September 2015 artus CMV QS-RGQ Kit: Performance characteristics

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1 September 2015 artus CMV QS-RGQ Kit: Performance characteristics artus CMV QS-RGQ Kit, Version Check availability of new electronic labeling revisions at before test execution. The current revision status is indicated by the issue date (format: month/year). Sample to Insight

2 Sensibilità analitica plasma Il limite di rilevazione analitica, tenendo conto della purificazione (limite di sensibilità), è stato determinato per il kit artus CMV QS-RGQ utilizzando campioni clinici CMV-positivi in combinazione con l estrazione sul QIAsymphony SP. Per il plasma, la sensibilità analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stata determinata utilizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 1000 copie al valore nominale di 0,316 copie di CMV/ml, aggiunte ai campioni clinici di plasma. I campioni sono stati poi sottoposti ad estrazione del DNA con il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo Cellfree1000 DSP (volume di estrazione: 1 ml, volume di eluizione: 60 µl). Ciascuna delle 10 diluizioni è stata analizzata con il kit artus CMV QS-RGQ in 4 giorni diversi nell ambito di 4 sedute con 8 replicati ciascuna. I risultati sono stati determinati mediante un analisi probit. La Figura 1 illustra graficamente l analisi probit. Il limite di rilevazione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) in combinazione con il Rotor-Gene Q è pari a 42,5 copie/ml (p = 0,05). Ciò significa che esiste una probabilità del 95% che vengano rilevati 42,5 copie/ml % Proportions Proporzioni ~ 42.5 ~ 42.5 copies/ml (95%) (95%) ( copies/ml) Log log (dose) Figura 1. Analisi probit: plasma, CMV (Rotor-Gene Q). Sensibilità analitica, tenendo conto della purificazione, (plasma, utilizzando il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi) del kit artus CMV QS-RGQ sul Rotor-Gene Q. Specificità plasma La specificità del kit artus CMV QS-RGQ è garantita in primo luogo dalla selezione dei primer e delle sonde, nonché dalla selezione di condizioni di reazione stringenti. I primer e le sonde sono stati controllati Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 2

3 per accertare eventuali omologie con tutte le sequenze pubblicate nelle banche genetiche mediante analisi comparativa delle sequenze. La rilevabilità di tutti i genotipi importanti è stata così assicurata. Inoltre, la specificità è stata convalidata con 100 diversi campioni di plasma CMV-negativi. Questi campioni non hanno generato segnali con i primer e le sonde di CMV inclusi nell CMV RG/TM Master. Una potenziale cross--reattività del kit artus CMV QS-RGQ è stata rilevata con il gruppo di controllo elencato nella Tabella 1 (sotto riportata). Nessuno dei patogeni testati è risultato reattivo. Non sono state osservate incidenze di cross-reattività con infezioni miste. Tabella 1. Analisi della specificità del kit con patogeni potenzialmente cross-reattivi Gruppo di controllo CMV (Cycling Green) Controllo interno (Cycling Yellow) Herpes virus umano tipo 1 (virus Herpes simplex tipo 1) + Herpes virus umano tipo 2 (virus Herpes Simplex virus 2) + Herpes virus umano tipo 3 (virus Varicella-Zoster) + Herpes virus umano tipo 4 (virus di Epstein-Barr) + Herpes virus umano tipo 6A + Herpes virus umano tipo 6B + Herpes virus umano tipo 7 + Herpes virus umano 8 (herpes virus associato al sarcoma di Kaposi) + Virus dell epatite A + Virus dell epatite B + Virus dell epatite C + Virus dell immunodeficienza umana 1 + Virus umano della leucemia a cellule T tipo 1 + Virus umano della leucemia a cellule T tipo 2 + Virus del Nilo occidentale + Enterovirus + Parvovirus B19 + Range lineare plasma Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato analizzando una serie di diluizioni del materiale CMV in un intervallo da 1,00 x 10 8 copie/ml a 3,16 x 10 1 copie/ml nel plasma. La purificazione è stata eseguita in replicati (n = 4 per concentrazioni 1,00 x 10 7 copie/ml; n = 8 per concentrazioni <1,00 x 10 7 copie/ml) utilizzando il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo Cellfree1000 DSP (volume di estrazione: 1 ml, volume di eluizione: 60 µl). Ogni campione è stato analizzato con il kit artus CMV QS-RGQ. Il range Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 3

4 lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato per coprire le concentrazioni da 7,94 x 10 1 copie/ml a 1,00 x 10 8 copie/ml per il plasma (Figura 2). 10 log10 della concentrazione stimata (copie/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) 8 6 y = x y = x R = R 2 = log log10 nominal della concentrazione concentration stimata (copies/ml) (copie/ml) Figura 2. Range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (plasma). Calcolo del range lineare. La linea retta è stata determinata mediante una regressione lineare del log10 delle concentrazioni calcolate con il log10 delle concentrazioni nominali. La figura mostra l equazione della linea di regressione. Robustezza plasma La verifica della robustezza consente la determinazione del tasso globale d errore del kit artus CMV QS- RGQ. Per verificare la robustezza, 100 campioni di plasma CMV-negativi sono stati arricchiti con 130 copie/ml di CMV (concentrazione pari all incirca tre volte il limite di sensibilità analitica). In seguito ad estrazione con il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo Cellfree1000_DSP per il plasma (volume di estrazione: 1 ml, volume di eluizione: 60 µl), i campioni sono stati analizzati con il kit artus CMV QS-RGQ. Inoltre, la robustezza del controllo interno è stata valutata mediante purificazione e analisi dei 100 campioni di plasma arricchiti. Non sono state osservate inibizioni. La robustezza del kit artus CMV QS-RGQ è risultata 99%. Valutazione clinica - plasma Le prestazioni cliniche del kit artus CMV QS-RGQ sono state valutate utilizzando campioni clinici e analizzando i relativi riscontri rispetto ai risultati ottenuti applicando un metodo confrontabile. Con il kit artus CMV QS-RGQ e il metodo confrontabile, presso un centro esterno sono stati analizzati in totale 174 campioni di plasma prelevati in EDTA da pazienti affetti da infezione da CMV o preparati artificialmente utilizzando il primo standard OMS per CMV, nonché prelevati da controlli negativi. La concordanza qualitativa di entrambi i kit è stata pari al 100%. È stata condotta un analisi di regressione di Deming e Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 4

5 Passing-Bablok con il risultato del test condotto con il kit QIAGEN sull asse Y e con il risultato del test di confronto sull asse X (vedere Figura 3). La differenza stimata in log10 (IU/mL) nel punto di decisione clinica (1000 IU/mL) tra il kit QIAGEN e il kit di confronto era di 0,074 log10 IU/ml, calcolata in base a regressione di Deming. Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ Intercetta secondo Deming: 0,253, Pendenza: 0,940 Intercetta secondo Passing-Bablok: 0,291, Pendenza: 0,929 Log10 IU/ml: Kit di confronto Figura 3. Grafico della regressione con rette di Passing-Bablok e Deming (plasma). Nell analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore di quantificazione (LLOQ) e il limite superiore di quantificazione (ULOQ) per entrambi i kit. È stato tracciato un grafico Bland-Altman per osservare la differenza nel log10(iu/ml) calcolato. La differenza media di log10 (IU/ml) e il suo corrispondente intervallo al 95% sono stati inoltre calcolati e sovrapposti sul grafico (vedere Figura 4). Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 5

6 Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ e log10 IU/ml: kit di confronto Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ e log10 IU/ml: Kit di confronto Figura 4. Grafico di Bland-Altman (plasma). Le rette orizzontali di riferimento sono in 0,00, 0,57 e 0,58 e denotano la differenza media (log 10 IU/ml: kit artus CMV QS-RGQ log 10 IU/ml: kit di confronto) e il corrispondente intervallo di predizione al 95%. Nell analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore e il limite superiore di quantificazione per entrambi i kit. Sensibilità analitica sangue intero Il limite di rilevazione analitica, tenendo conto della purificazione (limite di sensibilità), è stato determinato per il kit artus CMV QS-RGQ utilizzando campioni clinici CMV-positivi in combinazione con l estrazione sul QIAsymphony SP. Per il sangue intero, la sensibilità analitica (tenendo conto della purificazione) del kit artus CMV QS- RGQ è stata determinata utilizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 1000 copie al valore nominale di 3,16 CMV/ml, aggiunte ai campioni di sangue intero umano. I campioni sono stati poi sottoposti ad estrazione del DNA con il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il protocollo VirusBlood200 DSP (volume di estrazione: 200 µl, volume di eluizione: 60 µl). Ciascuna delle 8 diluizioni è stata analizzata con il kit artus CMV QS-RGQ in 3 giorni diversi nell ambito di 6 sedute con 11 replicati ciascuna. I risultati sono stati determinati mediante un analisi probit. La Figura 5 illustra graficamente l analisi probit. Il limite di rilevazione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) in combinazione con il Rotor-Gene Q è pari a 164,55 copie/ml (p = 0,05). Ciò significa che esiste una probabilità del 95% che vengano rilevati 164,55 copie/ml. Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 6

7 1.0 95% Proportions Proporzioni ~ ~ copies/ml copies/ml (95%) (95%) ( copies/ml) copies/ml) log Log (dose) Figura 5. Analisi probit: sangue intero, CMV (Rotor-Gene Q). Sensibilità analitica, tenendo conto della purificazione, (sangue intero, utilizzando il kit QIAsymphony DNA Mini) del kit artus CMV QS-RGQ sul Rotor-Gene Q. Specificità sangue intero La specificità del kit artus CMV QS-RGQ è garantita in primo luogo dalla selezione dei primer e delle sonde, nonché dalla selezione di condizioni di reazione stringenti. I primer e le sonde sono stati controllati per accertare eventuali omologie con tutte le sequenze pubblicate nelle banche genetiche mediante analisi comparativa delle sequenze. La rilevabilità di tutti i genotipi importanti è stata così assicurata. Inoltre, la specificità è stata convalidata con 100 diversi campioni di sangue intero CMV-negativi. Questi campioni non hanno generato segnali con i primer e le sonde di CMV inclusi nell CMV RG/TM Master. Una potenziale cross-reattività del kit artus CMV QS-RGQ è stata rilevata con il gruppo di controllo elencato nella Tabella 1 (pag. 3). Nessuno dei patogeni testati è risultato reattivo. Non sono state osservate incidenze di cross-reattività con infezioni miste. Range lineare sangue intero Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato analizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 5,00 x 10 7 a 1,00 x 10 2 nel sangue intero. La purificazione è stata eseguita in replicati (n = 4 per concentrazioni 1,00 x 10 7 copie/ml; n = 8 per concentrazioni <1,00 x 10 7 copie/ml) utilizzando il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il protocollo VirusBlood200 DSP (volume di estrazione: 200 µl, volume di eluizione: 60 µl). Ogni campione è stato analizzato con il kit artus CMV QS-RGQ. Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 7

8 conto della purificazione) è stato determinato per coprire le concentrazioni da 1,00 x ,00 x 10 7 copie/ml per il sangue intero (Figura 6). copie/ml a log10 della concentrazione stimata (copie/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) Figura 6. Range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (sangue intero). Calcolo del range lineare. La linea retta è stata determinata mediante una regressione lineare del log10 delle concentrazioni calcolate con il log10 delle concentrazioni nominali. La figura mostra l equazione della linea di regressione. Robustezza plasma y = x x R R 2 = = log10 nominal della concentrazione concentration nominale (copies/ml) (copie/ml) La verifica della robustezza consente la determinazione del tasso globale d errore del kit artus CMV QS- RGQ. Per verificare la robustezza, 100 campioni di sangue intero CMV-negativi sono stati arricchiti con 500 copie/ml di CMV (concentrazione pari all incirca a tre volte il limite di sensibilità analitica). In seguito ad estrazione con il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il protocollo VirusBlood200 per il sangue intero, questi campioni sono stati analizzati con il kit artus CMV QS-RGQ. Inoltre, la robustezza del controllo interno è stata valutata mediante purificazione e analisi dei 100 campioni di sangue intero arricchiti. Non sono state osservate inibizioni. La robustezza del kit artus CMV QS-RGQ è risultata 99%. Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 8

9 Valutazione clinica - sangue intero Le prestazioni cliniche del kit artus CMV QS-RGQ sono state valutate utilizzando campioni clinici e analizzando i relativi riscontri rispetto ai risultati ottenuti applicando un metodo confrontabile. Con il kit artus CMV QS-RGQ e il metodo confrontabile, presso un centro esterno sono stati analizzati in totale 115 campioni di sangue intero prelevati da pazienti affetti da infezione da CMV e da controlli negativi. È stata condotta un analisi di regressione di Deming e Passing-Bablok con il risultato del test condotto con il kit QIAGEN sull asse Y e con il risultato del test di confronto sull asse X (vedere Figura 7). Intercetta secondo Deming: -0,791, Pendenza: 1,141 Intercetta secondo Passing-Bablok: -0,554, Pendenza: 1,113 Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ Log10 IU/ml: Kit di confronto Figura 7. Grafico della regressione con rette di Passing-Bablok e Deming (sangue intero). Solo campioni clinici inclusi nell analisi. Nell analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore di quantificazione (LLOQ) e il limite superiore di quantificazione (ULOQ) per entrambi i kit. È stato tracciato un grafico Bland-Altman per osservare la differenza nel log10(iu/ml) calcolato. La differenza media di log10(iu/ml) e il suo corrispondente intervallo al 95% sono stati inoltre calcolati e sovrapposti sul grafico (vedere Figura 8). La differenza media in log10 (IU/mL) tra il kit QIAGEN e il kit di confronto è stata di 0,18 log10 IU/ml. La concordanza qualitativa di entrambi i kit è stata pari al 100%. Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/2015 9

10 Log10 IU/ml: artus CMV QS-RGQ Kit and log10 IU/ml: comparator kit Log10 IU/ml: artus CMV QS-RGQ Kit and log10 IU/ml: Comparator kit Figura 8. Grafico di Bland-Altman (sangue intero). Le rette orizzontali di riferimento sono in -0,18, -0,86 e 0,51 e denotano la differenza media (log 10 IU/ml: kit artus CMV QS-RGQ Lo10 IU/ml: kit di confronto) e il relativo corrispondente intervallo di predizione al 95%. Nell analisi sono stati inclusi solo campioni clinici. Nell analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore e il limite superiore di quantificazione per entrambi i kit. Precisione I dati sulla precisione del kit the artus CMV QS-RGQ consentono la determinazione della varianza totale del test. La varianza totale è costituita dalla variabilità intra-assay (variabilità di risultati multipli di campioni con la stessa concentrazione all interno di uno stesso esperimento), dalla variabiltà inter-assay (variabilità di risultati multipli del test ottenuti su diversi strumenti dello stesso tipo da diversi operatori all interno dello stesso laboratorio) e dalla variabilità inter-lotto (variabilità di risultati multipli del test utilizzando diversi lotti). I dati ottenuti sono stati utilizzati per determinare la deviazione standard, la varianza e il coefficiente di variazione per il patogeno specifico e il controllo interno di PCR. I dati di precisione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (senza tenere conto della purificazione) sono stati raccolti utilizzando la quantità standard della concentrazione più bassa (QS 4; 10 copie/µl). L analisi è stata eseguita con 8 replicati. I dati di precisione sono stati calcolati sulla base dei valori CT delle curve di amplificazione (CT: ciclo soglia, vedi Tabella 2, pag. 8). Inoltre, i dati di precisione relativi ai risultati quantitativi in copie/µl sono stati determinati utilizzando i corrispondenti valori CT (Tabella 3, pag. 9). Sulla base di questi risultati, lo scarto statistico di un dato campione con la concentrazione menzionata è Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/

11 pari a 1,21% (CT) o 14,38% (concentrazione), e a 1,93% (CT) per la rilevazione del controllo interno. Questi valori si basano sulla totalità dei singoli valori delle variabilità stabilite. Tabella 2. Dati di precisione sulla base dei valori C T Variabilità intra-assay: Variabilità intra-assay: controllo interno Variabilità inter-assay: Variabilità inter-assay: controllo interno Variabilità inter-lotto: Variabilità inter-lotto: controllo interno Varianza totale: Varianza totale: controllo interno Deviazione standard Varianza Coefficiente di variazione (%) Tabella 3. Dati di precisione sulla base dei risultati quantitativi (in copie/µl) Variabilità intra-assay: Variabilità inter-assay: Variabilità inter-lotto: Varianza totale: Deviazione standard Varianza Coefficiente di variazione (%) Riproducibilità I dati di riproducibilità consentono una regolare valutazione delle prestazioni del kit artus CMV QS-RGQ, nonché un confronto di efficacia con altri prodotti. Questi dati sono ottenuti dalla partecipazione a programmi di performance consolidati. Cross-contaminazione L assenza di cross-contaminazione fra i campioni per l intero flusso di lavoro è stata dimostrata dalla corretta rilevazione di tutti i campioni positivi e negativi in posizioni alternate (modello a scacchiera) per Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/

12 un sistema artus QS-RGQ rappresentativo. I prodotti correlati e le informazioni per l ordine sono elencati nel manuale del kit artus CMV QS-RGQ Per le informazioni di licenza aggiornate e i disclaimer specifici dei prodotti consultare il manuale specifico del kit QIAGEN. I manuali dei kit QIAGEN sono disponibili nel sito oppure possono essere richiesti al servizio di assistenza tecnica QIAGEN o al proprio distributore locale. Marchi commerciali: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). I marchi, i nomi registrati ecc. utilizzati nel presente documento, anche se non contrassegnati specificamente come tali, vanno considerati protetti dalla legge. 09/2015 HB-0356-D QIAGEN, tutti i diritti riservati. Ordering Technical Support support.qiagen.com Website Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche 09/