Esistono Open Tools di Microsoft per migliorare le attività di ricerca scientifica

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1 CL3 - Biotecnologie

2 Esistono Open Tools di Microsoft per migliorare le attività di ricerca scientifica Le informazioni necessarie al progresso scientifico sono spesso difficili da trovare, sommerse nelle profondità del Web, o all'interno di banche dati che non possono essere facilmente accessibili o integrate. Come risultato, molti scienziati lavorano oggigiorno in relativo isolamento, incappando in vicoli ciechi e duplicando inutilmente ricerca esistente.

3 Consente la compilazione dei documenti di Word in base ai termini che appaiono in ontologie. Permette agli autori di aggiungere facilmente collegamenti ipertestuali scientifici come annotazioni semantiche, tratte da ontologie, ai loro documenti e articoli di ricerca.

4 Le ontologie sono creati e mantenuti da diversi ambiti accademici per modellare i loro campi di studio. Le pubblicazioni scientifiche abilitate all uso delle ontologie possono costituire un incentivo alla scoperta scientifica.

5 Ontologie e vocabolari controllati dallo NCBO (National Center for Biomedical Computing): Amphibian gross anatomy ; Biological imaging methods ; Biological process ; BRENDA tissue / enzyme source ; C. elegans development ; C. elegans phenotype ; Cell type ; Cellular component ; Cereal plant trait ; Dictyostelium discoideum anatomy ; Drosophila development ; Drosophila gross anatomy ; Environment Ontology ; Event (INOH pathway ontology) ; Fungal gross anatomy ; Human developmental anatomy, abstract version ; Human developmental anatomy, timed version ; Human disease ; Infectious disease ; Mammalian phenotype ; Mass spectrometry ; Molecular function ; Mosquito gross anatomy ; Mouse adult gross anatomy ; Mouse pathology ; Pathogen transmission ; Pathway ontology ; Physico-chemical methods and properties ; Physicochemical process ; Plant environmental conditions ; Plant growth and developmental stage ; Plant structure ; Protein-protein interaction ; Spider Ontology ; Teleost anatomy and development ; Tick gross anatomy ; Xenopus anatomy and development ; Zebrafish anatomy and development

6 Data base biologici: Protein Data Bank Una risorsa per Studiare macromolecole biologiche. L archivio PDB contiene informazioni riguardo strutture proteiche sperimentalmente determinate, acidi nucleici ecc UniProt Knowledgebase E composto da due sezioni: 1. Una sezione contiene record annotati manualmente con informazioni estratte dalla letteratura e analisi computazionali valutate dai curatori 2. L altra sezione contiene record analizzati computazionalmente e non ancora revisionati che aspettano di essere annotati manualmente. NCBI GenBank/RefSeq Dal National Center for Biotechnology Information: GenBank : database di sequenze genetiche. E una raccolta ragionata di tutte le sequenze di DNA a disposizione del pubblico. Ci sono circa basi in sequenze. RefSeq: raccolta completa ed integrata, non ridondante e commentata di sequenze, tra cui DNA genomico e proteine. RefSeq è utile in studi medici, funzionali e di diversità in quanto fornisce un punto di riferimento per l'annotazione del genoma, l'identificazione di geni e analisi di caratterizzazione, di mutazione e di polimorfismo, studi di espressione ed analisi comparitive. NCBI fornisce inoltre delle RefSeqs per gli organismi tassonomicamente diversi, tra cui eucarioti, batteri e virus. Documenti supplementari sono aggiunti alla collezione quando i dati diventano di dominio pubblico.

7 Il componente di Word 2007 per le Ontologie dovrebbe renderle più accessibili ad un vasto pubblico di autori, facendo in modo che il contenuto semantico sia integrato nell esperienza del redigere. L'obiettivo del componente aggiuntivo per le ontologie è quello di aiutare gli scienziati a scrivere manoscritti che siano facilmente integrabili con le risorse elettroniche esistenti. Per far questo l Ontology Add-in aggiunge al manoscritto informazioni semantiche sotto forma di una indicizzazione tipo mark-up XML allo stesso: i termini trovati, possono poi essere estratte dai file di Word, in cui sono memorizzati sotto forma di tag XML personalizzati. Vengono usate ontologie e vocabolari controllati (dallo NCBO) ed identificatori provenienti da importanti banche dati biologiche.

8 Il codice sorgente per l Add-in Ontology è disponibile sotto una licenza open source. Gli utenti possono migliorare l'add-in o anche di esportarlo in altri sistemi di pubblicazione, facilitando la crescita di editoria scientifica semantica, promuovendo una vasta gamma di attività nel campo della biologia, informatica, chimica e altri ambiti accademici. Di conseguenza, quando i ricercatori eseguiranno interrogazioni strutturate nel Web, sarà più facile trovare documenti strettamente correlati alla loro ricerca ed avere evidente come la scienza si evolve.

9 Ontology Add-in è un progetto fatto in collaborazione con Creative Commons. Creative Commons è un'organizzazione noprofit, fondata nel 2001, che promuove il riuso creativo delle opere intellettuali e artistiche. Le licenze Creative Commons forniscono una gamma flessibile di protezioni e libertà per autori, artisti ed educatori che si basano sul concetto di "tutti i diritti riservati" del diritto d'autore tradizionale per offrire un approccio volontario del tipo "alcuni diritti riservati.

10 Progetto che supporta l inserimento ed rendering di informazioni chimiche in documenti Word Introduce funzionalità come l editor per formule di struttura e altri tipi di rappresentazione.

11 La comunità bioinformatica ha una forte tradizione di open development, code sharing, e supporto cross-platform, e sono oggigiorno disponibili una serie di toolkit di bioinformatica lingua specifici. Questi toolkit promuono la condivisione del codice ed istituiscono standard de facto. Microsoft Biology Foundation (MBF) è un toolkit per la bioinformatica neutrale dal punta di vista linguistico, costruito come una estensione del.net Framework. Attualmente implementa una serie di parser per formati di file comuni in bioinformatica; una serie di algoritmi per la manipolazione del DNA, RNA, e di sequenze di proteine; e una serie di connettori a servizi Web per la biologia, come il servizio BLAST dell NCBI (National Center for Biotechnology Information). MBF è disponibile sotto licenza open source, e quindi gli eseguibili, il codice sorgente, le applicazioni demo, e la documentazione sono scaricabili liberamente.

12 The Comparative Analysis Toolkit (CAT) è un insieme di strumenti software per l'analisi e la visualizzazione di sequenze e strutture biologiche. Il software del toolkit si interfaccia con un sistema database, l'rna Comparative Analysis Database(RCAD). L'analisi comparata è stata usata con successo per decifrare la struttura delle molecole di RNA, e per identificare e caratterizzare nuove strutture RNA.

13 Il database RCAD è il primo sistema di database biologici in grado di immagazzinare sequenze di allineamenti fino alla risoluzione di singoli nucleotidi. Singole righe, colonne e celle di un allineamento possono essere incluse direttamente in istruzioni SQL. Unendo molteplici dimensioni di informazioni, RCAD consente analisi nuove ed Innovative sull RNA. Compie analisi quali statistiche di differenti Sequenze di RNA o l'evoluzione di elementi strutturali di RNA.

14 di Il secondo elemento questo progetto è un pacchetto di visualizzazione per l'analisi di sequenze biologiche e strutture utilizzando l'analisi comparativa. Gli utenti saranno in grado di esplorare le sequenze di allineamenti di sequenza, navigando per tassonomia o per struttura secondaria

15 Questo componente aggiuntivo di Word2007 per redigere articoli consente agli autori ed editori di aprire e salvare file Word nel formato XML della National Library of Medicine, un formato di file che viene utilizzato nella pubblicazione e l'archiviazione di articoli scientifici e tecnici. Oltre le funzionalità sul formato dei file, l'add-in consente che metadati aggiuntivi possano essere catturati in fase di scrittura e fa sì che le informazioni semantiche siano preservate durante il processo di pubblicazione, che è essenziale per attivare la ricerca e l'analisi semantica una volta che gli articoli sono archiviati nei repository informativi. L'add-in mira anche a semplificare la scrittura, la presentazione ed il processo di interazione tra autori e riviste.