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1 Partner del progetto

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3 Cluster Analysis È qualsiasi tecnica usata per raggruppare un insieme di oggetti in modo che oggetti nello stesso gruppo (cluster) siano più simili tra loro che ad altri oggetti appartententi ad altri gruppi Esempio di applicazioni: Ricerca medica e diagnostica Machine learning Pattern recognition Bioinformatics

4 Clustering su immagini di Risonanza Magnetica: segmentazione di lesioni IMMAGINE ORIGINALE FEATURE 1 FEATURE 2 FEATURE 3 FEATURE 4 RISULTATO DEL CLUSTERING

5 Clustering in immagini retiniche: segmentazione di vasi per la diagnosi precoce IMMAGINE ORIGINALE FEATURE 1 FEATURE 2 FEATURE 3 FEATURE 4 RISULTATO DEL CLUSTERING

6 Clustering in ecografia: classificazione dello stadio dell artrite reumatoide Paziente 1 Paziente 2 Paziente 3

7 Clustering in impianti dentali: misura della perdita ossea attorno all impianto Tempo 0 Dopo 3 mesi Dopo 5 mesi

8 Clustering in immagini oncologiche: riconoscimento di lesioni IMMAGE ORIGINALE IMMAGINE ELABORATA

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10 Il progetto ROMEO La cluster analysis è utilizzabile esclusivamente da chi ha conoscenze matematico-ingegneristiche Necessario uno strumento semplice ma completo ed utilizzabile anche da persone con limitate conoscenze informatiche (es: medici, clinici, biologi, )

11 Il progetto ROMEO GOAL Sviluppare un software per la cluster analysis di immagini biomediche

12 Il progetto ROMEO GOAL Sviluppare un software per la cluster analysis di immagini biomediche Nota Bene: Lo scopo del progetto non è quello di creare un prodotto con fini commerciali ma piuttosto uno strumento di supporto alla ricerca e alla clinica avanzata

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14 Caratteristiche Generali REQUISITI OBBLIGATORI: Il software deve essere una applicazione stand-alone; Il software deve funzionare su più piattaforme (Windows, Linux e Mac in versioni 32/64 bit); Nessun vincolo sul linguaggio di programmazione per l interfaccia. Si suggerisce C/C++ per la gestione di dati e analisi; La lingua del software e della relativa documentazione deve essere inglese (necessario visti i partner e la diffusione internazionale che avrà il prodotto); Il software deve essere utilizzabile da GUI facile e intuitiva contemplando una finestra di eco che dia suggerimenti sull utilizzo; La soluzione proposta deve essere tale da garantire l espandibilità anche da parte dello stesso utente in termini di add-in.

15 Caratteristiche Generali REQUISITI OBBLIGATORI: Il software deve essere una applicazione stand-alone; Il software deve funzionare su più piattaforme (Windows, Linux e Mac in versioni 32/64 bit); Nessun vincolo sul linguaggio di programmazione per l interfaccia. Si suggerisce C/C++ per la gestione di dati e analisi; La lingua del software e della relativa documentazione deve essere inglese (necessario visti i partner e la diffusione internazionale che avrà il prodotto); Il software deve essere utilizzabile da GUI facile e intuitiva contemplando una finestra di eco che dia suggerimenti sull utilizzo; La soluzione proposta deve essere tale da garantire l espandibilità anche da parte dello stesso utente in termini di add-in. Se strumento poco user-friendly il medico non lo usa!!!

16 Struttura del Software

17 Struttura del Software CREAZIONE di un DATABASE Creazione di un database La finalità di questo blocco è quello di generare un database per la gestione dei vari dataset (gruppi di immagini da analizzare); Il database conterrà anche i vari protocolli di analisi; Il database servirà anche per il salvataggio dei risultati dei protocolli applicati.

18 Struttura del Software CREAZIONE di un DATABASE DATASET SUBJECTS IMAGE 1 DATASET IMAGES NEW SAVE IMAGE 2 General_info PROTOCOL 1 PROTOCOL 2 PROTOCOLS Results_protocol1 RESULTS

19 Struttura del Software CREAZIONE di un DATABASE CREAZIONE ed ESECUZIONE di un PROTOCOLLO Creazione di un database L utente definisce il protocollo dell analisi (una lista di feature da estrarre e di algoritmi da applicare); La lista iniziale di feature e algoritmi sarà fornita e descritta in dettaglio; La lista deve essere espandibile anche dallo stesso utente.

20 Struttura del Software CREAZIONE di un DATABASE CREAZIONE ed ESECUZIONE di un PROTOCOLLO ESTRAZIONE di FEATURE e APPLICAZIONE DI CLUSTER ANALYSIS possono essere usate in modo indipendente o sequenziale

21 Struttura del Software CREAZIONE di un DATABASE CREAZIONE ed ESECUZIONE di un PROTOCOLLO ANALISI dei RISULTATI Analisi dei Risultati Gestione, visualizzazione e salvataggio dei risultati ottenuti dall elaborazione Nota bene: E possibile e raccomandato approfittare delle soluzioni già implementate online per l analisi e la visualizzazione di immagini (Image ToolKit e Visualization ToolKit).

22 Gradi di Libertà Le proposte saranno valutate, oltre che sul soddisfacimento dei requisiti obbligatori, anche sulla base delle seguenti caratteristiche: GUI Definizione di una grafica accattivante Di semplice utilizzo Soluzioni innovative per la gestione e visualizzazione di segnali e immagini Qualità di visualizzazione Facilità di interazione

23 Contatti Gaia Rizzo Mattia Veronese Enea Poletti Marco Castellaro Bioengineering Group Department of Information Engineering (DEI) University of Padova Via G. Gradenigo 6/A, Padova, Italy Phone: Centre for Neuroimaging Sciences Institute of Psychiatry (IoP) King's college London Denmark Hill SE5 8AF London, UK Phone: +44(0)

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