Tesina di Biologia Molecolare II

Transcript

1 MELATO GIULIA Tesina di Biologia Molecolare II Mostra un albero filogenetico con la relazione tra Uomo, Topo e Ratto. Che banca dati è disponibile per quest'ultimo organismo? Descrivi alcune caratteristiche di rilievo di questa risorsa. Per ottenere l'albero filogenetico tra le specie Homo sapiens, Mus musculus e Rattus norvegicus si può fare una ricerca di immagini con un qualsiasi motore di ricerca, senza utilizzare siti particolari. Si possono ottenere alberi diversi se questi sono fatti analizzando singole proteine di ogni organismo perché le distanze che si ottengono non corrispondono all'effettiva distanza filogenetica delle specie. Vari esempi di alberi filogenetici

2

3 Esempi di alberi filogenetici ottenuti considerando il genoma mitocondriale

4

5 Per il ratto esiste la banca dati RGD: Rat Genome Database ( ) Dalla HOME si ha subito una panoramica di come sono suddivise e organizzate le informazioni all'interno di questa risorsa; inoltre è disponibile l'elenco delle novità presenti nel sito (Latest News).

6 Dalla Home è possibile fare direttamente una ricerca generale, senza ricorrere alle categorie suddivise, cliccando su 'Search RGD' Andando a selezionare 'Data' si arriva alla pagina sotto riportata dalla quale si può accedere a diverse sezioni: -GENES: da qui si può effettuare una ricerca su geni non solo di ratto, ma anche di topo e umani. -QTLs: (locus polimorfico associato all'espressione di un carattere fenotipico, usato come marker per studiare se questo è dovuto o meno a loci multipli) permette indagini basate su questi loci nel genoma di ratto, topo e uomo; -MARKERS: permette la ricerca di marcatori nei genomi di ratto, topo e uomo; -ESTs: permette la ricerca di EST, organizzate in ordine alfabetico; -MAPS: mappe dei cromosomi ottenute con diversi metodi; -STRAINS: ricerca dei ceppi con descrizione dell'origine e delle caratteristiche genetiche; -ONTOLOGIES: vocabolario dei termini relativi a geni, malattie, comportamento, fenotipo, metabolismo; -SEQUENCES: permette di cercare sequenze (con codice ID) nel genoma di ratto; -REFERENCES: contiene citazioni, abstracts e link a Pubmed.

7 Da Genome tools si accede a: Rat e Human Genome Browser (possiamo cercare in che posizione si trova un gene e sfogliare la mappa cromosomica), Genome Viewer (permette di vedere il gene all'interno dell'intero genoma, fornisce le prime informazioni riguardo funzione, processo biologico, componente cellulare, fenotipo, malattie o metabolismo; per tutti i termini ci sono i relativi link a Gene Ontology, Mammalian Phenotype Ontology, Disease Ontology e Pathway Ontology), SNPlotyper (utile per la visualizzazione e l'analisi degli SNPs), RatMine (tutte le informazioni che servono ad un ricercatore, da RGD integrate con UniProtKB, Ensembl, NCBI, PubMed e KEGG), BioMart (sistema che offre strumenti avanzati per la ricerca), ACP Haplotyper (serve per identificare regioni più o meno conservate dei cromosomi), VCMap (esplora le relazioni sinteniche tra ratto, topo e uomo), Genome scanner (aiuta ad individuare marcatori polimorfici da usare nella scansione del genoma da confrontare tra i diversi ceppi), RH Map Server (programma che crea una mappa dei vettori Radiation Hybrid da noi forniti).

8

9 Diseases: fornisce portali specifici per le malattie, raggruppate in diabete, cancro, cardiovascolari, neurologiche e metaboliche.

10 Poi si trova la sezione dedicata a 'Phenotypes & Models' dove ci sono informazioni sui diversi fenotipi, sui ceppi, ricerche riguardo le condizioni fisiologiche richieste (come alimentazione, temperatura, composizione dell'atmosfera ecc.) e modelli per identificare malattie. Infine è presente anche una sezione dedicata ai Knockouts, con una tabella dove sono schematizzati i relativi effetti che si riscontrano nei diversi ceppi. In questo sito è attiva una Community dove i ricercatori possono confrontarsi su temi come il ratto in generale, la fisiologia generale, i ceppi e i modelli. C'è anche la possibilità per i visitatori non iscritti al sito di lasciare un Feedback, un commento per interagire col forum.