Roma marzo Prof. Massimo Andreoni Cattedra di Malattie Infettive Università Tor Vergata Roma

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1 Strategie terapeutiche in pazienti con farmacoresistenza Roma marzo 2011 Prof. Massimo Andreoni Cattedra di Malattie Infettive Università Tor Vergata Roma

2 The proportion of patients in North America who experience failure of at least two distinct regimens has declined dramatically (n ~ 30,000) Adjusted RR from cohort-stratified Cox model adjusting for time from HAART initiation, sex, age, AIDS, CD4 and VL at HAART initiation and switch, type of ARV (PI, NNRTI, NRTIs only) at initiation Deeks S, et al. CROI Abstract 41. arr=1.46 REF arr=0.82 arr=0.51 arr=0.54

3 Adjusted risk of triple class virologic failure after the start of cart Lodwick R, for COHERE, 16 th CROI; Montreal (CA), 2009

4 The virologic response to modern salvage regimens are comparable to that observed in firstline regimens Proportion of Patients With HIV RNA <50 copies/ml at Week 48 Treatment-Naïve Treatment-Experienced* GEMINI 64%-65% POWER 73% KLEAN 65%-66% MOTIVATE 52%-61% ARTEMIS 78%-84% TITAN 60%-80% MERIT 65%-69% DUET 66%-80% MERCK % BENCHMRK 75% CASTLE 76%-78% *Regimen contained 2 active agents HEAT 67%-68% Sharon Walmsley, 2008

5 Enfuvirtide + a New Boosted PI LPV/r (TORO): +ENF vs ENF TPV/r (RESIST): +ENF vs ENF TMC114/r (POWER): +ENF vs ENF Overall Effect of Using New ENF Odds Ratio for Virologic Response* (95% CI) * Virologic endpoint of < 400 for TORO and RESIST and < 50 for POWER Haubrich R, et al. IDSA 2005.

6 BENCHMRK 1 & 2: HIV-1 RNA < 50 c/ml by New Agents in OBR, Wk 48 Raltegravir OBT Enfuvirtide Darunavir n Patients (%) Cooper DA, et al. N Engl J Med. 2008;359:

7 TRIO/ANRS 139: 24 wks results RAL + ETR + DRV/r in treatment-experienced patients with multidrug-resistant virus Results : Proportion of patients with HIV RNA < 50 copies/ml at 24 weeks (missing = failure) 90% (95%CI 85% to 96%) -2.4 log 10 copies/ml (-1.9 to -2.9)

8 RAL + MVC + ETR in Triple Class Experienced Patients Nonrandomized cohort study RAL + MVC + ETR (n = 28) RAL + MVC or ETR (n = 20) RAL + MVC or ETR + PI (n = 28) RAL + PI (n = 19) HIV-1 RNA < 50 c/ml, % BL Wks Mean CD4+ Cell Count Increase (cells/mm 3 ) Regimen Nozza S, et al. Glasgow Abstract P45.

9 ECHO and THRIVE: Double-Blind trial designs 48 weeks primary analysis 96 weeks final analysis ECHO (TMC278-C209) N=690 patients THRIVE (TMC278-C215) N=678 patients 1:1 1:1 TMC278 25mg qd + TDF/FTC (N=346) EFV 600mg qd + TDF/FTC (N=344) TMC278 25mg qd + 2 NRTIs* (N=340) EFV 600mg qd + 2 NRTIs* (N=338) *Investigator s choice: TDF/FTC; AZT/3TC; ABC/3TC Main inclusion criteria: viral load (VL) 5000 c/ml; no NNRTI RAMs ; sensitivity to the NRTIs Primary objective: demonstrate non-inferiority (12% margin) vs. EFV in confirmed virologic response (VL <50 c/ml, ITT-TLOVR) at Week 48 Stratification factors: screening VL and NRTI background (THRIVE only) From 39 NNRTI RAMs based on list of 44 1 Determined using virco TYPE HIV-1 test ITT = intent-to-treat; TLOVR = time-to-loss of virologic response Pooled analyses were preplanned 1 Tambuyzer L et al. Antivir Ther 2009;14:103 9

10 Pooled ECHO and THRIVE: VL <50 copies/ml over 48 weeks (ITT-TLOVR) Virologic responders (%, 95% CI) TMC278 25mg qd (N=686) EFV 600mg qd (N=682) Per protocol responses : TMC278: 85.1% EFV: 82.8% Time (weeks) 84.3% 82.3% Mean change in CD4 cell count from baseline at Week 48 (NC=F ): TMC278: +192 vs. EFV: +176 cells/mm 3 CI = confidence interval; Excluding major protocol violators; missing values after discontinuation imputed with change = 0; LOCF otherwise

11 ECHO and THRIVE: ITT-TLOVR outcome at Week 48 Outcome at Week 48, % TMC278 N=686 Pooled ECHO THRIVE EFV N=682 TMC278 N=346 EFV N=344 TMC278 N=340 EFV N=338 VL <50 copies/ml Virologic failure Rebounder Never suppressed Discontinued due to AE Discontinued for other reasons Death Analysis performed up to Week 48; Determined by TLOVR in the ITT population: confirmed response before Week 48 and confirmed rebound (rebounders) at or before Week 48, or no confirmed response before Week 48 (never suppressed); Lost to follow-up, non-compliance, withdrew consent, ineligible to continue, sponsor's decision; AE = adverse event

12 Pooled ECHO and THRIVE: summary of resistance findings TMC278 N=686 EFV N=682 Virologic failure with resistance data, n No NNRTI 1 or NRTI 2 RAMs 29% 43% Emergent NNRTI 1 RAMs 63% 54% Most frequent NNRTI RAM E138K K103N Emergent NRTI 2 RAMs 68% 32% Most frequent NRTI RAM M184I M184V 31/62 (50%) of TMC278 failures were phenotypically resistant to TMC278 Of these, 90% were phenotypically cross-resistant to etravirine Virologic failure determined in the ITT population with all available data, regardless of time of failure and reason for discontinuation, n: TMC278 = 72 and EFV = 39 At least one emergent NNRTI 1 or NRTI 2 RAM 1 Tambuyzer L et al. Antivir Ther 2009;14: Johnson VA et al. Top HIV Med 2009;17: Cohen C, et al. XVIIIth IAC 2010; Abstract THLBB206

13 Focus on Number of Active Agents DHHS ARV guidelines: 2, preferably 3, fully active agents in new regimen Highest rate of virologic suppression in patients receiving investigational drug plus OBR containing 1 other active agent [1-4] Trend toward greater benefit with 3 vs 2 fully active agents [1-4] Not statistically significant Must also consider potential drug-drug interactions, adverse events, pill burden, absence of future options Contribution of partially active agents (eg, 3TC) difficult to calculate No added benefit from using 4 vs 3 fully active agents 1. Cooper DA, et al. N Engl J Med. 2008;359: Haubrich R, et al. CROI Abst Johnson M, et al. CROI Abst Gulick RM, et al. N Engl J Med. 2008;359:

14 Probability of death according to class-wide resistance (CWR) at GRT Cum Survival 1,0 0,9 0,8 0,7 1 CWR No CWR 2/3 CWR 2 CWR % Surviving at 72 Months: No CWR 87% 1 CWR 88% 2 CWR 79% 3 CWR 66% p ,6 3 CWR 0, Months Zaccarelli M 5th European Drug Resistance Workshop, March 2007

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16 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Come scegliere la terapia di salvataggio?

17 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Cambiare ad un regime di mantenimento Aggiungere anche un solo farmaco attivo Interrompere la terapia??

18 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Cambiare ad un regime di mantenimento Aggiungere anche un solo farmaco attivo Interrompere la terapia??

19 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Cambiare ad un regime di mantenimento Aggiungere anche un solo farmaco attivo Interrompere la terapia??

20 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Mantenere le mutazioni Ridotta fitness Ritardare la progressione Accumulare nuove mutazioni Sviluppare resistenza ai nuovi farmaci

21 CD4 slopes in patients with stable viral load on and off ART Mean CD4-slope (cells/μlyear) On ART Off ART < >4.5 HIV-RNA (log 10 copies/ml) Ledergerber B., Rio de Janeiro IAS 2005

22 CD4 slopes in patients with stable viral load on and off ART On ART Off ART Mean CD4-slope (cells/μlyear) < >4.5 HIV-RNA (log 10 copies/ml) Ledergerber B., Rio de Janeiro IAS 2005

23 Partial Treatment Interruptions (N= 63) (Change in Viral Load) 1.0 Change HIV RNA (log) NRTI Interruption (n=8) T20 Interruption (n=25) PI Interruption (n=20) NNRTI Interruption (n=10) Week of Interruption

24 Nozza S, et al. Glasgow Abstract P45.

25 JID 2010; 201(9):

26 2010:201 (1 May) 1305 Major resistance mutations were commonly detected in the subset of tests that were performed among patients with viral loads of <1000 copies/ml

27 Incidence of low-level viremia more frequent than high-level viremia HIV-1 RNA Level During Followup, % Study Cohort (N = 4447) Persistently < 50 copies/ml measurement > 50 copies/ml measurement > 1000 copies/ml 6.7 After initial virologic suppression with cart, 30% of patients experienced transient viremia 7% classified as high level ( > 1000 copies/ml) van Sighem A, et al. J Acquir Immune Defic Syndr. 2008;48:

28 Analysis of raltegravir resistance at week 24: 35/38 patients had resistance (PN005) N155H (n = 2) N155H pathway Total N = 14 Q148 pathway Total N = 20 Q148H, G140S (N=13) N155H, L74L/M (n = 1) Q148R (n = 1) N155H, E92Q (n = 1) Q148R, G140S (n = 2) N155H, T97A (n = 3) Q148K, E138K (n = 1) N155H, Y143H (n = 1) Q148R, E138E/K (n = 1) N155H, G163K (n = 1) Q148R, L74L/M, E138A (n = 1) N155H, E92Q, T97A (n = 1) Q148H/R, G140S (n = 1) N155H, V151I (n = 1) N155H, G163G/R (n = 2) N155H, D232N (n = 1) Y143R (n = 1) D. Hazuda 2008

29 Should patients failing raltegravir who have limited options for full suppression be maintained on this drug?

30 Certain mutations that are common during early failure (e.g., N155H) may preserve options, while the late emergence of the fully evolved Q148R/H complex may result in loss of options (Merck) Witmer et al; ICCAC 2008

31 SIV Macaque: integrase inhibitor selected for N155H; loss of this mutation after drug removal was gradual and associated with loss of virologic control Hazuda et al, Science 2004

32 SCOPE 3265: Increase in viremia seemed to be temporally associated with loss of 155H, suggesting a role of fitness Raltegravir (fold-change IC50) Month of Raltegravir Integrase Replicative Capacity (% of WT)

33

34 The reverse of mutations following RAL cessation suggests that a fitness deficit was conferred by these mutants. The virus in patient 12 (N155H, V151I) reverted to wild-type virus after 7 months compared with only 1 month in patient 8 (Q148R pathway).

35 The reverse of mutations following RAL cessation suggests that a fitness deficit was conferred by these mutants. When this wild-type sample was analysed, 17 of 17 clones were wild type at the Q148 location, but three of 17 clones contained mutations, one with T97A and Y143C, one with G140D (not G140A) and another with G163R mutation.

36 Subject 2: resistant mutants shift from N155H to Y143R (viral population) Fransen CROI 2009

37 Subject 2: resistant mutants shift from N155H to Y143R (susceptibility and viral capacity) Fransen CROI 2009

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39 Site Directed Dual Mutant Strains: Resistance to 572 and RAL Viruses Mean FC S/GSK Raltegravir L74M/N155H E92Q/N155H 2.5 >130 T97A/N155H Y143H/N155H Q148R/N155H 10 >140 N155H/G163K N155H/G163R N155H/D232N T66I/L74M T66I/E92Q T66K/L74M F121Y/T125K Seki et al, CROI 2010

40 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Cambiare ad un regime di mantenimento Aggiungere anche un solo farmaco attivo Interrompere la terapia??

41 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Cambiare ad un regime di mantenimento (3TC/FTC, monoclasse?) Mantenere mutazioni che abbassano la fitness Non usare un NNRTI (alta fitness, cross-resistenza ai nuovi farmaci) Utilizzare mutazioni tra loro competitive Utilizzare mutazioni che conferiscono ipersuscettibilità Evitare che nuove mutazioni riducano le opzioni future

42 Replication Capacity of HIV Median replication capacity (% of wild-type control) % 57% 56% * * 29% 80% 73% 82% 0 No TAMs M184V alone K65R alone K65R + M184V 1-2 TAMs 3-4 TAMs >4 TAMs *p<0.05 (vs no TAMs). Miller et al. 10th CROI; February 10-14, 2003; Boston. Abstract 616.

43 3TC monotherapy vs treatment interruption (TI) in patients with resistance Open-label study Patients on 3TC-based therapy with VL>1000, CD4 >500 M184V Randomized to 3TC or TI Immunological/clinical failure Castagna A, AIDS 2006 Mean change in CD4+ cells/mm 3 Mean change in HIV RNA log 10 c/ml CD TC (n=29) TI (n=29) p=ns Weeks 1.75 Viral load p= Weeks

44 Studies of ENF Resistance and Effects of Discontinuation ENF stopped in 22 pts with detectable viremia on ENF [1] Minimal viral rebound despite fitness, return of ENF susceptibility Patients continuing failing ENF regimen (n = 193) [2] and pts adding ENF to failing regimen (n = 54) [3] V38 mutations detected most frequently, 28% to 38% Associated with CD4+ count despite virologic failure Greater in CD4+ overall and 24 or 48 weeks after failure vs other mutations (+95 vs +49 cells/mm 3 with Q40 or N43 muts; P =.034) CD4+ Cell Count (cells/mm 3 ) [2] BL V38A, no Q40mt or N43mt (n = 58) Q40H, no V38mt (n = 8) N43D, no V38mt (n = 20) Other (n = 45) VF VF + 8 VF + 24 VF + 48 Adjusted for virologic response (and other factors) using analysis of covariance 1. Deeks S, et al. CROI Abstract Melby T, et al. IAC Abstract THPE Aquaro S, et al. CROI Abstract 596.

45 Opzioni per pazienti in fallimento con solo un farmaco attivo Continuare la stessa terapia non soppressiva Cambiare ad un regime di mantenimento Aggiungere anche un solo farmaco attivo Interrompere la terapia??

46 Continuare con farmaci solo parzialmente attivi? Aggiungere anche un solo farmaco attivo

47 DUET 1 and 2 : VL < 50 c/ml at Wk 24 by Number of Active Drugs in OBR HIV-1 RNA < 50 copies/ml at Week 24 (%) DUET-1 47 DUET-2 44 Etravirine + OBR Placebo + OBR 9 7 n = Number of Fully Active Agents in OBR (Assessed by PSS) Madruga JV, et al. Lancet. 2007;370: Lazzarin A, et al. Lancet. 2007;370: DUET-1 DUET-2 DUET DUET DUET DUET

48 BENCHMRK 1 & 2: HIV-1 RNA < 50 c/ml at Week 48, Overall and by GSS* *The genotypic sensitivity score is the total number of antiretroviral drugs used as part of the optimized background therapy to which a patient's HIV was fully susceptible, as determined with the use of genotypic resistance testing. Subgroup Total n Patients (%) Raltegravir Placebo GSS: David A. Cooper et al. N Engl J Med

49 MOTIVATE 1 and 2 : VL < 50 c/ml at Wk 24 by Number of Active Drugs in OBR 100 Placebo + OBR MVC QD + OBR MVC BID + OBR Combined Analysis: MOTIVATE 1 and 2 Patients (%) n = Number of Active Drugs in OBR Nelson M, et al. CROI Abstract 104aLB. Lalezari J, et al. CROI Abstract 104bLB.

50 Use of New Agents: Too Soon, Too Late, or Just Right? Too soon New drug used in combination with inactive or partially active drugs despite relatively preserved CD4+ cell count Too late New drug deferred until the patient s virus is resistant to all other available drugs Just right New drug combined with other active agents or use deferred until other new agents available

51 Aggiungere anche un solo farmaco attivo Gravità del quadro clinico Quando sarà disponibile un nuovo farmaco attivo sul virus resistente? Se il paziente è ad alto rischio di progressione può essere utile aggiungere anche un singolo farmaco attivo Numero CD4 e cinetica di caduta Viral load e cinetica di crescita Quadro clinico

52 Se si usa un solo farmaco attivo combinarlo a farmaci con attività residua e attività competitiva sulla resistenza

53 Distribution of X4 within Patients All samples had detectable levels of X4 HIV by deep sequencing, with 4% of patients having <1% inferred X4 by PSSM, 14% having 1-10% X4, 50% having 10-90% X4 and 31% of patients having more than 90% X4.

54 Quantification of HIV Tropism by "Deep" Sequencing Shows a Broad Distribution of Prevalence of X4 Variants in Clinical Samples Associated with Virological Outcome Mean Virological Response Stratified by Percent X4 for 300 MVC BID 0 Mean VL % X % X4 <10% X4 Viral load reductions in the BID maraviroc arm showed greater response for those with <10% X4 by deep sequencing/ PSSM (-1.8; -2.2; and -2.6 mean log changes at weeks 2, 4, and 8 respectively) compared to those with >10% X Time (weeks) N= 7-34 per timepoint 8 12

55 Possible Outcomes in Patients With D/M Viruses Treated With CCR5 Antagonist Hypothetical Virologic Responses to CCR5 Antagonist Initial Virus Pool R5/X4 CCR5 Antagonist Maraviroc + Drug A + Drug B Viral Load Viral Load Viral Load CCR5 Antagonist R5 X4 R5 X4 R5 X4

56 Drug development is slow and may eventually stop. What will things look like in 2015?

57 Paziente di sesso maschile di 35 anni Fattore di rischio: rapporti omosessuali non protetti Origine italiana

58 Giunge nel Pronto Soccorso del Policlinico Tor Vergata per febbre elevata, mucosite quadro di sindrome mononucleosica Esegue esami ematici comprendenti: Ab anti HIV: negativi HIV-RNA: cp/ml Infezione acuta da HIV

59 6 giorni dopo, 3 giugno 2009 Ripete esami ematici: Ab anti-hiv: positivi HIV-RNA: cp/ml Linfociti CD4+: 385 cell/mcl Test farmacoresistenza

60 In attesa del test di farmacoresistenza, intraprende HAART: FTC/TDF + LPV/r che il paziente sospende spontaneamente dopo circa 1 settimana Diminuzione della severità della sindrome acuta Preservazione dell immunità Ritardo del declino immunologico Migliorare il controllo virologico Tossicità Emersione di farmaco-resistenza Accettabilità del precoce trattamento

61 Hit early, hit hard Inibitori dell entrata? Inibitore dell integrasi? Una terapia intensiva di induzione con più classi di farmaci?

62 Protease Resistance mutations: L10I, V32I, K43T,M46L, L63P, A71V, V82A Other mutations: L19LIKQ, N37S, R41K, I64V Reverse Transcriptase Resistance mutations: M41L, L210W, T215E Other mutations: E28G, K49R, V60I, A98S, K122E,D123N, I135T, S162,C D177E, G196E, Q207R, A272P, K277R,E297K IntegraseResistance mutations: none Othermutations: S17N V31I I72V L101I K111N S119P T122I T206S T218I D256E GP120/V3 sequence: x4 N7Y R9G K10R S11R/S H13S Y21H/R T23del E25K/Q/R

63 PROTEASE ATV/r DRV/r FPV/r IDV/r LPV/r NFV SQV/r TPV/r V32I M46L V82A L10I K43T A71V Total: I L I H I H L L REVERSE TRANSCRIPTASE 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF DLV EFV ETR NVP M41L L210W T215E Total: S I I I I S I S S S S

64 Prevalence of HIV-DR to any drug showed a trend towards a decline over calendar years (p=0.058), after 2004; HIV-DR to NRTI (p=0.0019) and PI (p=0.0091) declined while NNRTI-DR prevalence remained stable (with a peak during ) 8% 7% 2%

65 Drug resistance-associated mutations (TDRM ) are significantly more frequent among persons with recent versus long-standing infections (p=0.015) Recent: 18.3% Long-standing: 13.8% Data were obtained from 1,626 newly diagnosed, drug-naïve persons from 2006 to June 2007 in 10 USA countries. 437 (26.9%) had recent infections and 1,189 (73.1%) had long-standing infections. Prejean J et al., 17th CROI 2010, abs 581

66 La sensibilità delle metodiche è limitata alle varianti presenti in proporzioni maggiori al 20 e 30% >20% Range di mutazioni rilevabili dal test genotipico Range di mutazioni a bassa frequenza <2% Polimorfismi naturali

67

68 Cumulative resistance Any drug 27.8% NRTI 7.9% NNRTI 6.6% PI 5.5% 3 drugs class 1.7%

69 Drug-resistance mutations can be archived very early in HIV primary infection Parisi SG, Mazzi R, Boldrin C, Dal Bello F, Franchin E, Andreoni M, Palù G 2006, 20: The infection was sustained by at least two different strains, a resistant and a wild-type virus, suggesting that a compartmentalization may occur very early as a result of the different fitness

70 Virus R5c Virus X4 nel 50% dei casi

71 AA V3 Sequence score pred PSSM G2P Score G2P pred geno Count Perc % CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,29 X4 0,2 X4 RK 6189,529 71,1 CTRPN-NNTRR--SINI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -9,48 R5 3,2 X4 SR 2172,932 25,0 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F-R-TG-KIIGDIRQAHC 0,29 X4 0,2 X4 RK 64, ,7 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGK---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -0,074 X4 0,2 X4 RK 31,0051 0,4 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -1,958 X4 0,2 X4 RR 27, ,3 CTRPN-NYTGG--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,244 X4 0,2 X4 RK 22 0,3 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGGIRQAHC 2,532 X4 0,2 X4 RK 19, ,2 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-L---RTGKIIGDIRQAHC 1,226 X4 0,5 X4 RK 18 0,2 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIGQAHC 1,655 X4 0,5 X4 RK 16, ,2 CTRPN-NYTGR--GISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -2,302 X4 1,8 X4 GK 15, ,2 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIVGDIRQAHC 1,908 X4 0,2 X4 RK 14, ,2 CTGPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 1,609 X4 0,2 X4 RK 14, ,2 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRRAHC 1,51 X4 0,1 X4 RK 13,0086 0,1 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDVRQAHC 0,95 X4 0,2 X4 RK 13, ,1 CTRPN-NNTRR--SINI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -7,235 R5 5,3 X4 SK 12 0,1 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIMGDIRQAHC 1,908 X4 0,2 X4 RK 11, ,1 CTRPN-NYTGR--RVSI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 1,089 X4 0,2 X4 RK 11 0,1 CTRPN-SYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,95 X4 0,2 X4 RK 10, ,1 CTRPN-NYTGR--RIGI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,509 X4 0,1 X4 RK 10, ,1 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDTRQAHC 0,95 X4 0,2 X4 RK 10, ,1 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQARC 1,728 X4 0,2 X4 RK 10 0,1 75% CXCR4 25% CCR5

72 3 giugno 2009 Studio del tropismo virale AA V3 Sequence score pred PSSM G2P Score G2P pred geno Count Perc % CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,286 X4 0,2 X4 RK 5455,728 75,7 CTRPN-NNTRR--SINI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -9,479 R5 3,2 X4 SR 1508,976 20,9 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F-R-TG-KIIGDIRQAHC 0,286 X4 0,2 X4 RK 64, ,9 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -1,958 X4 0,2 X4 RR 35, ,5 CTRPN-NYTGR--SINI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -6,251 X4 2,5 X4 SR 24 0,3 CTRPN-NNTRR--SINI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -7,235 R5 5,3 X4 SK 24 0,3 CTRPN-NYTGR--GISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -2,302 X4 1,8 X4 GK 17, ,2 CTRPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGRIIGDIRQAHC -2,805 X4 0,2 X4 RR 15 0,2 CTGPN-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 1,609 X4 0,2 X4 RK 12, ,2 CTRPS-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -0,222 X4 0,2 X4 RK 11 0,2 CTRPN-NYTGR--RINI---G-PGR---A-F-H-TG-RIIGDIRQAHC -3,484 X4 0,2 X4 RR 11 0,2 CTRPN-NYTGR--RIGI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,509 X4 0,1 X4 RK 10 0,1 CTRPD-NYTGR--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC 0,759 X4 0,2 X4 RK 10 0,1 CTRPN-NYTGK--RISI---G-PGR---A-F---RTGKIIGDIRQAHC -0,478 X4 0,2 X4 RK 10 0,1 80% CXCR4 20% CCR5

73 Determinazione del tropismo virale nei prelievi successivi con Geno2pheno Luglio 2009 Settembre 2009 Maggio 2010 Virus che prevalentemente utilizza il CXCR4 : 100%

74 Virus X4 Virus R cp/ml 385 Virus X4 Virus R5 HAART 6-13 giugno 834 CD cp/ml 300 Virus X4 HIV-RNA cp/ml

75 L infezione con virus X4 o R5/X4 non è rara nell infezione acuta: 3-17% nei diversi studi Il virus può andare incontro ad uno switch ( sia R5 X4 sia X4 R5) del tropismo virale nel corso dell infezione Il virus tropismo X4 può esser presente a livelli non rilevabili dai test del tropismo.

76 Similmente a quanto osservato negli stadi più avanzati dell infezione, in assenza di trattamento, la presenza di virus X4 o X4/R5 è associata, ad un aumentato rischio di progressione di malattia. Non sembra, invece, influenzare la risposta alla HAART. Lo studio del tropismo rappresenta, così come quello della resistenza, un elemento fondamentale nella valutazione clinica iniziale del paziente Waters,2009

77 Compartimentalized CNS viral evolution and discordant resistance in HIV advanced patients Elevated (50%) rate of discordant resistance between plasma and CSF In 8 of 9 subjects with discordant resistance, mutations were noted in plasma but not in CSF (less selective drug pressure) In 17 of 18 subjects, sequences from CSF and plasma from the same subject clustered more closely to one another than did either CSF-CSF or plasma-plasma sequences. Strain, J Virol, 2005

78 JID 2005:191 In the 2 compartiments discordance in both directions: in 2 subjects R5 strain in plasma and R5+X4 in CSF. This latter finding is striking given the overall frequency of the R5 phenotype in CSF and the concept that autonomous infection in the CSF is more likely sustained in macrophages rather than lymphocytes.

79 JID 2005:191

80 The Journal of Infectious Diseases 2010; 202(12):

81 Seven (10%) of the 69 subjects had detectable CSF HIV-1 RNA, in median 121 copies/ml (interquartile range, copies/ml). CPE, CNS penetration effectiveness of drugs The Journal of Infectious Diseases 2010; 202(12):

82 Clinical Infectious Diseases 2010; 50:

83 Canestri A. 2010; 50:

84 Schnell et al. 2009

85 To assess HIV-1 genetic compartmentalization early during infection, we compared HIV-1 populations in the peripheral blood and CSF in 11 primary infection subjects, with analysis of longitudinal samples over the first 18 months for a subset of subjects.

86 Longitudinal V1/V2 or V4/V5 HTA analysis of HIV-1 using paired blood plasma and CSF samples from (A) 5 subjects without compartmentalized CSF variants, (B) 2 subjects with compartmentalized CSF variants. Schnell J Virol 2010

87 Phylogenetic analysis of plasma and CSF HIV-1 populations. (A) for 4 subjects with equilibration between blood plasma and CSF HIV-1 populations. (B) for subject 9007 at 149 days p.i. (dpi) and 406 days p.i. HIV-1 populations were equilibrated at 149 days p.i. but became slightly discordant at 406 days p.i. (C) for subject 9040, which displays significant compartmentalization in the CSF. Sequences obtained from the CSF are labeled with solid blue circles, and plasma sequences are labeled with solid red rectangles on the tree. Schnell J Virol 2010

88 Letendre et al, 17 CROI 2010

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