XML e Web Services (e workflow management systems) Paolo Romano Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro (paolo.romano@istge.

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1 XML e Web Services (e wrkflw management systems) Pal Rman Istitut Nazinale per la Ricerca sul Cancr (pal.rman@istge.it)

2 Smmari Caratteristiche dei dati e della lr integrazine in bilgia extensible Markup Language (XML) Web Services Saplab ed esempi di implementazine Wrkflw management systems Onclgy ver Internet 2

3 Gestine delle infrmazini Archiviazine lcale, islata, mainframe Archiviazine lcale, cndivisa, LAN Archiviazine decentrata, nn cndivisa Archiviazine decentrata, cndivisa integrazine La rete cme archivi lcale, anche se decentrat data GRID Quale integrazine: dati, applicazini, prcessi 3

4 L infrmazine bilgica La ricerca bimedica prduce una quantità sempre crescente di dati Alcuni settri, quali la genmica e la prtemica, cntribuiscn alla realizzazine di banche dati di rilevanti dimensini Altri settri emergenti, legati all analisi delle mutazini, ai plimrfismi, al metablism, e derivati da nuvi strumenti quali i micrarray, cntribuirann anch essi cn quantità di dati ancra superiri 4

5 Dimensine infrmazini bilgia EMBL Data Library 81 (Dic 2004): EMBL Data Library 82 (Mar 2005): Sequenze: 54,507,330 (Basi: 94,994,772,342) Aument: +10,2% (+11,6%) EMBL Data Library 84 (Set 2005): Sequenze: 49,474,402 (Basi: 85,134,714,382) Aument: +7,3% (+7,4%) EMBL Data Library 83 (Giu 2005): Sequenze: 46,105,397 (Basi: 79,271,300,840) Sequenze: 58,758,902 (Basi: 107,562,580,723) Aument: +7,8% (+13,2%) Questa enrme quantità di dati può essere analizzata sl tramite sftware specialistici 5

6 Banche dati etergenee Alcune banche dati sn gestite da pchi Centri (EBI, NCBI, DDBJ) in md dismgene Le banche dati secndarie sn di ttima qualità (anntazine estesa, cntrll accurat) Mlte banche dati sn specializzate: gene/genma, rganism, malattia, mutazine, etc... Mlte banche dati sn sviluppate da singli ricercatri piccl gruppi Le banche dati sn distribuite: strutture dati, DBMS e metdi di distribuzine sn differenti infrmazini e significati (semantica) sn differenti 6

7 Sftware per analisi bilgiche sftware specialistici sn essenziali per quasi tutte le analisi in bilgia mleculare: analisi di sequenza, predizine di strutture prteiche secndarie e terziarie, predizine di siti di splicing, analisi dell evluzine mleclare, ricstruzine sequenze, etc è necessari integrare questi sftware cn le banche dati Banche dati cme input dei sftware Risultati elabrazine/analisi cme nuvi dati da memrizzare e analizzare 7

8 Obiettivi dell integrazine L integrazine dei dati e l autmazine dei prcessi sn necessari per: Eseguire autmaticamente interrgazini e/ analisi che cinvlgn più database e sftware Eseguire cn efficienza analisi che cinvlgn grsse quantità di dati Ottenere una visine cmplessiva e più precisa di tutte le infrmazini dispnibili Realizzare un effettiv data mining 8

9 Integrazine: grad Database Sistemi strettamente integrati data warehuse Sistemi a integrazine dinamica decentrati Applicazini centralizzate, CORBA Web Services, Data GRID Prcessi servizi statici, ripetitivi servizi dinamici, adattati su richiesta Integrazine statica, predefinita dinamica, a richiesta su scperta Link predefiniti, sintattici n-the-fly, semantici Trasparenza nulla scarsa pssibile 9

10 Integrazine: lngevità L integrazine necessita di stabilità: Buna cnscenza e cmprensine del dmini Buna definizine dei dati Standardizzazine Obiettivi ben definiti L integrazine teme: Incertezza nella cmprensine del dmini Etergeneità dei dati e dei sistemi Specializzazine dei dati Rapida evluzine dei dati Spntaneità, sperimentalism Mancanza di biettivi predefiniti 10

11 Specificità dell integrazine In ambit bilgic: Una pre-analisi e riaggregazine delle infrmazini è impssibile, perché dati e cnscenze teriche cambian frequentemente e rapidamente La cmplessità delle infrmazini rende mlt difficile creare mdelli validi in diversi ambiti e che pssan rimanere tali nel temp La dispnibilità di strumenti assestati riduce le pssibilità di implementare standard cmuni Le esigenze e gli biettivi di ricerca evlvn rapidamente, seguend le nuve acquisizini e terie L integrazine deve quindi essere sviluppata utilizzand sistemi flessibili che sian facilmente adattabili ed espandibili 11

12 Integrazine delle banche dati L integrazine delle banche dati cmprta L analisi dei dati dispnibili L identificazine dei cllegamenti tra infrmazini presenti in banche dati diverse La definizine e l implementazine di frmati cmuni per l interscambi delle infrmazini L analisi e la definizine accurata e univca degli ggetti bilgici cinvlti 12

13 I metdi dell integrazine Sintattici Riferimenti diretti espliciti (xrefs) impliciti (nmi) Descrizini cndivise (vcablari) Semantici Mdelli dei dati e schemi cndivisi Ontlgie cndivise e assciate a dati/strutture 13

14 Riferimenti reciprci Da un recrd, a un recrd cllegat di un altra banca dati: Link dirett, univc, nn reciprc ID database remt Frmati standardizzati Life Science ID Standard I3C Limitazini: Anntazine manuale Significat del cllegament Predefiniti 14

15 Descrizini cndivise Da un recrd ai recrd di un altra banca dati tramite ricerca testuale: Link implicit, reciprc Determinabile autmaticamente Termine di vcablari Vcablari standardizzati Limitazini: Diffusine di vcablari cndivisi nell anntazine Significat del cllegament Necessità di definire l ambit Text mining 15

16 Mdelli, schemi, ntlgie Da un recrd ai recrd di un altra banca dati tramite ricerca mediata da interfaccia: Semantica e ambit ben definiti Determinabile autmaticamente Ricerca tramite interfaccia standard astratta Esecuzine della richiesta sulla banca dati Restituzine del risultat in frmat standardizzat Mdelli, schemi, ntlgie cndivise Limitazini: Diffusine di mdelli e strumenti cndivisi Cmpetenze infrmatiche di alt livell 16

17 XML (extensible Markup Language) Linguaggi Markup per inserire semantica del dcument: Supera limiti HTML Semplice definizine e implementazine tramite Dcument Type Definitins (DTDs) Mdulare, nuvi DTD utilizzan precedenti Utilizzabile da applicazini sftware: Crrett (W ell frmed, cnfrme all standard XML) Valid (cnfrme al DTD) Definizini standardizzate (namespaces) Analisi sintattica ed estrazine dati autmatiche 17

18 ID AC SV DT DT DE DE KW OS OC OC RN RP RA RT RT RL DR CC CC CC CC CC CC CC CC AA standard; RNA; EST; 337 BP. AA415057; AA OCT-1997 (Rel. 53, Created) 14-DEC-1999 (Rel. 62, Last updated, Versin 2) Mg0001 RCW Lambda Zap Express Library Pyricularia grisea cdna clne RCW1 5', mrna sequence. EST. Magnaprthe grisea Eukaryta; Fungi; Ascmycta; Pezizmyctina; Srdarimycetes; Srdarimycetes incertae sedis; Magnaprthaceae; Magnaprthe. [1] Wu S.-C., Bernstein B.D., Darvill A.G., Albersheim P.; "Expressed sequence tags f the rice blast fungus grwn n rice cell walls"; Unpublished. UNILIB; 863; 863. Cntact: Sheng-Cheng Wu CCRC University f Gergia 220 Riverbend Rad, Athens, GA , USA Tel: Fax: wusc@bscr.uga.edu Seq primer: T3. 18

19 FH FH FT FT FT FT FT FT FT FT FT FT FT FT FT XX SQ Key Lcatin/Qualifiers surce /db_xref="taxn:148305" /db_xref="unilib:863" /nte="vectr: Lambda Zap; Messenger RNAs prepared frm Magnaprthe grisea grwn at 23C in the dark with cnstant gyratry shaking (100 rpm) in Vgel's medium cntaining 0.5% islated rice cell walls as the sle carbn surce" /rganism="magnaprthe grisea" /strain="cp987" /clne="rcw1" /clne_lib="rcw Lambda Zap Express Library" /tissue_type="mycelium" /dev_stage="day 5 pst-inculatin" Sequence 337 BP; 56 A; 111 C; 74 ctttttcaat cagcccgaga actcctggtt tcatcgcata gcccgttctt tggttccaga caactctttc aaaatggtat tattagcctc ccttgcttca cgctctcgag cttttcagag caccgctcgc ggccagggca aatccacaac aagcaggttg ttgtcgactg gttcgccctt G; 96 T; 0 gggttttctg taccacaagc ctcacgatcc cagtgctgct tctcctgagg tcgtatt ther; cctgttctga ctgggacatt ctcgcgcgtt tcccgttccc cccgcggccg cagctacttg gatttcccag cgcttggtcc tctcgactgc ccacgaggac // 19

20 <interpr id="ipr000002"> <name>fizzy/cdc20 dmain</name> <type>dmain</type> <abstract> This dmain is fund in prteins </abstract> <examplelist> <example> <prtein sptr_ac="q12834" />Mammalian prtein, p55cdc </example> <example> <prtein sptr_ac="q09649" /> </example> </examplelist> <publist> <publicatin pub_id="pub "> <authrlist>shirayama M., Tth A., Galva M., Nasmyth K.</authrlist> <title>apc(cdc20) prmtes exit frm mitsis by </title> <dbxref db="medline" dbkey=" " /> <jurnal>nature</jurnal> <lcatin firstpage="203" lastpage="207" vlume="402" /> <year>1999</year> </publicatin> </publist> <memberlist> <dbxref db="prefile" dbkey="ps50218" name="fizzy_domain" /> <dbxref db="prodom" dbkey="pd004563" name="pd004563" /> </memberlist> </interpr> 20

21 <!ELEMENT interpr (name, type, examplelist, memberlist, publist, parlist*, chlist*, seclist*, abstract)> <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT <!ELEMENT name (#PCDATA)> type (#PCDATA)> abstract (#PCDATA cite dbxref sub sup p li i l reactin pre)*> examplelist (example*)> example (#PCDATA prtein dbxref cite)*> publist (publicatin*)> memberlist (dbxref*)> prtein (#PCDATA prtein)*> <!ATTLIST interpr id <!ATTLIST dbxref db dbkey name <!ATTLIST prtein sptr_ac status start end ID #REQUIRED> CDATA #IMPLIED CDATA #IMPLIED CDATA #IMPLIED> CDATA #REQUIRED (? T P F N) #IMPLIED CDATA #IMPLIED CDATA #IMPLIED> 21

22 Linguaggi XML in bilgia Sequenze Biinfrmatic Sequence Markup Language (BSML) Agave Prteine (SPML) NCBI utputs (BlastXML) Micrarray (MAGE-ML) Systems Bilgy Markup Language (SBML) Variabilità individuale Bilgical Variatin Markup Language (BVML) 22

23 Web Services "A Web service is a sftware system designed t supprt interperable machine-t-machine interactin ver a netwrk. It has an interface described in a machineprcessable frmat (specifically WSDL). Other systems interact with the Web service in a manner prescribed by its descriptin using SOAP-messages, typically cnveyed using HTTP with an XML serializatin in cnjunctin with ther Web-related standards. W3C (wrking grup) definitin 23

24 Web Services Interfacce prgrammatiche (API) per l access a servizi telematici basate su XML e prtclli standard di trasprt (HTTP, SOAP) Cnsentn alle applicazini di accedere ai dati in maniera intelligente: individuazine dei cntenuti e cmprensine semantica Sn dispnibili standard per la lr descrizine (WSDL), identificazine (UDDI) e cmpsizine (WSFL) Utilizzan dati identificativi e descrittivi delle infrmazini e dei servizi fferti (metadata) Già dispnibili per mlti servizi e banche date 24

25 Web Services in biinfrmatica EMBOSS, XEMBL, Interpr (EBI) eutils (NCBI) cabio (NCICB) KEGG API GeneCruiser, Bisphere SIMAP, CABRI, TP53 (IST, Genva) 25

26 WSDL: chi fa csa Web Services Descriptin Language (WSDL) Standard per la descrizine dei Web Services Cmprende lcalizzazine, mdalità di access e descrizine dettagliata Funzinalità astratte e dettagli per l access cncreti WSDL Binding: implementazine di WSDL per SOAP, HTTP, MIME 26

27 WSDL: XEMBL.wsdl <definitins> </definitins> <definitins name="xembl"targetnamespace= xmlns:tns= xmlns:xsd= xmlns:sap= xmlns:sapenc= xmlns=" <dcumentatin>dcumentatin f this Web Service, tgether with a sample client and links t Bsml (Labbk, Inc.) and AGAVE (DubleTwist, Inc.) can be fund at the Eurpean Biinfrmatics Institute + <message name="getnucseqrequest" xmlns:tns=" + <message name="getnucseqrespnse"> + <prttype name="xemblprttype"> + <binding name="xemblservicebinding" type="tns:xemblprttype + <service name="xemblservice"> </definitins 27

28 WSDL: XEMBL.wsdl <service> </service> <service name="xemblservice"> <dcumentatin>returns full infrmatin n EMBL Nucletide Sequences frmatted as Bsml XML r Agave XML. I.e. returns sequence itself, crss-references, taxnmy, literature, full feature infrmatin, etc.</dcumentatin> <prt name="xemblprt" binding="tns:xemblservicebinding"> <sap:address lcatin=" /> </prt> </service> 28

29 WSDL: XEMBL.wsdl <binding> </binding> <binding name="xemblservicebinding" type="tns:xemblprttype"> <sap:binding style="rpc transprt=" /> <peratin name="getnucseq"> <sap:peratin sapactin=" /> <input> <sap:bdy use="encded" namespace= encdingstyle=" /> </input> <utput> <sap:bdy use="encded" namespace= encdingstyle=" /> </utput> </peratin> </binding> 29

30 WSDL: XEMBL.wsdl </prttype> <prttype> <prttype name="xemblprttype"> <peratin name="getnucseq"> <input message="tns:getnucseqrequest" name="getnucseq" /> <utput message="tns:getnucseqrespnse" name="getnucseqrespnse" /> </peratin> </prttype> 30

31 WSDL: XEMBL.wsdl <message></message> <message name="getnucseqrequest" xmlns:tns=" <part name="frmat" type="xsd:string"> <dcumentatin>input parameter that indicates the result frmat that shuld be returned. Legit values: Bsml r scibj. Defaults t Bsml if frmat nt recgnised. </dcumentatin> </part> <part name="ids" type="xsd:string"> <dcumentatin>a space delimited list f internatinal Nucletide Sequence accessin numbers (IDs). Fr example: "HSERPG U83300 AC000057". Minimum number f IDs is 1. </dcumentatin> </part> </message> <message name="getnucseqrespnse"> <part name="result" type="xsd:string"> <dcumentatin>an XML frmatted result in either Bsml r AGAVE frmat.</dcumentatin> </part> </message> 31

32 Cmprre servizi cmplessi Web Services Flw Language (WSFL) Cnsente di descrivere insiemi di web services Flw mdels: specifica cme utilizzare un insieme di web services per raggiungere un cert biettiv Glbal mdels: descrive le interazini tra più web services e il cmprtament glbale di un insieme Recursive cmpsitin: gni flw mdel glbal mdel viene cnsiderat cme un nuv web service e rientrare in altri mdelli Esistn alternative: WSCDL (Web Services Chregraphy Descriptin Language) Scufl (Simple Cnceptual Unified Flw Language) 32

33 Registrazine dei servizi Universal Descriptin, Discvery and Integratin (UDDI) Realizzazine di un framewrk per la descrizine dei Web Services, indipendente da HW e SW Cnsente la creazine di registri di Web Services Basat su standard Wrld Wide Web Cnsrtium (W3C) and Internet Engineering Task Frce (IETF) Esistn alternative: bimoby 33

34 Middleware is nt magic (C. Gble) Qualità dei dati Gestine del cntenut dei db (vcablari cntrllati) Creazine e aggirnament delle ntlgie Gestine delle infrmazini sull rigine dei dati e la release Strumenti apprpriati, da usare in maniera apprpriata Difficltà nell accedere all anntazine a test liber 34

35 CABRI: biettivi Cmmn Access t Bilgical Resurces and Infrmatin Distribuzine di materiali bilgici di qualità Linee Guida per la cnservazine del materiale Centr Risrse Bilgiche virtuale Catalghi integrati tramite SRS Integrazine cn db esterni Shpping cart 35

36 CABRI: partners e materiali Partners: BCCM, CABI, CBS, CIP, DSMZ, ICLC, NCCB, NCIMB (cllezini) IST, CERDIC (ITC) Materiali: Micrrganismi (Batteri, lieviti, funghi filifrmi) Linee cellulari animali e umane, ibridmi, linee B tip. HLA Plasmidi, fagi, virus, snde DNA Cmplessivamente più di risrse 36

37 CABRI: ricerca CABRI Simple Search: Ricerca per ID, nme, tutti I campi restanti Ricerca per sinnimi SRS standard query frm: Utilizz appien link SRS Gestine viste persnalizzate Selezine singli field Access indici SRS CABRI HyperCatalgue: Indici statici per materiale e per catalg Access finale alla descrizine dettagliata tramite SRS 37

38 IARC TP53 database IARC TP53 Mutatin Database Release 9: 19,809 mutazini smatiche, 1,769 articli Infrmazini: mutazine, materiale, stile di vita Vcablari e anntazini standard Ricerche n-line richiedn interazine Implementazine SRS del database IARC TP53 Basat su SRS Definizine di un DTD ad-hc Trasferiment dati basat su XML Access prgrammatic semplificat 38

39 Web Services per CABRI e TP53 Implementare W eb Services che cnsentan: L access ai database CABRI e TP53 tramite i siti SRS La pssibilità di includere questi task in wrkflw cmplessi Riprducend il cmprtament attuale: Ricerca per nme, identificatre e a test liber (CABRI) Ricerca per funzini e prprietà (TP53) Cmbinare risultati Integrare I dati cn altri srgenti tramite IDs termini cmuni Due tiplgie di Service: Ricerca per una specifica prprietà e restituzine degli ID Ricerca per ID e restituzine del recrd cmplet 39

40 Saplab: SOAP-based Analysis Web Service Saplab is a set f Web Services prviding a prgramatic access t sme applicatins n remte cmputers. It is ften referred t as an Analysis (Web) Service (Martin Senger, EBI). Cnsente di implementare Web Services in grad di accedere a: Applicazini lcali eseguibile cn cmmand-line Applicazini presenti in EMBOSS Cntenut di qualunque pagina Web (GwLab) Requisiti Apache Tmcat servlet engine, Axis SOAP tlkit, Java perl, mysql 40

41 Saplab 41

42 Saplab: file ACD appl: getcelllineidsbyname [ dcumentatin: "Get cell lines by name frm CABRI human and animal cell lines catalgues (see grups: "CABRI" nnembss: "Y" cmment: "launcher get" supplier: " cmment: "methd [{$libs}-nam:'$name'] -ascii ] string: libs [ parameter: "Y ] string: name [ parameter: "Y ] utfile: result [ ] 42

43 Saplab: file ACD appl: getcelllineidsbyprperty [ dcumentatin: "Get cell lines by prperties (all text) frm CABRI human and animal cell lines catalgues (see grups: "CABRI" nnembss: "Y" cmment: "launcher get" supplier: " cmment: "methd [{$libs}-all:'$text'] -ascii" ] string: libs [ parameter: "Y ] string: text [ parameter: "Y ] utfile: ids [ ] 43

44 Saplab: file ACD appl: getcelllinesbyid [ dcumentatin: "Get cell lines by Id frm CABRI human and animal cell lines catalgues (see grups: "CABRI" nnembss: "Y" cmment: "launcher get" supplier: " cmment: "methd -e [{$libs}:'$id'] -ascii" ] string: libs [ parameter: "Y ] string: id [ parameter: "Y ] utfile: result [ ] 44

45 Web Services CABRI Web Service Name Invlved catalgues Input Output getbacteriaidsbyname Bacteria strains lib(s), name id(s) getbacteriaidsbyprperty Bacteria strains lib(s), text id(s) getbacteriabyid Bacteria strains id full recrd getfungiidsbyname Filamentus fungi strains lib(s), name id(s) getfungiidsbyprperty Filamentus fungi strains lib(s), text id(s) getfungibyid Filamentus fungi strains id full recrd getyeastidsbyname Yeasts strains lib(s), name id(s) getyeastidsbyprperty Yeasts strains lib(s), text id(s) getyeastsbyid Yeasts strains id full recrd getplasmididsbyname Plasmids lib(s), name id(s) getplasmididsbyprperty Plasmids lib(s), text id(s) getplasmidsbyid Plasmids id full recrd getphageidsbyname Phages lib(s), name id(s) getphageidsbyprperty Phages lib(s), text id(s) getphagesbyid Phages id full recrd getcelllinesidsbyname Human and animal cell lines lib(s), name id(s) getcelllinesidsbyprperty Human and animal cell lines lib(s), text id(s) getcelllinesbyid Human and animal cell lines id full recrd getresurceidsbyname All lib(s), name id(s) getresurcesbyid All id full recrd 45

46 Web Services TP53 Web Service Name Input Output getp53mutatinsbyprperty lib, text Full recrd getp53mutatinsbyids Id Full recrd getp53mutatinidsbytype lib, mutatin type id(s) getp53mutatinidsbyeffect lib, effect id(s) getp53mutatinidsbyexn lib, exn number id(s) getp53mutatinidsbyintrn lib, intrn number id(s) getp53mutatinidsbycdnnumber lib, cdn number id(s) getp53mutatinidsbycpgsite lib, cpg site (true/false) id(s) getp53mutatinidsbysplicesite lib splice site (true/false) id(s) getp53mutatinidsbymetastasislcalizatin lib, metastasis lcalizatin (rgan) id(s) getp53mutatinidsbytumrorigin id(s) lib, rigin (primary, secndary, ) 46

47 Wrkflws management A cmputerized facilitatin r autmatin f a business prcess, in whle r part". (Wrkflw Management Calitin) Obiettiv: implementazine di prcessi di analisi dei dati in ambienti standardizzati Vantaggi principali: efficienza: in quant prcedura autmatica, libera il ricercatre dai cmpiti ripetitivi sul web e cntribuisce a una gd practice, reprducibilità: le analisi pssn essere ripetute nel temp, rius: I risultati intermedi pssn essere riutilizzati, tracciabilità: il wrkflw è eseguit in un ambiente trasparente nel quale la prvenienza dei dati può essere verificata a psteriri. 47

48 Wrkflw management sftware Gestine di wrkflw per applicazini biinfrmatiche: Bipipe, un add-n per biperl GPipe, una estensine dell interfaccia Pise Taverna (EBI), una cmpnente della piattafrma mygrid Pegasys (University f British Clumbia) EGene (Universidade de Sã Paul) Wildfire (Biinfrmatics Institute, Singapre) Pipeline Pilt (SciTegic) BiWBI, Biinfrmatic Wrkflw Builder Interface, di IBM Richiedn una ntevle cnscenza dei sistemi cinvlti e cmpetenze e temp per l svilupp dei wrkflw. 48

49 Wrkflw management: Taverna Taverna Wrkbench cnsente di cstruire wrkflw per analisi cmplesse accedere a prcessri sia remti che lcali definire prcessri alternativi eseguire I wrkflw visualizzare i risultati in diversi frmati descrivere i dati biinfrmatici tramite un ntlgia Requirements: java, W indws r Linux Open surce: 49

50 Taverna: prcessri dispnibili Web Services descritti tramite WSDL Mette a dispsizine i servizi descritti Web Services accessibili tramite server Saplab Mette a dispsizine I servizi pubblicizzati dal server Saplab Registri BiMOBY Interagisce cn un MOBY Centrale repsitry per accedere ai servizi registrati Wrkflw Incrpra interi wrkflw definiti cn Scufl aggiunge singli prcessri Bimart Interagisce cn database Bimart per cmprre query SeqHund Interrga SeqHund (Sequence and Structure Database Management System), un insieme di Web Services basati sul mdell dati NCBI e accede a infrmazini di sequenza e struttura Prcessri lcali Funzini Java in grad di elabrare liste e stringhe, definire valri cstanti, eseguire semplici elabrazini. È anche pssibile scrivere prpri script cn beanshell 50

51 Wrkflw per database CABRI 51

52 Wrkflw per database TP53 52

53 Onclgy ver Internet (O2I) Obiettivi del sistema: Cnsentire l esecuzine di un insieme predefinit di wrkflw (di interesse nclgic) Cnsentire l anntazine dei wrkflw tramite una semplice ntlgia dei prcessri biinfrmatici (dmini, task, i/) Cnsentire la ricerca di wrkflw sulla base della lr anntazine Cnsentire la selezine di wrkflw sulla base della tiplgia dell utente (rul, interessi) Cnsentire la memrizzazine e il recuper dei wrkflw eseguiti e dei relativi risultati 53

54 Onclgy ver Internet (O2I) Il sistema: Accede e interrga/utilizza Web Services, anche tramite registri bimoby Archivia i wrkflw in frmat Scufl È parzialmente basat su strumenti pen surce (Taverna WB, FreeFlu e mysql) Prttip dispnibile n-line entr fine 2005: 54

55 Architettura O2I 55

56 Wrkflw predefiniti I wrkflw sn: creati dall amministratre cn Taverna archiviati in frmat Scufl aggirnati (wrkflw vs versine) sttmessi da: utenti service prviders 56

57 Anntazine dei wrkflw I wrkflw sn anntati sulla base di: una semplice ntlgia per prcessri biinfrmatici: dmini applicativ task input e utput l ntlgia deriva da quella di Taverna: nuva struttura alcune aggiunte (bilgical resurces, images, ) in via di ulterire svilupp e adattament 57

58 Schema ERA 58

59 Anntazine dei wrkflw 59

60 Registrazine e prfil utenti Gli utenti sn raggruppati in base a: rul ricpert infrmatic / medic / ricercatre / paziente / girnalista / dmini di interesse Sn cnservate le precedenti esecuzini di wrkflw 60

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66 Simple dem wrkflw 66

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76 Cllabrazini IST, Genva Pal Rman, Ulrich Pfeffer, Dmenic Marra, Valentina Mirisla, M. Assunta Manniell DISC, Università di Milan Biccca Guglielm Bertlini, Flavi De Pali, Giancarl Mauri ISMAC, CNR, Genva Patrizi Arrig, Matte Fattre DIST, Università di Genva Ivan Prr, Silvia Scagline ITB, CNR, Milan Lucian Milanesi DMI, Università di Camerin (MC) Emanuela Merelli Lavr parzialmente supprtat dal Minister dell Istruzine, dell Università e della Ricerca (MIUR), Prgett Strategic Onclgy ver Internet ( ). 76