La Terminazione della Trascrizione

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1 La Terminazione della Trascrizione

2 I geni batterici possiedono dei terminatori della trascrizione. I Terminatori sono sequenze dell RNA che promuovono il distacco dell RNA polimerasi dal templato Ne esistono di 2 tipi -dipendenti da Rho -intrinseci

3 I terminatori Rho-dipendenti richiedono il legame della RNA elicasi Rho alla catena nascente di RNA Rho si lega all RNA su uno specifico sito di riconoscimento, ma agisce al 3 di questo

4 I terminatori intrinseci non richiedono nessun cofattore per la terminazione

5 La terminazione della trascrizione batterica puo essere modulata: Antiterminatori = Specifiche proteine che consentono alla RNA polimerasi di continuare la trascrizione attraverso il sito di terminazione Attenuatori = Sequenze dell RNA che regolano la terminazione della trascrizione di un operone successivamente al primo gene trascritto

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7 Il caso del fago lambda: Cascata di geni Infezione e attivazione del genoma di Lambda Geni precoci immediati: N e cro Geni precoci Geni tardivi Uno dei geni precocissimi (N) codifica per un antiterminatore che consente alla polimerasi di procedere oltre, trascrivendo cioe anche i geni precoci

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11 Il ribosoma puo causare questo evento

12 L attenuatore batterico: il caso della sintesi del triptofano L operone trp e costituito da una regione leader (che codifica per un piccolo peptide ricco in triptofano) e da trpe che codifica per un enzima della sintesi del triptofano. Le due regioni sono separate da un ATTENUATORE.

13 In assenza del triptofano il trptrna non puo essere caricato sui ribosomi. Di conseguenza i ribosomi stallano sulla regione leader impedendo il corretto ripiegamento dell RNA

14 In presenza di trp In assenza di trp

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18 La terminazione negli eucarioti Le pol1 e pol3 hanno dei terminatori della trascrizione. I terminatori della pol1 sono sequenze di DNA che legano una proteina, la quale promuove il distacco della pol1 I terminatori della pol3 sono sequenze di poli-u nell RNA La pol2 non ha terminatori, la terminazione avviene in modo differente ed e connessa alla stabilita alla capacita di essere tradotto dell RNA messaggero.

19 Gli mrna dei Batteri vengono tradotti durante il processo trascrizionale, e vengono degradati subito dopo L attacco dei ribosomi all mrna avviene grazie ad una specifica sequenza posta nel 5 UTR: la sequenza di Shine-Dalgarno

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21 L mrna eucariotico codifica per una sola proteina: non ci sono operoni L mrna e modificato alle due estremita : cap e polia

22 Durante l allungamento la coda C-terminale della pol2 recluta gli enzimi per la sintesi del cap

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26 Il cap serve per l attacco ai ribosomi

27 Il cap viene legato dal fattore di inizio della traduzione eif4f che contatta anche il polia tramite PAPB Cap e polia sono fondamentali per l inizio della traduzione

28 L uso delle strategie di regolazione della terminazione da parte del virus dell AIDS

29 La trascrizione del genoma di HIV e regolata da un evento di terminazione Durante la fase latente la trascrizione viene bloccata qui da un terminatore a forcina

30 L antiterminatore tat permette di permette alla polimerasi di proseguire nella trascrizione del genoma di HIV

31 Cap e polia proteggono gli mrna dalle esonucleasi

32 Per essere degradati, gli mrna decono essere de-adenilati e il cap deve essere rimosso

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34 Regolazione della stabilita del messaggero: il caso del metabolismo del ferro La Transferrina serve per far entrare il ferro nelle cellule Spazio extracellulare citoplasma Membrana cellulare La Ferritina serve per bloccare l eccesso di ferro nelle cellule Transferrina e Ferritina agiscono in modo opposto sulla concentrazione di Ferro intracellulare

35 Il ferro citoplasmatico regola la traduzione degli mrna per Transferrina e Ferritina

36 Terminazione della trascrizione: il caso dell HIV

37 I geni eucariotici contengono introni

38 Gli introni vengono tagliati via dai complessi sliceosomali

39 Trascrizione in vitro Sito di aggancio per la polimerasi del fagot7 La trascrizione arriva alla fine del gene di interesse Gene di interesse T7 Vettore plasmidico per la trascrizione in vitro + T7 RNA polimersi e NTPs La polimerasi si aggancia al sito di inizio (non richiede fattori sigma) e inizia a trascrivere T7 T7 e continua fino a che sono disponibili i nucleotidi, trascrivendo tutto il plasmide, anche il proprio sito di inizio

40 Il plasmide viene linearizzato mediante taglio con l enzima di restrizione EcoRI, posto al 3 del gene di interesse EcoRI +T7 RNA polimerasi e NTPs La polimerasi si aggancia al sito di inizio e inizia a trascrivere T7 La polimerasi trascrive il DNA fino alla fine del gene di interesse T7 e precipita nel vuoto in corrispondenza del sito di taglio, ovvero si stacca per mancanza del templato, rilasciando anche il trascritto T7