumenti di sviluppo e debugging interfaccia grafica ampia disponibilità di software gratuito e open source (licenza GNU)

3 DistribuzioniLinux Principali distribuzioni Debian, Ubuntu RedHat, Fedora Novell SuSe, Open Suse Mandriva Slackware Altre distribuzioni 1000+

4 Ubuntu Ubuntu è una espressione in lingua bantu (Africa sub- Sahariana) che indica "benevolenza verso il prossimo". Indica anche una regola di vita, basata sulla compassione e il rispetto altrui. Ubuntu deriva da Debian Ubuntu deriva da Debian Ubuntu sarà sempre free to download free to use and free to distribute to others Desktop Edition Server Edition X86-32, x86-64, and Mac Ubuntu, Kubuntu, Xubuntu,

5 Il filesystemdi Linux Opera su diversi tipi file: normali Archivi di dati, testi, comandi, programmi sorgente, programmi eseguibili, immagini, ecc. directory Entità che raggrupa diversi files al suo interno. device Dispositivi hardware collegati, vengono visti come file speciali (stampanti, dischi esterni, chiavette, ecc). link Riferimento ad un altro file o directory. Le operazioni sul link si riflettono sull oggetto collegato.

6 La vostrahome dentroil ilfilesystem Oravoisiete nella vostra home È unacartellain cui potete scrivere i vostri file, fare cartelle e metterein ORDINE le cose.

7 Struttura logica: pathnames Un file è individuabile attraverso il nome e le sottodirectory del path (percorso) dalla root / Le path possono essere relative (rispetto alla directory di lavoro) o assolute (iniziano con /) Esempio: path assoluta e path relativa (sul file file.txt della cartella /home/utente ) o Path assoluta(posizionati su una qualsiasi directory) /home/utente/file.txt (path assoluta)./file.txt o Path relativa(posizionati su /home ) utente/file.txt o Path relativa(posizionati su /home/utente ) file.txt (path assoluta se sono su/home/utente)

8 La Shell In Linux si interagisce con il sistema attraverso un programma chiamato shell il quale viene invocato automaticamente al Login. Esistono diverse shell(sh, bash, tcsh, ) ola maggior parte dei comandi ha la stessa sintassi nelle diverse shell, la più utilizzata resta la sh olasceltadiunashellèessenzialmentequestionedigusti In Linux i comandi sono dati sotto lashell che li interpreta, esegue e scrive(se necessario) il risultato sul terminale. L attenzione della shell è espressa dal prompt, carattere che può essere deciso dall utente. Esempi di prompt: > % [pccmslb]:~> utente@server:~$

9 Il terminale I vostri comandi sono interpretati dalla shell, per interagire con questa si usa il terminale, un ambiente dove si possono scrivere i comandi e leggere le risposte.

10 Login Una volta partito il sistema l utente esegue la procedura di Login. Se si è installato un ambiente grafico di desktop, la procedura è gestita dall ambiente stesso. Il Login richiede sempre uno username e una password. All utente viene assegnato una zona di disco identificata come home directory (/home/utente/) Alla fine della procedura di Login l utente si trova dentro il terminale, in una particolare shell, posizionato nella sua home directory cioè in una zona di disco in cui ha tutti i privilegi per creare nuovi files o directories.

11 Percheun buoninformatico (biotecnologo) devesapere utilizzarelinuxdaterminale Perchémoltiprogrammisono artigianali e si controllano in modo meno raffinato (pochi soldi per lo sviluppo ). Perchè va bene per gli automatismi(piccoli programmini, come ad esempioper blast, phyton, ma molti, molti altri programmi).

12 Comandi principali: man In Linux il comando di helpnon si chiama help! Per avere informazioni su un qualsiasi comando si usa manche mostra l uso del comando e delle sue opzioni in modo formattato. Ovviamente per illustrare il funzionamento del comando man stesso, si può fare anche: man man

13 Comandi principali: ls Permette di elencare il contenuto (in files) di una cartella. Opzioni: -l (informazioni estese) -a (visualizza file nascosti, cioè inizianti con il.) -R (visualizza sottocartelle) -t (ordina la lista di file secondo l ora dell ultima modifica) Esempio: $ ls -lar Caratterejolly * : $ ls l *.py

14 Comandi principali: less, more e cat Permette di visualizzare un file (di testo) con la gestione della paginazione less nomefile Permette di visualizzare un file (di testo) con solo la gestione dell avvanzamento di pagina more nomefile Permette di visualizzare un file (di testo) senza la gestione della paginazione cat nomefile

15 Comandi principali: cd e pwd Permette di cambiare la cartella corrente cd altra_cartella cd /path/altra_cartella Opzioni: cartella corrente:. cartella padre:.. home directory: ~ (oppure lasciare in bianco) Esempio: (relativo) (assoluto) $ cd.. (va alla cartella sup.) $ cd./utente/cartella (se esiste) $ cd (va alla home) Visualizzare il path assoluto della cartella corrente pwd

16 I permessi nei file linux Permessi La prima lettera indica se è una directory (d), un link simbolico (l) o un file (-) mentre le restati 9 ( a gruppi di 3 ) definiscono i permessi per proprietario, gruppo e altri utenti. I tipi di permesso possono essere: lettura (r) scrittura (w) esecuzione (x) Per cambiare il proprietario di un file si usa il comando chown, è necessario essere proprietario del file o super user (sudo). $ chown propietario.gruppo nomefile Per cambiare i permessi di un file si usa il comando chmod, è necessario essere proprietario del file o super user (sudo). $ chmod 760 nomefile $ chmod 666 nomefile $ chmod 777 nomefile $ chmod +r nomefile $ chmod -w nomefile $ chmod -x nomefile

17 Comandi principali: mkdire rmdir Creare nuove cartelle mkdir nome_cartella Esempio: $ mkdir nuovacartella1 nuovacartella2 Eliminare una cartella (solo se vuota) rmdir nome_cartella

18 Comandi principali: cp, mve rm Copiare file e cartelle cp [opzioni ] sorgente destinazione Spostare o rinominare file e cartelle mv [opzioni ] sorgente destinazione Eliminare file (opzioni: -i per modalità interattiva, -r ricorsiva, elimina le cartelle senza passare per il cestino!!!) rm [opzioni ] file Eliminare cartelle (Cancella la cartella e tutto il suo contenuto. Attenzione ad utilizzarla, cancella tutto!!!) rm r nome_cartella

19 La pipeline: Permette di passare l output di un comando direttamente sull input del comando successivo in un unica riga di comando Esempi: ls -l less ls -l more cat nomefile less less nomefile cat nomefile more more nomefile

20 Comandi principali: grep Ricerca in uno o più file di testo le linee che corrispondono alla espressione indicata. Opzioni: -i Ignora le differenze tra lettere maiuscole e minuscole. -n Precede ogni linea dei risultati con il numero di linea all'interno del file (partendo da 1). -l Indica solo i nomi dei file in cui è stata trovata almeno una corrispondenza (ciascun file è elencato una sola volta, indipendentemente dal numero di corrispondenze in esso trovate). -v Nega i modelli specificati, producendo un elenco delle linee che non soddisfano alcun modello. -c Produce per ciascun file solo il conteggio del numero di linee che corrispondono. grep nomefile espressione ls l grep 2014 ls l grep rwx less

21 Eseguire programmi In windows gli eseguibile sono.exe, in linux un eseguibile si riconosce perche il terzo attributo del file è x, questi normalmente vengono colorati col colore verde: $ ls --color=always $ ls -l Per che un programma possa essere eseguito, questo deve trovarsi in una delle cartelle indicate dalla variabile di ambiente PATH, oppure deve essere lanciato con la path assoluta: $ echo $PATH (Per visualizzare i percorsi eseguibili) Se il programma si trova in una delle cartelle di $PATH: $ nomeprogramma Se il programma si trova nella cartella corrente e non nella $PATH: $./nomeprogramma Se il programma non si trova ne nella cartella corrente ne nella $PATH: $ /path_assoluta/nomeprogramma

22 Operare con i processi Un processo è un programma in esecuzione (front-end o background). Visualizzare informazioni sui processi ps [opzioni ] [PID] Esempi: ps ef less ps ef grep PID Eliminare un processo kill [opzioni ] PID Esempio: kill Monitorare l utilizzo delle risorse da parte dei processi top [opzioni] Esempio: top

23 Comandi principali: due df du: visualizza la dimensione della cartella corrente, mostrando il valore delle sottocartelle e alla fine il totale $ du Esempio (opzione -h human format): $ du -h df: visualizza i file system (dischi) mostrando lo spazio totale, quello utilizzato e quello ancora disponibile. $ df -h

24 Creare e modificare files di testo L editor di base a riga di comando, in tutte le distribuzione di linux è vi o nell ultima versione migliorata vim. vim nome-file L editor vim dispone di numerosi comandi, essi si invocano premendo la sequenza di tasti corrispondente. Premendo i tasti in vim, infatti, i caratteri corrispondenti non vengono inseriti nel testo, ma vengono interpretati come comandi,a meno che non si sia entrati nel modo inserimento con l opportuna sequenza di tasti Per uscire da una certa modalità si preme il tasto ESC. Icommandiinvimsono casesensitive.

25 Comandi dentro vim (1) :q :q! :x :w i R ESC dd, D de,dw Esce da vim Esce senza salvare Esce e salva Salva il testo corrente Entra in modalità inserimento testo (insert) Entra in modalità sovrascrittura testo (replace) Esce da una modalità (es. inserimento testo) Elimina una riga (3D Elimina 3 righe) Elimina una parola

26 Comandi dentro vim (2) u yy, Y ye,yw p : :/xxx n :s O, o Undo Copia una linea (5Y Copia 5 linee) Copia una parola Incolla Entra in modalità inserimento comandi Cerca la parola xxx Ripete l ultima ricerca :s/old/new Sostituisce old con new :1,$s/old/new/g Sostituisce tutte le occorrenze Modalità inserimento, aggiungendo una riga

27 Collegamento locale e remoto Il collegamento locale avviene tramite il terminale. Il collegamento remoto avviene tramite il protocollo ssh, con il comando ssh da linux o tramite programmi come putty da windows. Il ssh è a tutti gli effetti un terminale remoto. Un server viene riconosciuto dal nome del server (se inserito nel DNS) oppure dal suo indirizzo IP. Per copiare files tra server e client si utilizza il protocollo scp, mediante il comando scp oppure con programmi come winscp.

28 Servers del laboratorio di Bioinformatica Applicata L elenco aggiornato dei server si trova in questo link: Oppure su (Cliccando su STUDENTS / Servers ) in: BiotecnologieBox (2 GB - 2 core) o IP address: o User: studenti Bioinfo2 (4 GB - 4 core) o IP address: o User: studenti Bioinfo3 (4 GB - 4 core) o IP address: o User: studenti Francy (16 GB - 8 core) o IP address: o User: studenti Maddalena (6 GB - 4 core) o IP address: o User: studenti Molsim (6 GB - 4 core) o IP address: o User: NO user studenti

29 Comando ssh (secure shell) Il comando ssh ha la seguente sintassi: ssh [opzioni] [comando] Esempio 1, collegamento al server molsim.sci.univr.it con l utente sergio ssh sergio@molsim.sci.univr.it Esempio 2, collegamento al server (bioinfo2) con l utente studenti. ssh studenti@ Esempio 3, collegamento al server (bioinfo3) con l utente studenti, eseguendo il comando ls -l. ssh studenti@ ls -l

30 Comando scp (secure copy) Il comando scp ha la seguente sintassi: scp FileSorgente scp FileDestinazione Esempio copia da locale a remoto, copia del file file.txt dal computer locale al server con l utente studenti nella cartella remota /home/studenti con lo stesso nome: scp file.txt studenti@ :/home/studenti/file.txt Esempio copia da remoto a locale, copia del file file.txt dal computer remoto con l utente studenti che si trova nella cartella /home/studenti al computer locale nella cartella /varie ma col nome nuovofile.txt : scp studenti@ :/home/studenti/file.txt /varie/nuovofile.txt

31 Grazie per la vostra attenzione