ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe

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1 ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe Z Z (0.2 ml) 5 (0.05 ml) For the detection of deletions affecting the human genes TP53 and ATM by fluorescence in situ hybridization (FISH).... In vitro diagnostic medical device according to EU directive 98/79/EC

2 Fluorescence-labeled polynucleotide probe for the detection of deletions affecting the human genes TP53 and ATM, ready to use Product Description Content: Product: Specificity: Storage/Stability: Use: Safety Precautions: ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe EmiNNRF in hybridization buffer. The probe contains orange-labeled polynucleotides (ZyOrange: excitation at 547 nm and emission at 572 nm, similar to rhodamine), which target the TP53 gene in 17p13.1, and green-labeled polynucleotides (ZyGreen: excitation at 503 nm and emission at 528 nm, similar to FITC), which target the ATM gene in 11q22.3. Z : 0.2 ml (20 reactions of 10 µl each) Z : 0.05 ml (5 reactions of 10 µl each) The ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe EmiNNRF is designed to be used for the detection of the human TP53 gene as well as the human ATM gene in formalin-fixed, paraffin-embedded tissue or cells by fluorescence in situ hybridization (FISH). The ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe EmiNNRF must be stored at 2 8 C protected from light and is stable through the expiry date printed on the label. This product is designed for in vitro diagnostic use (according to EU directive 98/79/EC). Interpretation of results must be made within the context of the patient s clinical history with respect to further clinical and pathologic data of the patient by a qualified pathologist! Read the operating instructions prior to use! - 1 -

3 Do not use the reagents after the expiry date has been reached! This product contains substances (in low concentrations and volumes) that are harmful to health. Avoid any direct contact with the reagents. Take appropriate protective measures (use disposable gloves, protective glasses, and lab garments)! If reagents come into contact with skin, rinse skin immediately with copious quantities of water! A material safety data sheet is available on request for the professional user! Principle of the Method The presence of certain nucleic acid sequences in cells or tissue can be detected by in situ hybridization using labeled DNA probes. The hybridization results in duplex formation of sequences present in the test object with the labeled DNA probe. Duplex formation (with sequences of the TP53 and ATM genes in the test material) is directly detected by using the tags of fluorescence-labeled polynucleotides

4 Instructions Pretreatment (dewaxing, proteolysis, post-fixation) should be carried out according to the needs of the user. Denaturation and hybridization of probe: NK Pipette 10 µl ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe EmiNNRF each onto individual samples A gentle warming of the probe, as well as using a pipette tip which has been cut off to increase the size of the opening, can make the pipetting process easier. Avoid long exposure of the probe to light. OK Avoiding trapped bubbles, cover the samples with a coverslip (22 mm x 22 mm). Seal the coverslip, e.g. with a layer of hot glue from an adhesive pistol or with rubber cement PK= Denature the slides at 75 C (±2 C) for 10 min, e.g. on a hot plate Depending upon the age of the sample and variations in the fixation stage, it may be necessary to optimize the denaturing temperature (73 C- 77 C). QK= Transfer the slide to a humidity chamber and hybridize overnight at 37 C (e.g. in a hybridization oven) It is essential that the tissue/cell samples do not dry out during the hybridization step. Further processing, such as washing and counter-staining, can be completed according to the user s needs. For a particularly user-friendly performance, we recommend the use of a ZytoLight FISH system by ZytoVision. These systems were also used for the confirmation of appropriateness of the ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe EmiNNRF

5 Results With the use of appropriate filter sets, the hybridization signals of the labeled TP53 gene appear orange; the hybridization signals of the labeled ATM gene appear green. In interphases of normal cells or cells without aberrations of the chromosomes 17 and 11, two TP53 signals and two ATM signals appear. In cells with a gene deletion, a reduced number of gene specific signals are visible. In order to judge the specificity of the signals, every hybridization should be accompanied by controls. We recommend using at least one control sample in which the TP53 and ATM gene copy number is known. Care should be taken not to evaluate overlapping cells, in order to avoid false results, e.g. an amplification of genes. Due to decondensed chromatin, single FISH signals can appear as small signal clusters. Thus, two or three signals of the same size, separated by a distance equal to or less than the diameter of one signal, should be counted as one signal. Our experts are available to answer your questions

6 Literature Chang H, et al. (1999) Leukemia 13: Dal Bo M, et al. (2011) Genes Chromosomes Cancer 50: Kievits T, et al. (1990) Cytogenet Cell Genet 53: Ouillette P, et al. (2011) Clin Cancer Res 21: Pettitt AR, et al. (2001) Blood 98: Ripollés L, et al. (2006) Cancer Genet Cytogenet 171: Shanafelt TD, et al. (2006) Ann Intern Med 145: Stilgenbauer S, et al. (2002) Leukemia 16: Wilkinson DG: In Situ Hybridization, A Practical Approach, Oxford University Press (1992) ISBN As of: August 1, 2016 (5.2) Trademarks: ZytoVision and ZytoLight are trademarks of ZytoVision GmbH

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8 Traduzione in italiano ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe IVD Dispositivo medico-diagnostico in vitro Produttore: Codice: ZytoVision GmbH Z (0,2 ml) Z (0,05 ml).... Per l identificazione delle delezioni dei geni umani TP 53 e ATM mediante Ibridazione in situ fluorescente (FISH). Dispositivo medico-diagnostico in vitro Secondo la direttiva europea 98/79/EC Bio-Optica Milano S.p.A. Via San Faustino Milano - Phone Fax Italia Fax Export

9 Traduzione in italiano Sonda polinucleotidica marcata con fluoroforo per l identificazione delle delezioni dei geni umani TP53 e ATM mediante FISH, pronta all'uso. Descrizione del Prodotto Contenuto: Sonda ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe in tampone di ibridazione. La sonda contiene polinucleotidi marcati con fluoroforo ZyGreen (eccitazione 503 nm ed emissione 528 nm, simile alla FITC), che identificano il gene ATM nella regione cromosomica 11q22.3, e polinucleotidi marcati con fluoroforo ZyOrange (eccitazione 547 nm ed emissione 572 nm, simile alla Rodamina), che identificano il gene TP53 nella regione 17p13.1. Prodotto: Z : 0,2 ml (20 reazioni da 10 μl ciascuna) Z : 0,2 ml (5 reazioni da 10 μl ciascuna) Specificità: La Sonda ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe è adibita all identificazione dei geni umani TP53 e ATM in tessuti fissati in formalina e inclusi in paraffina o cellule mediante ibridazione in situ fluorescente (FISH). Conservazione: La Sonda ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe deve essere conservata a +2 C +8 C protetta dalla luce. La sonda è stabile durante il periodo indicato dalla data di scadenza. Utilizzo: Il prodotto è designato per la diagnosi in vitro (in accordo con la direttiva EU 98/79/EC). L interpretazione dei risultati deve essere fatta in un contesto clinico e patologico del paziente da un patologo esperto. Bio-Optica Milano S.p.A. Via San Faustino Milano - Phone Fax Italia Fax Export

10 Traduzione in italiano Precauzioni per l uso: Leggere le istruzioni prima dell utilizzo del prodotto. Non usare il prodotto dopo la data di scadenza. Il prodotto contiene sostanze (a basse concentrazioni) dannose per la salute, evitare il contatto diretto con il prodotto. Usare dispositivi di sicurezza (guanti, occhiali di protezione, camice). Se il prodotto viene a contatto con la pelle, lavare abbondantemente con acqua. Su richiesta dell utilizzatore è disponibile una scheda di sicurezza. Principio del Metodo La presenza di determinate sequenze di acido nucleico nelle cellule o nei tessuti può essere rilevata attraverso ibridazione in situ con l'utilizzo di sonde a DNA marcate. L'ibridazione induce la formazione di una struttura a doppio filamento (ibrido duplex) tra le sequenze presenti nel campione in analisi e la sonda. La formazione del duplex (con le sequenze dei geni TP53 e ATM) è evidenziata direttamente usando i polinucleotidi marcati con fluorofori. Istruzioni Il pretrattamento (deparaffinazione, proteolisi, post-fissazione) deve essere effettuato indipendentemente dalle esigenze dell'utilizzatore. Denaturazione e ibridazione della sonda: 1. Vortexare la sonda ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe e dispensare 10μl per ogni campione. Distribuire a piccole gocce sull'intera superficie evitando di concentrare in un unico punto. Alternativamente, aggiungere la sonda al centro di un coprioggetto e applicare il coprioggetto sull'area in esame. Un leggero riscaldamento della sonda e l'utilizzo di un puntale tagliato in punta semplificano l'operazione. Evitare l esposizione prolungata alla luce. 2. Evitare la formazione di bolle, coprire il campione con un vetrino coprioggetto (22 mm x 22 mm). Sigillare il vetrino copri oggetto con colla a caldo o mastice. 3. Denaturare a 75 C (±2 C) per 10 minuti utilizzando una piastra calda. A seconda dell'età del campione e variazioni nella fase di fissazione, può essere necessario ottimizzare la temperatura di denaturazione (73 C-77 C). 4. Trasferire i vetrini in una camera umida e ibridare overnight a 37 C in una stufa ventilata. E importante che il campione (cellule o tessuto) non si asciughino durante l ibridazione Eventuali ulteriori processi, quali lavaggio e contro-colorazione, possono essere completati secondo le esigenze dell'utente. Per ottenere prestazioni ottimali, si consiglia l'uso di un sistema di FISH ZytoLight (ZytoVision). Questo sistema viene anche utilizzato per confermare l adeguatezza della ZytoLight SPEC TP53/ATM Dual Color Probe. Bio-Optica Milano S.p.A. Via San Faustino Milano - Phone Fax Italia Fax Export

11 Traduzione in italiano Risultati: Con un appropriato set di filtri, i segnali di ibridazione con le sequenze del gene TP53 appaiono arancio; i segnali di ibridazione con le sequenze del gene ATM appaiono verdi. In una interfase di cellule normali o in cellule senza aberrazioni dei cromosomi 17 e 11, sono visibili due segnali per il TP53 e due segnali per ATM. In cellule con delezione del gene, è visibile un ridotto numero di segnali gene-specifici. Al fine di valutare la specificità dei segnali, ogni ibridazione deve essere verificata mediante controlli (positivo e negativo). Si consiglia di utilizzare almeno un campione di controllo in cui sia inequivocabilmente nota il numero di copie dei geni TP53 e ATM. Si consiglia di prestare particolare attenzione nell'osservazione di cellule sovrapposte, le quali potrebbero condurre ad una erronea interpretazione dei risultati. I nostri esperti sono disponibili per rispondere alle vostre domande Letteratura: Chang H, et al. (1999) Leukemia 13: Dal Bo M, et al. (2011) Genes Chromosomes Cancer 50: Kievits T, et al. (1990) Cytogenet Cell Genet 53: Ouillette P, et al. (2011) Clin Cancer Res 21: Pettitt AR, et al. (2001) Blood 98: Ripollés L, et al. (2006) Cancer Genet Cytogenet 171: Shanafelt TD, et al. (2006) Ann Intern Med 145: Stilgenbauer S, et al. (2002) Leukemia 16: Wilkinson DG: In Situ Hybridization, A Practical Approach, Oxford University Press (1992) ISBN Marchi: ZytoVision e ZytoDot sono marchi di ZytoVision Bio-Optica Milano S.p.A. Via San Faustino Milano - Phone Fax Italia Fax Export