Insegnamento di Genomica. Corsi di Laurea Specialistica in: Biotecnologie Agro-industriali Biologia Molecolare e cellulare

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1 Insegnamento di Genomica Corsi di Laurea Specialistica in: Biotecnologie Agro-industriali Biologia Molecolare e cellulare docenti: Silvia Fuselli (fss@unife.it) Vincenza Colonna Inga Prokopenko Morena de Bastiani

2 Definizioni Genomica: Scienza che si interessa della determinazione e dello studio, a livello molecolare, dell intera sequenza di DNA di un organismo. Genoma: L intero contenuto genico di un organismo vivente

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4 oggi Genetica Molecolare Collegamento tra DNA ed ereditarietà Struttura del DNA Codice genetico Sequenziamento DNA PCR Progetto genoma umano Informatica Primi computer Primo computer commerciale Chip Internet collega 4 università americane PC Internet collega tutto il mondo

5 Bioinformatica Informatica applicata alla biologia (molecolare) con diversi scopi: Generazione di dati: Interpretazione di dati di sequenziamento Assemblaggio di sequenze e genomi Organizzazione di dati: I dati sono memorizzati in banche dati di pubblico dominio Devono essere accessibili per parole chiave o comunque in modo semplice Devono essere collegati tra loro in modo logico: da un cromosoma devo potere risalire ai geni mappati sul cromosoma, dai geni alle proteine che codificano, e così via

6 Bioinformatica Ma anche analisi (alcuni esempi): Analisi delle sequenze nucleotidiche per la localizzazione di geni ed elementi di regolazione. Analisi delle sequenze proteiche allo scopo di riconoscerne la funzione biologica. Studio delle interazioni intermolecolari tra proteine e acidi nucleici allo scopo di riconoscerne la funzione e sviluppare nuovi farmaci. Studio dell evoluzione di geni e genomi per la loro classificazione funzionale e filogenetica Studio dell espressione dei geni in diverse condizioni Sviluppo di tecniche diagnostiche innovative Progettazione e applicazione di modelli che simulino i processi biologici cellulari

7 Genomica Determinazione e studio dell intera sequenza del DNA di un organismo. Identificazione e studio dell espressione dei geni (associati a malattie e non) in essa contenuti. Trascrittomica Identificazione, studio e analisi funzionale dell intero contenuto di mrna di una cellula. Proteomica Studio sistematico della struttura (primaria, secondaria, terziaria), della funzione e delle interazioni tra proteine. Reti metaboliche Studio di serie di processi biochimici legati tra loro da relazioni funzionali. Es:. Processi chimici e biochimici che portano alla morte cellulare nelle patologie tumorali

8 5 agosto 2005 da ensembl

9 5 maggio 2006 da ensembl

10 Ensembl release 53 - Mar 2009

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13 Obiettivi fondamentali della Genomica Tutti i progetti genoma condividono un gruppo comune di scopi: Stabilire un database ed un interfaccia di ricerca, reciprocamente integrati e disponibili su Internet Ottenere e combinare mappe fisiche e genetiche del genoma Generare ed ordinare sequenze genomiche e sequenze di geni espressi (allineamento contig, segnali di sequenze espresse: EST) Identificare ed annotare tutti i geni codificati da un determinato genoma Costruire atlanti di espressione genica (analisi dei microarray) Accumulare dati funzionali, identificando le caratteristiche biochimiche, cellulare e fisiologiche dei geni (Genomica funzionale, Farmacogenomica). Caratterizzare la diversità di sequenza del DNA attraverso lo studio della distribuzione dei polimorfismi, analisi del LD (Genetica forense, Genetica delle popolazioni) Fornire le risorse per eseguire comparazioni tra i genomi (Genomica comparativa)

14 Programma Anatomia dei genomi I genomi dei procarioti I genomi degli eucarioti (I genomi nucleari, I genomi degli organelli) Studio dei genomi Enzimi (nucleasi,ligasi,ecc.), Clonazione, Vettori (BAC, YAC, ecc.), PCR La mappatura dei genomi Mappatura genetica (RFLP, SSLP, SNPs ecc.) Mappatura fisica (restrizione, FISH, STS, ecc.) Metodi per il sequenziamento del DNA Metodi di sequenziamento Assemblaggio dei contigua Funzionamento dei genomi I domini della cromatina Modificazioni della cromatina e l espressione del genoma Progetto Genoma umano Evoluzione dei Genomi

15 Diversi tessuti umani sono formati da cellule che si comportano in modo diverso (nel corpo umano ci sono circa 6x10 13 cellule) Ogni cellula contiene una esatta copia del genoma (che non è altro che l intera sequenza del DNA dell organismo) All interno del nucleo della cellula ci sono i cromosomi: 22 paia di autosomi e un paio di cromosomi sessuali XY Nei cromosomi si possono individuare porzioni di DNA codificante chiamati geni

16 Dogma Centrale L espressione dell informazione genetica raccolta nelle molecole di DNA, avviene in due stadi: (i) trascrizione, durante la quale il DNA è trascritto in mrna (ii) traduzione, durante la quale l mrna è tradotto per produrre la proteina associata DNA mrna proteine

17 Espressione Differenziale Se ogni cellula contiene una copia dell intero genoma, e le cellule sono di diversi tipi (cellule muscolari, cellule cardiache, cellule della pelle, cellule del sangue ), Che cosa le rende differenti? Espressione genica differenziale, cioè: quando, dove, e in che quantità ogni gene è espresso. Il controllo dell espressione genica può essere esercitato ad ogni tappa del processo che termina con la sintesi proteica ma avviene prevalentemente a livello della prima tappa, ovvero a livello della trascrizione del DNA in RNA messaggero.

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22 Anatomia dei genomi

23 EUCARIOTI: nucleo, mitocondri (cloroplasti) piante animali funghi protozoi PROCARIOTI eubatteri (gram +, gram -, cianobatteri) archeobatteri

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25 Anatomia dei genomi eucariotici

26 Componenti nucleari e mitocondrali del genoma umano Genoma nucleare: 3,2 Gb composto da 46 molecole di DNA lineare: La molecola più corta è di ~ 47Mb e la più lunga è di ~ 245 Mb Genoma mitocondriale: molecola di DNA circolare di bp; Ci sono ~ 800 mt per cellula e ~10 copie di mtdna per mitocondrio = 8000 molecole di mtdna

27 Il genoma mitocondriale umano Sequenziato nel 1981 (Anderson et al.) Control region bp

28 Il Genoma umano in numeri 23 paia di cromosomi; 2 metri di DNA; 3,200,000,000 bp (3,2 Gb; 3,200 Mb; 3,200,000 kb); 20,000-25,000 geni.???????????

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30 Dicembre, 2003

31 Maggio, 2005 Maggio, 2004

32 10% di sequenze ripetute non assegnabili perché appartengono a telomeri, centromeri ecc.

33 Science Jun 21;272(5269): The complete 685-kilobase DNA sequence of the human beta T cell receptor locus. Rowen L, Koop BF, Hood L. Department of Molecular Biotechnology, University of Washington, Seattle , USA. The human beta T cell receptor (TCR) locus, comprising a complex family of genes, has been sequenced. The locus contains two types of coding elements-tcr elements (65 variable gene segments and two clusters of diversity, joining, and constant segments) and eight trypsinogen genes --that constitute 4.6 percent of the DNA. Genome-wide interspersed repeats and locusspecific repeats span 30 and 47 percent, respectively, of the 685-kilobase sequence. A comparison of the germline variable elements with their approximately 300 complementary DNA counterparts reveals marked differential patterns of variable gene expression, the importance of exonuclease activity in generating TCR diversity, and the predominant tendency for only functional variable elements to be present in complementary DNA libraries. 65 V ß ; 2 cluster DJC con 1 D ß, 6-7 J ß, 1 C ß

34 Un segmento del genoma umano Locus: Recettore ß delle cellule T 685 Kb 50 Kb Cromosoma 7

35 Cosa contiene questa regione di 50 kb, parte del locus che codifica il β T-cell receptor? un gene: TRY4 (5 esoni, 4 introni) due segmenti genici: V28 e V29-1, discontinui uno pseudogene: TRY5 52 genome-wide repeat sequences : 4 tipi tutti presenti (LINEs, SINEs, elementi LTR, trasposoni) due microsatelliti il rimanente 50% della sequenza è composto di DNA a singola copia, non genico e non ripetitivo, a funzione ignota

36 GENOMI EUCARIOTI tutti sono suddivisi in 2 o + molecole lineari tutti gli eucarioti hanno anche genomi mitocondriali, alcuni anche cloroplastici le caratteristiche generali sono comuni, l unico aspetto molto variabile è la grandezza il n di cromosomi non è legato alla complessità della specie, né alla grandezza del genoma (es. salamandra ha un genoma 30 volte più grande dell uomo ed è distribuito su un n di cromosomi che è la metà di quello umano)

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39 Contenuto in paia di basi del genoma aploide Le dimensioni dei genomi dei vari organismi sono molto variabili. L ordine di grandezza però coincide in un certo modo con la complessità dell organismo: eucarioti semplici (funghi) hanno genomi piccoli, eucarioti superiori (vertebrati o piante a fiore) hanno genomi grandi AMEBA?!?!? paradosso del valore C

40 Paradosso del valore C manca correlazione tra la complessità di un organismo e la grandezza del suo genoma La grandezza del genoma è correlata al numero di geni in esso contenuti???

41 Paradosso del numero dei geni es: genoma di lievito = 12 Mb genoma umano = 3200 Mb uomo ha ~ geni x genoma umano lievito dovrebbe avere x 0.004= 100 geni in realtà ne ha la correlazione tra le dimensioni del genoma di un organismo ed il numero di geni in esso contenuto non è affatto esatta!

42 Specie Dimensioni del genoma (Mb) N geni approssimativo Eucarioti S. Cerevisiae 12, C. elegans Arabitopsis thaliana (erba galletta) * D. Melanogaster Homo Sapiens Batteri Mycoplasma genitalium 0, Streptococcus pneumoniae 2, Vibrio cholerae EI Tor N , Mycobacterium tubercolosis H37Rv 4, Escherichia coli K12 4, Yersinia pestis CO92 4, Pseudomonas aeruginosa PA01 6, Archea Methanococcus jannaschii 1, Archaeoglobulus fulgidusla) 2, (*) circa 8000 geni sono specifici per la fotosintesi Ipotesi: i genomi più grossi presentano un numero di geni maggiore

43 Cr. 7 Cr. 3

44 rispetto a quello umano il segmento del genoma di lievito contiene più geni (26 per proteine e 2 per trna) i geni discontinui sono molto pochi: solo 239 introni in tot (nell uomo > di ) ci sono poche genome wide repeats: una LTR (Ty2) e 4 LTR troncate (sequenze delta). In questo caso LTR sono 16% del tot, ma in realtà, su tutto il genoma, sono solo il 3.4% (nell uomo il 44%, in drosofila il 12%)

45 soluzione: i genomi degli organismi meno complessi hanno i geni strettamente impacchettati, e per questo risultano più piccoli.

46 Sembra che le genome-wide repeats abbiano ruolo importante nel determinare il grado di compattezza di un genoma in mais sembrano costituire ~ 50% del genoma sta emergendo che nei genomi di alcune specie queste repeats hanno proliferato massicciamente questo spiegherebbe perché genomi di specie molto simili possono essere anche molto diversi per grandezza Riflette l eterogeneità degli eventi evolutivi che hanno portato al modellamento dei diversi genomi

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