I. introduzione. II. ricerche. III. salvataggio dei risultati e delle ricerche. giovanna.bruscolini@uniurb.it - Biblioteca Scientifica Uniurb

Transcript

1 I. introduzione II. ricerche III. salvataggio dei risultati e delle ricerche giovanna.bruscolini@uniurb.it - Biblioteca Scientifica Uniurb

2 Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine) La NLM è la biblioteca affiliata all NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti. E la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale Copre i seguenti settori : medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria, organizzazione sanitaria, scienze precliniche comprende: index medicus, international nursing index e index to dental literature

3 1879: INDEX MEDICUS 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED (PUBlic MEDline)

4 Formata da 4 archivi MEDLINE (principale): citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965, no abstract, no MESH PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento quotiniano PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dall editore. Non ancora pubblicate in cartaceo

5 ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che collega e integra la banca dati bibliografica Pubmed con altri archivi (db di sequenze di DNA e di proteine, strutture 3D di proteine e dei loro domini, informazioni tassonomiche) Sistema che permette la ricerca e il recupero delle informazioni di letteratura scientifica e di sequeze molecolari contenute nei database collegati

6 Esempio dall archivio bibliografico (fonte di informazione secondaria)

7

8 Accesso agli archivi disponibili Una volta NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine GENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3D TAXONOMY OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed central)

9 Adesso Risorse disponibili (raggruppate per argomento) Guide alle ricerche (suddivise per argomento)

10

11 Entrez PubMed Overview Help FAQ Tutorials New/Noteworthy Descrizione sommaria del pubmed Descrizione dettagliata delle modalità di ricerca Manuale interattivo Aggiornamenti apportati PubMed Services Journals Database MeSH Database Single Citation Matcher Batch Citation Matcher Clinical Queries Special Queries LinkOut My NCBI Consultazione delle riviste indicizzate Consultazione dei descrittori Verifica e controllo delle singole citazioni bibliografiche Verifica e controllo simultaneo di varie citazioni per fare una ricerca su aspetti prestabiliti dal sistema(terapia diagnosi eziologia e prognosi) Collegamento a risrse esterne Strumento per la memorizzazoine remota e aggiornamento di ricerce

12 Related Resources Order Documents Per ordinare testo completa NLM Gateway TOXNET Consumer Health Clinical Alerts Per effettuare ricerca simultanea su piu archivi Link al Medline plus Comprende le scoperte più significative in campo biomedico non ancora pubblicate ClinicalTrials.gov PubMed Central Per accesso alle sperimentazioni cliniche finanziate dalnih Per l accesso all archivio con testi completidi articoli

13 II. LA RICERCA

14 Titolo articolo autore Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine n. Identificativo

15 Base dati è una collezione di dati organizzati in record Ogni record è una citazione bibliografica Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

16

17 [AU] campo autore [1AU] o [lastau] per primo o ultimo autore [TI] campo titolo [TA,JOUR] nome della rivista [LA,LANG] lingua di pubblicazione dell articolo [MH,MESH] Mesh terms (soggetti) [MAJR] descrittori che descrivono gli argomenti principali del lavoro [DP,PDAT] data di pubblicazione(a/m/g); [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G)

18 [AB] abstract [TIAB] per cercare contemporaneamente nel titolo e nell abstract [SO] riferimenti bibliografici [PS] campo utile per ritrovare citazioni dove si parla di un determinato autore [PA] pharmacologica action per trovare sostanze con una certa azione farmacologica [SB] subset di appartenenza del record -AIDS -Bioethics -Cancer -History of medicine

19 Stopwords (articoli, congiunzioni ): trascrizione superflua Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo stringa : cerca l esatta stringa di ricerca Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

20 la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi. Per una corretta strategia di ricerca è necessario inserire tutti i possibili sinonimi, le abbreviazioni e le forme aggettivali di un termine IMMUNOTOXICITY immunotoxic immunotoxicant immunotoxicants immunotoxicity Se la radice e comune si può utilizzare il troncamento (*): ricerca fino a 600 parole poi messaggio N.B.: Utile usare i limits ovvero i filtri per delimitare la ricerca a determinati aspetti (tipo di pubblicazione- lingua di pubblicazione- fasce di età gruppo di studio sesso del gruppo di studio data di pubblicazione ecc.)

21 Digitare nel box di ricerca il cognome e l iniziale del nome senza punteggiatura: pubmed tronca la ricerca in modo da includere i risultati con più iniziali del nome o con specifiche quali Jr o 2 Per cercare un autore con il solo cognome usare il tag [au]. le citazioni dal 2002 in poi si possono cercare anche digitando il nome per esteso (l ordine di inserimento non ha importanza): rimarranno escluse quelle antecedenti Per una ricerca più precisa: racchiudere tra virgolette ( ) cognome ed iniziale del nome + qualificatore del campo Jenkins M [AU] Oppure Jenkins M@ Modo più semplice per cercare l autore è usare l advanced search che aiuta tramite la funzione di autocompletamento TAG utili : [AU]; [1AU]; [LASTAU]

22 #11 Search jenkins m 936 #12 Search "jenkins m 936 (trova anche i collaboratori) #13 Search jenkins m [AU] 930 #18 Search "jenkins m" [AU] 222 #25 Search jenkins m@ 227 (trova anche i collaboratori)

23 Ricerca nel titolo e abstract è utile: Per articoli recenti Se il descrittore disponibile non è sufficientemente specifico Bisogna però prevedere i possibili sinonimi, le abbreviazioni, le varianti grafiche, le forme aggettivali verbali

24 operatori booleani (in maiuscolo): AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l altro N.B. anche con AND non sempre la ricerca è precisa

25

26 Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw] Ricerca in un sottoinsieme composto da un numero limitato di frasi Esempio: - Breast tumours = così trova i casi di tumore non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593) - breast tumours = tumori al seno (1347)

27

28 Il sistema esegue la ricerca prendendo in esame i termini da sinistra a destra INTERFERONS AND HEPATITIS OR MELANOMA OR LEUKEMIA Per forzare la sequenza di lettura: i termini tra parentesi saranno processati per primi e successivamente incorporati all intera strategia di ricerca INTERFERONS AND (HEPATITIS OR MELANOMA OR LEUKEMIA)

29

30 Thesaurus: vocabolario controllato di termini utilizzati per descrivere sinteticamente il contenuto dei documenti ogni descrittore corrisponde in maniera univoca ad un concetto o ad una classe di concetti Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini Precisione nella ricerca Svantaggi: Non si trovano record più recenti

31 Per ogni articolo vengono assegnati uno o più descrittori Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottodescrittori (subheadings) per ogni mesh Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

32 Esempio di ricerca libera (termine di ricerca: BREAST CANCER)

33

34 Utilizzando il tag [TIAB] avrei perso questo record Ma è utile per trovare articoli in process e as supplied by publisher

35 1. Mediante l uso del tag di campo [MESH] N.B. Non è un descrittore (minor flessibilità)

36

37

38 Controllo del termine immesso: se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni Visualizzazione: dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni Esplosione automatica (per i descrittori che nella struttura ad albero hanno termini gerarchicamente inferiore): ricerca automatica sia del singolo descrittore che degli altri termini in esso racchiusi. Per escludere l eplosione [MH:NOEXP] Argomento principale (Major Topic)

39 1

40 PMC: archivio di articoli fulltext Filtri del sistema

41 Definizione del concetto

42

43

44

45 History: archivio delle ricerche (max100), temporaneo (8 ore) Combinabili con operatori booleani Advanced Search: index Permette di vedere e selezionare i soggetti o i termini presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine immesso (nelle parentesi il num. di record)

46 III. IV. I RISULTATI DELLA RICERCA GESTIONE DEI DOCUMENTI

47

48 Lista in ordine cronologico inverso di inserimento nella banca dati(dal più recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sul titolo Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato Il formato automatico è il summary Altri formati: Abstract con abstract ma non i mesh Medline: con tutti i campi

49 Links al full text dell editore e del PMC = related articles

50

51 TEMPORANEA: Clipboard (= blocco appunti) max 500 citazioni selezionate provenienti da una o più ricerche. formato summary. si svuota dopo 8 ore di inattività PERMANENTE: Send to file = salva fino a record alla volta in formato.txt. per salvare in html utilizzare il save as.html del browser (N.B. ricordarsi di aumentare il num di citazioni per pag) Send to collections (MyNcbi)

52

53 Creare una URL con i termini di ricerca: 1. Effettuare la ricerca e cliccare in Advanced search Details 2. Cliccare su URL sotto il Query Translation box 3. Dal browser creare il bookmark e rinominare

54 MyNCBI Utile per strategie che hanno dato ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti: servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione