LM Sc.Biosanitarie Ricerca Diagnostica Citogenetica II
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- Lamberto Tommasi
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1 Citogenetica II La citogenetica e` lo studio dei fenomeni genetici attraverso l analisi citologica dei cromosomi al microscopio. Lezione 14 Ferguson-Smith By NA
2 CML, Leucemia Mieloide Cronica & La CML è stata la prima malattia neoplastica dell uomo in cui una specifica anomalia del cariotipo, il cromosoma Philadelphia (Ph), sia stata associata alla insorgenza della leucemia.
3 CML, Leucemia Mieloide Cronica Nel 95% dei casi di CML ABL ABL/BCR cromosoma non normale chr Philadelphia (1961) BCR BCR/ABL Indagini FISH E MOLECOLARI Traslocazione reciproca braccio lungo chr.9 e il braccio lungo chr.22: t(9;22) (q34;q11). SI FORMANO DUE GENI DI FUSIONE: - ABL-BCR su DER9 (nessuna proteina prodotta) - BCR-ABL su Ph (proteina di fusione coinvolta nella proliferazone cellulare)
4 FISH nella CML 3 spot (Ph)
5 FISH nella CML colocalizzazione (Ph)
6 FISH nella CML 4 spot e colocalizzazione
7 CML esempi
8 CML esempi
9 AML, Leucemia Mieloide Acuta INVERSIONE inv(16)(p13;q22) (CBFB-MYH11)
10 AML, Leucemia Mieloide Acuta
11 Traslocazioni complesse in AML Esempio dell uso di librerie totali per evidenziare riarrangiamenti t(8;13;14)
12 Leucemia Acuta Promielocitica (APL) geni coinvolti PML-RAR ) La traslocazione t(15;17) (q22;q21) è associata clinicamente alla leucemia acuta promielocitica (APL) In verde chr17 In rosso chr15 15 der15 der17 17
13 Leucemia Acuta Promielocitica (APL) La FISH permette di trovare traslocazioni criptiche (quelle che non si vedono dall analisi del cariotipo) t(15;17)(q22;q21) By NA 15 der15 der17 17
14 Linfomi Non Hodgkin t(8;14) by GP&NA By NA
15 TRASLOCAZIONE t(14;18)(q32;q21) Linfomi Non Hodgkin catene pesanti immunoglobuline oncogene BCL2
16 Caso Paziente 38enne all inizio della gravidanza decide di ricorrere alla diagnosi prenatale sotto indicazione del consulente genetico che l ha informata dell aumentato rischio di aneuploidie cromosomiche fetali nelle madri con età avanzata. Due precedenti gravidanze dalle quali ha avuto due figli fenotipicamente normali. Assenza di aborti spontanei. traslocazione reciproca t (13;19) nel feto traslocazione reciproca t (13;19) nel padre
17 Procedura diagnostica ANALISI CITOGENETICA: campione di liquido amniotico aspirato con l amniocentesi; allestimento del preparato citogenetico e analisi del cariotipo; traslocazione reciproca t (13;19) nel feto
18 Procedura diagnostica campione di sangue periferico di entrambi i genitori ; allestimento del preparato citogenetico e analisi del cariotipo; traslocazione reciproca t(13;19) nel padre
19 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH I By NA der(13) der(19)
20 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH II
21 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH III Dopo aver individuato la regione sul cromosoma 13 e sul 19 presumibilmente coinvolta nella traslocazione, selezionare i corrispondenti BAC da utilizzare per la FISH. individuare i BAC che vengono tagliati dal breakpoint; in questo caso dovrei avere tre segnali: uno sul cromosoma normale e un segnale su ciascun derivativo. per abbreviare i tempi si puo eseguire una coibridazione marcando contemporaneamente due o tre sonde di DNA con diversi fluorocromi. Cy3 Cy5 By NA Fluor-X
22 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH IV BAC13 nom e RP E9 chr1 3 :3 8,5 9 8, ,7 4 7,2 5 3 RP H2 0 chr1 3 :3 8,0 2 4, ,1 4 1,5 5 0 RP J3 chr1 3 :4 1,2 4 0, ,3 2 7,3 8 0 RP J2 1 chr1 3 :4 1,6 7 2, ,8 4 7,2 2 4 RP H 1 4 chr1 3 :4 4,4 4 3, ,6 2 4,3 6 5 RP P5 chr1 3 :4 6,9 7 4, ,1 3 7,4 1 1 RP A1 6 chr1 3 :4 7,1 3 7, ,2 7 0,5 1 8 RP L1 8 chr1 3 :5 0,3 1 2, ,3 5 3,7 7 4 RP G5 chr1 3 :5 0,3 5 3, ,5 4 1,3 6 5 By NA BAC19 CTD H1 9 chr1 9 :7,5 4 0, ,7 1 8,0 3 6 RP C1 7 chr1 9 :7,7 7 7, , CTD C6 chr1 9 :9,8 0 4, ,9 9 8,8 6 0 RP C1 7 chr1 9 :9,9 9 8, ,1 9 5,7 3 9 CTC B1 5 chr1 9 :1 1,5 9 5, ,8 2 6,5 4 7 RP I 2 chr1 9 :1 1,6 4 3, ,8 1 6,2 5 5 RP K1 8 chr1 9 :1 3,1 2 6, ,2 8 8,6 9 1 CTB- 5 5 O6 chr1 9 :1 3,9 3 4, ,1 7 2,3 6 6
23 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH V RP11-84C17 chr19:7,777, ,8013 RP11-298C17 chr19:9,998,865-10,195,739 RP11-19I2 chr19:11,643,368-11,816,255
24 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH VI chr19:6,726,9-6,917,544 der(13) chr 19 chr19:7,163,629-7,377,296 der(19) chr 19 By NA Il breakpoint sul cromosoma 19 è situato tra la sonda prossimale RP11-52O9 e la sonda distale RP11-717H11.
25 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH VII BAC19 RP O9 chr1 9 :6,7 2 6, ,9 1 7,5 4 4 RP H 1 1 chr1 9 :7,1 6 3, ,3 7 7,2 9 6 CTD H1 9 chr1 9 :7,5 4 0, ,7 1 8,0 3 6 RP C1 7 chr1 9 :7,7 7 7, , CTD C6 chr1 9 :9,8 0 4, ,9 9 8,8 6 0 RP C1 7 chr1 9 :9,9 9 8, ,1 9 5,7 3 9 CTC B1 5 chr1 9 :1 1,5 9 5, ,8 2 6,5 4 7 RP I 2 chr1 9 :1 1,6 4 3, ,8 1 6,2 5 5 RP K1 8 chr1 9 :1 3,1 2 6, ,2 8 8,6 9 1 CTB- 5 5 O6 chr1 9 :1 3,9 3 4, ,1 7 2, der(19) RP11-717H der(13) RP-1152O9 RP11-717H11 RP-1152O
26 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH VIII BAC13 nom e RP E9 chr1 3 :3 8,5 9 8, ,7 4 7,2 5 3 RP H2 0 chr1 3 :3 8,0 2 4, ,1 4 1,5 5 0 RP J3 chr1 3 :4 1,2 4 0, ,3 2 7,3 8 0 RP J2 1 chr1 3 :4 1,6 7 2, ,8 4 7,2 2 4 RP H 1 4 chr1 3 :4 4,4 4 3, ,6 2 4,3 6 5 RP P5 chr1 3 :4 6,9 7 4, ,1 3 7,4 1 1 RP A1 6 chr1 3 :4 7,1 3 7, ,2 7 0,5 1 8 RP L1 8 chr1 3 :5 0,3 1 2, ,3 5 3,7 7 4 RP G5 chr1 3 :5 0,3 5 3, ,5 4 1,3 6 5 By NA BAC19 CTD H1 9 chr1 9 :7,5 4 0, ,7 1 8,0 3 6 RP C1 7 chr1 9 :7,7 7 7, , CTD C6 chr1 9 :9,8 0 4, ,9 9 8,8 6 0 RP C1 7 chr1 9 :9,9 9 8, ,1 9 5,7 3 9 CTC B1 5 chr1 9 :1 1,5 9 5, ,8 2 6,5 4 7 RP I 2 chr1 9 :1 1,6 4 3, ,8 1 6,2 5 5 RP K1 8 chr1 9 :1 3,1 2 6, ,2 8 8,6 9 1 CTB- 5 5 O6 chr1 9 :1 3,9 3 4, ,1 7 2,3 6 6
27 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH IX
28 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH X La sonda RP11-976L2 emette fluorescenza sul cromosoma 13 e sul der(13) (freccia rossa). La sonda RP C18 emette invece tre segnali : sul cromosoma 13, sul der(19) (freccia verde) e sul der(13) (freccia verde). By NAIL BREAKPOINT SUL CROMOSOMA 13 CADE ALL INTERNO DEL BAC 1140C18
29 BAC13 By NA Evidenziare i breakpoints mediante la FISH XI nom e RP E9 chr1 3 :3 8,5 9 8, ,7 4 7,2 5 3 RP H2 0 chr1 3 :3 8,0 2 4, ,1 4 1,5 5 0 RP J3 chr1 3 :4 1,2 4 0, ,3 2 7,3 8 0 RP J2 1 chr1 3 :4 1,6 7 2, ,8 4 7,2 2 4 RP H 1 4 chr1 3 :4 4,4 4 3, ,6 2 4,3 6 5 RP P5 chr1 3 :4 6,9 7 4, ,1 3 7,4 1 1 RP A1 6 chr1 3 :4 7,1 3 7, ,2 7 0,5 1 8 RP L1 8 chr1 3 :5 0,3 1 2, ,3 5 3,7 7 4 RP G5 chr1 3 :5 0,3 5 3, ,5 4 1,3 6 5 RP L2 chr1 3 :5 0,9 4 6, ,1 2 4,0 3 0 RP C1 8 chr1 3 :5 1,0 8 9, ,2 3 4, RP C RP C18 RP11-976L
30 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH Dopo aver individuato la regione sul cromosoma 13 e sul 19 presumibilmente coinvolta nella traslocazione, selezionare i corrispondenti BAC da utilizzare per la FISH. individuare i BAC che vengono tagliati dal breakpoint; in questo caso dovrei avere tre segnali: uno sul cromosoma normale e un segnale su ciascun derivativo. per abbreviare i tempi si puo eseguire una coibridazione marcando contemporaneamente due o tre sonde di DNA con diversi fluorocromi. Cy3 Cy5 By NA Fluor-X
31 Evidenziare i breakpoints mediante la FISH Dopo aver individuato la regione sul cromosoma 13 e sul 19 presumibilmente coinvolta nella traslocazione, selezionare i corrispondenti BAC da utilizzare per la FISH. individuare i BAC che vengono tagliati dal breakpoint; in questo caso dovrei avere tre segnali: uno sul cromosoma normale e un segnale su ciascun derivativo. per abbreviare i tempi si puo eseguire una coibridazione marcando contemporaneamente due o tre sonde di DNA con diversi fluorocromi. Cy3 Cy5 By NA Fluor-X
32 NON sono dispense, ma un ausilio allo studio sul libro 32
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