Laboratorio di Elementi di Bioinformatica
|
|
- Marcellino Bruno
- 6 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E30Q6) AA 205/206 Esempio di workflow Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi
2 Scopo del workflow Scopo: dato un insieme R di reads genomici (ottenuti con tecnologia NGS) e i locus genici del cromosoma, stimare, per ogni gene, il numero di reads che hanno origine dal suo locus.
3 Scopo del workflow Ogni gene è fornito come locus Scopo: dato un insieme [start, R end] di reads sul DNA genomici genomico (ottenuti con tecnologia NGS) e à i locus file genes-chr.csv genici del cromosoma, stimare, per ogni gene, il numero di reads che hanno origine dal suo locus. 5 G G2 G3 3 start end chr
4 Scopo del workflow Scopo: dato un insieme R di reads genomici (ottenuti con tecnologia NGS) e i locus genici del cromosoma, stimare, per ogni gene, il numero di reads che hanno origine dal suo locus. 5 G G2 G3 3 chr Set R
5 Scopo del workflow Scopo: dato un insieme R di reads genomici (ottenuti con tecnologia NGS) e i locus genici del cromosoma, stimare, per ogni gene, il numero di reads che hanno origine dal suo locus. 5 G G2 G3 3 chr Set R
6 Scopo del workflow Scopo: dato un insieme R di reads genomici (ottenuti con tecnologia NGS) e i locus genici del cromosoma, stimare, per ogni gene, il numero di reads che hanno origine dal suo locus. 5 G G2 G3 3 In G hanno origine 2 reads. In G2 hanno origine 0 reads. In G3 ha origine reads chr
7 Recuperare un file di NGS reads in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive)
8 2 Recuperare un file di NGS reads in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Allineare i read al genoma
9 2 3 Recuperare un file di NGS reads in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Allineare i read al genoma Scrivere un programma Ruby: INPUT: allineamenti prodotti allo step 2 (in formato SAM), il file genes-chr.csv dei geni sul cromosoma e una soglia di qualità Q. OUTPUT: una tabella che descrive per ognuno dei geni del cromosoma il numero di allineamenti di reads, con qualità media al di sopra di Q, che cadono all interno del locus del gene.
10 2 3 Recuperare un file di NGS reads in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Allineare i read al genoma Scrivere un programma Ruby: INPUT: allineamenti prodotti allo step 2 (in formato SAM), il file genes-chr.csv dei geni sul cromosoma e una soglia di qualità Q. OUTPUT: una tabella che descrive per ognuno dei geni NB: del dato cromosoma il locus [start, end] il numero di un gene di diciamo allineamenti di reads, con qualità media al di sopra di Q, che cadono del campo all interno POS nel file del SAM locus è compreso del gene. in [start, end] l allineamento di un read cade all interno del gene se il valore
11 2 3 Recuperare un file di NGS reads in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Allineare i read al genoma Scrivere un programma Ruby: INPUT: allineamenti Galaxy à prodotti allo step 2 (in formato SAM), il file genes-chr.csv dei geni sul cromosoma e una soglia di qualità Q. OUTPUT: una tabella che descrive per ognuno dei geni del cromosoma il numero di allineamenti di reads, con qualità media al di sopra di Q, che cadono all interno del locus del gene.
12 Recuperare un file di input (di NGS reads) in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Tool Galaxy: Get Data à EBI SRA ENA SRA ID del set di NGS read: SRR57298
13 Recuperare un file di input (di NGS reads) in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Tool Galaxy: Get Data à EBI SRA ENA SRA ID del set di NGS read: SRR57298 In alternativa, scaricare il set SRR57298 direttamente all indirizzo e caricare poi il file in Galaxy Tool Galaxy: Get Data à Upload File from your computer
14 Recuperare un file di input (di NGS reads) in formato FASTQ da SRA (Sequence Read Archive) Tool Galaxy: Get Data à EBI SRA ENA SRA ID del set di NGS read: SRR57298 In alternativa, scaricare il set SRR57298 direttamente all indirizzo e caricare poi il file in Galaxy Tool Galaxy: Get Data à Upload File from your computer Convertire in formato Sanger FASTQ il file dei reads Tool Galaxy: NGS: QC and manipulation à FASTQ Groomer convert between various FASTQ quality formats Tipo di input: Illumina.3.7
15 2 Allineare il set di reads al genoma usando BWA (Burrows-Wheeler Aligner) Tool Galaxy: NGS: mapping à BWA - map short reads (< 00 bp) against reference genome Genoma: Human (Homo Sapiens) (b38): hg38
16 2 3 Allineare il set di reads al genoma usando BWA (Burrows-Wheeler Aligner) Tool Galaxy: NGS: mapping à BWA - map short reads (< 00 bp) against reference genome Genoma: Human (Homo Sapiens) (b38): hg38 Scrivere il programma Ruby
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2015/2016 Parsing di un file in formato EMBL (parte I) Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Esercizio
DettagliCorso di Elementi di Bionformatica
Corso di Elementi di Bionformatica Laurea Triennale in Informatica Il formato FASTQ per la qualità delle sequenze Anno Accademico 2015-2016 Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 La qualità delle sequenze
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2016/2017 Formato GTF per annotare un gene Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 GTF (Gene Transfer
DettagliLaurea in Biotecnologie Sanitarie, Universita' di Padova Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi
Laurea in Biotecnologie Sanitarie, Universita' di Padova Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Corso di Bioinformatica http://compgen.bio.unipd.it/~stefania/didattica/aa2011-2012/bioinformatica_bts/bioinfo_bts.html
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2015/2016 I/O su file Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Standard input e output gets: legge una
DettagliBioinformatica e Biostatistica. Esercitazione di laboratorio: allineamento di reads ad un genoma di riferimento
Bioinformatica e Biostatistica Esercitazione di laboratorio: allineamento di reads ad un genoma di riferimento Specie Mammuth lanoso (Mammuthus primigenius), da 200 a 5 mila anni fa Aerale di distribuzione
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2016/2017 I dati in Bioinformatica Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Il DNA (oggetto biologico)
DettagliEsercitazioni di Genomica
Bioinformatica ai tempi del NGS, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua BMR Genomics srl, Spin-Off Giovanni Birolo, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua Perché bioinformatica?
DettagliIntroduzione alla Genomica
Laboratorio di Bioinformatica I Introduzione alla Genomica Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Il Genoma umano Gene codificanti proteine Gene non codificanti proteine Geni codificanti proteine 3 Il
DettagliIl progetto Genoma Umano è iniziato nel E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA.
Il progetto Genoma Umano è iniziato nel 1990. E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA. Progetto internazionale finanziato da vari paesi, affidato
DettagliLezione 8. DNA sequencing informatics
Lezione 8 DNA sequencing informatics Il materiale di questa lezione è contenuto nel libro Next-generation DNA sequencing informatics Edited by Stuart M Brown Disponibile in biblioteca (CHIOSTRO 572.8633
DettagliEsercitazioni di Genomica
Esercitazioni di Genomica Bioinformatica ai tempi del NGS, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua BMR Genomics srl, Spin-Off Giovanni Birolo, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of
DettagliDNA sequencing. Reading Genomes. Giovanni Bacci
Reading Genomes Giovanni Bacci Evoluzione del sequenziamento 1977 Frederick Sanger Prima tecnica di sequenziamento 1987 Applyed Biosystems Prima macchina automatica per il sequenziamento del DNA 1998 Phil
DettagliCorso di Elementi di Bioinformatica
Corso di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica I dati e le banche dati in Bioinformatica Anno Accademico 2015-2016 Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Il DNA (oggetto biologico)
DettagliAnalisi di dati di sequenziamento del trascrittoma (RNA-Seq):
Il vostro progetto Analisi di dati di sequenziamento del trascrittoma (RNA-Seq): 1. Analisi di qualità 2. Mappatura sul genoma 3. Calcolo dell espressione 4. Test di espressione differenziale 5. Visualizzazione
DettagliModello computazionale per la predizione di siti di legame per fattori di trascrizione
Modello computazionale per la predizione di siti di legame per fattori di trascrizione Attività di tirocinio svolto presso il Telethon Institute of Genetics and Medicine Relatori Prof. Giuseppe Trautteur
DettagliVai al sito: Incolla nel box vuoto la sequenza nucleotidica
Identificare il gene a cui appartiene la sequenza (sonda) e la sua posizione sul cromosoma. Per raggiungere l obiettivo della prima parte dell attività devi usare il software BLAT (BLAST- Like Alignment
DettagliBasi Teoriche e Applicazioni delle Nuove Tecnologie Genomiche
Corsi di laurea magistrale in: Biotecnologie agrarie e ambientali (LM-7) Biologia cellulare e molecolare (LM-6) Sicurezza e qualitàagroalimentare (LM-69 & LM-70) insegnamento di Basi Teoriche e Applicazioni
DettagliBioinformatica. Analisi del genoma
Bioinformatica Analisi del genoma GABRIELLA TRUCCO CREMA, 5 APRILE 2017 Cosa è il genoma? Insieme delle informazioni biologiche, depositate nella sequenza di DNA, necessarie alla costruzione e mantenimento
DettagliCorso di Laurea in Medicina e Chirurgia A.A anno / I semestre (ottobre-dicembre 2017) Sedi delle Attività Didattiche
Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia A.A. 2017-2018 2 anno / I semestre (ottobre-dicembre 2017) Versione 26.07.2017 Sedi delle Attività Didattiche Aula Sede Attività Didattica A1 Aula Magna Clinica
DettagliRELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE
NOME: Marini Selena MATRICOLA: 592330 RELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE CHE ORGANISMO MODELLO È DICTYOSTELIUM? CHE RISORSE BIOINFORMATICHE AGEVOLANO I RICERCATORI CHE LO STUDIANO? Dictyostelium è un genere
DettagliGENOMA. Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine CONTENUTO FUNZIONE. Progetti genoma in centinaia di organismi
GENOMA EVOLUZIONE CONTENUTO FUNZIONE STRUTTURA Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine Progetti genoma in centinaia di organismi Importante la sintenia tra i genomi The
DettagliCorso di BioMedicina Molecolare Genomica e dei Sistemi Complessi
Corso di BioMedicina Molecolare Genomica e dei Sistemi Complessi CFU: 6 Anno accademico 2010-2011 Logica del Corso Il completamento del Progetto Genoma di Homo sapiens e di molti altri organismi e virus
DettagliMappe fisiche. Si basano sulla localizzazione fisica delle molecole di DNA
Mappe fisiche Si basano sulla localizzazione fisica delle molecole di DNA Costruzione di una mappa fisica diversi metodi - Mappe a bassa risoluzione - Mappe ad alta risoluzione Risoluzione= distanza a
DettagliNext Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data. Valeria Michelacci NGS course, June 2015
Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data Valeria Michelacci NGS course, June 2015 COSTS ASSOCIATED WITH DNA SEQUENCING 80-100 $ per Bacterial Genome!! Benefits from NGS Massive
DettagliBioinformatica ed applicazioni di bioinformatica strutturale!
Bioinformatica ed applicazioni di bioinformatica strutturale! Bioinformatica! Le banche dati! Programmi per estrarre ed analizzare i dati! I numeri! Cellule nell uomo! Geni nell uomo! Genoma umano Il dogma
DettagliID: 123797187 29/12/2015
Archivio ufficiale delle C.C.I.A.A. Pag 1 di Archivio ufficiale delle C.C.I.A.A. Pag 2 di Archivio ufficiale delle C.C.I.A.A. Pag 3 di Archivio ufficiale delle C.C.I.A.A. Pag 4 di Archivio ufficiale delle
DettagliAlgoritmi di Allineamento
Algoritmi di Allineamento CORSO DI BIOINFORMATICA Corso di Laurea in Biotecnologie Università Magna Graecia Catanzaro Outline Similarità Allineamento Omologia Allineamento di Coppie di Sequenze Allineamento
DettagliANALISI MOLECOLARE DEL GENOMA
ANALISI MOLECOLARE DEL GENOMA Come sono disposti i geni nel genoma? MAPPA GENETICA: un set ordinato di geni sul cromosoma, la distanza tra i quali è espressa in unità di ricombinazione genetica (centimorgan)
DettagliNext-generation sequencing, annotazione, ed espressione genica. Giulio Pavesi Dip. Bioscienze Università di Milano giulio.pavesi@unimi.
Next-generation sequencing, annotazione, ed espressione genica Giulio Pavesi Dip. Bioscienze Università di Milano giulio.pavesi@unimi.it Il primo passo... Abbiamo la sequenza completa del DNA di un organismo:
DettagliTesina di Biologia Molecolare II
MELATO GIULIA 595033 Tesina di Biologia Molecolare II Mostra un albero filogenetico con la relazione tra Uomo, Topo e Ratto. Che banca dati è disponibile per quest'ultimo organismo? Descrivi alcune caratteristiche
DettagliFondamenti di Informatica
Fondamenti di Informatica Strutture Selettive, Iterative e Gestione File in MATLAB: Esercitazione 2 Prof. Arcangelo Castiglione A.A. 2016/17 Esercizio 1 Scrivere una funzione che prenda in input una matrice
DettagliStrategie di annotazione di geni e genomi
Strategie di annotazione di geni e genomi Dr. Giovanni Emiliani giovanni.emiliani@unifi.it Bioinformatica A.A. 2011-1012 Concetti generali Le nuove tecnologie consentono l ottenimento di una grande mole
DettagliLaboratorio di Bioinformatica I. Filogenesi. Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Laboratorio di Bioinformatica I Filogenesi Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Evoluzione Selezione Naturale Selezione Artificiale Variazione casuale Risultato Variazioni Casuali Mutazioni favorite
DettagliEvoluzione del genoma. Silvia Fuselli, 29 novembre 2011
Evoluzione del genoma Silvia Fuselli, fss@unife.it 29 novembre 2011 In questa lezione parleremo di Meccanismi di evoluzione del genoma Formazione di nuovi geni Dimensioni del genoma e complessità degli
DettagliSummer School 2015. Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi
Summer School 2015 Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi Applicazioni della Next-Generation Sequencing con tecnologia Illumina Roberto Cusano 04-06
DettagliIl Centro Tematico Biomolecolare - Strumenti e Servizi Molecolari - Monica Santamaria & Bachir Balech IBBE-CNR, Bari
Il Centro Tematico Biomolecolare - Strumenti e Servizi Molecolari - Monica Santamaria & Bachir Balech IBBE-CNR, Bari Roma, 17 Febbraio 2016 Nel Centro Tematico Biomolecolare (CTB) competenze e facilities
DettagliGenomi dei procarioti
Genomi dei procarioti Una molecola circolare di DNA E.coli circa 4 x 10 6 coppie di basi Il genoma è quasi tutto codificante Viene trascritto in mrna policistronici Il genoma eucariotico Il genoma eucariotico
DettagliBioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni )
Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni ) Dr. Marco Fondi Lezione # 5 Corso di Laurea in Scienze Biologiche, AA 2011-2012 giovedì 3 novembre 2011 1 Sequenziamento ed analisi di genomi: la genomica
DettagliLezione 3. Genoma umano come esempio di genoma eucariote
Lezione 3 Genoma umano come esempio di genoma eucariote 3.2 x 10 9 bp Genoma umano 22 autosomi + xx (femmina) o xy (maschio) Primo draft di sequenza: 2001 Genotipo: sequenza di DNA, sia nucleare che mitocondriale.
DettagliCome facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo
Come facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo GENOMA di alcuni organismi viventi raffigurato come libri
DettagliNGS su ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari. Cesare Cammà Massimiliano Orsini
NGS su ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari Cesare Cammà Massimiliano Orsini Next Generation Sequencing WGS per Listeria monocytogens? Whole Genome Sequencing Tipizzazione molecolare
DettagliGENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE:
GENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti Modificazioni della cromatina e l espressione del Il genoma degli eucarioti genoma
DettagliSoluzioni distribuite per la BioInformatica nel Virtual Data 5 Aprile Center / 33
Soluzioni distribuite per la BioInformatica nel Virtual Data Center Workshop GARR 2017 - Netvolution Giuseppe Cattaneo Dipartimento di Informatica Università di Salerno, I-84084, Fisciano (SA), Italy cattaneo@unisa.it
DettagliMetodologie informa/che per l analisi dei genomi
Metodologie informa/che per l analisi dei genomi Metodologie informa/che per l analisi dei genomi Perchè sono qui? Walter Sanseverino, CEO at !? Informa/cs = Genomics? We have a problem!!! Focus curve
Dettagli7. Gruppi genici e sequenza ripetute
7. Gruppi genici e sequenza ripetute contiene materiale protetto da copyright, ad esclusivo uso personale; non è consentita diffusione ed utilizzo di tipo commerciale La duplicazione e la delezione di
DettagliDott.ssa Raffaella Casadei Dipartimento di Istologia Embriologia e Biologia Applicata Via Belmeloro, 8 Bologna
GENETICA GENERALE - 1 CFU Modulo Biologia Applicata e Genetica generale CORSO INTEGRATO: SCIENZE BIOLOGICHE - 7 CFU Dott.ssa Raffaella Casadei Dipartimento di Istologia Embriologia e Biologia Applicata
Dettagli2a descrivere i materiali
2a descrivere i materiali 2l descrivere i materiali 2m descrivere i materiali 2n descrivere i materiali 2o descrivere i materiali 2p descrivere i materiali 2q descrivere i materiali 2r descrivere i materiali
DettagliNuove Hyundai Go! Brasil Limited Edition STANDARD POSE 4 fuoriclasse per la Coppa del Mondo.
Dettagli
Graziella Bongioni, Sabina Arabi e Rossana Capoferri. Istituto Spallanzani
Utilizzo di metodi molecolari per l identificazione di specie microalgali Rivolta d Adda, 22 giugno 2017 Graziella Bongioni, Sabina Arabi e Rossana Capoferri Istituto Spallanzani Progetto finanziato da:
DettagliA-1403. Descrizione: ruota effetti opzionale con supporto/ optional effects wheel with support/ iprofile FLEX MODIFICHE. Codice assemblato:
Dettagli
Le biotecnologie. Sadava et al. Biologia La scienza della vita Zanichelli editore 2010
Le biotecnologie 1 Cosa sono le biotecnologie? Le biotecnologie sono tutte quelle tecniche utilizzate (fin dall antichità) per produrre sostanze specifiche a partire da organismi viventi o da loro derivati.
DettagliHuman Genome Variants Analysis. Marin Vargas, Sergio Paul
Human Genme Variants Analysis Marin Vargas, Sergi Paul 2013 Why make predictive diagnsis f a genetic disease using the whle genme? Genme sequencing is the nly way t get all genetic infrmatin. The cst f
DettagliFrontiere della Biologia Molecolare
Prof. Giorgio DIECI Dipartimento di Bioscienze Università degli Studi di Parma Frontiere della Biologia Molecolare Milano, 4 marzo 2016 Fotografia al microscopio elettronico di una plasmacellula NUCLEO
DettagliLaboratorio di Bioinformatica I. Parte 1. Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Laboratorio di Bioinformatica I Banche dati Parte 1 Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Introduzione a NCBI National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI Databases
DettagliMarcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica
Marcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica (RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP) DNA fingerprinting DNA genotyping DNA haplotyping cp/mtdna barcoding MG/QTL mapping MAS breeding
DettagliEsercitazione UCSC Table Browser. Obiettivi dell'esercitazione:
Esercitazione UCSC Table Browser. Obiettivi dell'esercitazione: i. caricare nel Genome Browser una lista di identificativi di geni umani di interesse ii. estrarre un file in formato BED (Browser Extensible
DettagliFREQUENZE GENOTIPICHE E GENICHE
FREQUENZE GENOTIPICHE E GENICHE Questo documento è pubblicato sotto licenza Creative Commons Attribuzione Non commerciale Condividi allo stesso modo http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/deed.it
DettagliGENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi. 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti
GENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti Modificazioni della cromatina e l espressione del genoma Il genoma degli eucarioti
DettagliLaboratorio di Bioinformatica I. Parte 2. Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Laboratorio di Bioinformatica I Banche dati Parte 2 Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Google Scholar https://scholar.google.it/ E un motore di ricerca di Google, specializzato nella ricerca di articoli
DettagliConvegno Calcolo ad Alte Prestazioni nelle scienze della vita, Museo Nazionale della Scienza e della Tecnologia Milano 17 Ottobre 2006
CAPI2006 Convegno Calcolo ad Alte Prestazioni nelle scienze della vita, Museo Nazionale della Scienza e della Tecnologia Milano 17 Ottobre 2006 e-bioscience@caspur: sviluppo e consolidamento di una soluzione
DettagliMarcatori molecolari
Marcatori molecolari Caratteristiche e applicazioni Luca Gianfranceschi e Rosanna Marino 1 I marcatori molecolari Strumento per l analisi genetica Strumento Molecolari Analisi genetica Marcatori non oggetto
DettagliIL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE
IL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE I GENOMI DELLE CELLULE VEGETALI Genoma nucleare Geni per il funzionamento globale della cellula vegetale Condivisi o specifici per la cellula vegetale Genoma plastidiale
DettagliMEDICINA E CHIRURGIA ANNO ACCADEMICO 2012/2013 CORSO DI LAUREA (o LAUREA
FACOLTÀ MEDICINA E CHIRURGIA ANNO ACCADEMICO 2012/2013 CORSO DI LAUREA (o LAUREA Biotecnologie Mediche e Medicina Molecolare MAGISTRALE) INSEGNAMENTO/CORSO INTEGRATO Genetica ed Epidemiologia molecolare
DettagliProf. Mario Ventura. Mappatura fisica
Mappatura fisica Tipi di mappe: mappe fisiche e genetiche Mappe fisiche: localizza i geni (o marcatori) lungo i cromosomi usando misurazioni che sono il riflesso di distanza fisica. Si distingue a bassa
DettagliGENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE. Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR
GENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR giovanni.malerba@univr.it CARATTERE COMPLESSO Predisposizione Genetica interazione Diagnosi Prevenzione Terapia efficiente
DettagliLezione 25: File Mercoledì 18 Novembre 2009
Università di Salerno Corso di FONDAMENTI DI INFORMATICA Corso di Laurea Ingegneria Meccanica & Ingegneria Gestionale Mat. Pari Docente : Ing. Secondulfo Giovanni Anno Accademico 2009-2010 Lezione 25:
DettagliSistemi Operativi 1. Mattia Monga. a.a. 2012/13. Dip. di Informatica Università degli Studi di Milano, Italia
1 Mattia Dip. di Informatica Università degli Studi di Milano, Italia mattia.monga@unimi.it a.a. 2012/13 1 cba 2011 13 M.. Creative Commons Attribuzione-Condividi allo stesso modo 3.0 Italia License. http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/it/.
DettagliGenetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico Padano Pietro Piffanelli, Pamela Abbruscato, barbara Menin
Progetto POLORISO Incontro di coordinamento della attività scientifica del progetto CRA - Unità di Ricerca per la risicoltura Vercelli, aprile 0 Genetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico
DettagliTraccia 1. Nome Cognome Matricola Firma. Spazio Riservato alla Commissione. Esercizio 1 Esercizio 2 Esercizio 3 Esercizio 4 Esercizio 5 Totale
Nome Cognome Matricola Firma Traccia 1 Spazio Riservato alla Commissione Esercizio 1 Esercizio 2 Esercizio 3 Esercizio 4 Esercizio 5 Totale Appello di Fondamenti di Informatica 12/09/2017 POSSIBILI SOLUZIONI
DettagliDecode NGS data: search for genetic features
Decode NGS data: search for genetic features Valeria Michelacci NGS course, June 2015 Blast searches What we are used to: online querying NCBI database for the presence of a sequence of interest ONE SEQUENCE
DettagliAvanzamento dei sistemi di sequenziamento
Avanzamento dei sistemi di sequenziamento Sistemi di sequenziamento capillare basati su: Lunghezza delle read: 800 basi Poche sequenze prodotte in una singola corsa Second Generation Sequencing (SGS):
DettagliValutazione statistica della ripetibilità di esperimenti di sequenziamento del DNA in specie batteriche
Alma Mater Studiorum Università di Bologna DIPARTIMENTO DI FISICA ED ASTRONOMIA Corso di Laurea Magistrale in Fisica Valutazione statistica della ripetibilità di esperimenti di sequenziamento del DNA in
DettagliATTIVITA DI BIOINFORMATICA SU CROMOSOMI E ANOMALIE CROMOSOMICHE. SITO INTERNET:
ATTIVITA DI BIOINFORMATICA SU CROMOSOMI E ANOMALIE CROMOSOMICHE COSA SONO I CROMOSOMI. COME SI CLASSIFICANO E COME VIENE REALIZZATO IL CARIOTIPO SITO INTERNET: http://learn.genetics.utah.edu/content/begin/traits/
DettagliApplicazioni biotecnologiche in systems biology
Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #3 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Analisi dati sequenziamento massivo Lezione #3 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 NGS: Next Generation Sequencing
DettagliBioinformatica NGS Next Generation Sequencing
NGS Next Generation Sequencing NGS Le tecnologie di sequenziamento di DNA rappresentano uno strumento fondamentale per la ricerca nel campo della genetica e della biologia molecolare; Dal 2005, piattaforme
DettagliUNA BASE DATI PER IL KNOWLEDGE DISCOVERY IN GENETICA MEDICA
Alma Mater Studiorum Università dibologna SCUOLA DI SCIENZE Corso di Laurea in Informatica Magistrale UNA BASE DATI PER IL KNOWLEDGE DISCOVERY IN GENETICA MEDICA Tesi di Laurea in Complementi di Basi di
DettagliGENETICA. Modulo di 6 CFU. Esame integrato di BIOCHIMICA&GENETICA Secondo anno del corso di laurea triennale in SCIENZE AMBIENTALI
GENETICA Modulo di 6 CFU Esame integrato di BIOCHIMICA&GENETICA Secondo anno del corso di laurea triennale in SCIENZE AMBIENTALI Docente: Flavia Cerrato Dip.to Scienze e Tecnologie Ambientali, Biologiche
DettagliGENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE:
GENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti Modificazioni della cromatina e l espressione del Il genoma degli eucarioti genoma
DettagliWhole genome SNPs comparison: SNPtree, NDtree, CSI Phylogeny and kmer-based analysis
Whole genome SNPs comparison: SNPtree, NDtree, CSI Phylogeny and kmer-based analysis Valeria Michelacci NGS course, June 2016 Webserver-based free pipelines available NCBI pipeline FDA GenomeTrakr CGE/DTU
DettagliBIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A
BIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A. 2011-2012 E ancora importante l agricoltura? E la produzione alimentare? da L Espresso, febbraio 2011 Cosa significa miglioramento genetico? Significa migliorare
DettagliSAFE - SCUOLA DI SCIENZE AGRARIE, FORESTALI, ALIMENTARI ED AMBIENTALI
Programma di insegnamento per l anno accademico 2015/2016 Programma dell insegnamento di GENETICA ANIMALE E TRACCIABILITÀ Course title: ANIMAL GENETICS AND TRACEABILITY SSD dell insegnamento AGR/17 CFU
DettagliVarianti del genoma umano
1000 genomes Varianti del genoma umano dbsnp 132 30,442,771 SNP (1% del genoma) Varianti strutturali (DGV) CNVs: 66741 Inversioni: 953 InDels (100bp-1Kb): 34229 Total CNV loci: 15963 35% del genoma Obiettivi
DettagliLa metagenomica al servizio dell agricoltura
La metagenomica al servizio dell agricoltura Marco Bazzicalupo Department of Biology University of Florence, Firenze, Italy http://www.unifi.it/dblage/mdswitch.html L albero della vita è microbico RNA
DettagliApplicazioni biotecnologiche in systems biology
Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #2 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Contatti Dr. Marco Galardini Dip. Di Biologia Via Madonna del Piano 6, Polo Scientifico S. Fiorentino (c/o Incubatore
DettagliTESI DI LAUREA IN INFORMATICA
UNIVERSITA DEGLI STUDI DI NAPOLI FEDERICO II TESI DI LAUREA IN INFORMATICA UNA WEB APPLICATION SU INFRASTRUTTURA PER IL PROGETTO DAME Tutor Accademico: Dott.ssa Anna Corazza Tutor Aziendale: Dott. Massimo
DettagliGenetica dei caratteri quantitativi
PAS Percorsi Abilitanti Speciali Classe di abilitazione A057 Scienza degli alimenti Tracciabilità genetica degli alimenti Genetica dei caratteri quantitativi 1 Concetti di base in genetica L informazione
DettagliLA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI
CONCETTI DI BASE LA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI PROCESSI CHE COINVOLGONO GLI ACIDI
DettagliDimensioni dei Genomi Eucariotici
Dimensioni dei Genomi Eucariotici plasmids viruses bacteria fungi plants algae insects mollusks bony fish amphibians Il Genoma umano è costituito da circa 3 miliardi di bp e contiene un numero di geni
DettagliFondamenti di Informatica
Fondamenti di Informatica Strutture Selettive, Iterative, Gestione File e Grafici in MATLAB: Esercitazione 7 Prof. Arcangelo Castiglione A.A. 2016/17 carburante La matrice D rappresenta il prospetto
DettagliGenomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp ( Mbp=150Gbp) di una
Genomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp (150.000Mbp=150Gbp) di una Liliacea. Tra le graminacee il frumento ha un genoma
DettagliModelli e Metodi per il Supporto alle Decisioni II A.A. 2016/2017
Modelli e Metodi per il Supporto alle Decisioni II A.A. 2016/2017 Macroprogetto MCDA: argomenti, obiettivi, risultati attesi Metodi di base individuare fenomeni di rank reversal (tra i problemi a 6 e a
DettagliLa mappatura dei geni umani. SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione
La mappatura dei geni umani SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione Un grande impulso alla costruzione di mappe genetiche è stato dato da le tecniche della
DettagliI genomi vegetali. Arabidopsis (genoma aploide circa 140 Mb di DNA; 2n=10 barbabietola da zucchero (750 Mb; 2n=18) pino (23000 Mb; 2n=24)
I genomi vegetali A. thaliana barbabietola pino Arabidopsis (genoma aploide circa 140 Mb di DNA; 2n=10 barbabietola da zucchero (750 Mb; 2n=18) pino (23000 Mb; 2n=24) Tre specie diploidi, le differenze
DettagliPOPOLAZIONE. Gruppo di individui della stessa specie che occupa una particolare area geografica nella quale essi possono accoppiarsi liberamente
POPOLAZIONE Gruppo di individui della stessa specie che occupa una particolare area geografica nella quale essi possono accoppiarsi liberamente E l'unità di base del cambiamento evolutivo, perché permette
DettagliGenomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati.
Genomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati. Alcune pietre miliari della biologia anno risultato 1866 Mendel scopre i geni 1944 il DNA è il materiale genetico 1951 prima sequenza di una proteina
DettagliElementi ripetuti del Genoma Umano. Milioni di anni
Elementi ripetuti del Genoma Umano Patologia Milioni di anni Evoluzione Un gene è duplicato Un gene è riarrangiato Genoma Il Genoma è l intero DNA contenuto in una Cellula Geni Sequenze Intergeniche Sequenze
Dettagli