Curriculum Vitae. Informazioni Personali Nome Cognome Emanuela Giombini. Indirizzo di lavoro Via Portuense, Roma (RM) Italia

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1 Curriculum Vitae Informazioni Personali Nome Cognome Emanuela Giombini Indirizzo di Via Portuense, Roma (RM) Italia Telefono del luogo di / cellulare: o Sito web Nazionalità Italiana Luogo e data di nascita Roma, Sesso F Campo di occupazione trice Esperienze Lavorative Page 1/10 - Curriculum vitae of Dal ad oggi Contratto collaborazione Post-Doc Preparedness, Prediction and Prevention of emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using Multidisciplinary Approches(PREDEMICS). Dipartiemento di Virologia, Istituto Nazionale di Malattie Infettive, "L. Spallanzani", Via Portuense, 292 Roma Dott.ssa Maria Rosaria Capobianchi Dal al Contratto collaborazione Post-Doc Dinamica delle quasispecie virali: sequenziamento quantitativo profondo per rilevare la provenienza delle popolazioni virali in genomi di archiviazione e in genomi in replicazione. Dipartiemento di Virologia, Istituto Nazionale di Malattie Infettive, "L. Spallanzani", Via Portuense, 292 Roma Dott.ssa Maria Rosaria Capobianchi

2 Dal al Contratto a prestazione Analisi dei dati del gsflx su genomi virali, usando software di analisi e strumenti filogenetici. Dipartiemento di Virologia, Istituto Nazionale di Malattie Infettive, "L. Spallanzani", Via Portuense, 292 Roma Dott.ssa Maria Rosaria Capobianchi Da a Borsa post-doc Analisi della struttura delle proteine e la loro interazione Sapienza Università di Roma, Dipartimento di scienze Biochimiche, A. Rossi Fanelli, Biocomputing Group, P.le Aldo Moro 5, Roma, Italia Prof. Anna Tramotano da a Borsa di studio Analisi bioinformatica di interazione di proteine. Sapienza Università di Roma, Dipartimento di scienze Biochimiche, A. Rossi Fanelli, Biocomputing Group, P.le Aldo Moro 5, Roma, Italia Anna Tramontano. da 01/01/2004 a 01/09/2005 Borsa di studio Analisi dell espressione delle isoforme di p73 in Leucemie Mieloidi Acute. Istituto per i tumori Regina Elena (IRE), CRS Laboratorio di oncogenesi molecolare, Roma Via delle Messi D'Oro 156, 00158, Italia Ada Sacchi. Educazione e formazione Page 2/10 - Curriculum vitae of 27-28/6/2013 Corso di formazione Virological characterization of primary HIV-1 infection at sites of early viral replication by innovative sequencing technology Instituto Gulbenkian de Ciência, Apartado 14, Oeiras, Portogallo

3 26/10/12 Corso di formazione all'utilizzo di web of science/web of knowledge e di journal citation reports Attività svolta presso il laboratorio di Virologia dell Istituto Nazionale Malattie infettive L. Spallanzani - Via Portuense, Roma, Italia , e Corso di formazione generale obbligatorio per i lavoratori dell INMI ai sensi dell ar.37 del D.lgs 81/2008 Attività svolta presso il laboratorio di Virologia dell Istituto Nazionale Malattie infettive L. Spallanzani - Via Portuense, Roma, Italia Dal 12/4/12 al 10/5/12 Introduzione ai metodi statistici ed epidemiologici nella ricerca biomedica Attività svolta presso il laboratorio di Virologia dell Istituto Nazionale Malattie infettive L. Spallanzani - Via Portuense, Roma, Italia ad ora Studente non medico alla specializzazione in Microbiologia e Virologia presso il Campus Biomedico di Roma. Via del Portillo Attività svolta presso il laboratorio di Virologia dell Istituto Nazionale Malattie infettive L. Spallanzani - Via Portuense, Roma, Italia MR Capobianchi Titolo del corso Titolo del corso Nome ed indirizzo dell Università Page 3/10 - Curriculum vitae of Tavola rotonda sulle nuove frontiere della genomica: applicazioni in campo virologico l INMI L. Spallanzani - Via Portuense, Roma Dal al Produttività in ambiente Unix/Linux CASPUR Via dei Tizii, Roma, Italy Dal al Studente di dottorato in Scienze Pasteuriane con borsa sovvenzionata dalla fondazione Cenci Bolognetti Analisi Bioinformatica delle proteine coinvolte nell interazione ospite patogeno, in Batteri e Plasmodio falciparum. Sapienza Università di Roma, Dipartimento di scienze Biochimiche, A. Rossi Fanelli, Biocomputing Group, P.le Aldo Moro 5, Roma, Italia Anna Tramontano.

4 Titolo del corso Titolo della tesina Nome ed indirizzo dell Università Titolo del corso Titolo della tesi Nome ed indirizzo dell Università 18/11/2005 Master di secondo Livello in Bioinformantica: Applicazioni Biomediche e Farmaceutiche, summa cum laude A computational analysis of protein interfaces in multimeric proteins of Mesophil organisms. Sapienza università di Roma. Piazzale Aldo Moro 5, Roma,Italia 18/12/2003 Laurea in Scienze Biologiche Analisi dell espressione delle isoforme di p73 in leucemie mieloidi acute Università Roma Tre. Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e naturali, Viale Marconi, Roma Competenze Competenze linguistiche Lingua madre Italiano Altre lingue Inglese Livello Base Competenze informatiche Page 4/10 - Curriculum vitae of Ottima conoscenza del Sistema Operativo Windows 7,e relativi applicativi word, excel, powerpoint. Buona conoscenza del Sistema Operativo Linux Ubuntu, protocolli di trasferimento dati e di sessione remota cifrata Buona conoscenza di linguaggi di programmazione in ambito scientifico Python e Perl Conoscenza base del programma mysql

5 Competenze tecniche acquisite Analisi computazionale di geni e genomi virali con : tools EMBOSS Calcolo della distanza evolutiva con: PROTDIST Costruzione di alberi filogenetici con : PHYLIP MEGA Utilizzo di software Roche: Amplicon Variants Analysis Ricostruzione di genoma con dati ottenuti da esperimenti shutgun: Mapper Assembler Cap3 Mira strumenti per analisi Metagenomica Megan4 Analisi computazionale della struttura di geni di organismi eucarioti Identificazione sequenze introniche, esoniche. Blast tra due sequenze Analisi computazionale del promotore: Identificazione delle isole GpC Identificazione siti di legami proteine specifici Analisi computazionale di strutture proteiche PsiBlast Analisi di sequenze biologiche PSIPRED, DISOPRED, PSAIA, Naccess, Gromacs, TMHMM, Prodiv-TMHMM, LipoP PSORTb, Glimmer in banche dati: PDB, PQS, Uniprot, Pfam. Ensembl Analisi con server per la predizione modeller, hhpred, Page 5/10 - Curriculum vitae of

6 Analisi dell espressione genica mediante: RT-PCR, Real -Time Western Blot Colture cellulari, Estrazione DNA, RNA, Vitalità Trasfezioni (stabili e transienti): Selezione conale mediante: Test funzionali: Markers di selezione(g418, puromicina, igromicina) Diluizione seriale Costruzione vettori Costruzione e uso vettori inducibili Cruve di crescita Page 6/10 - Curriculum vitae of

7 Partecipazione a congressi e poster - Roma, Febbraio 2014, PREDEMICS WP3 workshop,6-7 Febbraio 2014, Roma Italia, - Milano, Novembre 2013, tecnologia 454: una finestra sulla biodiversità microbica, 21 novembre 2013, Milano Italia; - Berlino, HIV quasispecies tropism and viral compartmentalization in gut and peripheral blood in early as compared to chronically infected patients, 23rd ECCMID, Aprile 2013, Berlino Germania.. - Berlino, Sequence- independent amplification combined with next-generation sequencing to obtain near full-length genome reconstruction of Hepatitis C virus, 23rd ECCMID, Aprile 2013, Berlino Germania. - Roma, Influence of HIV coinfection in the extent of HCV NS3 protease variability and resistance-associated mutations assessed by next generation sequencing, 9th International Workshop on HIV & Hepatitis Co-infection, Maggio 2013, Roma Italia. - Torino, Extent of HCV NS3 protease variability and resistance-associated mutations in daa-naïve patients with/without hiv coinfection assessed by next generation sequencing. 5 ICAR. Torino, Maggio 2013, Torino Italia. - Torino, Quasispecies tropism and compartmentalization in gut and peripheral blood during early and chronic phases of hiv infection: possible correlation with immune activation markers. 5 ICAR, Maggio 2013, Torino Italia. - Roma, Influence of hiv coinfection in the extent of HCV NS3 protease variability and resistance-associated mutations assessed by next generation sequencing. 11th European Meeting on HIV & Hepatitis Marzo 2013,Roma Italia. - Milano, Gennaio Quasispecies tropism of gut associated HIV, virus compartmentalization and immune activation in early infected patients. HIV cure and eradication: a feasible option?, Gennaio 2013, Milano Italia. - Milano, Novembre 2012, 5 Congresso nazionale SIVIM, Novembre 2012, Milano, Italia; - Marsiglia, Maggio 2012, 17th International Symposium on HIV and Emerging Infectious Diseases (ISHEID), Maggio 2012, Francia,Marsiglia; - Barcelona, Marzo 2012, 10th European Meeting on HIV & Hepatitis, accettato Evolution of HIV-1 quasispecies tropism under long lasting cart assessed by next generation sequencing, Marzo 2012, Barcelona, Spagna; - Roma, Dicembre 2011, 8 Forum Sivim, I Virus dell' Epatite Patogenesi, terapia e monitoraggio dell' infezione: attualità e prospettive, Dicembre 2011, Roma Aula Convegni CNR, Piazzale Aldo Moro, 7 Roma, Italia; - Rimini, Novembre 2011, Comunicazione orale accettata: "Detection of CXCR4using variants in gut biopsies from acutely and chronically infected hiv patients by ultra-deep sequencing and their contribution to hiv quasispecies circulating in plasma XL Congresso AMCLI, Novembre 2011, Rimini; Page 7/10 - Curriculum vitae of

8 - Roma, Ottobre 2011, AMCLI: HIV, HBV, HCV:clinici e virologi a confronto, 26 Ottobre 2011 Roma; -..Belgrado, Ottobre 2011, 13th European AIDS Conference, presentazione orale accettata: "Detection and characterization of CXCR4-using variants in gut and peripheral blood of early infected HIV patients by ultra-sensitive next generation sequencing, October 2011, Belgrado, Serbia; -..Roma, Luglio 2011, 6th IAS Conference on HIV Pathogenesis, treatment and prevention, accettato: Compartmentalization and dynamics of CXCR4-using HIV variants during early phases of HIV infection, established by ultra-sensitive next generation sequencing, luglio 2011, Roma, Italia; - Bari, Marzo 2011, 2 incontro Utilizzatori Italiani 454 Roche Technology, Bari, 3-4 Marzo Roma, Dicembre 2010: Organizzatrice del corso Sequenziamento genico ed applicazioni bioinformatiche per lo studio dell evoluzione molecolare e della filogenesi dei microrganismi ROMA 13-16/12/2010 INMI L.Spallanzani Via Portuense Roma (RM) Italia. Presentazione orale, esercitazione pratica. - Bari, ottobre 2010: partecipazione al "Next Generation Sequencing Workshop, Second Edition tenutosi a Bari dal 6 al10 ottobre Presentazione Poster - Roma, Dicembre 2009: Membro del comitato di organizzazione della simposio della scuola di dottorato del BeMM. Sapienza P.le Aldo Moro 5, Roma, Giugno 2009: Congresso Fondazione Roma per la Biomedica, Poster Congresso Fondazione Roma per la Biomedica, Roma,17/6/2009 Book, p Cagliari, Dicembre 2008: Collaboratore per l'organizzazione dell ottava edizione della conferenza " Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction " (CASP8), 3-7/12/ Cagliari, Settembre 2008: Membro del comitato di organizzazione del congresso European Conference on Computational Biology 2008 ECCB08. Poster: ECCB'08. Cagliari, 22-26/09/2008, Abstract Book, p Roma, Giugno 2008: About Protein Folding, 9-10/6/2008. Page 8/10 - Curriculum vitae of

9 Publicazioni 16) Performances of Bioinformatics Pipelines for the Identification of Patho-gens in Clinical Samples with the De Novo Assembly Approaches: Focuson 2009 Pandemic Influenza A (H1N1). Biagini T, BartoliniB, Giombini E, Capobianchi MR, Ferrè F, Chillemi G, and Desideri A.The Open Bioinformatics Journal. 2014, 8, ) Slow response to entecavir treatment in treatment-naive HBV patients is conditioned by immune response rather than by the presence or selection of refractory variants. Solmone M, Giombini E., Vincenti D, Rozera G, Testa A, Moscetti A, Catalano M, Abbate I, Capobianchi MR, Menzo S. Antivir Ther Nov ) Quasispecies tropism and compartmentalization in gut and peripheral blood during early and chronic phases of HIV-1 infection: possible correlation with immune activation markers. Rozera G, Abbate I, Vlassi C, Giombini E., Lionetti R, Selleri M, Zaccaro P, Bartolini B, Corpolongo A, D'Offizi G, Baiocchini A, Del Nonno F, Ippolito G, Capobianchi MR. Clin Microbiol Infect Aug 24 13) Extent of HCV NS3 protease variability and resistance-associated mutations assessed by next generation sequencing in HCV monoinfected and HIV/HCV coinfected patients. Bartolini B, Giombini E., Zaccaro P, Selleri M, Rozera G, Abbate I, Comandini UV, Ippolito G, Solmone M, Capobianchi MR. Virus Res Nov 6;177(2): ) The next generation sequencing technology in clinical virology, Capobianchi M.R., Giombini E., Rozera G., Clinical Microbiology and Infection,2013 Jan;19(1): ) Ultra-deep sequencing reveals hidden HIV-1 minority lineages and shifts of viral population between the main cellular reservoirs of the infection after therapy interruption. Rozera G, Abbate I, Ciccozzi M, Lo Presti A, Bruselles A, Vlassi C, D Offizi G, Narciso P, Giombini E, Bartolini B, Ippolito G, Capobianchi MR. J Med Virol, 2012, 84: ) Structural dynamics of V3 loop with different electrostatics: implications on coreceptor recognition: a molecular dynamics study of HIV gp120. Chandramouli B, Chillemi G, Giombini E, Capobianchi MR, Rozera G, Desideri A. J Biomol Struct Dyn. 2012, [Epub ahead of print] 9) Detection of haemagglutinin D222 polymorphisms in influenza A(H1N1)pdm09infected patients by ultra-deep pyrosequencing. Selleri M, Piralla A, Rozera G, Giombini E, Bartolini B, Abbate I, Campanini G, Rovida F, Dossena L, Capobianchi MR, Baldanti F. Clin Microbiol Infect [Epub ahead of print] 8) Deep sequencing of plasma and proviral HIV-1 to establish coreceptor usage: what is the clinical impact of the quasispecies distribution? Abbate I, Rozera G, Giombini E, D'Offizi G, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G, Capobianchi MR. J Infect Dis. 2011, 204: ) Metagenomic approach for discovering new pathogens in infection disease outbreaks. Giombini E, Bartolini B, Rozera G, Selleri M, Zaccaro P, Capobianchi MR and Abbate I. Microbiologia Medica. 2011, 26: ) Effects of Natural Selection and Gene Conversion on the Evolution of Human Glycophorins Coding for MNS Blood Polymorphisms in Malaria-Endemic African Populations. Ko WY,. Kaercher KA, Giombini E, Marcatili P, Froment A, Ibrahim M, Lema G,. Nyambo TB,. Omar SA, Wambebe C, Ranciaro A,. Hirbo JB, and Tishkoff SA. Am. J. Hum. Genet. 2011; 88(6): Page 9/10 - Curriculum vitae of

10 5) Dynamics and compartmentalization of CXCR4-using HIV variants during the early phases of HIV infection, established by ultra-sensitive next generation sequencing Rozera G, Abbate I, Vlassi C, Bruselles A, Bartolini B, Giombini E, Corpolongo A, D Offizi G, Narciso P, Capobianchi MR. Infection 2011, Vol.39 (suppl.1):37; 4) Detection of quasispecies variants predicted to use CXCR4 by ultra-deep pyrosequencing during early HIV infection. Abbate I, Vlassi C, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Giombini E, Corpolongo A, Dʼoffizi G, Narciso P, Desideri A, Ippolito G, Capobianchi MR. AIDS 2011, 25: ) An automatic method for identifying surface proteins in Bacteria: SLEP. Giombini E., Orsini M., Carrabino D. and Tramontano A. BMC Bioinformatics. 2010, 11(1):39. 2) The complexity of p73 isoforms in human neoplasia Giombini E., Blandino G., Sacchi A., Lo-Coco F. and Rizzo M. G. Gene Ther Mol Biol Vol 9, 2005, Review 1) Analysis of p73 expression pattern in acute myeloid leukemias: lack of Delta N-p73 expression is a frequent feature of acute promielocytic leukemia. Rizzo M. G., Giombini E., Diverio D., Vignetti M., Testa U., Sacchi A., Lo Coco F. and BlandinoG. Leukemia, vol 18 n 11 november 2004, Page 10/10 - Curriculum vitae of

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