Sommario. Diversità genetica a livello di sequenza Trovare gli SNP Genotipizzare gli SNP Principali applicazioni
|
|
- Sebastiano Coco
- 7 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1
2 Sommario Diversità genetica a livello di sequenza Trovare gli SNP Genotipizzare gli SNP Principali applicazioni
3 SNP: definizioni Polimorfismo al singolo nucleotide, in genere si intende la sostituzione di una base alcuni autori includono anche i polimorfismi di inserzione/ delezione di una base. Più frequente tipo di variazione genetica Per lo più bi-allelici, a causa della loro dipendenza dal tasso di mutazione spontanea nella specie (nel range di 1 x 10-6 per generazione). Parametri che quantificano la frequenza e l informatività degli SNP: S: frequenza con cui si trovano nucleotidi segreganti (cioè polimorfici) lungo il genoma. (1 / bp nella specie umana, molto variabile nelle altre specie e nelle colture agrarie) MAF (minor allele frequency = frequenza dell allele minore): l informatività di uno SNP è funzione di quanto siano bilanciate le frequenze dei due alleli nella popolazione, idealmente, con p (frequenza di un allele) + q (frequenza dell altro allele) = 1, p = q = 0.5.
4 SNP Da: Wikipedia
5 Frequenza degli SNP nelle piante Specie Frequenza (S) References Orzo 1 / Rolstocks et al., 2005; Kota et al., 2008 Mais 1 / Ching et al., 2002; Jones et al., 2009 Riso (indica) 1 / 270 Han and Xue, 2003 Riso (japonica) 1 / 5,700 Yamamoto et al., 2010 Frumento 1 / Somers et al. 2003; Ravel et al Melo 1 / 52 Micheletti et al. submitted Arabidopsis 1 / 336 Schmid et al 2003 Uomo 1 / Sachidanandam et al 2001
6 Mappaggio per associazione
7 Basi del mappaggio per associazione Ricerca di una correlazione statistica tra marcatori e fenotipo utilizzando una collezione di individui non strettamente collegati da pedigree (es. collezioni di germoplasma) Utilizzo il residuo linkage disequilibrium (LD) tra marcatore e gene che controlla il fenotipo L effettivo livello di LD deve essere verificato empiricamente
8 Linkage disequilibrium (disequilibrio di associazione) Due alleli a loci diversi in una popolazione sono in linkage disequilibrium (LD) quando sono presenti in un inividuo piu frequentamente di quanto atteso su base casuale Associazione non bilanciata e non independente tra varianti alleliche a due loci nell ambito di una popolazione.
9 Aplotipo: la combinazione di alleli a loci limitrofi (associati) presenti su un singolo cromosoma Parentale A Aplotipo A Parentale B Aplotipo B alto LD Meiosis Meiosis 2 Nuovi aplotipi Meiosis 3 basso
10
11 Approcci di mappaggio per associazione Figura Basi teoriche del mappaggio genetico per associazione: (A) l approccio basato sulla scansione di un genoma consiste nel genotipizzare ad un certo numero di loci gli individui di una popolazione al fine di correlare i polimorfismi o gli aplotipi di specifici geni con i fenotipi; (B) Organizzazione dei blocchi aplotipici nei cromosomi in relazione alla ubicazione dei geni e delle regioni ad elevata ricombinazione (hot spots) (modificata da: Rafalski e Morgante, 2003).
12 - Il disequilibrio da associazione (LD) tra marcatori, geni e caratteri viene utilizzato per mappare i fattori genetici che controllano: - Caratteri mendeliani - Caratteri quantitativi
13 Linkage disequilibrium e risoluzione genetica LD elevato LD basso Richiede meno marcatori Scarsa risoluzione di mappa Ideale per una ricerca sull intero genoma Richiede molti marcatori Elevata risoluzione di mappa Ideale per l approccio del gene candiato Mod. from Rafalski A., 2002, Curr Opin Plant
14 LD nelle piante LD varia molto tra specie, entro specie ed a seconda della regione cromosomica LD (r 2 ) decay over bp in six maize genes (Wilson et al Plant Cell) Mais: da 2 kb (collezione di vecchie razze locali) fino a 600 kb (collezioni di linee elite moderne) Arabidopsis: da 100 kb fino ad alcuni cm Riso: fino a100 kb nel riso coltivato Orzo: >200 kb nel materiale elite
15 Livelli di LD in specie diverse Tabella Linkage disequilibrium (LD) in alcuni organismi in relazione a distanza genetica (cm) o fisica (kb). Barcaccia e Falcinelli, vol III, pag 1016.
16 Buckler and Thornsberry, 2002, Current Opinion in Plant Biology
17 QTL mapping and cloning strategies Linkage mapping (biparental) QTL coarse mapping Near isogenic lines (NILs) Positional cloning Resolution cm kb Association mapping (set of accessions) genome-wide (high LD panel) candidate gene (low LD panel) Candidate gene validation
18 Gli SNP sono ampiamente utilizzati nello studio del linkage disequilibrium a livello genomico Linkage disequillibrium across the maize 10 chromosomes measured with 914 SNPs on 632 inbred lines. Only SNPs with a minor allele frequency greater than 0.05 are shown (Yan et al 2009 PLoS ONE 4(12): e8451).
19 Genotipizzazione ad alta densità del genoma per analisi di associazione (Genome-Wide Association Mapping) 8,590 SNPs 553 linee pure di mais Fenotipo: contenuto di acido oleico nell embrione Massima associazione tra SNP e fenotipo in corrispondenza del gene candidato Fad2 (Fatty acid desature) Belò et al, MGG 2008
Popolazioni sperimentali in genetica delle piante per mappare loci di interesse
Popolazioni sperimentali in genetica delle piante per mappare loci di interesse Tipi di popolazioni sperimentali F 2 e BC 1 (Backcross) RIL (Recombinant Inbred Lines) DH (Double Haploids) IRIL (Intermated
DettagliBIOTECNOLOGIE ANIMALI: LINKAGE E MARCATORI
BIOTECNOLOGIE ANIMALI: LINKAGE E MARCATORI Associazione o Linkage Marcatori genetici Su ciascun cromosoma sono presenti più geni, ognuno ad un locus specifico Se i cromosomi venissero trasmessi da una
DettagliMarcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica
Marcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica (RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP) DNA fingerprinting DNA genotyping DNA haplotyping cp/mtdna barcoding MG/QTL mapping MAS breeding
DettagliAnalisi QTL. Include materiale dal capitolo 20.6 (pag ), vol III, Barcaccia e Falcinelli
Analisi QTL Include materiale dal capitolo 20.6 (pag 984-1000), vol III, Barcaccia e Falcinelli Interpretazione della distribuzione continua dei caratteri nelle popolazioni naturali e sperimentali Tre
DettagliCAPITOLO 3 ASSOCIAZIONE, SCAMBIO E MAPPE GENETICHE LIGUORI EDITORE
CAPITOLO 3 ASSOCIAZIONE, SCAMBIO E MAPPE GENETICHE LIGUORI EDITORE 1 Questa opera è protetta dalla Legge sul diritto d autore (Legge n. 633/1941: http://www.giustizia.it/cassazione/leggi/l633_41.html).
DettagliGENOMA. Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine CONTENUTO FUNZIONE. Progetti genoma in centinaia di organismi
GENOMA EVOLUZIONE CONTENUTO FUNZIONE STRUTTURA Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine Progetti genoma in centinaia di organismi Importante la sintenia tra i genomi The
DettagliLa variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla
La variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla La variabilità genetica (V.G.) 1. V.G. somatica 2. V.G. gametica intraindividuo 3. V.G. gametica intrapopolazione (polimorfismo) 4. V.G.
DettagliASSOCIATION MAPPING. L unica scienza che permette a esperti diversi di utilizzare informazioni uguali per trarre conclusioni diverse.
ASSOCIATION MAPPING Statistica: L unica scienza che permette a esperti diversi di utilizzare informazioni uguali per trarre conclusioni diverse. Evan Esar Analisi QTL 1. Disporre di popolazioni idonee
DettagliPatologie da analizzare
Fasi cruciali Scelta della patologia da analizzare Scelta del campione da analizzare Scelta dell approccio da utilizzare Scelta della tecnica da utilizzare Analisi statistica del dati Conferme con approcci
DettagliMarcatori molecolari
Marcatori molecolari Caratteristiche e applicazioni Luca Gianfranceschi e Rosanna Marino 1 I marcatori molecolari Strumento per l analisi genetica Strumento Molecolari Analisi genetica Marcatori non oggetto
DettagliLa mappatura dei geni umani. SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione
La mappatura dei geni umani SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione Un grande impulso alla costruzione di mappe genetiche è stato dato da le tecniche della
DettagliANALISI MOLECOLARE DEL GENOMA
ANALISI MOLECOLARE DEL GENOMA Come sono disposti i geni nel genoma? MAPPA GENETICA: un set ordinato di geni sul cromosoma, la distanza tra i quali è espressa in unità di ricombinazione genetica (centimorgan)
DettagliLineage markers Sex-specific inherited markers
DNA Profiling e Genetica Forense Lineage markers Sex-specific inherited markers Finora abbiamo visto che i marcatori più utilizzati in genetica forense sono i loci microsatellite ma più in generale sono
DettagliNuove acquisizioni per la gestione delle risorse genetiche animali. Dipartimento di Scienze Zootecniche, Universita di Sassari
Nuove acquisizioni per la gestione delle risorse genetiche animali Punti essenziali Mappa del geno ma Individuazione se gmenti cromosomici o geni convolti nell espressione di caratteri di interesse zootecnico
DettagliGenetica quantitativa Evoluzione dei caratteri fenotipici
Genetica quantitativa Evoluzione dei caratteri fenotipici I caratteri che sono determinati da molti geni mostrano una variazione continua Esempi nell uomo sono l altezza, l intelligenza, l abilità nello
DettagliProgetto 1000 Genomi, Imputing, Meta-analisi
CORSO INTEGRATO DI GENETICA a.a. 2010-2011 Dr. Giovanni Malerba, giovanni.malerba@univr.it 18-11-2010 Progetto 1000 Genomi, Imputing, Meta-analisi http://www.genome.gov/gwastudies/ Genome-wide association
DettagliI gameti prodotti saranno:
GENI CONCATENATI Con i principi di Mendel e con lo studio della dinamica della meiosi due geni si trasmettono ciascuno in modo indipendente rispetto all altro se sono localizzati su paia di cromosomi diversi
DettagliIdentificazione dei geni che causano malattia nell uomo (importante sapere BENE mappatura fisica e genetica)
Identificazione dei geni che causano malattia nell uomo (importante sapere BENE mappatura fisica e genetica) Capitolo 16 1 Complementazione nel topo transgenico il gene DFNB3 identificato grazie al gene
DettagliCorso di Genetica -Lezione 8- Cenci
Corso di Genetica -Lezione 8- Cenci Mappatura mediante ricombinazione corpo nero; fenotipo dominante N(ero)/N(ero) Su quale cromosoma? Y; N/N X w/w; Cy/Sco; Sb/Ser Tutti maschi occhio bianco sono normali
DettagliErosione genetica e biodiversità
Erosione genetica e biodiversità Caratteri qualitativi e quantitativi 5 4 3 2 1 VF = VG + VA h 2 = VG/VF QTL (Quantitative trait loci) Locus genetico in corrispondenza del quale alleli diversi da un punto
DettagliLezione 3. I geni nelle popolazioni. Lezione modificata da Rosenblum
Lezione 3 I geni nelle popolazioni Lezione modificata da Rosenblum http://people.ibest.uidaho.edu/~bree/ Graur and Li: Capitolo 2 L evoluzione è Il processo che risulta dal cambiamento delle caratteristiche
DettagliMARCATORI MOLECOLARI
MARCATORI MOLECOLARI MARCATORI ENZIMATICI A B D E C Marcatori biochimici: (A) fosfo-gluco-mutasi (PGM); (B) lipoossigenasi (LOX) in soia; (C) esterasi (EXT) in poa pratense; (D,E) rappresentazioni schematiche
Dettaglia.a /11/2015 Lezioni 23 e 24 Analisi di linkage
CORSO INTEGRATO di Genetica e Biologia Molecolare GENETICA a.a. 2015-2016 03/11/2015 Lezioni 23 e 24 Analisi di linkage Elisabetta Trabetti LINKAGE Geni in loci vicini sullo stesso cromosoma concatenati
DettagliStruttura dei genomi delle piante
Struttura dei genomi delle piante Genomi sequenziati Caratteristiche dei genomi delle piante Classi di geni e funzioni Trasposoni e dimensioni dei genomi Sintenia e colinearità Livelli di organizzazione
DettagliSelezione genomica. Basi della selezione
Basi della selezione Basi della selezione Basi della selezione i = intensità di selezione r = accuratezza della selezione L = intervallo di generazione (età media di un genitore quando nasce la prole)
DettagliMiglioramento genetico assistito dalla genomica
Miglioramento genetico assistito dalla genomica Miglioramento genetico assistito dalla genomica Selezione delle piante sulla base del loro profilo ai marcatori genetici molecolari e non sulla base del
Dettagli7. Gruppi genici e sequenza ripetute
7. Gruppi genici e sequenza ripetute contiene materiale protetto da copyright, ad esclusivo uso personale; non è consentita diffusione ed utilizzo di tipo commerciale La duplicazione e la delezione di
DettagliVale a dire le proporzioni di ciascun allele sul totale degli alleli di quel locus nella popolazione
Vale a dire le proporzioni di ciascun allele sul totale degli alleli di quel locus nella popolazione Gli organismi geneticamente sono strutturati nel seguente livello gerarchico Geni Genotipi (individui)
DettagliElementi di Genetica Vegetale
Elementi di Genetica Vegetale Roberto Tuberosa Dipartimento di Scienze agrarie Viale Fanin 44 Tel. 051-2096646 roberto.tuberosa@unibo.it www.distagenomics.unibo.it Elementi di Genetica Vegetale Genetica
DettagliGenetica dei caratteri quantitativi
PAS Percorsi Abilitanti Speciali Classe di abilitazione A057 Scienza degli alimenti Tracciabilità genetica degli alimenti Genetica dei caratteri quantitativi 1 Concetti di base in genetica L informazione
DettagliIndice Prefazione Capitolo 1 Principi di zootecnica generale 1.1 Animali domestici e tassonomia 1.2 Produzione e riproduzione
Indice Prefazione XI Capitolo 1 Principi di zootecnica generale (Pierlorenzo Secchiari) 1 1.1 Animali domestici e tassonomia 1 1.2 Produzione e riproduzione 3 1.2.1 Riproduzione naturale 6 1.2.2 Tecniche
DettagliLezione 3. Genoma umano come esempio di genoma eucariote
Lezione 3 Genoma umano come esempio di genoma eucariote Schema della lezione Sommario degli elementi contenuti in un genoma eucariote Variabilità: dove si trova e come si definisce I grandi progetti internazionali
DettagliLA TRASFORMAZIONE GENETICA NELLE PIANTE: PRINCIPI E STATO DEI LAVORI. Michele Morgante
LA TRASFORMAZIONE GENETICA NELLE PIANTE: PRINCIPI E STATO DEI LAVORI Michele Morgante Per un agricoltura del futuro Produttività Popolazione crescente con bisogni crescenti Scarsità di risorse idriche
DettagliI paleontologi utilizzano numerosi metodi per la datazione dei fossili. Datazione relativa Scala temporale geologica
I paleontologi utilizzano numerosi metodi per la datazione dei fossili Datazione relativa Scala temporale geologica Gli strati di rocce sedimentarie permettono di attribuire un età relativa ai fossili
DettagliLa genetica dei caratteri quantitativi
Studia l ereditarietà nelle popolazioni dei caratteri quantitativi Molti caratteri sono quantitativi, cioè hanno molte classi fenotipiche Il modo in cui si esprimono e vengono trasmessi i caratteri quantitativi
DettagliEsercitazione di. Biotecnologie Genetiche Agrarie. Mappe genetiche
Esercitazione di Biotecnologie Genetiche Agrarie Mappe genetiche Mappa con marcatori morfologici (sinistra) e mappa con marcatori molecolari RFLP e SSR (destra) del cromosoma 1 di mais Produzione di una
DettagliIdentificazione di geni e fattori di suscettibilità delle malattie umane. Prof. Gabriella De Vita
Identificazione di geni e fattori di suscettibilità delle malattie umane Prof. Gabriella De Vita La variabilità genetica nell uomo Le varianti del DNA umano possono essere classificate in: Larga scala
DettagliMONOFATTORIALI DI STRUTTURA DI NUMERO
MALATTIE GENETICHE GENICHE MONOFATTORIALI AUTOSOMICHE Dominanti Recessive LEGATE ALL X Dominanti Recessive MULTIFATTORIALI/COMPLESSE CROMOSOMICHE DI STRUTTURA DI NUMERO Penetrance Mendelian vs complex
DettagliIl legame genetico di una popolazione di n individui con la generazione precedente è rappresentato dai 2n gameti che hanno dato loro origine.
La Genetica di popolazioni studia i fattori che influenzano la trasmissione dei caratteri ereditari a livello di popolazioni e i processi evolutivi che ne modificano la composizione genetica nello spazio
DettagliI genomi vegetali. Arabidopsis (genoma aploide circa 140 Mb di DNA; 2n=10 barbabietola da zucchero (750 Mb; 2n=18) pino (23000 Mb; 2n=24)
I genomi vegetali A. thaliana barbabietola pino Arabidopsis (genoma aploide circa 140 Mb di DNA; 2n=10 barbabietola da zucchero (750 Mb; 2n=18) pino (23000 Mb; 2n=24) Tre specie diploidi, le differenze
DettagliCorso di. Giandomenico Corrado Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e dell Ambiente : :
Corso di Giandomenico Corrado Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e dell Ambiente : giandomenico.corrado@unina.it : 081.25.39446 Concetti chiave della sesta lezione Interazioni tra alleli Alleli
DettagliSintenia e colinearità
Sintenia e colinearità I genomi degli eucarioti differiscono nel grado in cui i geni rimangono sullo stesso cromosoma nel grado in cui l ordine dei geni viene mantenuto sul cromosoma sintenia colinearità
DettagliCARATTERI QUANTITATIVI
CARATTERI QUANTITATIVI Verso i caratteri a variabilità continua sono sotto il controllo genetico di molti geni, risentono fortemente dell influenza dell ambiente, mentre l effetto dei singoli geni è scarso;
DettagliMarcatori molecolari per l analisi della variabilità genetica: teoria ed applicazioni
Marcatori molecolari per l analisi della variabilità genetica: teoria ed applicazioni Sommario Aspetti della variabilità caratterizzata con marcatori molecolari Indici di informatività dei marcatori Similarità
DettagliGenomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp ( Mbp=150Gbp) di una
Genomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp (150.000Mbp=150Gbp) di una Liliacea. Tra le graminacee il frumento ha un genoma
DettagliMappatura genetica Capitoli Appunti
Mappatura genetica Capitoli + 14 + Appunti Le mappe genetiche Si basano sugli studi di linkage cioe sull analisi della segregazione alla meiosi di marcatori genetici. Se due o piu marcatori vengono ereditati
DettagliMarco Maccaferri. Dipartimento di Scienze Agrarie Universita di Bologna. In collaborazione con:
Applicazioni della genomica in frumento duro Marco Maccaferri Dipartimento di Scienze Agrarie Universita di Bologna In collaborazione con: Produttori Sementi Bologna Syngenta (Andrea Massi, Paola Mantovani)
DettagliLe NBT applicate all agricoltura. Michele Morgante Roma, 22 febrraio 2018
Le NBT applicate all agricoltura Michele Morgante Roma, 22 febrraio 2018 AGRICOLTURA E PROGRESSO TECNOLOGICO Genetica (miglioramento genetico) Chimica Tecniche agronomiche Genetica: >50% di aumento produttività
DettagliPolimorfismi e la variazione genetica
Polimorfismi e la variazione genetica Variazione individuale nel DNA (con frequenza 1% nella popolazione) SNP (single nucleotide polymorphism)è definito come una variazione a livello di un singolo paio
DettagliGli esperimen+ di Mendel. autofecondazione. autofecondazione F 1. autofecondazione F 2 ¾ ¼. semi semi. Rapporto 3 : 1 74,7% 25,3%
Mappatura gene+ca Mappatura gene+ca Gli esperimen+ di Mendel autofecondazione P autofecondazione F 1 autofecondazione F 2 semi semi 5474 1850 74,7% 25,3% ¾ ¼ Rapporto 3 : 1 Gli esperimen+ di Mendel P autofecondazione
DettagliI MOTORI DELL EVOLUZIONE PT4. POMERIGGIO DI AGGIORNAMENTO 23.03.2011 PROF. M.A. ZORDAN, Ph.D UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI PADOVA
I MOTORI DELL EVOLUZIONE PT4 POMERIGGIO DI AGGIORNAMENTO 23.03.2011 PROF. M.A. ZORDAN, Ph.D UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI PADOVA 1 RICOMBINAZIONE E LINKAGE DISEQUILIBRIUM 2 In organismi a riproduzione sessuata
DettagliCome facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo
Come facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo GENOMA di alcuni organismi viventi raffigurato come libri
DettagliArgomenti da integrare per studenti che si trasferiscono dalla Facolta di Medicina dell Universita di Catanzaro
Gli studenti che si trasferiscono da altra facolta devono riferirsi alla segretria studenti per la convalida degli esami. La commissione convalide della Federico II valutera i curricula degli studenti
DettagliLE LEGGI DI MENDEL SPIEGANO LA TRASMISSIONE DEI CARATTERI MONOFATTORIALI!!
CARATTERE = una qualsiasi caratteristica di un organismo FENOTIPO (INSIEME DEI CARATTERI OSSERVABILI DELL ORGANISMO) GENOTIPO (COSTITUZIONE GENETICA DELL'INDIVIDUO, PATRIMONIO EREDITARIO) EREDITARIO: carattere
DettagliRB CALCOLO DELLE DISTANZE DI MAPPA. In assenza di linkage i fenotipi dovrebbero avere uguale frequenza
CALCOLO DELLE DISTANZE DI MAPPA Gameti Numero progenie BCY 55 BCy 108 Bc h Y 276 Bc h y 7 bcy 16 bcy 275 bc h Y 125 In assenza di linkage i fenotipi dovrebbero avere uguale frequenza Ovviamente in questo
DettagliCAPITOLO 7 MUTAZIONI ED ELEMENTI GENETICI MOBILI LIGUORI EDITORE
CAPITOLO 7 MUTAZIONI ED ELEMENTI GENETICI MOBILI LIGUORI EDITORE 1 Questa opera è protetta dalla Legge sul diritto d autore (Legge n. 633/1941: http://www.giustizia.it/cassazione/leggi/l633_41.html). Tutti
DettagliAmpliamenti delle leggi di Mendel
Ampliamenti delle leggi di Mendel 1 La dominanza incompleta Nella dominanza incompleta gli eterozigoti mostrano un fenotipo intermedio a quello dei genitori, in accordo con le leggi di Mendel. Entrambi
DettagliRicombinazione di geni associati sullo stesso cromosoma e mappe genetiche
Ricombinazione di geni associati sullo stesso cromosoma e mappe genetiche doppio eterozigote Segregazione indipendente di due caratteri: geni non associati omozigote recessivo M= foglie normali m= foglie
DettagliProblemi di Genetica. Mendel, due loci. 1) La progenie di un testcross è la seguente:
Problemi di Genetica Mendel, due loci 1) La progenie di un testcross è la seguente: 54 soggetti AaBb 57 soggetti Aabb 53 soggetti aabb 56 soggetti aabb su un totale di 220 Dimostrare che i loci presi in
DettagliGenome editing: le applicazioni in agricoltura. Michele Morgante Venezia, 16 Maggio 2017
Genome editing: le applicazioni in agricoltura Michele Morgante Venezia, 16 Maggio 2017 ADDOMESTICAMENTO 7 ESPERIMENTI DI MODIFICAZIONI GENETICHE MIGLIORAMENTO GENETICO: INCROCIO E SELEZIONE MIGLIORAMENTO
DettagliObiettivi della genomica
Obiettivi della genomica Stabilire database ed interfaccie di ricerca per le analisi genomiche. Ottenere e combinare mappe fisiche e genetiche del genoma Generare ed ordinare sequenze genomiche e sequenze
DettagliBIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A
BIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A. 2011-2012 E ancora importante l agricoltura? E la produzione alimentare? da L Espresso, febbraio 2011 Cosa significa miglioramento genetico? Significa migliorare
DettagliLA BIODIVERSITÀ ALLA LUCE DELLA RIVOLUZIONE GENOMICA
LA BIODIVERSITÀ ALLA LUCE DELLA RIVOLUZIONE GENOMICA BIODIVERSITÀ La diversità esistente a qualsiasi livello dell organizzazione biologica (W.G. Rosen, 1988) o, in alternativa, La variabilità tra gli organismi
DettagliGENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE. Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR
GENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR giovanni.malerba@univr.it CARATTERE COMPLESSO Predisposizione Genetica interazione Diagnosi Prevenzione Terapia efficiente
DettagliSAFE - SCUOLA DI SCIENZE AGRARIE, FORESTALI, ALIMENTARI ED AMBIENTALI
Programma di insegnamento per l anno accademico 2015/2016 Programma dell insegnamento di GENETICA ANIMALE E TRACCIABILITÀ Course title: ANIMAL GENETICS AND TRACEABILITY SSD dell insegnamento AGR/17 CFU
DettagliCORSO INTEGRATO DI GENETICA. a.a /12/2010 Lezioni n Esercizi. Dott.ssa Elisabetta Trabetti
CORSO INTEGRATO DI GENETICA a.a. 2010-2011 07/12/2010 Lezioni n 51-52 Esercizi Dott.ssa Elisabetta Trabetti (1) Dato il genotipo AaBb: quali sono i geni e quali gli alleli? Disegnate schematicamente questo
DettagliRiassunto della teoria di Darwin
Riassunto della teoria di Darwin Le specie si evolvono Antenato comune Le specie si moltiplicano L evoluzione è un processo graduale L evoluzione è regolata dalla selezione naturale MICROEVOLUZIONE DISCENDENZA
DettagliAnalisi della sintesi di etilene in una popolazione segregante di melo e caratterizzazione molecolare di geni candidati
Analisi della sintesi di etilene in una popolazione segregante di melo e caratterizzazione molecolare di geni candidati Categories : Anno 2018, N. 284-15 settembre 2018 di Daniele Puliti Introduzione Il
DettagliSTRUTTURA GENOMICA DEL GENE MUTAZIONI GENICHE
STRUTTURA GENOMICA DEL GENE MUTAZIONI GENICHE DNA mrna Ehancer Regione regolatrice Inizio trascrizione ATG Stop Promotore Esone 1 Esone 2 Esone 3 gt ag gt ag ATG Stop Esone 1 Esone 2 Esone 3 5 UTR Regione
DettagliGENE KLOTHO (KL) (locus 13q12) IPOTESI DI LAVORO SCOPO
STUDIO CASO-CONTROLLO PER TRE POLIMORFISMI DEL GENE KLOTHO NELLA MALATTIA DI ALZHEIMER Unità Operativa di Geriatria & Laboratorio di Gerontologia-Geriatria DIPARTIMENTO DI SCIENZE MEDICHE F. Paris, D.
DettagliMendel, il padre della genetica
Mendel, il padre della genetica Gregor Mendel (1822-1894), monaco e naturalista, condusse esperimenti di genetica in un orto del monastero di Brno, nell odierna Repubblica Ceca. La genetica dell Ottocento
DettagliSAFE - SCUOLA DI SCIENZE AGRARIE, FORESTALI, ALIMENTARI ED AMBIENTALI
Programma di insegnamento per l anno accademico 2015/2016 Programma dell insegnamento di TRACCIABILITÁ GENETICA DI PRODOTTI ALIMENTARI Course title: GENETIC TRACEABILITY IN FOOD SSD dell insegnamento AGR/07
DettagliGenetica dei caratteri quantitativi
Caratteri quantitativi o metrici Vengono descritti mediante quantità di una unità di misura appropriata. Devono essere misurati Caratteri a variabilità continua In un gruppo di individui, variano tra un
DettagliImprinting I. Lezione 16. By NA 1
Imprinting I Lezione 16 By NA 1 Correlazione genotipo fenotipo Le anomalie cromosomiche portano alla comparsa di una sindrome cioe : insieme di segni che nel singolo individuo possono presentarsi tutti
DettagliRiassunto della teoria di Darwin
Riassunto della teoria di Darwin Le specie si evolvono Antenato comune Le specie si moltiplicano L evoluzione è un processo graduale L evoluzione è regolata dalla selezione naturale MICROEVOLUZIONE DISCENDENZA
DettagliMetodi molecolari non invasivi di miglioramento genetico
Metodi molecolari non invasivi di miglioramento genetico In sintesi: Le specie di piante geneticamente modificate con le tecniche della ingegneria genetica sono, dal 1987, solo quattro ( soia, mais,
DettagliLa regina Vittoria d Inghilterra ( )
Il caso emofilia La regina Vittoria d Inghilterra (1819-1901) Cromosoma X umano (Daltonismo Emofilia ) Daltonismo Cosa osservate di differente in questi due pedigree? Emofilia Daltonismo Emofilia Daltonismo
DettagliLa nuova biologia.blu
David Sadava, David M. Hillis, H. Craig Heller, May R. Berenbaum La nuova biologia.blu Genetica, DNA ed evoluzione PLUS 2 Capitolo B1 Da Mendel ai modelli di ereditarietà 3 Mendel, il padre della genetica
DettagliSTRUTTURA GENOMICA DEL GENE MUTAZIONI GENICHE
STRUTTURA GENOMICA DEL GENE MUTAZIONI GENICHE DNA Ehancer Regione regolatrice Inizio trascrizione ATG Stop Promotore Esone 1 Esone 2 Esone 3 ATG Stop mrna Esone 1 Esone 2 Esone 3 5 UTR Regione codificante
DettagliEndometriosi: il ruolo dei fattori genetici
Endometriosi: il ruolo dei fattori genetici Dott.ssa Giorgia Rebonato San Raffaele Scientific Institute Milano Dott.ssa Paola Viganò San Raffaele Scientific Institute Milano Agenda Background genetico
DettagliGenetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico Padano Pietro Piffanelli, Pamela Abbruscato, barbara Menin
Progetto POLORISO Incontro di coordinamento della attività scientifica del progetto CRA - Unità di Ricerca per la risicoltura Vercelli, aprile 0 Genetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico
DettagliLe nuove frontiere per la ricerca di varietà resistenti. Michele Morgante Verona, 11 aprile 2016
Le nuove frontiere per la ricerca di varietà resistenti Michele Morgante Verona, 11 aprile 2016 DNA mrna Proteins L ERA OMICA Scienze Omiche genomics transcriptomics proteomics Metabolites Phenotypes metabolomics
DettagliFibrosi Cistica. By NA. Lezione 7
Fibrosi Cistica Lezione 7 1 Perche la Fibrosi cistica Per ragioni storiche: e stato uno dei primi geni di cui non si conosceva la funzione clonato e sequenziato perche costituisce un esempio di come si
DettagliLa GENETICA DELLE POPOLAZIONI. studia con modelli matematici, a livello di gruppi di individui, variabilità genetica
La GENETICA DELLE POPOLAZIONI studia con modelli matematici, a livello di gruppi di individui, la variabilità genetica che è l unico tipo di variabilità rilevante per l evoluzione La variabilità genetica
DettagliIl Polimorfismo. Equilibrio di Hardy-Weinberg
Il Polimorfismo La stima della frequenza multilocus di genotipi è subordianta all assunzione che: Gli alleli in ciascun locus sia ereditato indipendentemente (segua cioè l equilibrio di Hardy-Weinberg)
DettagliANALISI DI LINKAGE (CONCATENAZIONE)
ANALISI DI LINKAGE (CONCATENAZIONE) L analisi di linkage permette di determinare la posizione cromosomica di un locus responsabile di una determinata malattia/carattere genetico rispetto a marcatori polimorfici
DettagliMendel e l ereditarietà. Anna Onofri
Mendel e l ereditarietà Anna Onofri Mendel, il padre della genetica Gregor Mendel (1822-1894) era un monaco e naturalista che condusse i suoi studi nel giardino del monastero di Brno, nell odierna Repubblica
DettagliFondamentali di genetica delle popolazioni
Fondamentali di genetica delle popolazioni Si occupa: - delle frequenze dei geni e dei genotipi nelle popolazioni - del loro cambiamento lungo le generazioni e quindi di: - evoluzione - selezione naturale
DettagliProgram ma Testi consigliati:
Program ma Testi consigliati: 1. Genetica molecolare umana, Strachan &Read, Ed. UTET 2. Genetica in Medicina Thompson & Thompson Ed.Idelson-Gnocchi Comunicazioni e cambi orari Giorno 18 Ottobre non ci
DettagliDifferenti tipi di PCR
Differenti tipi di PCR Colony PCR Nested PCR Multiplex PCR AFLP PCR Hot start PCR In situ PCR Inverse PCR Asymmetric PCR Long PCR Long accurate PCR Reverse transcriptase PCR Allele Specific PCR Real time
DettagliIl progetto Genoma Umano è iniziato nel E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA.
Il progetto Genoma Umano è iniziato nel 1990. E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA. Progetto internazionale finanziato da vari paesi, affidato
DettagliA C G G G T A C G G G T. Il crossing over produce due aplo(pi ricombinan( A- G- T e G- C- G
Aplo(po 1 A C G Aplo(po 2 G G T A C G G G T A G T G C G Il crossing over produce due aplo(pi ricombinan( A- G- T e G- C- G La frequenza di crossing- over tra due loci dipende dalla distanza: tanto più
DettagliCRITERI DI STUDIO IN FARMACOGENETICA:
CRITERI DI STUDIO IN FARMACOGENETICA: STUDIO DI GRUPPI FAMILIARI E COPPIE GEMELLARI MONOZIGOTI E DIZIGOTI. GLI STUDI SUI GEMELLI, DI SOLITO MEDIANTE IL PARAMETRO DELL'EMIVITA PLASMATICA, PERMETTONO DI
Dettagli"Sotto l'azzurro fitto del cielo qualche uccello di mare se ne va, nè sosta mai perchè tutte le immagini portano scritto più in là".
Lentamente muore chi diventa schiavo dell'abitudine, ripetendo ogni giorno gli stessi percorsi, chi non cambia la marca, chi non rischia e cambia colore dei vestiti, chi non parla a chi non conosce. Muore
DettagliCorso di Laurea in Medicina e Chirurgia A.A anno / I semestre (ottobre-dicembre 2017) Sedi delle Attività Didattiche
Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia A.A. 2017-2018 2 anno / I semestre (ottobre-dicembre 2017) Versione 26.07.2017 Sedi delle Attività Didattiche Aula Sede Attività Didattica A1 Aula Magna Clinica
DettagliCosa sono le NBTs e quali vantaggi comportano. Michele Morgante Bologna, 9 dicembre 2015
Cosa sono le NBTs e quali vantaggi comportano Michele Morgante Bologna, 9 dicembre 2015 AGRICOLTURA E PROGRESSO TECNOLOGICO Genetica (miglioramento genetico) Chimica Tecniche agronomiche Genetica: >50%
DettagliCORSO INTEGRATO DI GENETICA. a.a /11/2010. Analisi di linkage Analisi di mutazioni
CORSO INTEGRATO DI GENETICA a.a. 2010-2011 04/11/2010 Lezioni 27_28 Analisi di linkage Analisi di mutazioni Dott.ssa Elisabetta Trabetti LINKAGE Geni in loci vicini sullo stesso cromosoma - concatenati
DettagliLE MUTAZIONI. MUTAZIONE: MODIFICAZIONE DEL MESSAGGIO GENETICO, cambiamento raro, casuale, permanente ed EREDITABILE del DNA RIMESCOLAMENTO!!
LE MUTAZIONI MUTAZIONE: MODIFICAZIONE DEL MESSAGGIO GENETICO, cambiamento raro, casuale, permanente ed EREDITABILE del DNA RIMESCOLAMENTO!! NUOVI GENOTIPI LE MUTAZIONI POLIMORFISMO: un cambiamento presente
DettagliCosa sono le NBTs e quali vantaggi comportano. Michele Morgante Roma, 9 marzo 2016
Cosa sono le NBTs e quali vantaggi comportano Michele Morgante Roma, 9 marzo 2016 AGRICOLTURA HA BISOGNO DEL PROGRESSO TECNOLOGICO «Studiate tanto e imparate a usare la tecnologia, che ci permette di dominare
DettagliTesina di Biologia Molecolare II
MELATO GIULIA 595033 Tesina di Biologia Molecolare II Mostra un albero filogenetico con la relazione tra Uomo, Topo e Ratto. Che banca dati è disponibile per quest'ultimo organismo? Descrivi alcune caratteristiche
Dettagli