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1 Supplementary appendix This appendix formed part of the original submission and has been peer reviewed. We post it as supplied by the authors. Supplement to: Rambaldi A, Grassi A, Masciulli A, et al. Busulfan plus cyclophosphamide versus busulfan plus fludarabine as a preparative regimen for allogeneic haemopoietic stem-cell transplantation in patients with acute myeloid leukaemia: an open-label, multicentre, randomised, phase 3 trial. Lancet Oncol 2015; published online Sept 29.

2 Appendix 1 Investigators and study administration Centers ITALY, Bergamo (BG) - Azienda Ospedaliera Papa Giovanni XXIII Hematology and Bone Marrow Transplant Unit, Piazza OMS, ITALY, Torino (TO) - A.O.U Città della Salute e della Scienza, University of Torino - Bone Marrow Transplantation Unit C. so Bramante, ITALY, Bolzano (BZ) - Ospedale Centrale di Bolzano - Hematology and Bone Marrow Transplant Unit - Via Lorenz Bohler, 5, ITALY, Pescara (PE) - Ospedale Spirito Santo BMT Center Via Fonte Romana, ITALY, Vicenza (VI) - Ospedale San Bortolo Hematology and Bone Marrow Transplant Unit Via Rodolfi, ITALY, Ancona (AN) Azienda Ospedali Riuniti di Ancona Hematology - Via Conca 71, Torrette ITALY, Catania (CT) - Azienda Policlinico-Vittorio Emanuele, Hematology and Bone Marrow Transplant Unit - Via S. Citelli, ITALY, Roma - Policlinico Universitario Agostino Gemelli, Unit of Hematology L. go Gemelli, ITALY, Bari (BA) - Azienda Ospedaliera-Universitaria Ospedale Consorziale, University of Bari Department of Emergency and Organ Transplantation, Section of Hematology with Transplantation, Medical School Piazza G. Cesare, ITALY, Firenze (FI) - University of Firenze Department of Hematology, BMT Unit - Viale Morgagni 85, ITALY, Udine (UD) Azienda Ospedaliero Universitaria Ospedale Santa Maria della Misericordia di Udine Hematology and Bone Marrow Transplant Unit - Piazzale Santa Maria della Misericordia, Investigators: Name -Surname (Principal Investigator, PI) Alessandro Rambaldi (PI) Anna Grassi Caterina Micò Alessandra Algarotti Benedetto Bruno (PI) Franco Locatelli Alessandro Busca Stefano D'Ardia Sara Manetta Michele Falda Irene Maria Cavattoni (PI) Marco Casini Sergio Cortelazzo Paolo Di Bartolomeo (PI) Stella Santarone Erminia Di Bartolomeo Roberto Raimondi (PI) Carlo Borghero Francesca Elice Mauro Montanari (PI) Debora Capelli Anna Rita Scortechini Giorgia Mancini Giuseppe Milone (PI) Salvatore Leotta Massimo Poidomani Simona Sica (PI) Patrizia Chiusolo Federica Sorà Giorgina Specchia (PI) Domenico Pastore Francesco Gaudio Paola Carluccio Alberto Bosi (PI) Stefano Guidi Chiara Nozzoli Antonella Gozzini Irene Donnini Francesca Patriarca (PI) Massimo Dozzo Marta Lisa Battista Number of Patients Recruited Centers role in the study 35 Coordinating Center 20 Participant Center 16 Participant Center 16 Participant Center 14 Participant Center 12 Participant Center 12 Participant Center 12 Participant Center 11 Participant Center 11 Participant Center 10 Participant Center

3 ITALY, Genova (GE) - IRCCS AOU San Martino - IST, Hematology and Oncology Department, L. go R. Benzi, Alessandra Sperotto Marta Medeot Andrea Bacigalupo (PI) Maria Teresa Vanlint Stefania Bregante Marina Daneri Agnese Camboni 9 Participant Center ITALY, Napoli (NA) - AOU Federico II - Hematology Via S. Pansini, ITALY, Milano (MI) - Fondazione IRCCS Ca Granda, Ospedale Maggiore Policlinico, University of Milan Hematology - BMT Unit - Via Francesco Sforza, ITALY, Alessandria (AL) -Azienda Ospedaliera SS Antonio e Biagio e C. Arrigo Hematology - Via Venezia, ITALY, Monza (MB) - Azienda ospedaliera San Gerardo, Hematology and BMT Unit, Via Cadore ITALY, Roma - Policlinico Tor Vergata Hematology Division - Stem Cell Transplant Unit Viale Oxford, 81, ITALY, Siena (SI) Azienda Ospedaliera Universitaria Senese Department of Oncology - UOSA Transplant and Cellular therapy center Viale Bracci, ITALY, San Giovanni Rotondo (FG) IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza, San Giovanni Rotondo Hematology and Bone Marrow Transplant Unit - Viale Cappuccini 1, ISRAEL, Tel Hashomer - Chaim Sheba Medical Center- Division of Hematology BMT & CBB - Tel Hashomer ITALY, Brescia (BS) - University of Brescia, Spedali Civili of Brescia - Unit of Blood Diseases and Stem Cell Transplantation, DPT of Clinical and Experimental Sciences - Scala 5 - Piano 4 - P.le Ospedali Civili, ITALY, Milano (MI) - Istituto Nazionale dei Tumori Hematology and Bone Marrow Transplant Unit Via Venezian, Antonio Maria Risitano (PI) Gennaro De Rosa Francesco Onida (PI) Claudio Annaloro Elena Tagliaferri Giorgia Saporiti Giorgio Lambertenghi Massimo Pini (PI) Daniela Pietrasanta Flavia Salvi Stefania Tamiazzo Enrico Maria Pogliani (PI) Elisabetta Terruzzi Matteo Parma Pietro Pioltelli William Arcese (PI) Raffaella Cerretti Laura Cudillo Alessandra Picardi Gottardo De Angelis Giuseppe Marotta (PI) Alessandro Bucalossi Mariachiara Lenoci Monica Tozzi Nicola Cascavilla (PI) Angelo Michele Carella Marzia Tricarico 9 Participant Center 8 Participant Center 7 Participant Center 7 Participant Center 6 Participant Center 6 Participant Center 5 Participant Center Arnon Nagler (PI) 5 Participant Center Domenico Russo (PI) Valeria Cancelli Cesare Bergonzi Michele Malagola Rossella Ribolla Simona Zedda Paolo Corradini (PI) Raffaella Milani Deborah Degl Innocenti Liana Bevilacqua 4 Participant Center 4 Participant Center

4 ITALY, Pavia (PV) - IRCCS Policlinico S. Matteo di Pavia Department of Hematology Oncology- Piazzale Golgi 2, ITALY, Roma Sapienza University Department of Cellular Biotechnologies and Hematology Via Benevento, ITALY, Palermo (PA) AOR Villa Sofia-Cervello - Bone Marrow Transplant Unit Via Trabucco, ITALY, Cuneo (CN) - Azienda Ospedaliera S. Croce e Carle di Cuneo - Hematology - Via M. Coppolino, 26, Emilio Paolo Alessandrino (PI) Francesco Ripamonti Anna Amelia Colombo Paolo Bernasconi Daniela Caldera Marianna Rossi Benedetta Landini Roberto Foà (PI) Giovanni Fernando Torelli Anna Paola Iori Fiammetta Natalino Veronica Valle Rosanna Scimè (PI) Stefania Tringali Alessandro Indovina Annamaria Cavallaro Nicola Mordini (PI) Daniele Mattei Andrea Gallamini 4 Participant Center 4 Participant Center 3 Participant Center 2 Participant Center Steering Committee Chairman and Co-Chairman Member Name-Surname Role Affiliation Alessandro Rambaldi Chairman Azienda Ospedaliera Papa Giovanni XXIII Hematology and Bone Marrow Transplant Unit, Piazza OMS, Bergamo (BG) Alessandra Carobbio Co - Chairman Azienda Ospedaliera Papa Giovanni XXIII Hematology and Bone Marrow Transplant Unit, Piazza OMS, 1, Bergamo (BG) Renato Fanin Co - Chairman Azienda Ospedaliero Universitaria Ospedale Santa Maria della Misericordia di Udine Hematology and Bone Marrow Transplant Unit, P.le S. Maria della Misericordia, Udine (UD) Andrea Bacigalupo Co - Chairman IRCCS AOU San Martino - IST, Hematology and Oncology Department, L.go R. Benzi, Genova (GE) Alberto Bosi Co - Chairman AOU Careggi, University of Firenze Department of Hematology, BMT Unit ì, Viale Morgagni 85, Firenze (FI) Data Safety Monitoring Board Member Name-Surname Affiliation Tiziano Barbui Azienda Ospedaliera Papa Giovanni XXIII - Fondazione di Ricerca Ospedale Maggiore (FROM) Piazza OMS, Bergamo (BG) Giovanni Tognoni Fondazione Mario Negri Sud - Via Nazionale, 8/A - S. Maria Imbaro Chieti (CH)

5 Trial Management and Secretariat Member Name-Surname Arianna Masciulli (Coordinator), Rosa Maria Marfisi, Sara Sisti, Alessandra Di Lelio, Carla Pera, Andrea D Amico, Lorenzo Marfisi, Barbara Ferri. Sponsor Sponsoring Institution GITMO, Gruppo Italiano per il Trapianto di Midollo Osseo, L.go R. Benzi, Genova (GE) Institution Fondazione Mario Negri Sud - Via Nazionale 8/A, S.Maria Imbaro Chieti (CH) Sponsor s Project number code GITMO-AML.R2 Funding Source Funding Institution Research Program Funding s Project number code AIFA (Agenzia Italiana del Farmaco), Via del Tritone, 181, Bandi AIFA per la ricerca indipendente sui farmaci del 2006 Project FARM6223SS 00187, Roma (RM)

6 Appendix 2 Definitions of main endpoints Endpoint Definition and Assessment Time Non Relapse Mortality, NRM Time to deaths without relapse/recurrence. Deaths from any cause without prior progression are events. Events related to the disease such as relapse, progression are competing events, loss to follow-up are censored Cumulative incidence of NRM was planned at 1 year (primary endpoint) and 2 years (secondary endpoint) after transplantation Relapse Incidence Time to relapse. Deaths without relapse are competing events. Relapse incidence applies to patients previously in disease remission. Definition of relapse was stated by the protocol: hematologic relapse was defined according to cytological evaluation of the bone marrow. Assessment of cumulative incidence of relapse was planned at 1 and 2 after transplantation. Chimerism Chimerism studies by bone marrow and blood samples were planned at day day + 30, +60, +100, +180, 1 year and 2 years, after transplant. Definitions: Mixed chimerism: >5% and <95% donor cells. Full donor chimerism: >95% donor cells. Graft rejection Absence of donor cells detection in the bone marrow at day +60 from transplant, after an initial hematopoietic chimerism (evaluated at day +30 from transplant) higher or equal 50% (as referred to the percentage of donor cells). Graft-failure Absence of donor cells detection in the bone marrow at day +30 Hematopoietic and immunologic recovery after transplantation Time to reach neutrophil engraftment is defined as the number of days after HSCT (Day 0) to reach an absolute neutrophil count > /L defined as the first of 3 consecutive days with an absolute neutrophil count > 0.5 x10 9 /L Time to reach platelet engraftment is defined as the number of days after HSCT (Day 0) to maintain an untransfused platelet count of > 20.0 x 10 9 /L. Overall Survival (OS) Leukemia Free Survival (LFS) Time to death, irrespective of the cause. Time to relapse or death from any cause, whichever comes first. Since in this study the patients are transplanted in complete remission from leukemia, all patients were evaluable for LFS

7 Supplementary figure 1 89% 180 Cumulative incidence curve for incremental probability of neutrophil engraftment >0 5x10 9 /L (A) and platelets engraftment >50x10 9 /L (B) for all patients undergoing transplant (per-protocol population).

8 Supplementary figure 2 P=NS 1 year BuFlu BuCy BuFlu BuCy BuFlu BuCy Incidence of full donor chimerism of bone marrow (BM) cells (A), peripheral blood (PB) cells (B) and T-Lymphocytes cells (C) at scheduled time points 30, 60, 100, 180 and 1 year, for all patients undergoing transplant (per-protocol population) with available data.

9 Supplementary figure 3 Cumulative Incidence (%) Cumulative Incidence (%) Number at risk BuFlu BuCy Number at risk BuFlu BuCy Cumulative incidence of acute graft-versus-host disease (agvhd) of grade II-IV (A) and grade III-IV (B) events.

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