Macromolecole Biologiche. I domini (I)

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1 I domini (I)

2 I domini I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I domini sono definiti come una catena polipeptidica o parte di essa che si ripiega indipendentemente in una struttura stabile. I domini sono unità funzionali e spesso a domini diversi di una proteina sono associate funzioni diverse.

3 I domini Le proteine possono essere costituite da un singolo dominio o da molti (anche diverse dozzine).

4 I domini I domini sono costituiti da diverse combinazioni di elementi di struttura secondaria e di motivi. Le α eliche e i filamenti β costituenti i motivi sono adiacenti uno all altro nella struttura tridimensionale e connessi da regioni di loop; a loro volta, i motivi adiacenti o formati da regioni consecutive della catena polipeptidica sono vicini nella struttura tridimensionale. Il numero di combinazioni dei motivi a formare i domini è limitato e alcune combinazioni sono strutturalmente favorite rispetto ad altre. Spesso, domini simili ricorrono in proteine diverse che hanno funzioni diverse e sequenza aminoacidica completamente diversa.

5 I domini Michael Levitt and Cyrus Chothia, sulla base di semplici considerazioni sulla connessione dei motivi, hanno classificato i domini in 3 gruppi principali, a seconda delle strutture secondarie e dei motivi coinvolti nella loro formazione: - domini α - domini β - domini α/β - altro

6 Domini α: Coiled coil α eliche Il modo più semplice di associazione compatta di α eliche è quello di impaccarsi a coppie. Nel 1953 Francis Crick mostrò che le interazioni fra le catene laterali degli aminoacidi sono massime se le 2 α eliche non sono bastoncini diritti, ma si avvolgono una con l altra a formare un arrangiamento chiamato coiled coil, una sorta di avvolgimento intrecciato. I coiled coil sono la base di alcune proteine fibrose, quali l α cheratina e la miosina, e di proteine che legano DNA o RNA.

7 Domini α: Coiled coil α eliche Nella superelica sinistrorsa costituita da 2 α eliche destrorse, il numero di aminoacidi per giro in ciascuna elica viene ridotto da 3.6 a 3.5 (portando ad una leggera distorsione della geometria delle α eliche), in modo tale che le interazioni delle catene laterali fra le 2 eliche si ripetano ogni 7 aminoacidi, cioè esattamente ogni 2 giri di elica. Ciò si riflette nella sequenza delle catene polipeptidiche che formano la superelica coiled coil, che si ripetono con un periodo di 7 aminoacidi. I 7 aminoacidi (eptapeptide) vengono indicati con le lettere a-g.

8 Domini α: Coiled coil α eliche L aminoacido d è idrofobico (Leu o Ile): quando 2 eliche formano la struttura coiled coil le catene laterali dei relativi aminoacidi d si impaccano insieme ogni 2 giri delle α eliche. L aminoacido a è idrofobico e anch esso si impacca con il corrispondente dell altra elica. Gli aminoacidi a e d formano il core idrofobico della superelica coiled coil.

9 Domini α: Coiled coil α eliche Gli aminoacidi e e g, spazialmente adiacenti alla zona idrofobica definita da a e d, sono carichi (Glu, Asp, Arg, Lys) e le loro catene laterali formano interazioni fra le 2 α eliche (ponti salini), definendo così la relativa orientazione e allineamento delle 2 catene polipeptidiche.

10 Domini α: Coiled coil α eliche Le 2 α eliche che formano la superelica coiled coil si impaccano in modo tale che le catene laterali di un elica cadano nelle zone vuote tra le catene laterali dell altra elica e viceversa. L inclinazione relativa degli assi delle due α eliche è di 18. Ciascun aminoacido di un elica è circondato da 4 aminoacidi appartenenti all elica opposta.

11 Domini α: α helical bundle L α helical bundle è costituito da 4 α eliche disposte in modo tale che i loro assi siano reciprocamente quasi paralleli. Le catene laterali idrofobiche degli aminoacidi di ciascuna α elica sono orientate verso l interno dell α helical bundle, mentre le catene laterali idrofiliche degli aminoacidi sono rivolte verso l esterno. Le catene laterali idrofobiche rivolte verso l interno dell α helical bundle sono così strettamente impaccate che non c è spazio per molecole d acqua.

12 Domini α: α helical bundle L α helical bundle è un tipo di dominio che ricorre in svariate proteine (mioemeritrina, citocromo c' e b 562, ferritina, proteina del capside del virus del mosaico del tabacco). In questi casi le α eliche sequenzialmente vicine sono sempre antiparallele.

13 Domini α: α helical bundle L α helical bundle si può anche formare con arrangiamenti topologici delle α eliche diversi, come nel caso dell ormone umano della crescita. In questo caso, l α helical bundle è formato da 2 coppie di eliche parallele che sono disposte in modo antiparallelo nell α helical bundle. L impaccamento antiparallelo delle α eliche conferisce loro maggiore stabilità in quanto i macrodipoli associati a ciascuna α elica si annullano a vicenda.

14 Domini α: α helical bundle Le α eliche che costituiscono l α helical bundle si impaccano con la modalità cresta-solco. Le creste e i solchi sono costituiti dalle catene laterali di aminoacidi separati da 3-4 residui (fig. c e b rispettivamente). La geometria dei solchi e delle creste di un α elica dipende dalla geometria dell elica ma anche dalla sua sequenza aminoacidica.

15 Domini α: α helical bundle Nel caso dell α helical bundle, le creste formate dagli aminoacidi ogni 3 residui vanno a corrispondere con i solchi formati dagli aminoacidi ogni 4 residui. Le creste della prima α elica sono inclinate di circa 45 rispetto alla direzione dell asse dell elica, mentre le creste della seconda α elica sono inclinate di circa 25 rispetto all asse dell elica. Quando le 2 eliche si impaccano, dopo che un elica viene ruotata di 180, si otterrà la massima corrispondenza fra le creste e i solchi delle 2 eliche in seguito ad un inclinazione di circa 20 (45-25 ) fra le 2 eliche.

16 Domini α: Globin fold Un altro impaccamento tipico delle α eliche è quello osservato nel globin fold, caratteristico di emoglobine, mioglobine e ficocianine. Il globin fold è costituito da 8 α eliche, indicate con le lettere A-H, collegate da loop piuttosto corti, in modo da disporsi a formare la tasca del sito attivo, che in mioglobina e emoglobina, ospita il gruppo eme. La lunghezza delle α eliche varia considerevolmente: da 7 aminoacidi per l elica C a 28 aminoacidi per l elica H. Le α eliche sono disposte in direzioni diverse, in modo tale che α eliche adiacenti in sequenza non lo sono nella struttura, con l eccezione delle eliche G e H (sandwich 3/3, BEF/AGH).

17 Domini α: Globin fold Nel caso del globin fold, le creste formate dagli aminoacidi ogni 4 residui vanno a corrispondere con i solchi formati dagli aminoacidi ogni 4 residui. Le creste di entrambe le α eliche sono inclinate di circa 25 rispetto alla direzione dell asse delle eliche. Quando le 2 eliche si impaccano, dopo che un elica viene ruotata di 180, si otterrà la massima corrispondenza fra le creste e i solchi delle 2 eliche in seguito ad un inclinazione di circa 50 ( ) fra le 2 eliche.

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