1. TITOLO DELLA INFRASTRUTTURA DI RICERCA (titolo esteso e acronimo)

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1 Page 1 of 9 Scheda per la segnalazione di Infrastrutture di Ricerca (IR) per la Roadmap Italiana 1. TITOLO DELLA INFRASTRUTTURA DI RICERCA (titolo esteso e acronimo) TITOLO ESTESO ACRONIMO INFRASTRUTTURA PER LO STUDIO DELLA PROTEOMICA E GEMICA APPLICATA ALLA RICERCA BIOMEDICA PROGEN 1.1 PROPONENTE (Ente di Ricerca, Consorzio Universitario, Associazione di scopo pubblico/privato) Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri 1.2 IDENTIFICAZIONE DEL BACI DI UTENZA (Campo di attivita, dimensione e carattere dell utenza prevalente nazionale/internazionale)la proteomica e la genomica differenziale sono due strategie di studio che permettono l analisi quantitativa dei livelli di espressione di un numero elevato di geni e dei corrispondenti prodotti proteici codificati, in maniera contemporanea. L analisi dei cosiddetti whole genome microarrays permette di ottenere il profilo di tutti i geni che vengono espressi in un determinato momento e all interno di una singola popolazione cellulare o singolo tessuto. La metodica è utilizzata per numerosissimi problemi biologici ed ha applicazioni di carattere diverso sia in ambito di studi di base che di studi applicati alla clinica. Lo stesso discorso vale per la proteomica differenziale che attualmente richiede l utilizzo di sofisticate tecniche di separazione elettroforetica associate all analisi in spettrometria di massa delle singole proteine separate. Entrambe le tecnologie si collocano al interno di diverse aree di ricerca, sia dal punto di vista delle tecniche analitiche che dell analisi computerizzata dei risultati ottenuti, che é generalmente conosciuta come biologia dei sistemi (systems biology). L'istituto ha realizzato all'interno della nuova sede una IR per utilizzo di proteomica e genomica che, visto il coivolgimento in progetti nazionali e internazionali, è di dimensioni inadeguate. Ci si propone di ampliare quindi la strumentazione per poter far fronte alle domande attuali e futuri sviluppi. 2. DESCRIZIONE GENERALE (barrare la casella che interessa) Partecipazione a cluster pan-europeo in Preparatory Phase o in Design Study FP7, con nodo infrastrutturale in Italia 3. PROFILO SCIENTIFICO-STRATEGICO

2 Page 2 of L IR risponde ad una domanda qualitativamente o quantitativamente nuova di utenza da parte della comunità scientifica/tecnologica/di servizio all industria/di servizio civile? La proteomica e la genomica differenziale sono due tecnologie innovative che si collocano all'interno di qell'area di ricerca in grande sviluppo, sia dal punto di vista delle tecniche analitiche che dell'analisi computerizzata dei risultati ottenuti, che è generalmente conosciuta come biologia dei sistemi. Questo tipo di approccio è gia esistente in istituto. Gli strumenti disponibili nella nuova sede sono stati selezionati nell intento di rafforzare l attività di ricerca in ambiti tradizionalmente rappresentati all interno dell Istituto, ma anche nell ottica di permettere collaborazioni con enti di ricerca italiani ed esteri che non abbiano al loro interno la possibilità di accedere a queste sofisticate e innovative strumentazioni. 3.2 L IR offre reali prospettive di avanzamento nello sviluppo di nuove metodiche per la produzione di scienza di frontiera di alta qualità? Gli strumenti disponibili nella nuova sede e di cui si vuole ampliare la disponibilità sono stati selezionati nell intento di rafforzare l attività di ricerca in ambiti tradizionalmente rappresentati all interno dell Istituto, ma anche nell ottica di sviluppare nuovi progetti e nuove idee. 3.3 Qual è il grado di rilevanza della proposta scientifica (Nazionale, Europeo, Globale) Collaborazioni scientifiche nazionali e a livello europeo. 4. OPPORTUNITÀ NEL PARAMA SCIENTIFICO-STRATEGICO 4.1 L IR risponde a reali specifiche necessità nel settore e su quale scala di sviluppo temporale? L'ampliamento della strumentazione per la proteomica e la genomica è fondamentale nell'ambito dello sviluppo di progetti applicati alla clinica quali l'analisi del profilo genomico d'espressione nell'ambito del carcinoma ovarico e della leucemia acuta mieloide. 4.2 L IR permetterà un significativo progresso scientifico in confronto ad altre esistenti infrastrutture dello stesso tipo e quale grado di unicità avrà a livello Nazionale/Europeo/Globale? I progetti di ricerca menzionati sopra che si avvalgono della strumentazione attualmente presente in istituto sono gia avviati e faranno parte di collaborazioni nell'ambito dei prossimi call del 7FP, quindi l'ampliamento della piattaforma tecnologica relativa permetterà il potenziamento e l'accelerazione degli stessi. 4.3 Lo sviluppo dell IR avrà impatto e importanza per stimolare altre esistenti o future installazioni? Gli studi di genomica e proteomica sono in grande espansione/evoluzione, e gli strumenti che già fanno parte della nostra infrastruttura devono essere adeguati con dei nuovi modelli che permettono prestazioni piu sensibili ed efficienti. La proposta di

3 Page 3 of 9 sviluppo della nostra attuale piattaforma ha come obbiettivo di mantenere efficiente ed aggiornata la strumentazione esistente. 4.4 Qual è il livello di collaborazione che ha portato alla formulazione della proposta (nazionale, europeo, globale)? Collaborazioni nazionali ed europee. 5. PROSPETTIVE DI SVILUPPO TECNICO E TECLOGICO 5.1 Grado di maturità della proposta (barrare la casella che interessa) Fase D: pronto per costruzione e/o utilizzazione. 5.2 La scala temporale per le fasi di progettazione, costruzione e funzionamento è definita? 5.3 L analisi dei rischi e dei vantaggi è sviluppata? 5.4 Il progetto della IR è basato su contenuti fortemente innovativi sul piano strumentale o metodologico? 5.5 E già disponibile personale addestrato per le fasi di sviluppo e funzionamento della IR? 5.6 In caso di IR localizzata all estero e possibile prevedere un forte contributo in-kind ad alto contenuto scientifico/tecnico e industriale (parti della infrastruttura principale)? (annulla) 5.7 La IR si interfaccerà/integrerà con e-infrastructures internazionali? (ad. es. Geant, grid, banche dati ). 6.VALUTAZIONE DELL UTENZA 6.1 Quale sarà il bacino di utenza della IR a livello nazionale/europeo/globale?

4 Page 4 of 9 europeo 6.2 Quantificare l utenza potenziale L'utenza potenziale è molto vasta perchè comprende gli Istituti Accademici che operano in campo Biomedico, così come le industrie farmaceutiche. 6.3 Qual è il grado di coinvolgimento e di internazionalità dell utenza nell elaborazione del progetto (caso scientifico, proposta, caso tecnico)? proposta Spiegazioni/chiarimenti: In questa fase l'istituto Mario Negri presenta la proposta in modo autonomo, e accetterà di collaborare su progetti che siano scientificamente rilevanti. 6.4 L impiego e l impatto della IR hanno natura multidisciplinare o specifica? multidisciplinare Spiegazioni/chiarimenti: La IR ha natura multidisciplinare in quanto puo essere utilizzata in diversi applicazioni della ricerca biomedica, che vanno dall'oncologia al sistema nervoso centrale, al sistema cardiovascolare, all'immunologia. 6.5 Ci si attende un utenza più ampia rispetto a quella di riferimento? Spiegazioni/chiarimenti: La divulagazione dei risultati con pubblicazioni e comunicazioni a congressi permetteranno la conoscenza del possibile utilizzo della IR proteomica-genomica anche per applicazioni diverse da quelle inizialmente provate, aprendo nuove collaborazioni nazionali e internazionali. 6.6 Come sono trattati gli aspetti della formazione di nuovi e giovani utenti? L Istituto ha maturato un esperienza di attività formativa nel campo delle scienze biomediche,avanzata da oltre 40 anni. L attività didattica dell Istituto è inserita nell ambito dei programmi di formazione professionale della Regione Lombardia ed è costituita da un percorso formativo per la specializzazione post-dottorale di laureati che intendono dedicarsi alla ricerca. La caratteristica metodologica essenziale dei corsi consiste nel fatto che tecnici e ricercatori si formano sul campo. Essi partecipano infatti, a tempo pieno, a programmi di ricerca di alto valore scientifico, impiegando strumenti e tecnologie avanzati e collaborando con ricercatori di vari paesi: praticano cioè una ricerca altamente formativa anche a livello di rapporti personali. 6.7 La proposta prevede le modalità di open access a tutti i potenziali utenti internazionali sulla sola base della qualità scientifica dei progetti sottomessi? 6.8 Come si valuta (previsione) l impatto che l IR avrà sulla qualità e quantità di progetti nazionali e sulla loro competitività internazionale? Come gia specificato al punto 4. i progetti di ricerca che si avvalgono della

5 Page 5 of 9 strumentazione attualmente presente in istituto sono gia avviati e faranno parte di collaborazioni nell'ambito dei prossimi call del 7FP. L'ampliamento della piattaforma tecnologica relativa permetterà il potenziamento e l'accelerazione degli stessi progetti e renderà lìistituto competitivo con le grandi strutture europee operanti in settori complementari. 6.9 In caso di IR localizzata all estero e previsto un contributo in kind rivolto all utenza scientifica? (strumentazione, stazioni sperimentali, outstations italiane) (annulla) TE: 7. ASPETTI SOCIO-ECOMICI 7.1 La proposta di IR prevede opportunità di addestramento e trasferimento tecnologico verso il territorio? Spiegazioni/commenti: L Istituto ha maturato un esperienza di attività formativa nel campo delle scienze biomediche avanzata da oltre 40 anni. I giovani laureati che intendono dedicarsi alla ricerca partecipano a tempo pieno, a programmi di ricerca di alto valore scientifico, impiegando strumenti e tecnologie avanzati e collaborando con ricercatori di italiani ed esteri. Oltre all impegno diretto nei settori della formazione e della ricerca, l Istituto contribuisce alla promozione ed alla diffusione della cultura scientifica e tecnologica in senso più ampio, sia a livello di opinione pubblica che di altri enti e istituti operanti nel settore bio-medico. 7.2 La proposta prevede partenariati nazionali/internazionali per le diverse fasi di realizzazione e conduzione della IR? Spiegazioni/commenti: no 7.3 Sono previsti meccanismi di associazione di altri potenziali partner in una fase successiva? Spiegazioni/commenti: Formazione di consorzi con centri italiani ed europei anche per la partecipazione al 7FP. 7.4 La IR individua ulteriori obiettivi di tipo socio-economico?

6 Page 6 of 9 Spiegazioni/commenti: TE: 8. ASPETTI FINANZIARI E TERRITORIALI 8.1 Indicare la valutazione dei costi della IR inclusivi di costruzione, funzionamento e decommissioning. L'istituto Mario Negri ha già costruito, nella nuova sede della Bovisa operativa da luglio 2007, una infrastruttura per gli studi di genomica e proteomica, dotata della seguente strumentazione: Real Time PCR 7900 con upgrading, Robot Liquid Handling e Upgrading Stazione Liquid Handling, Real Time PCR, Gene Spring Rosetta, PCR da banco con termociclatore, DHPLC per analisi frammenti DNA, Sistema di Elettroforesi Bioanalyser System,DigestPRO MS,HPLC-MS ion trap, HPLC triplo quadrupolo, MALDI TOF TOF, HPLC-MS QTOF, per un costo complessivo di circa Euro. I costi di funzionamento (comprendenti anche l'addestramento di tecnici specializzati e il personale) sono valutati pari a Euro. Si propone di raddioppiare la struttura, prevedendo un costo complessivo di Euro. 8.2 I costi dichiarati della IR riguardano la configurazione massima oppure un suo sotto-insieme iniziale da incrementare successivamente? (investimento iniziale e successivi costi di sviluppo e completamento) L'investimento iniziale è gia stato sostenuto dall'istituto Mario Negri per la costruzione della IR e l'acquisto apparecchaiture di base. La proposta riguarda costi di sviluppo e ampliamento della struttura gia esistente. 8.3 La proposta contiene un piano finanziario con copertura realistica delle spese? C è già un piano di supporto finanziario espresso a livello istituzionale? L'istituto ha già sostenuto le spese per la costruzione e l'acquisizione della strumentazione della struttura esistente. La presente proposta riguarda l'ampliamento della strumentazione. 8.4 Quali fasi del progetto sono eventualmente già finanziate e con quale schema di contribuzione in presenza di più partners? L'Istituto fino ad ora si è autofinanziato.i nuovi fondi potranno espandere le capacità già disponibili di effettuare analisi di proteomica e genomica differenziale. 8.5 La valorizzazione del sito (per es. IR preesistenti) è rilevante ai fini della realizzazione della nuova IR? 8.6 La dimensione dei costi del progetto merita o necessita di supporto finanziario a livello EU? Se sì, è necessario un approccio Pan-Europeo?

7 Page 7 of 9 Spiegazioni: L'impegno per ampliare la struttura esistente è molto elevato e certamente puo richiedere un supporto finanziario da parte della EU. 8.7 Esiste la possibilità di un recupero finanziario se la IR va a sostituirne o a migliorarne una già esistente, della stessa tipologia? Spiegazioni: La IR è completamente nuova. 8.8 È stata esplorata la possibilità di utilizzare Fondi Strutturali? 8.9 È stata valutata la possibilità di proporre la nuova IR per la roadmap ESFRI (impatto pan-europeo)? 8.10 La IR è già prevista nella strategia di un Ente o Consorzio o ATI italiani o internazionali? Se Sì, indicare l'ente o il Consorzio o l'ati: non pertinente 8.11 È stata esplorata la possibilità di concorso finanziario regionale? 8.12 Valutazione del ritorno socio/economico territoriale della IR Essendo una struttura unica nel suo genere dedicata alla ricerca farmacologica, si ritiene che il ritorno socio/economico per il territorio sarà assai rilevante Valutazione del ritorno industriale della IR Si ritiene che la possibilità di effettuare dei ripetuti monitoraggi in vivo sarà di grande ausilio per ottenere delle risposte rapide sia per la ricerca di base che per quella applicata Valutazione dell impatto formativo di ricercatori/tecnici/ingegneri/gestionali della IR Come gia specificato al punto 7, l'istituto ha maturato un esperienza di attività formativa nel campo delle scienze biomediche avanzata da oltre 40 anni. I ricercatori che intendono dedicarsi alla ricerca partecipano a tempo pieno, a programmi di ricerca di alto valore scientifico, impiegando strumenti e tecnologie avanzati e collaborando con ricercatori di italiani ed esteri. Oltre all impegno diretto nei settori della formazione e della ricerca, l Istituto contribuisce alla promozione ed alla diffusione della cultura scientifica e tecnologica in senso più ampio, sia a livello di opinione pubblica che di altri enti e istituti operanti nel settore bio-medico. 815L t d l t i i IRl li t ll t? S t ti

8 Page 8 of 9 valutati i possibili contributi in-kind, il ritorno industriale, scientifico e formativo? Tabella Costi Costi Strategia di finanziamento Costo Fase Preparatoria Costo Fase di Costruzione Costo Operatività Annua (incluso supporto utenti) Costo Chiusura e Smantellamento 0,00 Frazione già spesa o impegnata: 0,00 0,00 La IR è gia stata realizzata nella nuova sede dell'istituto Mario Negri ed è operativa dal luglio ,00 Costi per l'acquisto di: Real Time PCR 7900 con upgrading, Robot Liquid Handling e Upgrading Stazione Liquid Handling, Real Time PCR, Gene Spring Rosetta, PCR da banco con termociclatore, DHPLC per analisi frammenti DNA, Sistema di Elettroforesi Bioanalyser System,DigestPRO MS,HPLC-MS ion trap, HPLC triplo quadrupolo, MALDI TOF TOF, HPLC-MS QTOF e costi di funzionamento (comprendenti anche l'addestramento di tecnici specializzati e il personale) 0,00 non pertinente 9. Scala temporale prevista per la progettazione e la costruzione, inizio attività con utenti, periodo di operatività e chiusura/smantellamento Fase Preparatorio La nuova sede dell'istituto Mario Negri e la creazione della IR è' stata pianificata nel Fase di Costruzione Periodo di Attività dal luglio 2007 Smantellamento non pertinente TE: 10. Indicare la persona di riferimento del progetto e sue coordinate Cognome SALMONA

9 Page 9 of 9 Nome MARIO Ente di appartenenza Mario Negri salmona@marionegri.it Telefono