Curriculum Vitae Roma, 17 Febbraio 2014

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1 Curriculum Vitae Roma, 17 Febbraio 2014 Informazioni personali Nome/ Cognome Nazionalità Italiana Data di nascita 16/01/1971 Indirizzo lavorativo UOC Laboratorio di Virologia, Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani, via Portuense 292, Roma, Italia Telefono Fax Esperienza lavorativa Data Marzo 2011 ad oggi Tipo di impiego Contrattista presso il Laboratorio di Virologia Principali mansioni e responsabilità Attività di laboratorio nell ambito del Progetto n.1-ricerca Corrente anno 2012 (Linea di Ricerca n.1) e del progetto europeo n dal titolo: European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents (ERINHA), e di progetti dell Istituto di Ricerca Finalizzata Nome e indirizzo del datore di Tipo di azienda o settore Sanità Pubblica Page 1/7 - Curriculum vitae of Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani Data Marzo Agosto 2007 Tipo di impiego Assegno di collaborazione ad attività di ricerca Principali mansioni e responsabilità Sintesi di nuovi derivati delle rifamicine, con responsabilità di gestione del gruppo di laboratorio Nome e indirizzo del datore di Istituto di Cristallografia Tipo di azienda o settore CNR - Roma Data Dicembre 2004 Febbraio 2006 Tipo di impiego Contrattista presso il Laboratorio di Virologia Principali mansioni e responsabilità Attività di laboratorio nell ambito dei progetti: Ricerca Corrente 2004 Linea di ricerca n.2; Ricerca Finalizzata RF ; Ricerca Finalizzata RF Nome e indirizzo del datore di Tipo di azienda o settore Sanità Pubblica Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani Data Novembre 2004 Novembre 2000 Tipo di impiego Contratto a tempo determinato come ricercatore

2 Principali mansioni e responsabilità Progettazione e sintesi di peptidi e pseudo peptidi come inibitori di metalloproteinasi (progetto MIUR). Nome e indirizzo del datore di Polifarma S.p.A. Tipo di azienda o settore Industria farmaceutica Data Marzo 2000 Maggio 2000 Tipo di impiego Contrattista Max Planck Institut für molekulare Physiologie Principali mansioni e responsabilità Analisi del meccanismo di retrotrascrizione di HIV-1 mediante tecniche di marcatura isotopica Nome e indirizzo del datore di Max Planck Institut für molekulare Physiologie, Dortmund (Germania): Tipo di azienda o settore Istituto di Ricerca Data Giugno 1999 Maggio 2000 Tipo di impiego Vincitrice della pubblica selezione per l assegnazione di borsa di studio Principali mansioni e responsabilità sintesi e caratterizzazione di glicosamminoglicani sovrasolfatati come agenti antivirali; sintesi e purificazione di oligonucleotidi per studi sul meccanismo di retrotrascrizione dell HIV-1. Nome e indirizzo del datore di Istituto di Cristallografia Tipo di azienda o settore CNR - Roma Page 2/7 - Curriculum vitae of Istruzione Data 2012 Qualifica conseguita Specializzazione in Microbiologia e Virologia, Area Medica (Indirizzo Tecnico) Principali materie / abilità professionali oggetto dello studio Nome e tipo di istituto di istruzione o formazione Data 2008 Tesi sperimentale ("Caratterizzazione molecolare del virus pandemico influenzale A(H1N1)pdm09 mediante sequenziamento di ultima generazione ") svolta presso il laboratorio di Virologia della Dott.ssa M.R. Capobianchi (INMI L. Spallanzani, Roma). Campus Biomedico di Roma Qualifica conseguita Iscrizione albo professionale dei Chimici Nome e tipo di istituto di istruzione o Università degli Studi Sapienza, Roma formazione Data Luglio 1998 Qualifica conseguita Laurea in Chimica Principali materie / abilità Tesi sperimentale professionali oggetto dello studio Nome e tipo di istituto di istruzione o Università degli studi di Roma La Sapienza formazione Formazione Data

3 Eventi formativi accreditati e non Partecipazione ad 46 eventi formativi Attività di insegnamento Data Dicembre 2010 Corso Sequenziamento genico ed applicazioni bioinformatiche per lo studio dell evoluzione molecolare e della filogenesi dei microrganismi N. crediti acquisiti 2 Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani Data 28 maggio 2010 Corso Tavola rotonda sulle nuove frontiere della genomica:applicazioni in campo virologico Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani Data 14 marzo 2008 Corso Master Universitario I Livello Sorveglianza e controllo delle malattie trasmissibili Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani Brevetti Data Luglio 2007 Argomento Nuovi farmaci ad attivita anticolestatica Depositato il 17/07/2007 con n MI2007A European patent N Nome Istituto Segix Italia s.r.l.- Roma Data Settembre 2005 Argomento Substantially pure solid form of the enol tautomer of 3- indolpyruvic acid for use in the treatment of central nervous system disturbances. United States Patent Application September 22, Patent as inventor. Nome Istituto Polifarma S.p.A. - Roma Pubblicazioni su riviste internazionali con impact factor Biagini T, Bartolini B, Giombini E, Capobianchi MR, Ferrè F, Chillemi G, Desideri A. Performances of Bioinformatics Pipelines for the Identification of Pathogens in Clinical Samples with the De Novo Assembly Approaches: Focus on 2009 Pandemic Influenza A (H1N1). The Open Bioinformatics Journal, 2014, 8, Rozera G, Abbate I, Vlassi C, Giombini E, Lionetti R, Selleri M, Zaccaro P, Bartolini B, Corpolongo A, D'Offizi G, Baiocchini A, Del Nonno F, Ippolito G, Capobianchi MR. Quasispecies tropism and compartmentalization in gut and peripheral blood during early and chronic phases of HIV-1 Page 3/7 - Curriculum vitae of

4 Page 4/7 - Curriculum vitae of infection: possible correlation with immune activation markers. Clin Microbiol Infect Aug 24. doi: / IF Bartolini B, Giombini E, Zaccaro P, Selleri M, Rozera G, Abbate I, Comandini UV, Ippolito G,Solmone M, Capobianchi MR. Extent of HCV NS3 protease variability and resistanceassociated mutations assessed by next generation sequencing in HCV monoinfected and HIV/HCV coinfected patients. Virus Res 2013 Aug 13. doi:pii:s (13) /j.virusres IF Rozera G, Abbate I, Ciccozzi M, Lo Presti A, Bruselles A, Vlassi C, D Offizi G, Narciso P, Giombini E, Bartolini B, Ippolito G, Capobianchi MR. Ultra-deep sequencing reveals hidden HIV-1 minority lineages and shifts of viral population between the main cellular reservoirs of the infection after therapy interruption. J Med Virol 2012; 84: IF Selleri M, Piralla A, Rozera G, Giombini E, Bartolini B, Abbate I, Campanini G, Rovida F, Dossena L, Capobianchi MR, Baldanti F. Detection of haemagglutinin D222 polymorphisms in influenza A(H1N1)pdm09-infected patients by ultra-deep pyrosequencing. Clin Microbiol Infect 2012 Jul 6 IF Bartolini B, Chillemi G, Abbate I, Bruselles A, Rozera G, Castrignanò T, Paoletti D, Picardi E, Desideri A, Pesole G, Capobianchi MR. Assembly and characterization of pandemic influenza A H1N1 genome in nasopharyngeal swabs using high-throughput pyrosequencing. New Microbiol 2011, 34:391-7 IF 1,000 Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V, Palamara G, Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, Ceccherini- Silberstein F, Capobianchi MR, Perno CF. 'Sentinel' mutations in standard population sequencing can predict the presence of HIV-1reverse transcriptase major mutations detectable only by ultra-deep pyrosequencing. J Antimicrob Chemother 2011, 66: I.F. 5,068 Abbate I, Vlassi C, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Giombini E, CorpolongoA, D'Offizi G, Narciso P, Desideri A, Ippolito G, Capobianchi MR. Detection of quasispecies variants predicted to use CXCR4 by ultra-deep pyrosequencing during early HIV infection. AIDS 2011, 25:611-7 IF 6,245 Abbate I, Rozera G, Tommasi C, Bruselles A, Bartolini B, Chillemi G, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G, Capobianchi MR.Analysis of co-receptor usage of circulating viral and proviral hiv genome quasispecies by ultra-deep pyrosequencing in patients candidate to CCR5 antagonist treatment. Clin Microbiol Infect 2011, 17: IF 4,540 Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Bartolini B, D Offizi G, Nicastri E, Tommasi C, Capobianchi MR. Different ability to detect and quantify hiv-1 proviral dna by commonly used realtime pcr. J Virol Methods 2010, 164: IF 2,139 Bruselles A, Rozera G, Bartolini B, Prosperi M, Del Nonno F, Narciso P, Capobianchi MR, Abbate I. Use of massive parallel pyrosequencing for near full-length characterization of a

5 unique HIV Type 1 BF recombinant associated with a fatal primary infection. AIDS Res Hum Retroviruses 2009,25: IF 2,178 Bartolini B, Garbuglia AR, Horejsh D, Martini F, Carletti F, Abbate I, and Capobianchi MR. Simultaneous Control of RNA and DNA processing efficiency using a nucleic acid calibration set. BioTechniques 42: April IF 2,759 Curatella B, Bartolini B, Di Caro A, Cavallaro RA, Liverani L, Mascellani G, Benedetto A, Castelletti C, Capobianchi MR and Cellai L 'Sepharose-bound, highly sulfated glycosaminoglycans can capture HIV-1 from culture medium. Carbohydr Res Mar 21;340(4): Bartolini B, Corniello C, Sella A, Somma F, Politi V The enol tautomer of indole-3-pyruvic acid as a biological switch in stress responses. Adv Exp Med Biol. 2003; 527: Bartolini B, Di Caro A, Cavallaro RA, Liverani L, Mascellani G, La Rosa G, Muscillo M, Benedetto A and Cellai L "Susceptibility of the replication of HIV-1 laboratory strains and clinical isolates from AIDS patients to highly sulphated glycosaminoglycans". Antiviral Research 2002 vol58/2: IF 2,911 Bartolini B, Di Caro A, Marini M, Roda LG Soluble proteolytic enzyme relase by naive and HIV-infected cultured T cells. International Immunopharmacology, 2003 vol3, issue 5: Di Caro A, Perola E, Bartolini B, Marzano M, Liverani L, Mascellani G, Benedetto A and Cellai L "Fractions of chemically oversulphated galactosaminoglycans sulphate inhibit HIV-1, HSV-1 and HCMV, three enveloped viruses". Antiviral Chemistry & Chemotherapy, (1): IF 1,843 Altre pubblicazioni 43 presentazioni accettate come presentazioni orali o poster a congressi internazionali e nazionali, alcune congressi pubblicate su riviste internazionali e nazionali Capacità e competenze personali Madrelingua Italiano Altre lingue Inglese (Livello europeo: B) Page 5/7 - Curriculum vitae of

6 Capacità e competenze tecniche Capacità e competenze informatiche Sequenziamento genomico mediante GS FLX (Roche). Allestimento di metodiche per la caratterizzazione di genomica mediante approccio amplicon e shot-gun. In particolare, frammentazione di acidi nucleici, allestimento di amplificazioni sequenza indipendente, quantizzazione mediante elettroforesi su micro-chip, disegno ed uso di MID (multi-identifiers), studi di metagenomica Amplificazione genica mediante polymerase chain reaction (PCR) con metodi end-point e metodi Real-time (tecniche Syber, TaqMan, Fret) su piattaforma LigthCycler e ABI7900 Disegno di primers e probes (Taqman e FRET) ed allestimento di PCR multiplex Clonaggio molecolare di geni eucariotici e virali in cellule batteriche Allestimento di standard molecolari quali-quantitativi da usare nelle reazioni di PCR Sequenziamento nucleotidico, metodo Sanger con terminatori di catena fluorescenti ed utilizzo di sequenziatori automatici multicapillare (ABI 3100) Colture cellular, espansione e titolazione di stock virali Separazione di linfo-monociti periferici (PBMC) mediante stratificazione su FICOLL Utilizzo dei laboratori ad elevato biocontenimento e modalità operative relative ai laboratori di livello 3 e 4 Estrazione e purificazione di acidi nucleici, prodotti di PCR e plasmidi Elettroforesi e quantizzazione di acidi nucleici Sintesi organica Sintesi automatica di oligonucleotidi Tecniche cromatografiche: HPLC, TLC, flash chromatography Tecniche spettroscopiche: NMR, IR, UV Gel elettroforesi Marcatura mediante isotopi radioattivi (32P) Tecniche di clonaggio Utilizzo di pacchetti bioinformatici per la correzione ed analisi di sequenze geniche (ABI SeqA, ABI Sequence Scanner e Chromas), per la sottomissione di sequenze in Genbank e per la ricerca in database di determinate queries, per la sottotipizzazione di HIV (Blast, Sequin, REGA, ecc.). Conoscenza ed utilizzo di pacchetti bioinformatici per l allineamento multiplo di sequenze nucleotidiche ed aminoacidiche, per la conversione dei formati FASTA, NEXUS, MEGA, ecc. (Clustal, BioEdit, DAMBE), per il calcolo dei parametri di eterogeneità genetica. Utilizzo dei più diffusi applicativi in ambiente Windows Page 6/7 - Curriculum vitae of

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