FILOGENESI Scaricare da GenBank le sequenze del gene della citocromo ossidasi I (COI) delle seguenti specie in formato fasta
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- Agostina Dini
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1 FILOGENESI Scaricare da GenBank le sequenze del gene della citocromo ossidasi I (COI) delle seguenti specie in formato fasta Xiphias gladius Xenopus laevis Crocodylus niloticus Serinus canaria Canis lupus Effettuare una ricerca in BLAST con tali entry di riferimento per ottenere altre sequenze di organismi evolutivamente vicini e inserirle nel file fasta. Fare un multiallineamento con il software ClustalW o ClustalX. Preparare un file in formato meg utilizzando il software DNAsp. Caricare e far correre il file.meg con il software MEGA e calcolare la matrice delle distanze genetiche. Costruire l albero filogenetico utilizzando il metodo del Neighbor-joining e il modello Kimura-2-parametri. Fare il test di Bootstrap settando 1000 repliche. Ripetere la stessa analisi utilizzando le sequenze del gene del citocromo b e confrontare gli alberi ottenuti.
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4 Exercise 2 1. Use the file named Thunnus COI and choose the outgroup. >gi gb GQ Thunnus thynnus isolate TT567 cytochrome oxidase GGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAACTAANCCAACCAGGTGCCCTTCTTGGGGACGACCAGA AGGATTTGGAAACTGACTTATTCCTCTAATGATCGGAGCCCCCGACATGGCATTCCCACGAATGAACAAC AATATGAAACCTGCAGCTATCTCTCAATATCAAACACCACTGTTTGTATGAGCTGTACTAATTACAGCTG TTCTTCTTCTACTTTCCCTTCCAGTCCTTGCCGCTGGTATTACAATGCTCCTTACAGACCGAAACCTAAA >gi gb GQ Thunnus alalunga isolate TA4 cytochrome oxidase GGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCAGGTGCCCTTCTTGGGGACGACCAGA AGGATTTGGAAACTGACTTATTCCTCTAATGATCGGAGCCCCCGACATGGCATTCCCACGAATAAACAAC AATATGAAACCTGCAGCTATCTCTCAATATCAAACACCACTGTTTGTATGAGCTGTACTAATTACAGCTG
5 TTCTTCTTCTACTTTCCCTTCCAGTCCTTGCCGCTGGTATTACAATGCTCCTTACAGACCGAAACCTAAA >gi gb GU Thunnus albacares voucher DAAPV F36 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene, partial cds; mitochondrial CCTTTATCTAGTATTCGGTGCATGAGCTGGAATAGTTGGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAA GCAACCTGGCCCACGCAGGGGCATCAGTTGACCTAACTATTTTCTCACTTCACTTAGCAGGGGTTTCCTC CCCAATCCTTTACCAACACCTA >gi gb GU Thunnus albacares voucher DAAPV F35 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene, partial cds; mitochondrial CCTTTATCTAGTATTCGGTGCATGAGCTGGAATAGTTGGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAA GCAACCTGGCCCACGCAGGGGCATCAGTTGACCTAACTATTTTCTCACTTCACTTAGCAGGGGTTTCCTC CCCAATCCTTTACCAACACCTA >gi gb FJ Thunnus obesus voucher JHL564 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene, partial cds; mitochondrial CCTCTATCTAGTATTCGGTGCATGAGCTGGAATAGTTGGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAA GCAACCTGGCCCACGCAGGGGCATCAGTTGACCTAACTATTTTCTCACTGCACTTAGCAGGGGTTTCCTC CCCAATCCTTTACCAACACCTATTC >gi gb FJ Thunnus obesus voucher JHL563 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene, partial cds; mitochondrial CCTCTATCTAGTATTCGGTGCATGAGCTGGAATAGTTGGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAA CTAAGCCAACCAGGCGCCCTTCTTGGGGACGACCAGATCTACAATGTAATCGTTACGGCCCATGCCTTCG CTGCTTCTAGCTTCTTCAGGAGTTGAGGCTGGAGCCGGAACCGGTTGAACAGTCTACCCTCCCCTTGCCG GCAACCTAGCCCACGCAGGGGCATCAGTTGACCTAACTATTTTCTCACTGCACTTAGCAGGGGTTTCCTC CCCAATCCTTTACCAACACCTATTC >gi gb GQ Thunnus orientalis isolate TORI1 cytochrome oxidase GGCACGGCCTTAAGCTTGCTCATCCGAGCTGAACTAAGCCAACCAGGTGCCCTTCTTGGGGACGACCAGA AGGATTTGGAAACTGACTTATTCCTCTAATGATCGGAGCCCCCGACATGGCATTCCCACGAATGAACAAC AATATGAAACCTGCAGCCATCTCTCAATATCAAACACCACTGTTTGTATGAGCTGTACTAATTACAGCTG TTCTTCTTCTACTTTCCCTTCCAGTCCTTGCCGCTGGTATTACAATGCTCCTTACAGACCGAAACCTAAA
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