L icona posta all estrema sinistra consente di portare la proteina al centro dello schermo.

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1 Deep View Deep View è un potente programma di grafica, ottenibile da Expert Protein Analysis System (ExPASy) Molecular Biology Server di Ginevra. Deep View è semplice da usare e consente di vedere la struttura di una proteina e creare modelli dando una sequenza di amminoacidi, inoltre esso è anche un ottimo mezzo analitico. Permette di vedere diverse proteine contemporaneamente e sovrapporle per comparare la loro struttura e sequenza. Per proteine di sequenze conosciute ma struttura sconosciuta, D.V. sottomette la sequenza a ExPASy per trovare analogie con altre proteine, con cui potete allineare la vostra sequenza per costruire un modello preliminare in tre dimensioni. Allora D.V. sottopone il vostro allineamento a ExPASy, dove il server SWISS_MODEL costruirà un modello finale, chiamato homology model, e lo invierà al vostro indirizzo e.mail. Aprite DeepView, comparirà la seguente finestra. Barra menu Barra strumenti Per inserire la proteina da analizzare, andare su File cliccare su Open PDB File scegliete un file con estensione.pdb e aprirlo. Automaticamente la struttura della proteina verrà inserita in una finestra posta sotto la precedente. Centra Informazioni sulla proteina Trascina zoom ruota Finestra in cui viene mostrata la struttura della proteina La finestra superiore dà accesso al menu e ai più comuni strumenti utili per manipolare la proteina mentre la finestra posta in basso mostra la struttura della proteina. Naturalmente le singole finestre possono essere chiuse cliccando sulla X nel quadratino rosso posto in alto a destra, così come possono essere ampliate o ridotte agendo sui loro bordi tenendo premuto il tasto del mouse. Manipolazione della proteina Le 13 icone poste sotto il menu della prima finestra consentono di manipolare la proteina. L icona posta all estrema sinistra consente di portare la proteina al centro dello schermo. Le tre icone successive, poste sopra la scritta Move all, servono a trascinare, zoomare e ruotare la proteina. Una volta che l icona è selezionata, (cliccando su di essa con il

2 mouse) si può manipolare la proteina, mostrata nella finestra sottostante, muovendo il mouse tenendo premuto il pulsante destro. Il terzo gruppo di 9 icone, poste sulla destra, permettono di compiere alcune operazioni di misura come ad esempio la distanza tra atomi, gli angoli tra atomi, ecc. di cui però non ci occupiamo. Cliccando sull icona a forma di pagina scritta, situata in basso, vicino alla scritta Move all, si apre un altra finestra dove sono elencate molte informazioni sulla proteina, compresa la sua sequenza amminoacidica. Control Panel Si può aprire la finestra del Control Panel andando sul menu, cliccando su Window e su Control Panel, vi si aprirà, sulla sinistra dello schermo, una nuova finestra. Con il mouse potete trascinare la finestra del Control Panel dove meglio ritenete più opportuno e manipolare anche le sue dimensioni agendo sui bordi. Si usa il Contro Panel per selezionare, osservare e nascondere parte del modello agendo sui singoli amminoacidi che sono elencati sulla sinistra della finestra. Il primo click sulla finestra l attiva senza cambiare nulla. Quando si selezionano gli amminoacidi (group), essi diventano rossi e risultano così selezionati. Si possono selezionare cliccando su ciascuno di essi o cliccando e trascinando il mouse su di essi tenendo premuto il pulsante destro. Premendo Invio sulla tastiera, gli amminoacidi scompariranno tranne quelli selezionati (in rosso). Da notare che appare, nella colonna show del Contro Panel, una v accanto a ciascun amminoacido selezionato, indicando che essi sono resi visibili. C è una v anche nella colonna side indicando che i residui R degli amminoacidi sono visibili.

3 Invio A sinistra della colonna group ci sono altre due strette colonne, la prima è vuota se la proteina è formata da un unica catena, mentre se è formata da più catene in questa colonna compariranno delle lettere A, B ecc. ad indicare le varie catene che formano la proteina; la seconda colonna contiene una h se il residuo fa parte di un alfa elica o una s se il residuo costituisce il beta sheet. Si può selezionare la catena A semplicemente cliccando su una A qualsiasi, tutti i gruppi a diventeranno rossi, premendo Invio la catena A comparirà nella finestra. La stessa cosa vale per le h o le s, premendo su una qualsiasi verranno selezionate le alfa eliche (o le beta sheet). Se si vuole selezionare due gruppi diversi, staccati tra loro, basta selezionare un gruppo e poi selezionare il secondo gruppo tenendo premuto il tasto Control, una volta selezionati premere Invio per visualizzarli. Click su qualsiasi h Click su qualsiasi A Click su qualsiasi h, e tenendo premuto Control click su qualsiasi s Selezionate alcuni amminoacidi e provate a cliccare sulle colonne show, side, labl, surface ( un quadrato di puntini) e ribn e guardate l effetto.

4 Sempre tenendo premuto il pulsante del mouse e trascinandolo lungo le colonne del Control Panel si possono selezionare o deselezionare i gruppi, si può ottenere lo stesso risultato cliccando in cima alla colonna. Ricordate che potete centrare, spostare, zoomare, ruotare la figura nella finestra del display utilizzando le apposite icone. amminoacidi Tipo di elica Catene A di una proteina multicatena Labl: mostra il nome degli amminoacidi selezionati. Surface: mostra per ogni amminoacido, attraverso dei puntini, la superficie di van der Waals. Altri tipi di superficie sono ottenibili nel piccolo menu posto sotto il simbolo (rettangolino nero). Ribn: disegna la struttura tridimensionale della proteina? Rbn Rbn + Surface

5 Colorazione (menu Color) D.V. consente di dare diversi tipi di colorazione al modello. La colorazione consente di evidenziare e rivelare le configurazioni strutturali e chimiche della proteina. Andare su menu Color e cliccate su: Secondary Structure: le alfa-eliche verranno colorate di rosso e le beta-scheet in giallo e le altre in grigio. Contemporaneamente la colorazione apparirà anche sul Contro Panel, nella colonna in cui compaiono piccoli quadrati. Secondary Structure Succession: colora le eliche e i folglietti ma l ordine dei colori riflette l ordine attraverso cui le varie strutture compaiono nella proteina. Risulta così più facile seguire la formazione di strutture secondarie lungo la catena polipeptidica. Chain: colorerà di colore diversi le singole catene che possono costituire una proteina. Naturalmente se una proteina è formata da una singola catena apparirà colorata uniformemente. Type: gli amminoacidi vengono colorati in base alle proprietà chimiche, i gruppi non polari in grigio (da notare che molti gruppi non polari sono verso l interno perchè sono idrofobici), i gruppi acidi in rossi e basici in blu. Accessibility: questa operazione richiede qualche secondo, gli amminoacidi verranno colorati in base alla loro accessibilità al solvente, più alta è l accessibilità e più alto sarà il valore della lunghezza d onda utilizzato per colorarli. Si va dal violetto (400 nm) al rosso (700 nm). Il colore rosso indica quindi i residui più esposti. CPK: questa operazione riporta i gruppi ai colori standard: bianco per il carbonio, rosso per l ossigeno, blu per l azoto e giallo per lo zolfo N.B. Potete cambiare i colori scelti dal programma per indicare gli atomi, gli amminoacidi, le strutture secondarie, le catene o lo sfondo andando su Preferences e cliccando su color, si apriranno nuove finestre attraverso cui potete selezionare i colori che preferite.

6 Menu Select Da menu Select si possono selezionare i sottomenu: All: seleziona tutti gli amminoacidi della proteina, premendo invio verranno mostrati Secondary structure: permette di selezionare e mostrare premendo Invio varie parti della proteina. - Helices: seleziona e mostra gli amminoacidi che formano un alfa elica, - Strand: seleziona e mostra solo le beta sheet - Coil: seleziona e mostra il resto degli amminoacidi Group property: permette di selezionare e mostrare, sempre premendo Invio, solo gli amminoacidi basici, acidi, polari o non polari Menu Window Dal menu Window si possono selezionare i sottomenu: Ramachandran Plot: Si usa questa finestra per giudicare la qualità del modello, consente di visualizzare i residui i cui angoli conformazionali stanno fuori dal range permesso. Si possono anche cambiare gli angoli conformazionali del modello.

7 Layer Infos: questa tavola permette il controllo di molteplici modelli proteici, permettendo di scegliere quale modello rendere visibile, quale muovere ecc. Alignment: la finestra alignment appare in basso, mostra la sequenza di amminoacidi delle proteina. Si usa questa finestra quando si confrontano due o più proteine.