Controllo Esterno di Qualità dei test genetici Schema Fibrosi Cistica Scheda campioni: IX Turno

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1 7// Controllo Esterno di Qualità dei test genetici Schema Fibrosi Cistica Scheda campioni: IX Turno - Valutatori: Manuela Seia, Elisabetta Pelo, Maria Baffico ISS-CNMR Roma 7 Marzo DATI ANAGRAFICI* DATI CLINICI GENOTIPO Ornicapo Luigi Nato a Salisburgo il 8// Anuttifo Giuseppe Nato a Palermo il //97 CAMPIONI INVIATI Bambino di anni di sesso maschile, con madre Austriaca e padre Italiano, presenta test del sudore positivo e ricorrenti episodi di infezione delle vie respiratorie da P. aeruginosa. Soggetto di sesso Maschile di origine italiana, clinicamente sano chiede caratterizzazione molecolare perché la partner, in gravidanza alla 6 settimana, è portatrice della mutazione R6X eterozigote (c.[8c>t];[=]) F8del/G8E HGVS: c.[_delctt];[ G>A] RX eterozigote HGVS: c.[67c>t];[=] Dompinti Ana Nata a Monza il /7/99 Paziente di origine spagnola di 8 anni. Presenta bassa statura, insufficienza pancreatica, lievi problemi polmonari con bronchiectasie localizzate. GX / GX HGVS: c.[6g>t];[6g>t] Smantico Giulio Nato a Cremona il /9/977 *I dati anagrafici sono fittizi Individuo di sesso maschile, di origine italiana, in apparente buona salute, con fratello affetto da Fibrosi Cistica deceduto in giovane età e non caratterizzato a livello molecolare. La sua compagna (8 anni), alla a settimana di gravidanza è portatrice della mutazione F8del. Chiede analisi molecolare del gene CFTR per diagnosi prenatale normale HGVS: c.[=];[=]

2 7// Performance insufficiente Errore di Genotipizzazione:. Genotipo errato (comprende: mancata o errata identificazione della mutazione patogenica; scambio di campioni; errore di trascrizione tra dato grezzo e referto). Mancato raggiungimento dell efficienza diagnostica richiesta per lo schema (7%). Dati grezzi non interpretabili Errori di Interpretazione:. Interpretazione errata del dato grezzo corretto. Assenza di Interpretazione rispetto all indicazione clinica al test genetico richiesto (è necessario riportare stato di portatore o affetto) Punteggio genotipizzazione + interpretazione è inferiore a / Turno () Performance dei laboratori partecipanti Turno () Performance dei laboratori partecipanti Schema Fibrosi Cistica (lab. Partecipanti su iscrizioni) punteggio medio ottenuto nella valutazione di genotipizzazione, interpretazione e refertazione Punti Poor Poor Poor Poor Poor 6 Poor 7 Poor

3 7// Genotipizzazione- Ornicapo max :.68 poor Genotipizzazazione Genotipizzazione- Anuttifo Genotipizzazione - Dompinti Genotipizzazione -Smantico max :.7 poor max :.6 poor max :.7 poor Performance insufficiente sulla genotipizzazione laboratorio sul campione Dompinti non ha correttamente valutato il dato grezzo, dando un indicazione errata laboratorio sul campione Smantico non ha raggiunto la soglia della performance sufficiente perché la somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione è inferiore a / Genotipizzazione Performance insufficiente laboratorio sul campione Dompinti non ha correttamente valutato il dato grezzo, dando un indicazione errata

4 7// Genotipizzazione(.) + Interpretazione () Performance insufficiente laboratorio sul campione Smantico non ha raggiunto la soglia della performance sufficiente perché la somma dei punteggi di genotipizzazionee interpretazione è inferiore a / Nel dato grezzo manca la chiave di lettura per il riconoscimento delle bande Genotipizzazione- Ornicapo Genotipizzazione- Anuttifo Genotipizzazione - Dompinti Genotipizzazione -Smantico max :.68 poor max :.7 poor max :.6 poor max :.7 poor Carenze più frequenti nella genotipizzazione Manca nomenclatura HGVS Dato grezzo di scarsa qualità Numero di accesso in GeneBanknon riportato Assenza di sensibilità e/o specificità analitica Genotipizzazione 9 laboratori laboratori 8 laboratori laboratori Turno Turno Errore critico su genotipiz. (8 labsu ) Media punteggio Genotip.:.99 su Performance insufficiente su 6 genotipiz. ( labsu ) Media punteggio Genotip.:.67 su

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6 7// da c.+ a c.+ (cdna) HGVS + A del codone di inizio ATG tradizionale + A del codone di inizio ATG Esempio HGVS c.89+g>t tradizionale 6+G>T NOMENCLATURA DELLE MUTAZIONI Sui referti dovrebbe essere indicata la descrizione delle varianti identificate sia con la nomenclatura HGVS che con quella tradizionale la nomenclatura HGVS e la formula del genotipo devono essere usate correttamente Normale: c.[=];[=] Eterozigote composto (non ancora verificato): c.[_delctt(;)g>a] (campione Ornicapo) Omozigote (non ancora verificato): c.[6g>t];[(6g>t)]; (campione Dompinti) 6

7 7// RACCOMANDAZIONI - Genotipizzazione Si raccomanda di aggiornare la nomenclatura classica e di utilizzare anche la nomenclatura HGVS v.. Per la partecipazione al CEQ è importante inviare la chiave di lettura dei dati grezzi al fine di poterne verificare la correttezza. A tale scopo si raccomanda di non inviarla in un file separato che non ne permette l uso. 7

8 7// Interpretazione - Ornicapo Interpretazione - Anuttifo Interpretazione - Dompinti Interpretazione -Smantico interpret. su max :. poor non valutati interpret. su max :. poor non valutati interpret. su max :.8 poor non valutato interpret. su max :. 6 poor non valutati Interpretazione Performance insufficiente laboratori non hanno interpretato nessuno dei quattro campioni; laboratorio non ha interpretato uno dei quattro campioni; laboratorio non ha interpretato correttamente uno dei quattro campioni; laboratorio sul campione Smantico non ha raggiunto la soglia della performance sufficiente perché la somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione è inferiore a / N.B.:Non valutati perché il lab ha avuto performance insufficiente nella genotipizzazione Carenze più frequenti nell interpretazione Campione Ornicapo Luigi Mancata o errata valutazione dell efficienza diagnostica (7 laboratori non prendono in considerazione dell origine etnica del probando (madre Austriaca)) Assenza dell'indicazione del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell'indicazione all'offerta di diagnosi prenatale alle prossime gravidanze per i genitori. Campione Anuttifo Giuseppe Assenza dell'indicazione all'offerta di diagnosi prenatale Manca l'indicazione di estendere l analisi ai familiari Campione Dompinti Ana Mancata o errata valutazione dell efficienza diagnostica ( laboratori non prendono in considerazione dell origine spagnola del probando) Assenza dell'indicazione all analisi dei genitori per conferma dell omozigosi Assenza del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell indicazione di estendere l analisi all'eventuale partner Assenza dell'indicazione del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell offerta di diagnosi prenatale alle prossime gravidanze per i genitori Campione Smantico Giulio Mancata o errata indicazione calcolo de rischio residuo (6 laboratori non hanno preso in considerazione che il probando ha un fratello affetto) Mancata o errata valutazione del rischio riproduttivo riferito alla partner portatrice 9 laboratori 7 laboratori 9 laboratori 8 laboratori 7 laboratori 6 laboratori laboratori 7 laboratori 7 laboratori 8 laboratori 6 laboratori laboratori 8 laboratori 8

9 7// Esempi di errori di interpretazione nel campione Smantico Giulio Smantico Giulio fratello affetto da Fibrosi Cistica deceduto in giovane età e non caratterizzato a livello molecolare. La sua compagna(8 anni), alla a settimana di gravidanza è portatrice della mutazione F8del. Chiede analisi molecolare del gene CFTR per diagnosi prenatale. Assenza di calcolo del rischio residuo Risultato: assenza delle mutazioni ricercate. Per il polimorfismo intragenico IVS8 poly-t, il soggetto analizzato presenta il seguente genotipo: 7T/7T Conclusioni: il test eseguito non consente di escludere la presenza di mutazioni rare a carico del gene analizzato. Vista la storia familiare positiva si consiglia una consulenza genetica per la valutazione del rischio residuo del soggetto in esame di essere portatore di una mutazione e quindi per una corretta stima del rischio riproduttivo. Risultato: Assenza di mutazioni Il polimorfismo T dell introne 8 presenta gli alleli: 7T/7T Conclusioni: L analisi molecolare del gene CFTR eseguita nel Sig. Smanticonon ha identificato la presenza di mutazioni che causano la Fibrosi Cistica. N. B. Il risultato del test non esclude la possibilità che l individuo in esame sia portatore di altre mutazioni CFTR Interpretazione del risultato: l analisi molecolare del gene CFTR eseguita in Smantico Giulio ha rilevato l assenza di mutazioni che causano la Fibrosi Cistica Conclusioni: ilsig. Smantico Giulio ela sua partner hanno unrischio pari al% diconcepireunfiglio eterozigote per la mutazione c._delctt. E possibile eseguire diagnosi prenatale del feto. Non è stato effettuato un calcolo del rischio residuo e non si evince che il probando potrebbe essere portatore di una mutazione non rilevata con le metodiche utilizzate. E quindi errato attribuire un rischio di coppia di avere un figlio portatore di fibrosi cistica del %. 9

10 7// NCBI GeneReviews.Unaffected sib of a proband.unaffected sib of a carrier. Unaffected cousin of a proband Interpretazione Turno Turno Errore critico 8su interpretaz. (interpr. Non valutate) Mediapunteggio Interpret.:. su Performance insufficiente su interpretaz. (interpr. Non valutata) Mediapunteggio Interpret.:.68 su

11 7// Soglia - Ornicapo somma dei punteggi interpretazione genotipizzazione Soglia - Anuttifo Soglia - Dompinti Interpretazione Genotipizzazione Interpretazione Genotipizzazione Interpretazione Genotipizzazione La performance di questo laboratorio è insufficiente perché non ha raggiunto un punteggio di almeno / Soglia - Smantico Interpretazione Genotipizzazione RACCOMANDAZIONI - Interpretazione Interpretazione: E indicato, ove opportuno, informare l eventuale coppia (o i genitori del probando) della possibilità di eseguire diagnosi prenatale una volta accertato il genotipo. Inoltre, si sottolinea che la diagnosi prenatale va indicata come possibilità e non consigliata.

12 7// Refertazione - Ornicapo Refertazione - Anuttifo Refertazione - Dompinti Refertazione -Smantico refertaz. su max :. non valutati refertaz. su max :. non valutati refertaz. su max :.6 non valutati refertaz. su max :.7 6 non valutati Refertazione Carenze più frequenti nella refertazione Referto confondente (lungo o poco chiaro) Errori nei dati identificativi Refertazione Turno Turno 6non valutati su Media punteggio Refertaz.:. su 6refertinon valutati su 6 Media punteggio Refertaz.:. su N.B.:Non valutati perché il labha avuto una poornella genotipizzazionee/o interpretazione 8 lab 8 casi (6 lab) Assenza della voce lab origine etnica Assenza del numero lab di pagine Assenza o inappropiatezza del lab titolo del referto RACCOMANDAZIONI - Refertazione Si raccomanda di riportare l indicazione all'indagine in modo completo, senza tralasciare informazioni importanti Si ricorda che per la partecipazione al CEQ l intestazione va resa anonima, ma si raccomanda di riportarne ugualmente le diciture Per la tracciabilità del campione sarebbe opportuno indicare che il materiale analizzato è "DNA estratto da altro laboratorio"

13 7// Refertazione