Potenzialità applicative dei dati genetici

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1 Progetto RISGENSAR: Conservazione delle risorse genetiche animali Incontro con gli allevatori Potenzialità applicative dei dati genetici Dott.sa Giuliana Mulas

2 RISGENSAR: Obiettivi Costituzione Banche del DNA per la conservazione e caratterizzazione della biodiversità animale Caratterizzazione genetica attraverso loci marcatori ( microsatelliti, SNP)

3 Campioni prelevati 346 SM 118; SB 130; S sangue 84 tamponi

4 Conservazione dei campioni Campioni di sangue intero Conservazione in freezer a -20 C Estrazione DNA Campioni di muco Conservazione a T ambiente ~ 20 C Estrazione DNA

5 Estrazione del DNA da sangue intero Estrazione del DNA genomico da sangue intero con metodica salting out, Analisi qualitativa e quantitativa del DNA NanoDrop ND 2000/-200C UV- Vis Spectrophotometer ed elettroforesi su gel di agarosio allo 0,8% Banca DNA SNP array, BeadChip (ILLUMINA)

6 Estrazione del DNA da cellule Estrazione del DNA genomico da cellule epiteliali mediante l uso del kit nexttec DNA Isolation from Tissue &Cells Analisi qualitativa e quantitativa del DNA mediante elletroforesi su gel di agarosio allo 0,8% Banca DNA SNP array, BeadChip (ILLUMINA)

7 Banche del DNA numero identificativo di laboratorio Conservazione in ultrafreezer

8 Analisi Molecolari Caratterizzazione Genetica Misurare la variabilità e le distanze genetiche nelle popolazioni Miglioramento genetico: identificazione geni utili e selezione per gli alleli favorevoli Monitorare la perdita di variabilità genetica nelle popolazioni sottoposte a processi selettivi o a rischio estinzione

9 Marcatori Molecolari Un polimorfismo a singolo nucleotide o SNP (Single Nucleotide Polymorphism), è una variazione, del materiale genico a carico di un unico nucleotide, tale per cui l'allele polimorfico risulta presente nella popolazione in una proporzione superiore all'1%.

10 Analisi SNP

11 SNP CHIP Permettono di identificare: variazioni del DNA in una sola analisi

12 SNP Array SNP array: Permettono di tipizzare decine di migliaia di SNP contemporaneamente Costi competitivi SNP array, BeadChip (ILLUMINA), sono disponibili le versioni per diverse specie di interesse zootecnico (Bovini, Suini, Caprini, Ovini, Equini)

13 Esempio applicativo degli SNP array Progetto Galimed Cinisara (Italy) Sardo Modicana (Italy) Piemontese (Italy) Romagnola (Italy) Andamento climatico delle zone di provenienza e razze autoctone

14 Esempio applicativo degli SNP array PMT RMG CIN SAR COR SAM MAM MOD PMT SAR COR SAM MOD RMG CIN MAM CIN: Cinisara; MOD: Modicana; PMT: Piemontese; COR: Corsa; MAM: Maremmana; RMG: Romagnola; SAR: Sarda; SAM: Sardo-Modicana

15 Esempio applicativo degli SNP array Corsa Garfagnina Bianca Sarda Nera di Arbus

16 Esempio applicativo degli SNP array Corsa Garfagnina Bianca Sarda Distanze genetiche Nera di Arbus

17 RISGENSAR: Campioni analizzati BOVINI Sarda 32 Sardo Bruna Sardo Modicana

18 RISGENSAR Campioni analizzati CAPRINI Sardo Primitiva 43 Sarda

19 RISGENSAR: Campioni analizzati SUINI Sarda

20 Attività future BovineSNP50K SNP individuo PorcineSNP60K SNP individuo GoatSNP60K SNP individuo Fingerprint di razza

21 Grazie per l attenzione