WORKLOAD molecolare. Valutazione del carico di lavoro tempo uomo laboratorio genetica molecolare

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Gennaro Martino
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1 WORKLOAD molecolare Valutazione del carico di lavoro tempo uomo laboratorio genetica molecolare

2 Analisi valutate ESTRAZIONE DNA MANUALE/SEMIAUTOMATICA LAPUCCI ESTRAZIONE DNA AUTOMATICA-LAPUCCI reazione PCR standard - lapucci reazione PCR analisi frammenti - lapucci Reazione PCR triplette MURGIA REVERSE DOT BLOT D APICE Reazione PCR Realtime lapucci reazione di sequenza (sanger su capillare) (include purificazioni) - ANNA RAVANI MLPA SANI CGH CUSTOM PER MOLECOLARE - NERI DHPLC RAVANI SOUTHERN BLOTTING - D APICE Nel calcolo del tempo calcolare tenendoli separati Tempo Dry (preparazione culturale e interpretazione) Tempo Wet (laboratorio)

3 CARICO LAVORO MLPA ILARIA SANI PERSONALE TECNICO giorno 1: pianificazione esperimento 10 (t wet) preparazione campioni 8 (t dry) preparazione e aggiunta probemix 8 (t dry) giorno 2: ligazione 7 (t dry) amplificazione 7 (t dry) caricamento su sequenziatore 11 (t dry) calcolo per 1 campione con il relativo controllo

4 CARICO LAVORO MLPA BIOLOGO giorno 2: analisi 40 (t wet) refertazione 15 (t DRY) calcolo per 1 campione con il relativo controllo

5 CARICO LAVORO MLPA RIASSUMENDO TEMPO WET TEMPO DRY TECNICO 8'+8'+7'+7'+11' = 41' 10' BIOLOGO 40'+15'=55'

6 CARICO LAVORO SOUTHERN BLOTTING M.R.D APICE Tempi di laboratorio (personale tecnico) METODICA IN CHEMILUMINESCENZA Preparazione gel di agarosio e caricamento campioni: 15 Controllo e taglio del gel al Transilluminatore UV: 10 Preparazione soluzioni (soluzione denaturante, neutralizzante, SSC 2X ed SSC 20X): 1 h Taglio del filtro di nylon: 2 Preparazione apparato per Southern Blot (taglio della carta, allestimento del vassoio ): 30 Allestimento Southern Blot: 15 Fissaggio filtro, esposizione agli UV: 2 Preparazione delle soluzioni per effettuare i lavaggi del filtro e rivelazione del segnale: 10 Esposizione del filtro con la lastra fotografica: 10 Sviluppo, fissaggio e lavaggio lastra: 15 Tempi di interpretazione (Biologo/medico) Interpretazione del risultato: 1h Tempo totale necessario: 4h

7 CARICO LAVORO SOUTHERN BLOTTING M.R.D APICE METODICA CON L USO DELLA SONDA RADIATTIVA: Tempi di laboratorio (personale tecnico) Preparazione gel di agarosio e caricamento campioni: 15 Controllo del gel e taglio al Transilluminatore UV: 10 Preparazione soluzioni (soluzione denaturante, neutralizzante, SSC 2X ed SSC 20X): 1h Taglio del filtro di nylon: 2 Preparazione apparato per Southern Blot (taglio della carta, allestimento del vassoio ): 30 Allestimento Southern Blot: 15 Fissaggio filtro, esposizione agli UV: 2 Preparazione della reazione di marcatura sonda radioattiva: 5 Preparazione delle soluzioni per effettuare i lavaggi del filtro: 5 Esposizione del filtro con la lastra fotografica: 5 Sviluppo, fissaggio e lavaggio lastra fotografica: 15 Tempi di interpretazione (Biologo/medico) Interpretazione del risultato: 1h Tempo totale necessario: 4h

8 CGH GENE SPECIFICO MARCELLA NERI CGH CUSTOM PER MOLECOLARE tempo wet/ campione : 40 minuti (4x44K) tempo dry/campione 60 minuti

9 REVERSE DOT BLOT M.R.D APICE Reverse dot blot (manuale) Tempi di laboratorio (personale tecnico) Preparazione soluzioni: 5 Fase di denaturazione amplificato (aggiunta soluzione denaturante, amplificato e strip): 5 Aggiunta soluzione di ibridazione:15 Rimozione della soluzione di ibridazione e aggiunta soluzione lavaggio: 30 Fase di color development: 2 Asciugatura e attacco strip sul data reporting sheet: 1 Tempi di interpretazione (Biologo/medico) Interpretazione del risultato: 1 Tempo totale necessario: 15

10 ESTRAZIONE DNA CRISTINA LAPUCCI

11 PCR CRISTINA LAPUCCI

12 CGH CUSTOM PER MOLECOLARE (4 SAMPLES X44K) TEMPO UOMO SET UP REAZIONE DIGESTIONE : 15 TEMPO UOMO SET UP REAZIONE LABELLING : 15 TEMPO UOMO PURIFICAZIONE E QUANTIFICAZIONE NANODROP: TEMPO UOMO SET UP IBRIDAZIONE: 15 TEMPO MACCHINA 130 TEMPO MACCHINA 135 TEMPO MACCHINA 21 TEMPO MACCHINA 33 POI 24 ORE TEMPO UOMO TEMPO MACCHINA WASHING: 10 6 TEMPO UOMO TEMPO MACCHINA ANALISI DATI 60 20

13 ANALISI COSTO SEQUENZIAMENTO DIRETTO SANGER COSTO PERSONALE * Anna Ravani UO Genetica Medica Osp-Universitaria Ferrara Azienda Costo personale produzione in laboratorio del risultato Costo personale analisi del risultato Personale Biologo: 65 (PCR,gel, purificazione PCR, sequenza, purificazione sequenza, corsa capillare, stampa e lettura cromatogrammi) Medico: 10 (lettura cromatogrammi) 8.50 Biologo: Medico: (intepretazione sequenza e uso software e database: ncbi, omim, gene specifici, predizione patogenicita, ecc) Costo personale refertazione segreteria Manutenzione sistema qualita Biologo: Medico: Biologo: 480 /ANNO 0.30 Medico: 120 /ANNO *Costo personale: biologo 0.74 /minuto medico 0.85 /minuto TOTALE 92.48

ANALISI COSTO DHPLC COSTO PERSONALE * Anna Ravani UO Genetica Medica Osp-Universitaria Ferrara Azienda Costo personale produzione in laboratorio del risultato Costo personale refertazione segreteria

14 ANALISI COSTO DHPLC COSTO PERSONALE * Anna Ravani UO Genetica Medica Osp-Universitaria Ferrara Azienda Costo personale produzione in laboratorio del risultato Costo personale refertazione segreteria Manutenzione sistema qualita Personale Biologo: 60 (PCR, gel, caricamento corsa + manutenzione ordinaria strumento, lettura risultati) Medico: 10 (lettura risultati) 8.50 Biologo: Medico: Biologo: 480 /ANNO 0.30 Medico: 120 /ANNO TOTALE *Costo personale: biologo 0.74 /minuto medico 0.85 /minuto

15 Alessandra Murgia 18:08 (15 ore fa) a me Cara Alessandra Eccoti il file. Il color-coding rispecchia i tempi hands-on. Il punto di domanda sul tempo di interpretazione del dato traduce la difficoltà di stabilire un tempo definito per un aspetto di quest ambito di lavoro che dipende dalla complessità del quadro molecolare (con X Fragile si può inciampare su situazioni piuttosto intricate) e,come ben noto, dall esperienza dell operatore. Personalmente non credo che i tempi di interpretazione dei dati (quello che dipende dal know-how e dalla professionalità della persona responsabile) siano esprimibili in minuti o, peraltro, contingentabili. Scusami se insisto ma penso che in generale, ma a maggior ragione se trasferito sulle nuove tecnologie, cioè su NGS, questo concetto vada messo ben in chiaro e difeso. Cordiali saluti Alessandra

16 Analisi triplette ripetute per diagnosi molecoare di S X Fragile protocollo Amplidex FMR1 PCR Test (x 16 campioni) Tempo preparazione del campione con quantizzazione del DNA e preparazione delle diluizioni 30 min solo preparazione della mix e distribuzione 15 min programma PCR 6 ore preparazione campione per carico CE 8 min denaturazione del campione 10 min corsa elettroforetica su seq ora analisi dei dati con software GeneMapper 5 min interpretazione ( dipende dalla complessità del dato molecolare)? Analisi triplette ripetute per diagnosi molecoare di S X Fragile protocollo Long PCR (x 16 campioni) preparazione del campione con quantizzazione del DNA e preparazione delle diluizioni 30 min solo preparazione della mix e distribuzione 40 min programma PCR 4 ore preparazione del gel di agarosio 10 min corsa su gel di agarosio 40 min preparazione campione per carico CE 8 min denaturazione del campione 10 min corsa elettroforetica su seq ABI Prism min analisi dei dati con software GeneMapper 5 min interpretazione ( dipende dalla complessità del dato molecolare)? Legenda : Hands-on Time

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