UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DELL INSUBRIA Dipartimento di Scienze Teoriche e Applicate

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1 DiSTA UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DELL INSUBRIA Dipartimento di Scienze Teoriche e Applicate Sezione di Ricerca Biomedica via Alberto da Giussano 12, Busto Arsizio (VA) In collaborazione con L ambiente R : corso teorico-pratico Lunedì, 4 novembre 2013 Sede: Università dell Insubria, Via Alberto da Giussano 12, Busto Arsizio, Aula informatica R è un ambiente di programmazione utile per la gestione, l'analisi dei dati e la produzione di grafici molto utilizzato anche in ambito scientifico. E un software Open Source, disponibile per diversi sistemi operativi che può essere implementato con l installazione di un grande numero di pacchetti. Il corso si svolge in un'aula informatica in cui a ciascun iscritto verrà messo a disposizione un PC. Verranno descritti i principi generali dell'ambiente R: i principali tipi di oggetti, le funzioni e la sintassi essenziale, la gestione dei file, attraverso esempi, applicazioni e prove pratiche. Alcune applicazioni permetteranno di utilizzare gli strumenti di statistica. Nell'ultima parte del corso sarà possibile approfondire argomenti personalizzati in base alle richieste manifestate dai partecipanti. Obiettivo - Lo scopo di questo corso è quello di presentare agli studenti il software, fornire la preparazione per effettuare l analisi statistica di un insieme di dati e mostrare le potenzialità del programma attraverso la presentazione di alcune applicazioni in ambito scientifico. Destinatari - Il corso è rivolto a coloro che sono coinvolti in progetti che prevedono il trattamento di dati a fini statistici e l analisi dal livello più elementare a quello più avanzato. Prerequisiti - E consigliabile una conoscenza di base di statistica e di informatica. Orario delle lezioni: 9-13 //

2 Programma 1. L ambiente R : introduzione 2. Sintassi di base e struttura dei dati: accesso agli elementi (vettori, matrici, array, liste, data.frame) in forma esplicita 3. Import/export dei dati 4. Statistica I: introduzione all analisi dei dati (calcolo di massimo, minimo, range, media, mediana, deviazione standard) 5. Statistica II: panoramica di utilizzo dei principali test statistici 6. Principali grafici in R (barre, torte, istogrammi, box-plot, diagrammi di dispersione, etc.) 7. Programmazione in R Alla fine del corso verrà rilasciato un attestato di partecipazione. 2

3 CV docenti Mauro Fasano, Professore Associato di Biochimica, Dipartimento di Scienze Teoriche e Applicate, Università dell Insubria Mauro Fasano si è laureato in Chimica nel 1989 all Università di Torino nell ambito della caratterizzazione NMR di pigmenti cellulari. In seguito ha conseguito il Dottorato di Ricerca in Scienze Chimiche nel 1992 con una tesi sulle interazioni non-covalenti tra piccole molecole e proteine. Dal 1992 al 2000 è stato Ricercatore di Chimica Generale all Università di Torino. Dal 1 novembre 2000 è Professore Associato di Biochimica all Università dell Insubria. E tra i fondatori del distaccamento dell Università a Busto Arsizio, dove si trova il laboratorio di Neuroproteomica per mezzo del quale ha contribuito allo sviluppo della Divisione di Ricerca Biomedica. Le linee di ricerca riguardano principalmente due obiettivi: a) comprensione dei meccanismi molecolari che portano alla neurodegenerazione per bloccarli con farmaci neuroprotettivi, e b) scoperta e validazione di marcatori periferici della malattia per permettere una diagnosi precoce per poter tentare cure neuroprotettive. Entrambi gli obiettivi sono perseguiti mediante l utilizzo di tecniche di proteomica. Ha recentemente pubblicato un protocollo Open Source in R per l analisi di dati di elettroforesi bidimensionale (doi: /protex ). E stato membro della Scuola di Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare dell Università dell Insubria ( ), e dal 2008 è membro del Collegio dei Docenti del Dottorato in Neurobiologia all Università dell Insubria. Principali attività e progetti: : PI nel progetto DAOS danno ossidativo nella malattia di Parkinson, finanziato da Fondazione Monzino, Milano : PI nel progetto Cambiamenti metabolici nel processo neurodegenerativo alla base della malattia di Parkinson, finanziato dal Ministero della Salute : PI nel progetto SIMBA Silicon Innovative Monitors for Biological Applications, supportato da EU (Interreg IIIc) e Regione Lombardia : team leader nell identificazione di marcatori della malattia di Parkinson in cellule di sangue periferico (Associazione Italiana Parkinson) : progetto di ricerca industriale ParIS (Parkinson Informative Systems), finanziato dalla Regione Valle d Aosta : team leader nel progetto Un modello cellulare di disfunzione mitocondriale nella malattia di Parkinson, finanziato dal Ministero Italiano dell Università e della Ricerca E autore di più di 130 pubblicazioni su riviste internazionali, libri, enciclopedie. Ha ricevuto più di 3300 citazioni con un h index = 30 (Sources: ISI Web of Knowledge and Scopus). 3

4 Damiano Giovanni Preatoni, Ricercatore, SSD Bio/05 - Zoologia, Dipartimento di Scienze Teoriche e Applicate, Università degli Studi dell Insubria Dottorato di Ricerca in Scienze Naturalistiche e Ambientali (XIV ciclo), Università degli Studi di Milano, tesi sperimentale su: Modelli di valutazione ambientale per la stima delle potenzialità delle Alpi italiane per alcune specie di Ungulati (Bovidi, Cervidi) Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Milano, tesi sperimentale svolta presso il Civico Museo di Storia Naturale di Milano su : Valutazione critica di una metodologia per la stima della densità di popolazione di piccoli Mammiferi. Competenze: Zoologo, specializzato in applicazioni dell Information Technology a problematiche biologiche, ambientali e museologiche, con particolare riferimento all applicazione di Sistemi Informativi Territoriali e di Sistemi Informativi al monitoraggio della biodiversità animale, alla gestione faunistica, alla conservazione e alla modellistica ambientale (modelli predittivi dell areale, reti ecologiche, protocolli e modelli di valutazione ambientale). Principali attività e progetti: LIFE+ Nature & Biodiversity Project LIFE09/NAT/IT/095, EC-SQUARE Eradication and control of grey squirrel: actions for preservation of biodiversity in forest ecosystems. Principal GIS Specialist Funded by Unione Europea INTERREG III Italy-France, Project Alpine Galliforms, Alpine Galliforms in the Western Alps as environmental indicators. Monitoring, conservation and management of species. GIS Analyst Funded by Unione Europea e Regione Piemonte Progetto di Ricerca Fondazione CARIPLO, Dai geni all ecosistema: il DNA barcoding come supporto innovativo per la protezione della biodiversità e l analisi della funzionalità delle reti ecologiche. GIS Analyst, sviluppo e implementazione di metodi per il calcolo di corridoi ecologici. Funded by Fondazione CARIPLO Programma di monitoraggio faunistico della Regione Lombardia, Monitoraggio Standardizzato delle popolazioni alpine di Galliformi in aree campione selezionate della Lombardia. Funded by Università degli Studi dell Insubria, in collaborazione con Istituto Oikos Programma di monitoraggio faunistico della Regione Lombardia, Monitoraggio Standardizzato delle popolazioni alpine di Camoscio, Cervo e Capriolo in aree campione selezionate della Lombardia. Funded by Università degli Studi dell Insubria, in collaborazione con Istituto Oikos Regione Lombardia DG Agricoltura, La fauna selvatica in Lombardia: Rapporto 2008 su distribuzione, abbondanza e stato di conservazione di uccelli e mammiferi. Raccolta dati spaziali e integrazione su GIS, consulenza per progettazione e sviluppo banche dati (in collaborazione con Lombardia Informatica S.p.A.), redazione ed editing dell elaborato finale. Funded by Regione Lombardia e Università dell Insubria INTERREG III Italy-France Alcoltra, GESTALP Effects of environmental and management changes on plant and animal biodiversity in an alpine environment in relation to pastoralism. Raccolta dati, elaborazione di un protocollo di analisi dei dati per la valutazione degli effetti del pascolamento sulla Lepre Alpina (Lepus timidus varronis). Funded by Unione Europea e Regione autonoma Valle d Aosta in collaborazione con l Università di Torino Project MoHaRE, Mountain Hare Research and Ecology. Data warehousing e analisi di dati da radio-tracking, sviluppo di procedure per l analisi dell homerange e dell uso dello spazio, principal investigator. Funded by Provincia di Sondrio e Parco Nazionale dello Stelvio. 4

5 Progetto di Ricerca, Eco-ethological characterization of Paradoxornis sp. in Varese Province and assessment of the effects of the introduction on native ornithofauna. Analisi di dati da radiotracking, ecologia del movimento. Funded by Provincia di Varese e Università degli Studi dell Insubria LIFE-Coop Project LIFE2003NAT/CP/IT/000003, Principles for the establishment of an Alpine brown bear metapopulation. Sub-contractor per l Azione A.1, sviluppo di modelli predittivi per la valutazione delle possibilità di espansione per la metapopolazione di Orso bruno sulle Alpi Orientali. Funded by Unione Europea e Parco Naturale Adamello Brenta. In collaborazione con WWF Austria e Servizio Forestale Sloveno LIFE Nature Project LIFE00NAT/IT/ LIFE00NAT/IT/001740, Bats, calcareous habitats and petrifying springs in Campo dei Fiori Park. Monitoraggio chirotterofauna, sintesi dei dati mediante GIS. Funded by Unione Europea e Parco Regionale del Campo dei Fiori Mount Meru Conservation Project, Checklist of small and medium-sized carnivores and bats in Arusha National Park (Tanzania). Monitoraggio di piccoli Mammiferi, Carnivori e Chirotteri. Sintesi dei dati mediante GIS, formazione del personale locale (Tanzania National Parks). Funded by Unione Europea, Tanzania National Parks, Università degli Studi dell Insubria e Istituto Oikos Progetto di Ricerca, Eco-ethological characteristics of the new species Pipistrellus pygmaeus. Monitoraggio su campo, analisi bioacustica. Funded by Museo Cantonale di Storia Naturale di Lugano, Centro Protezione Chirotteri Canton Ticino. Francesco Bisi Zoologo. Si laurea in Scienze Biologiche nel 2005 presso l università degli Studi dell Insubria, con una tesi sul comportamento ecologico della lepre bianca. Svolge un anno del corso di laurea presso la Oxford Brookes University (UK). Prosegue la ricerca sugli ecosistemi alpini durante lo svolgimento del dottorato di ricerca in Analisi, Protezione e Gestione della Biodiversità, ottenendo il titolo di dottore di ricerca nel Nella sua ricerca si perfeziona anche all estero collaborando con un gruppo di ricerca scozzese (Aberdeen, UK) e seguendo la Summer School in Ecology and Biodiversity (Marie Curie Action, Polonia). Inoltre collabora al progetto transfontaliero ALCOTRA (Italia-Francia): I galliformi alpini. Esperto di cattura e monitoraggio di mammiferi di piccola e media taglia, buona conoscenza dei sistemi informativi territoriali e di analisi statistica in ambiente R. 5

6 Sede del corso: Aula informatica, Università dell Insubria, Via Alberto da Giussano 12, Busto Arsizio (VA) Come arrivare In treno: raggiungere le stazioni di Busto Arsizio (da Milano Porta Garibaldi o Milano Centrale) o Busto Arsizio Nord (da Novara, Milano Cadorna, Milano Bovisa, Milano Centrale o Milano Porta Garibaldi). Orari consultabili su Seguire le indicazioni della mappa; A: Stazione Busto Arsizio; B: sede della scuola; C: Stazione Busto Arsizio Nord. In auto: uscire a Busto Arsizio (A8) o Marcallo Mesero (A4, poi superstrada per Malpensa e uscita Vanzaghello) e raggiungere il parcheggio di Piazzale dei Bersaglieri (non disponibile il giovedì). Coordinate GPS , In aereo: per chi vola a Milano Linate è consigliabile raggiungere Milano Centrale e seguire le indicazioni per chi viaggia in treno. Percorrenza 65 minuti circa. È consigliabile volare su Milano Malpensa e prendere il Malpensa Express dal Terminal 1 e scendere a Busto Arsizio Nord. Orari consultabili su Percorrenza 9 minuti. 6

7 Indicazioni per il pernottamento: A minuti a piedi: Hotel Ortensia (***) Albergo Mazzini (**) Raggiungibili solo con mezzo proprio: Hotel MO.OM (****) Hotel Pineta (****) Modalità di partecipazione Il corso è a numero chiuso. Sono disponibili 18 posti, assegnati in ordine di iscrizione. Quota individuale di iscrizione 120,00 + IVA 21% Verrà richiesto il pagamento della quota di partecipazione al raggiungimento della quota minima di iscritti. Per l iscrizione o per informazioni, contattare: Gabriella Fanali, gabriella.fanali@gmail.com Tel Elena Spoldi, spoldi18@gmail.com Tel SCUOLA DI BIOINFORMATICA 2014 Corsi teorico-pratici per l utilizzo di strumenti statistici e bioinformatici La Scuola di Bioinformatica, che vanta un esperienza più che decennale, si rivolge a ricercatori, tecnici, dottorandi e laureati in discipline scientifiche dei corsi di laurea magistrale delle Classi di Biologia, Chimica, Medicina, Professioni Sanitarie, Biotecnologie e Farmacia interessati ad affrontare le problematiche di utilizzo della bioinformatica. Tutti i corsi sono a numero chiuso. Le lezioni si svolgono in aula informatica con sessioni di esercitazioni pratiche. Le lingue della scuola possono essere sia inglese, sia italiano. Sede: Università dell Insubria, Via Alberto da Giussano 12, Busto Arsizio, Aula informatica. La scuola è organizzata in moduli, quelli proposti per il 2014 sono: STATISTICA DI BASE PER IL LABORATORIO BIOINFORMATICS APPROACH ADVANCED BIOINFORMATICS INTRODUZIONE ALLA SYSTEMS BIOLOGY PROGRAMMAZIONE IN R I programmi dell edizione 2013 (che potranno subire variazioni nel contenuto e nei docenti) sono visionabili sul sito 7