Banche dati internazionali
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- Francesca Fortunato
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1 La ricerca bibliografica in ambito infermieristico Seconda Lezione: Pubmed A cura di Annalisa Maiorano Banche dati internazionali 1
2 Pubmed: indice delle spiegazioni Contenuti; storia; criteri di selezione delle riviste usati dai redattori; la ricerca libera, l automatic term mapping, la ricerca per frasi, la ricerca per campi, la funzione details. Pubmed: la ricerca tramite Mesh; Pubmed: il trattamento dei risultati; le funzioni: History, Clipboard, Details, Related Articles, Links; i menu: Journal Database, Single Citation Matcher, Cubby, Clinical Queries Le banche dati interne a Pubmed Pubmed: 2
3 CHI LA PRODUCE? Pubmed è prodotto dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la National Library of Medicine. Contenuti: Pubmed rappresenta certamente la più grande concentrazione del sapere sanitario presente attualmente sul panorama mondiale. Attualmente recensisce oltre 4800 riviste di carattere sanitario provenienti da tutto il mondo per un totale di oltre 12 milioni di citazioni (circa nuove citazioni al mese e inserimenti nuovi ogni anno) (nel solo sono stati inseriti titoli in piu ) raccolte in oltre 40 basi di dati specialistiche. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubmed/j_medline.txt Recensisce circa 1/6 dell intera produzione mondiale biomedica, di cui però oltre il 40% e statunitense e l 88% e pubblicato in lingua inglese. 3
4 Pubmed Medline: contenuti 2 Pubmed fornisce accesso a: -MEDLINE (1966-): riviste da più di 70 paesi (12 milioni di citazioni). La lista delle riviste indicizzate e consultabile all indirizzo -OLDMEDLINE ( ): 2 milioni di citazioni -PREMEDLINE (Preliminary medline) (referenza + abstract senza Mesh); aggiornamenti quotidiani da mar a sab. I record di PreMedline si riconoscono perche hanno la nota -[PubMed - in process] o [PubMed - as supplied by publisher] quando sono citazioni ricevute elettronicamente dagli editori; aggiornamenti quotidiani da mar a sab. Pubmed-Medline: contenuti 3 In Medline sono presenti anche alcune riviste di area non biomedica, ma indicizzate per gli articoli concernenti gli scopi della biomedicina. Le riviste con priorità 1 vengono indicizzate immediatamente e completamente, mentre quelle 2 e 3 successivamente e in minor dettaglio. Così questa e la ragione per cui un articolo può rimanere in Premedline dai 15 gg. ai 2 mesi. 4
5 Un po di storia Medline contiene la versione elettronica dell Index Medicus, repertorio bibliografico a stampa creato nel 1879 da John Shaw Billings, M.D., direttore della Library of the Surgeon-General's Office, dal 1865 al L Index Medicus voleva essere a complete and accurate index of current medical literature. Esso comprendeva, libri, pamphlets, riviste. Il primo anno comprendeva 20,000 articoli, indicizzando 570 riviste. Negli anni più recenti, indicizzando ormai solo riviste, arrivava a comprendere titoli (vs. gli oltre 4600 di Medline oggi). Un po di storia , Billings:<<Cosa sarà delle biblioteche, dei cataloghi e delle bibliografie tra un millennio, o anche un centinaio di anni, se continuerà la progressione geometrica che ha governato la stampa, negli ultimi decenni? [ ] Verrà un tempo nel quale le nostre biblioteche diventeranno grandi città, e nel quale sarà necessaria l opera di tutti gli abitanti della terra, non coinvolti nella produzione scientifica, per catalogare e sistemare la produzione letteraria annuale>> 5
6 Un po di storia 3 Negli anni 60 la NLM inizia a studiare un Medical Literature Analysis and Retrieval System (MEDLARS), che viene messo a punto nel Nel 1965 la NLM e alcuni centri pilota negli USA eseguono le prime ricerche su richiesta (tempo di evasione ¾ settimane) 1971: Medlars online a pagamento (=Medline) 1978: ISS unico interlocutore per l Italia di Medlars : 166 istituzioni italiane collegate a Medlars, attraverso un sistema a pagamento 1997: messa in rete gratuita di Medline Un po di storia 4 Oltre all Index Medicus, Medline contiene la versione elettronica dell Index to Dental Literature, dell International Nursing Index e dell Hospital Literature Index + altre fonti d'informazione su specifici settori. QUALCHE DATO NUMERICO: Ogni anno si eseguono circa 500 milioni di ricerche in Pubmed Alla NLM lavorano circa 600 persone 6
7 Criteri di selezione delle riviste indicizzate in Pubmed ARGOMENTO: biomedicina (riviste di confine difficilmente vengono indicizzate) QUALITA DEL CONTENUTO: originalità, novità delle ricerche QUALITA DEL LAVORO EDITORIALE: comitato dei revisori, trasparenza negli obiettivi, nella selezione degli articoli, dichiarazione esplicita dei conflitti di interesse. QUALITA DI PRODUZIONE: stampa, diffusione, veste grafica PUBBLICO DI RIFERIMENTO: professionisti in ambito sanitario FRAME ORRIZONTALE: RIGA NERA ACCESSO AI DB NCBI: NUCLEOTIDE, PROTEIN E GENOME DATABASES MASCHERA DI RICERCA LIBERA CORPO CENTRALE DELLA PAGINA VARIA A VARIARE DEL SERVIZIO O DB SELEZIONATO FRAME VERTICALE: ACCESSO AGLI HELP, AI MESH E ALTRI SERVIZI DI PUBMED E RELATED RESOURCES: BANCHE DATI INTERNE A PUBMED 7
8 LA RICERCA LIBERA La ricerca in libera si effettua con il linguaggio naturale. Più termini vengono automaticamente combinati con l operatore AND. I termini introdotti nella stringa di ricerca della prima maschera vengono cercati in alcune liste di termini e, se la stringa non è presente nel suo complesso, essa viene frantumata sino a trovarne le ricorrenze. Questa frantumazione porta a risultati poco pertinenti, questa e la ragione per cui e meglio preferire una ricerca con il Mesh. ATT.NE stopwords (Stopword(s) Ignored ) Le stopwords 8
9 La mappatura Per ogni termine immesso nella ricerca libera Pubmed effettua una mappatura dei termini inseriti attraverso una consultazione di 3 tabelle in un preciso ordine: l automatic term mapping 1. La prima tabella consultata e quella dei termini Mesh (=soggetti). Se il termine ricercato e un mesh la ricerca si ferma al mesh e alle sue esplosioni e alla ricerca come subheadings (se e riconosciuto anche come tale). In questo caso il sistema cercherà sia come Mesh che come TW (text word) 2. Se il termine precedente non e un mesh si passa alla tabella dei periodici: il sistema ricerca il termini tra i titoli inseriti in pubmed 3. Se la precedente ricerca ha esito nullo, si passa alla ricerca tra gli autori (solo se il termine e però seguito da una lettera) Se tutte le precedenti ricerche hanno avuto esito negativo il sistema cercherà quel termine come [All Fields] Se ci sono più termini il sistema fa la mappatura procedendo da destra L AUTOMATIC TERM MAPPING I termini della ricerca libera sono confrontati nell ordine, con 3 diverse tabelle A) Mesh e affini B) Periodici C) Autori A: Tabella dei termini MeSH Subheadings Termini MeSH Publication types (Review, Clinical Trial, Retracted Publication, Letter) Termini derivati dall UMLS che hanno sinonimi o varianti lessicali in Inglese (vedi dopo) Concetti supplementari come sostanze chimiche B: Tabella delle riviste mediche : Titolo completo della rivista Abbreviazione standard MEDLINE ISSN C: Indice degli autori A cura di Annalisa Maiorano 9
10 UMLS: unified medical language system Metha-tesauro che comprende circa 70 classificazioni e terminologie biomediche ed infermieristiche. L UMLS raccogli milioni di termini definiti nelle varie classificazioni e nomenclature e definisce circa "concetti" unici, rappresentanti di un insieme di sinonimi e varianti Nasce nel 1986 nel quadro di un progetto per la creazione di un linguaggio medico accessibile universalmente attraverso sistemi informativi computerizzati. Il MeSH e un sottoinsieme dell UMLS Il sistema ha mappato il termine ache in pain e il termine causes nel mesh causality e nel subheading etiology. Ogni termine e poi ricondotto a una ricerca per parole nel titolo e nell abstract limitata al subset non medline proprio per non perdere i risultati del premedline (che non hanno mesh) e al termine introdotto come parola chiave. 10
11 Es.: terapia farmacologica nei bambini in libera Qui ricominicia RICERCA Drug therapy asthma children Drug therapy asthma Drug therapy Asthma children Asthma Children RISULTATO TRADUZIONE Rimuove il termine a Negativo destra Rimuove il termine a Negativo destra Drug therapy [subheading] OR Il termine è trovato nella MeSH Translation Table Drug therapy [MeSH Terms] OR Drug therapy [Text Word] Rimuove il termine a Negativo destra Il termine è trovato nella Asthma [Mesh terms] MeSH Translation Table OR Asthma [Text word] Il termine è trovato nella Child [MeSH terms] OR MeSH Translation Table children [text word] Drug therapy asthma children: details 11
12 Es.: zinc pyrithione shampoo: [all fields] RICERCA Zinc pyrithione shampoo Zinc pyrithione shampoo RISULTATO Negativo Positivo Negativo TRADUZIONE Rimuove il termine a destra Il termine è trovato nella MeSH Translation Table ("zinc pyrithione"[substance Name] OR zinc pyrithione[text Word]) ("zinc pyrithione"[substance Name] OR zinc pyrithione[text Word]) AND shampoo[all Fields] zinc pyrithione shampoo: details 12
13 LA RICERCA PER FRASI: Elementi di sintassi che annullano l automatic term mapping Se la frase e tra virgolette. Es.: Tongue depressor [ ] - * Se c e l indicatore di campo. Es.: Tongue depressor [TW] Se c e il trattino tra i termini. Es.: Tonguedepressor Se c e il troncamento. Es.: Tongue depressor* In pubmed mi puo servire annullare la mappatura automatica quando ricerco frasi o quando cerco piu di una parola che non sia un unico Mesh: l abbassa-lingua non ha un mesh corrispondente, inserendo due parole Pubmed mi mapperebbe i termini separatamente con un AND (frantumamandomi cosi la frase), con le virgolette ottengo una ricerca piu ristretta e precisa (frase esatta). A cura di Annalisa Maiorano 13
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15 Con 3 parole Con 3 parole 15
16 Ricerca per campi pubmedhelp.t37 16
17 17
18 Qualche esempio utile di ricerca per campi: Ricerca per numero PMID : ogni referenza bibliografica indicizzata da Pubmed ha un suo numero (PubMed unique Identifier). Posso semplicemente scriverne il numero in libera, per reperire la referenza corrispondente; non importa aggiungere [PMID]. La ricerca per PMID e utile per recuperare referenze, già da voi selezionate e stampate, in maniera rapida, per visualizzarne, ad esempio, gli abstract. Ricerca per numero ISSN: non importa specificare [IS] in libera; immettere sempre il trattino tra le quattro serie di numeri. Ricerca per argomento o per parola su una specifica rivista: All argomento o parola aggiungo l operatore AND e il titolo della rivista seguito da [TA]. Es. Anorexia [MeSH] AND International journal of eating disorder[ta] Attenzione a non confondere TI con TA; TI e il il titolo dell articolo e TA e il titolo della rivista Ricerca per autore se soggetto dell articolo: Autore [PS] trovero tutti gli articoli scritti su un autore e non dell autore. Ricerca di revisioni sistematiche: argomento AND systematic [sb] A cura di Annalisa Maiorano 18
19 Ricerca per numero EC/RN : numeri per specifico enzima o sostanza chimica assegnati dalla Enzime commission o dal Chemical Abstract service. Basta scrivere il numero seguito da [RN] Ricerca per data: Se mi interessano solo gli articoli es. pubblicati da maggio a dicembre del 2004 digiterò 2004/05/01:2004/12/01[DP]; Se mi interessano solo gli articoli inseriti (cioe indicizzati) da maggio a dicembre del 2004 digiterò 2004/05/01:2004/12/01[edat] Altri consigli: Ricerca per full text gratuiti di Pubmed central : se mi interessano solo gli articoli accessibile a testo completo e gratuiti digiterò l argomento o la parola e la dicitura AND pubmed pmc [sb]. Es.:Se mi interessano articoli a testo pieno sui polmoni digiterò lung [MeSH] AND pubmed pmc [sb]. I full text gratuiti sono identificati dall icona arancione-verde Ricerca su sole riviste infermieristiche: AND jsubsetn ad esempio lung [MeSH] AND jsubsetn [text] A cura di Annalisa Maiorano E nello specifico la ricerca per campo autore Wilson : Pubmed non lo riconosce come autore perché non e seguito da un iniziale così lo cerca cerca come [all fields] Wilson A (o Wilson A [AU]): Pubmed lo riconosce autore e lo legge come troncatura quindi troverà Wilson AB, Wilson AN ecc.. Wilson A : Pubmed non lo riconosce come autore e lo cerca in tutti i campi: [all fields] Wilson A [AU] : Pubmed lo riconosce come autore Se voglio solo Wilson AN posso scrivere le doppie iniziali con spazio o senza AN o A N A cura di Annalisa Maiorano 19
20 Wilson A [AU] 3105 risultati Wilson A [AU] 736 risultati 20
21 Primo autore Se vogliamo cercare solo quegli articoli di un autore quando esso figuri solo come PRIMO AUTORE: 2 possibilità: 1) in libera dopo il nome dell autore inserisco il tag [first author] 2) vado in single citation matcher (vedi lezione successiva) e abilito la funzione ONLY AS FIRST AUTHOR L indicizzazione degli Autori : nessun limite al numero degli autori : si citano i primi 10, con "et al" all undicesima occorrenza : aumentato il limite da 10 a 25; il 26. e seguenti diventa "et al." : MEDLINE non limita il numero di autori 21
22 Il troncamento Il carattere di troncamento * cerca tutti i termini che iniziano con una determinata radice individuando le prime 600 variazioni (se dovessero essercene di più, il sistema dà questo messaggio: ad es. tox* Wildcard search for 'tox*' used only the first 600 variations. Lengthen the root word to search for all endings ) Il troncamento disabilita il term mapping e l esplosione automatica del Mesh (Per esempio, heart attack* non cerchera il termine MeSH, Myocardial Infarction, e non includerà nella ricerca i suoi MeSH sottostanti: Myocardial Stunning; Shock, Cardiogenic). L uso della troncatura non include lo spazio: inserendo chicken* il sistema trova chickens e non chicken pox (ma trova chickenpox). Uso degli operatori booleani Devono essere scritti in MAIUSCOLO Pubmed li processa da sinistra a destra; per alterare tale ordine è necessario inserire tra parentesi tonde (=nesting) i termini che costituiscono un unico concetto Es.: child [MeSH] AND ( anorexia [MeSH] OR anorexia nervosa [MeSH]) AND Schools [MeSH] ed.section.pubmedhelp.searching_pubmed#pubmedhel p.combining_search_ter 22
23 Le parentesi Senza le parentesi 23
24 La funzione LIMITS Uso e contenuti Posso attivare la funzione dei LIMITS all elenco dei risultati ottenuti, oppure prima di lanciare la ricerca in libera Posso limitare la mia ricerca a uno specifico campo aprendo la finestra da ALL FIELDS 24
25 Selezione dei campi con la funzione limits Alcuni esempi: tipi di fields Ricerca sul periodico Lung: n.b. I risultati sono in ordine di data di pubblicazione Ricerca per grant number (n. finanziamento; solo per progetti USA) Ricerca limitata a campo autore Lung Ricerca per campo affiliation (oppure [AD] da libera): istituzione da cui dipende il 1 autore: es.: Department of Pediatric Endocrinology 25
26 Glossario campi da fields dei limits Pharmacologic Action MeSH Terms [PA] = Substances known to have a particular pharmacologic action. Each pharmacologic action term index is created with the drug/substance terms known to have that affect. This includes both MeSH terms and terms for Supplementary Concept Records. Azione farmacologica determinata nell organismo da principio attivo di un farmaco (vedi esempio successivo) Grant Number [GR] Research grant numbers, contract numbers, or both that designate financial support by any agency of the US PHS (Public Health Service). The three pieces of the grant number (LM number, LM - acronym, and NLM - institute mnemonic) are each individually searchable using the [gr] tag. Secondary Source ID [SI] The SI field identifies secondary source databanks and accession numbers of molecular sequences discussed in MEDLINE articles. The field is composed of the source followed by a slash followed by an accession number and can be searched with one or both components, e.g., genbank [si], AF [si], genbank/af [si]. PA= azione farmacologica 26
27 Nimesulide: PA dell Aulin (da Mesh) E tutti gli altri fans: 27
28 [SI] Ricerca per tipi di pubblicazione 28
29 Glossario tipi di pubblicaz. Clinical trial: studio condotto sul campo (ospedale, reparto). Editorial: articolo che esprime, di solito, il punto di vista, il commento, di un periodico su una specifica area di interesse, scritto dal direttore o dai collaboratori di fiducia. Letter: si tratta, solitamente, di lettere ai direttori di periodici, scritte da autori che esprimono opinioni e idee su una specifica area di interesse. Meta-Analysis: sintesi di numerosi studi (già pubblicati, sperimentali o osservazionali) per trarre conclusioni su una specifica area di interesse. Practice guideline: linee guida: documenti sviluppati sistematicamente per aiutare i medici ed i pazienti a scegliere la più appropriata assistenza sanitaria in specifiche circostanze cliniche. Randomized controlled trial: studi casuali (random) controllati (assegnazione casuale dei soggetti nel gruppo di controllo e nel gruppo sperimentale per eliminare qualsiasi tipo di interferenza sistematica all interno dei gruppi, rispetto agli attributi che possono incidere sulla variabile dipendente studiata) Review: sintesi di risultati di studi già condotti, stato dell arte. A cura di Annalisa Maiorano E se vogliamo cercare una dei 129 particolari tipi di pubblicazione? 29
30 Per esempio vogliamo cercare tutti i commenti di un determinato articolo: Cerchiamo comment: lo selezioniamo e. Nella online note troveremo che TAG usare per fare la ricerca in libera: n. Pmid seguito da [Pmid] di 1 articolo AND COMMENT (PT) 30
31 Con le online note dei pubblicazione type possiamo così trovare particolarissimi tipi di pubblicazioni: interviste, fotografie, leggi, articoli di quotidiani, aneddoti, tutte e 4 differenti fasi dei clinical trials, diari, saggi, guide, erbari, istruzioni, manuali di laboratorio, brevetti, poster, pubblicazioni effimere, congressi, enciclopedie, dizionari, casi legali, questionari, tests, pamphlet umoristici, manoscritti, protocolli infermieristici, scale di validazione listini prezzi di farmaci, particolari tipi di review, rapporti tecnici, ritrattazioni di pubblicazioni, errata corrige e addirittura sermoni. A cura di Annalisa Maiorano ENTREZ DATE: data di ingresso nella BD 31
32 Publication date Altri limits: AGES: elenco dettagliato di archi di età Only items with ABSTRACTS: seleziona solo gli articoli con abstract (N.B. articoli precedenti il 1975 non hanno abstract) LINGUE: vasta scelta (singola) SPERIMENTALE/CLINICO (animale/umano) GENERE (maschile /femminile) 32
33 Ages: Languages: 33
34 Subsets Sottoinsiemi=subsets Subject subset=argomenti: (AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine,History of Medicine, Space Life Sciences, Toxicology) (oppure AIDS [SB] ecc ) Journal Citation /Subset= Periodici: selezione di periodici di argomento clinico (oppure AND jsubsetaim), odontoiatrico (oppure AND jsubsetd) e infermieristico (oppure jsubsetn) Subject Subset: Citations to articles on specialized topics. The following subject subsets are available: AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, History of Medicine, Space Life Sciences, Systematic Reviews, and Toxicology. Each uses its own specialized search strategy to aid in the retrieval of citations on these topics. Subject subsets (except Systematic Reviews) may be selected from the Subsets pull-down menu in Limits. Systematic Reviews can be searched from the Clinical Queries screen. Alternatively, each subject subset can be searched using the respective search value of aids, bioethics, cancer, cam, history, space, systematic, or tox and the [SB] search tag. Example: asthma AND cam [sb] Note: Do not confuse the subject subsets for AIDS, Bioethics, Cancer, History of Medicine, and Space Life Sciences with the Journal/Citation Subsets for the same topics, i.e., jsubsetx, jsubsete, jsubsetq, and jsubsets. 34
35 Journal/Citation Subsets Citations of articles from specialized journals or of articles on specialized topics in other journals. AIM Abridged Index Medicus is a list created 20 years ago of 120 core clinical English language journals. Corresponds to "Core clinical journals" subset in Limits: D dentistry journals E citations from bioethics journals or selected bioethics citations from other journals H health administration journals, non-index Medicus IM Index Medicus journals K consumer health journals, non-index Medicus N nursing journals Q history of medicine journals and selected citations from other journals S citations from space life sciences journals T health technology assessment journals, non-index Medicus X AIDS/HIV journals (selected citations from other journals ) To search for a Journal/Citation subset use jsubset?, where? stands for the subset value, listed above, e.g., neoplasms AND jsubsete. Subject Subset: complementary medicine 35
36 Journal/Citation Subsets: N nursing journals THE END END 36
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