Legami idrogeno tra le coppie di basi

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Edmondo Randazzo
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1 Legami idrogeno tra le coppie di basi Interazioni elettrostatiche deboli che si stabiliscono tra un atomo elettronegativo (es.ossigeno o azoto) e un atomo di idrogeno legato ad un secondo atomo elettronegativo.

2 Spettri di assorbimento della luce da parte dei più comuni nucleotidi I nucleotidi e gli acidi nucleici assorbono la luce UV intorno a 260 nm

3 Se potessimo entrare dentro il nucleo di una cellula e misurare la lunghezza del filamento di DNA otterremmo: Un filamento lungo 2 metri, nel caso di un DNA umano Un filamento lungo 1.7 millimetri, nel caso di un batterio Se potessimo unire tutti i filamenti di DNA presenti in tutte le cellule umane La lunghezza totale di tutto il DNA sarebbe circa Km Circonferenza della terra Km Distanza terra - sole Km

4 Duplicazione del DNA

5 Allungamento di una catena di DNA

6 Catena leader sintetizzata in modo continuo Catena ritardata sintetizzata in modo discontinuo

7 La duplicazione del DNA necessita di numerosi enzimi e fattori proteici:

torsionale denatura la regione contenente le 3 sequenze ripetute di 13bp:

11 Riassumendo: Dna A HU Un complesso di circa 20 proteine si lega all ORI C in corrispondenza della serie ripetuta di 9 pb In presenza della tensione torsionale denatura la regione contenente le 3 sequenze ripetute di 13bp: deboli legami H tengono uniti i due filamenti in questa porzione di DNA

13 PRIMOSOMA: DNA elicasi DNA primasi

14 Meccanismo d azione della DNA elicasi

15 DNA primasi:

16 Riassumendo:

17 La subunità ß della DNA polimerasi III

18 Frammenti di Okazaki

27 PROCARIOTI (1 origine) EUCARIOTI (origini multiple) ELEMENTI ARS Velocità di spostamento della forcella di duplicazione 200 origini in Saccharomicies cerevisiae origini nell uomo Autonomously Replicating Sequences ( 50 nt/sec) A questa velocità, se ci fosse una sola origine della duplicazione, un cromosoma umano verrebbe duplicato in più di 500 ore!!

29 DNA polimerasi I Attività esonucleasica 5 3

31 DNA polimerasi I Sito attivo della DNA polimerasi Sito attivo dell esonucleasi 3 5

32 Enzimi della duplicazione: DNA Polimerasi Polimerasi I: Attività polimerizzante: 5 3 Polimerasi III: Polimerasi I: Attività esonucleasica: Polimerasi III:

33 LE CELLULE EUCARIOTE POSSIEDONO DIVERSI TIPI DI DNA POLIMERASI DNA POLIMERASI EUCARIOTICHE α β γ δ DNA Polimerasi δ DNA Polimerasi α 2 subunità 4 subunità attività primasica ε attività polimerasica Eso 3' 5 attività polimerasica DNA Polimerasi ε Rimuove i primers a RNA DNA Polimerasi γ Presente nei mitocondri DNA Polimerasi β Funzione poco nota; forse partecipa ai processi di riparazione del DNA

34 α (inizia la sintesi 20 nucleotidi) δ(continua la sintesi)

35 TERMINAZIONE DELLA REPLICAZIONE TUS Durante il processo della terminazione una proteina TUS si lega ad uno dei siti Ter La TUS è una controelicasi, cioè impedisce alla doppia elica di DNA di denaturarsi bloccando la progressione della forcella di replicazione

36 α elica Foglietto ß Foglietto ß ß strand controelicasi

37 Eucarioti Telomeri Numero variabile di cromosomi, a seconda dell organismo Sequenze poste all estremità dei cromosomi eucariotici con funzione di stabilizzazione del cromosoma.

38 Arresto permanente del ciclo cellulare MORTE CELLULARE bambino giovane vecchio

39 DUPLICAZIONE NEGLI EUCARIOTI: IL PROBLEMA DELLE ESTREMITA Telomero Centromero Telomero Duplicazione del DNA χ χ Sostituzione dei primer a RNA con DNA χ χ χ la DNA Pol., rimuove il primer dalle estremità, ma non li può sostituire con DNA infatti, la DNA polimerasi per duplicare le estremità avrebbe bisogno di un primer protrudente dal filamento parentale, evento assolutamente irrealizzabile!

40 Al termine della replicazione l estremità 5 dei filamenti neosintetizzati, presenterà una lacuna dovuta alla rimozione dei primers ed il mancato inserimento di nuovi nucleotidi

41 NELLE CELLULE DI TUTTI GLI EUCARIOTI SONO PRESENTI GLI ENZIMI TELOMERASI: Ricostruiscono le porzioni telomeriche man mano che si accorciano Sono sempre attive nelle cellule della linea germinale Sono attive nelle cellule somatiche solo nelle persone giovanissime Sono attive nelle cellule tumorali Telomeri lunghi; Elevata attività telomerasica; Immortalizzazione.

Telomeri e telomerasi I telomeri sono porzioni di DNA poste all estremità dei cromosomi. Essi sono costituiti di circa 10.

42 Telomeri e telomerasi I telomeri sono porzioni di DNA poste all estremità dei cromosomi. Essi sono costituiti di circa nucleotidi che contengono sequenze ripetute in tandem Le telomerasi sono ribonucleoproteine che fungono da trascrittasi inversa

44 FRAMMENTO TELOMERICO NEOSINTETIZZATO

49 Telomerasi: ribonucleoproteina Porzione ad RNA Porzione proteica

50 Filamento parentale Filamento neosintetizzato

53 RIASSUMENDO:

54 Nel DNA si trovano sequenze molto ripetitive o DNA a sequenza semplice chiamato anche DNA satellite, presente nel centromero e nei telomeri Sequenze uniche o ripetute poche volte presenti nei geni del DNA degli eucarioti Sequenze moderatamente ripetitive (forse DNA di scarto) INTRONI o sequenze intercalate PLASMIDI: DNA circolari extracromosomici liberi nel citoplasma

55 Eucarioti Sequenze codificanti (GENI) mrna rrna Traduzione trna snrna funzioni indirettamente collegate alla biosintesi proteica

56 Eucarioti Interposte alle sequenze codificanti, si trovano sequenze di DNA che mancano di funzioni codificanti DNA INTERGENICO (30% circa) ha una composizioni in basi atipica, con sequenze che si ripetono, ripetono che permette la loro distinzione dal resto del DNA

57 5 ACGTACCGGTAGCACTAAGCTTACGTGACATACGCA 3 frammento di DNA con sequenza random 5 ACAAACT ACAAACT ACAAACT ACAAACT ACAAACT 3 frammento di DNA con sequenze ripetute

58 Il DNA ripetitivo può essere suddiviso in due tipologie Ripetizioni intersperse Ripetizioni distribuite in maniera casuale DNA ripetuto in tandem Le unità ripetute sono una accanto all altra

59 DNA ripetuto in tandem Le unità ripetute sono una accanto all altra I frammenti di DNA con ripetizioni in tandem DNA satellite formano bande satelliti quando il DNA genomico viene frazionato mediante centrifugazione in gradiente di densità minisatellite Unità ripetuta lunga fino a 25 bp (si ripetono fino a 1000 volte) microsatellite Qual è la funzione? Unità ripetuta lunga da 2 a 5 bp (si ripetono fino a 100 volte)

60 DNA satellite Utile strumento di indagine per i biologi molecolari (es:in medicina forense) NON ESISTONO DUE PERSONE CON LA STESSA COMBINAZIONE ESATTA DI VARIANTI MICROSATELLITARI DI UGUALE Molti satelliti sono variabili: il numero di unità che si ripetono è differente in diversi membri della stessa specie NUMERO E LUNGHEZZA: ESAMINANDO UN NUMERO SUFFICIENTE DI SATELLITI, SI PUO OTTENERE UN PROFILO GENETICO PER OGNI PERSONA

61 indagato vittima blood blood jeans shirt

62 IL DNA E CONTENUTO NON SOLO NEL NUCLEO, MA ANCHE IN ALCUNI ORGANELLI DELLE CELLULE EUCARIOTE

63 IL DNA EXTRA-NUCLEARE MITOCONDRI contengono una piccola molecola di DNA circolare (cellule animali e vegetali) CLOROPLASTI cellule vegetali

64 Batteri Plasmide Cromosoma

65 Plasmidi SONO MOLTO UTILIZZATI IN INGEGNERIA GENETICA NEGLI ESPERIMENTI DEL DNA RICOMBINANTE

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