Procedura negoziata per la fornitura di diagnostici per Laboratorio di Genetica Molecolare settore Oncoematologia. Numero di gara

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1 Procedura negoziata per la fornitura di diagnostici per Laboratorio di Genetica Molecolare settore Oncoematologia Numero di gara CAPITOLATO TECNICO

2 Item Voce Descrizione Quantità/anno 1.1 Sistema per l estrazione di RNA genomico totale da sangue periferico, midollare, buffy coat 1.2 Sistema per l estrazione di DNA genomico da sangue periferico e midollare 1.3 Sistema di sintesi di cdna (retro-trascrizione) con random primers Lotto 1 Reagenti per estrazione di acidi nucleici CIG C63 Compatibile con un sistema di retrotrascrizione ad alta efficienza con random primers, possibilità di consentire la raccolta dell'estratto in volumi diversi, personalizzabili in base alla cellularità del campione di partenza. Il sistema deve permettere di ottenere DNA amplificabile con alta efficienza tramite Real Time PCR, deve avere brevi tempi di esecuzione Sistema di retro trascrizione ad alta efficienza con enzima del M-MLV RT di ultima generazione ad alta efficienza. Compatibile con le applicazione di Real Time PCR. 300 estrazioni 300 estrazioni 500 reazioni Base d asta lotto , Sistema di identificazione della traslocazione t(9;22) BCR-ABL (varianti P210, P190 e P230) 2.2 Sistema di identificazione del trascritto derivato dalla traslocazione t(15;17) PML- RARA (variante BCR1, BCR2 e BCR3). 2.3 Sistema di identificazione e derivato dalla traslocazione t(9;22) BCR-ABL (variante P210) tramite metodica Real Time Quantitative PCR e amplificazione. 2.4 Sistema di identificazione e derivato dalla traslocazione t(9;22) BCR-ABL (variante P190) tramite metodica Real Time Quantitative PCR e amplificazione 2.5 Sistema di identificazione e derivato dalla traslocazione t(15;17) PML-RARa (varianti variante BCR1, BCR2 e BCR3) tramite Lotto 2 Studi di BCR GIG D Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su acidi nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: PCR nested o multiplex Il kit deve essere completo di sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; deve consentire la contemporanea amplificazione delle varianti p210, p190 e p230 Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su acidi nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: PCR nested o multiplex Il kit deve essere completo di sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; deve consentire la contemporanea amplificazione delle varianti bcr1, bcr2 e bcr3 amplificazione su RNA o cdna provenienti da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Compatibilità multi strumentale e possibilità di calcolo della percentuale BCR-ABL riferito all International Scale; RNA reference incluso nel kit; primer e probe in accordo con pe Against Cancer (EAC) program. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; standard unici per il gene BCR-ABL ed il gene di controllo ABL per generare curve standard di almeno 4 punti a diluizione nota. Il kit per la quantificazione del trascritto p210 deve seguire linee guida EAC e le Standard Operating Procedures (Versione 1.0 del ) del circuito LabNet*; in particolare deve essere conforme alle caratteristiche minime di specificità e sensibilità definite in tali linee guida. Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica; standard unici per il gene BCR- ABL ed il gene di controllo ABL per generare curve standard di almeno 3 punti a diluizione nota. Il kit per la p190 deve seguire linee guida EAC in particolare deve essere conforme alle caratteristiche minime di specificità e sensibilità definite da tali linee guida. amplificazione su cdna proveniente da diversi campioni; Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di 150 referti = 300 test 20 referti = 40 test 20 referti = 40 test 12 referti / BCR1 + BCR2 + BCR ,24

3 metodica Real Time Quantitative PCR, e standard interni di amplificazione contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Il kit deve essere completo di curva standard di almeno 3 punti per il gene di controllo ABL e 5 punti per il trascritto di fusione. *LabNet, rete di laboratori, coordinata dal GIMEMA (Gruppo Italiano Malattie Ematologiche nell'adulto) in collaborazione con l ELN (pean Leukemia Network), che effettuano il monitoraggio della risposta molecolare nelle Leucemie Mieloidi Croniche attraverso metodiche standardizzate 3.1 Sistema di identificazione e quantificazione del trascritto derivato dalla traslocazione t(8;21) AML1-ETO 3.2 Sistema di identificazione del trascritto derivato dalla traslocazione t(12;21) TEL-AML1 4.1 Sistema di identificazione delle mutazioni A, B e D, del gene NPM1 tramite Real Time PCR 4.2 Sistema di identificazione e quantificazione della sola mutazione A, del gene NPM1 tramite Real Time PCR, 4.3 Sistema di identificazione e quantificazione delle mutazioni B e D, del gene NPM1 tramite metodica Allele Specific Real Time PCR comprensivo di amplificazione. Lotto 3. Analisi AML1 CIG B3E Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cdna proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real time PCR. Il kit deve essere completo di sonde e primer per ABL, almeno 3 diluizioni seriali ( ) del plasmide contenente la sequenza ABL, sonde e primer del gene di fusione AML1/ETO e almeno 4 diluizioni seriali del gene di fusione AML1/ETO. Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluttuazioni di fluorescenza non specifica se richiesto dalla strumentazione in utilizzo. Primer e probe in accordo con pe Against Cancer (EAC) program Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cdna proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real time PCR con sonde TaqMan. Il kit deve essere dotato di sonde e primer per ABL, almeno 3 diluizioni seriali ( ) del plasmide contenente la sequenza ABL, sonde e primer del gene di fusione e almeno 4 diluizioni seriali del gene di fusione. Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluttuazioni di fluorescenza non specifica se richiesto dalla strumentazione in utilizzo. Primer e probe in accordo con pe Against Cancer (EAC) program Lotto 4. Analisi gene NPM1 CIG CD utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di arricchimento per le sequenze mutate, sistema di controllo gene housekeeping, di opportuni controlli di reazione e sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Il kit deve permettere di discriminare contemporaneamente almeno tra le mutazioni A, B e D (specificità) ed, eventualmente evidenziare altre mutazioni. utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Il kit deve contenere le curve standard con almeno 4 diluizioni seriali del gene, per il gene mutato ed il wild type. utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica Lotto 5. Analisi Jak2 CIG D65 18 referti/ 36 test per A + 36 test per B + 36 test per D 16 referti = 32 test 16 referti / 32 test per B + 32 test per D 5.1 Sistema di Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR allele 190 referti = 4.500, , ,00

4 identificazione della mutazione V617F del gene JAK2 tramite Real Time PCR e controlli interni di reazione. specifica. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e campioni di riferimento per controllo positivo e negativo; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Taq polimerasi inclusa 380 test Lotto 6. Studio clonalità CIG Sistema di identificazione Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l analisi dei riarrangiamenti molecolare di riarrangiamenti clonali del gene IgH. clonali della regione VDJ I kit devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix IgH FR1, FR2, FR3 del pronta all uso, enzima, sistema controllo gene house-keeping gene IgH di reazione per la fase di estrazione e amplificazione. 120 reazioni Kit ottimizzati per PCR elettroforesi o per elettroforesi capillare. 6.2 Sistema di identificazione Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l analisi dei riarrangiamenti molecolare di riarrangiamenti: del gene TCR-γ. Metodica di clonali della regione del utilizzo: PCR gel elettroforesi. I kit devono comprendere: gene TCR gamma Linfomi controlli mono- e poli-clonali, mix pronta all uso, enzima, T sistema controllo gene house-keeping di reazione per la fase di estrazione e amplificazione. I kit devono prevedere una fase di rivelazione mediante analisi mediante gel di agarosio, gel di 60 reazioni acrilamide ed elettroforesi capillare sullo stesso amplificato. I protocolli di amplificazione devono essere comuni per i differenti kit offerti. 6.3 Sistema di identificazione Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l analisi dei riarrangiamenti molecolare di riarrangiamenti clonali del gene TCR-β. I kit clonali della regione VJA, devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix VJB, VDJ del gene TCR pronta all uso, enzima, sistema controllo gene house-keeping beta Linfomi T di reazione per la fase di estrazione e amplificazione. I kit devono prevedere una fase di rivelazione mediante analisi 20 reazioni mediante gel di agarosio, gel di acrilamide ed elettroforesi capillare sullo stesso amplificato. I protocolli di amplificazione devono essere comuni per i differenti kit offerti. Conforme alle linee guida Biomed 2 (con dichiarazione del 6.4 Sistema di identificazione Dovranno essere forniti kit a marchio CE-IVD per l analisi dei riarrangiamenti molecolare di riarrangiamenti clonali del gene TCR-delta. I kit clonali delle regioni del devono comprendere: controlli mono- e poli-clonali, mix gene V d + Dd +j d e VJ pronta all uso, enzima, sistema di controllo gene housekeeping 20 reazioni A+VJB TCR delta di reazione per la fase di estrazione e amplificazione. Lotto 7. Studio BCL CIG A9A 7.1 Sistema di identificazione del DNA derivato dalla amplificazione su DNA genomico provenienti da diverse traslocazione t(11;14) tipologie di campioni (incluso paraffinato). Metodologia di BCL1 IgH utilizzo: PCR Il kit deve essere completo di sistema di controllo mono e 40 reazioni policlonale, di gene housekeeping per verificare l integrità del materiale. Conforme alle linee guida Biomed2 (con dichiarazione del produttore) 7.2 Sistema di identificazione del DNA derivato dalla amplificazione su su DNA genomico provenienti da diverse traslocazione tipologie di campioni (incluso paraffinato). Amplificazione t(14;18)bcl2 IgH MBR e delle seguenti regioni BCL2Mbr+IGH JH, BCL2 3 Mbr +IGH JH, mcr BCL2 mcr +IGH JH. Metodologia di utilizzo: PCR 40 reazioni Il kit deve essere completo di: controllo monoclonale per ogni riarrangiamento, controllo policlonale, sistema di controllo gene housekeeping. Lotto 8. Studio di altre alterazioni CIG Sistema di identificazione Possibilità di eseguire la reazione di amplificazione su cdna , , ,54

5 e quantificazione del trascritto derivato dalla inversione inv(16) CBF b- MYH11 A 8.2 Sistema di identificazione e quantificazione del gene WT1, esone 1 e 2, tramite metodica Real Time Quantitative PCR 8.3 Sistema di identificazione delle mutazioni a carico del gene MPL (W515 e W515K) tramite Real Time PCR e controlli 9.1 Sistema di rilevazione delle mutazioni FLT3 ITD e D835 proveniente da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real time PCR con sonde TaqMan. Il kit deve essere dotato di sonde e primer per ABL, almeno 3 diluizioni seriali ( ) del plasmide contenente la sequenza ABL, sonde e primer del gene di fusione inv16 e almeno 4 diluizioni seriali del gene di fusione inv16. Sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica se richiesto dalla strumentazione in utilizzo. Primer e probe in accordo con pe Against Cancer (EAC) program amplificazione su acidi nucleici provenienti da diversi campioni. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: reagenti per curva standard di almeno 3 punti per il gene di controllo ABL e per il gene WT1; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluoroforo passivo (ROX) per la normalizzazione delle fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Deve essere conforme alle caratteristiche minime di specificità e sensibilità definite dal circuito ELN (pean Leukemia Net) (Cilloni D. et al. JCO 2009) Il kit deve consentire la rilevazione delle mutazioni MPL W515L e W515K separatamente. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR tramite sonde TaqMan. Il kit deve essere completo di: sistema di controllo gene housekeeping e di opportuni controlli di reazione positivo e negativo; sistema UNG in grado di abbassare il rischio di contaminazione da carry-over; fluttuazioni di fluorescenza non specifica. Lotto 9. Studio di mutazioni di FLT3 CIG Marchio CE/IVD. Metodologia di utilizzo: Real Time PCR. Il kit deve comprendere controlli mono e policlonali, controllo housekeeping, mix pronta all uso, Taq Polimerasi ed enzima di restrizione. 18 referti = 36 test 16 referti / 32 test per W515L+ 32 test per W515K Base d asta 6.228,00