Prof. Laura Bonati, Dott. Domenico Fraccalvieri. DISAT, Ed. U1

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Cecilia Tommasi
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1 MODELLISTICA MOLECOLARE DI STRUTTURA, PROPRIETA' E INTERAZIONI DI PROTEINE Prof. Laura Bonati, Dott. Domenico Fraccalvieri DISAT, Ed. U1 laura.bonati@unimib.it

2 AMBITI di RICERCA Predizione i di struttura tt di proteine Analisi di sequenze, strutture, siti attivi Studio della dinamica di proteine METODI COMPUTAZIONALI Bioinformatica strutturale Dinamica Molecolare Studio delle interazioni: i i legante - proteina peptide - proteina proteina - proteina Docking molecolare

3 PROGETTI per TESI di LAUREA e LAUREA MAGISTRALE. Razionalizzazione e predizione della tossicità di contaminanti ambientali mediante predizione delle geometrie e delle energie di binding legante-recettore con metodi di docking molecolare. Department of Environmental Toxicology, University of California, Davis, CA US Biology Department, Woods Hole Oceanographic Institution, Woods Hole, MA US

4 2. Progettazione di modifiche del glutine delle farine come processo tecnologico contro la celiachia celiachia mediante l analisi delle interazioni tra p peptidi p (antigeni antigeni)) funzionalizzati e anticorpo con metodi di docking molecolare. molecolare. A i d Chorisis, Azienda Ch i i F Fondazione d i IIstituto tit t IInsubrico b i Ri Ricerca per lla vita, it G Gerenzano, IT

5 PROGETTO per TESI di LAUREA MAGISTRALE Confronto delle proprietà dinamiche di proteine omologhe implicate nel binding con altre proteine proteine mediante campionamento della PES conformazionale con Dinamica Molecolare o metodi stocastici e confronto degli ensemble conformazionali con reti neurali artificiali (SOM) Dipartimento di Informatica Sistemistica e Comunicazione Comunicazione, UNIMIB UNIMIB, Milano Milano, IT Randall Division of Cell and Molecular Biophysics, King's College London, London, UK

6 COMPETENZE ACQUISIBILI Utilizzo di metodi di modellistica molecolare Utilizzo di tecniche di bioinformatica e di data mining Utilizzo di programmi di grafica molecolare Consultazione ragionata di database disponibili in rete Ricerca bibliografica Utilizzo del sistema operativo Linux Partecipazione i a un progetto di ricerca Interazioni con ricercatori con competenze diverse Interazioni con ricercatori stranieri

7 ilano Chemometrics and QSAR Research Group Roberto Todeschini Viviana Consonni Andrea Mauri Davide Ballabio Alberto Manganaro Matteo Cassotti chemometrics molecular descriptors QSAR multicriteria decision making environmetrics experimental design artificial neural networks statistical process control Department of Earth and Environmental Sciences University of Milano - Bicocca P.za della Scienza, Milano (Italy) Website: michem.disat.unimib.it/chm/

8 no Chemometrics and QSAR Research Group AMBITI di RICERCA METODI COMPUTAZIONAL Quantitative Structure-Activity Relationships (REACH) Studio e sviluppo di descrittori molecolari Metodi chemiometrici e chemoinformatici Pianificazione degli esperimenti Decisioni con criteri multipli: indici di qualità liste ordinate di priorità valutazione di scenari alternativi Metodologia della ricerca sperimentale Metodi decisionali multicriterio

9 antitative Structure-Activity Relationships training set set of molecules molecular descriptors experimental responses SRC (QSAR, QSPR,..) reversible decoding MODEL fitting prediction power molecular descriptors experimental responses test set new molecules molecular descriptors predicted new responses

10 no Chemometrics and QSAR Research Group La filosofia f della chemiometria Sistemi complessi analisi multivariata del problema ricerca dell informazione rilevante modelli validati con finalità predittive sintesi dell informazione rilevante

11 no Chemometrics and QSAR Research Group TESI di LAUREA MAGISTRALE... e TRIENNALE Confronto tra metodi Sviluppo di nuovi metodi Studio di nuovi descrittori molecolari... Studio delle capacità modellistiche di descrittori molecolari Applicazioni dei metodi QSAR a problemi specifici Applicazioni dei metodi chemiometrici a problemi specifici

12 no Chemometrics and QSAR Research Group COMPETENZE ACQUISIBILI Utilizzo di metodi modellistici avanzati Utilizzo di metodi per la pianificazione degli esperimenti Utilizzo di software specialistici Conoscenze di programmazione informatica Utilizzo di descrittori molecolari Ricerca bibliografica Partecipazione a progetti di ricerca Interazioni con ricercatori con competenze diverse Interazioni con ricercatori stranieri

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