Struttura secondaria
|
|
- Daniela Guerra
- 6 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Struttura secondaria Struttura localmente ordinata Polimeri lineari ad unità monomeriche asimmetriche elica j = 0,1,2,..., N N = numero di residui z j = h z j + z 0 x j = r cos (j2p h z /P + d 0 ) y j = r sin (j2p h z /P + d 0 ) r :raggio dell'elica; h z : distanza, sull'asse z, tra due residui adiacenti P: distanza in z che l'elica deve percorrere per fare un giro intero z 0 e d 0 danno la posizione dello 0-esimo residuo x r cos d ; y r sin ( d0 )
2 Proiezione sul piano x-y x d y Due residui risultano sovrapposti dopo un giro completo dell elica: J P h z grado (passo) dell elica Struttura lineare un solo residuo per giro: r = 0 x j =y j =0 z j =jh z + z 0 P = h z x j = r cos d; y j = r sin d Catene laterali
3 a-elica Densità elettronica da diffrazione ai raggi X di Mioglobina acqua eme Istidina distale pdb
4 L a elica è stata prevista 6 anni prima della prima evidenza sperimentale (Pauling & Corey) come la struttura che massimizza i legami H, NH...OC 1.5Å 100 di rotazione 5Å movie
5 La prolina inserita nella catena polipetdica non ha l idrogeno sul gruppo aminico, quindi non può formare il legame H che stabilizza sia l α elica che il β sheet. La prolina si trova spesso alla fine di un tratto in α elica, in un turn o in un loop. Contrariamente agli altri aa che esistono quasi esclusivamente nella forma trans la prolina può trovarsi anche in cis. Energeticamente le due configurazioni trans, estesa, e cis, compatta, sono equivalenti (isomerizzazione cis-trans). movie
6 Collagene: proteina strutturale (tendini, cartilagini, ossa, pelle)
7 Figure Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Elica sinistra con 3 aa per giro e una glicina ogni tre aa
8 CO1A1_HUMAN Collagen alpha-1(i) MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRI CVCDNGKVLCDDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPR GPRGPAGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGP MGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGR PGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQ MGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVGAKGEAGPQGP RGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGP QGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGL PGPPGERGGPGSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGL TGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGV PGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAAGERGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGE QGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGANGAPGNDGAKGDAGAPGAPGS QGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGVRGLTGPIGPPGPAGAPGD KGESGPSGPAGPTGARGAPGDRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDAGAKGDAGP PGPAGPAGPPGPIGNVGAPGAKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGP AGKEGGKGPRGETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGAPGTPGPQGIAGQRGV VGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGASGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGAPGA EGSPGRDGSPGAKGDRGETGPAGPPGAPGAPGAPGPVGPAGKSGDRGETGPAGPTGPVGP VGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGP RGPPGSAGAPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPGPPSAGFDFSF LPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCR DLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCVYPTQPSVAQKNWYISKNPKD KRHVWFGESMTDGFQFEYGGQGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQ TGNLKKALLLQGSNEIEIRAEGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPII DVAPLDVGAPDQEFGFDVGPVCFL G: glicina isolata GP: diade P: prolina isolata
9 Fibrille di collagene disposte a 90 una rispetto all altra Figure Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
10 movie b-turn
11 antiparallelo parallelo
12
13 DG T = DG di trasferimento = DG etanolo-acqua etanolo acqua DG << 0 solvatazione dello zwitterione DG di trasferimento = DG T - DG T (glicina)
14 A ala 1,8 ali C cys 2,5 D asp -3,5 pol E glu -3,5 pol F phe 2,8 aro G gly -0,4 ali H his -3,2 pol I ile 4,5 ali K lys -3,9 pol L leu 3,8 ali M met 1,9 N asn -3,5 pol P pro -1,6 Q gln -3,5 pol R arg -4,5 pol S ser -0,8 ali+oh T thr -0,7 ali+oh V val 4,2 ali W trp -0,9 aro Y tyr -1,3 aro 1. ali: catene laterali alifatiche 2. aro: catene laterali aromatiche 3. ali + OH: catene laterali alifatiche + OH 4. pol: catene laterali polari a) D, E, R, H, K: catene laterali cariche b) A, I, L, V, + G: alifatici + Glicina c) N, C, Q, S, T, Y: polari non carichi d) M, P, F, W: non polari Kyte and Doolittle, J.Mol.Biol. (1982) 157:
15
16
17
18 Chou-Fasman propensities Amino Acid a-helix b-sheet Turn Ala Cys Leu Met Glu Gln His Lys Val Ile Phe Tyr Trp Thr Gly Ser Asp Asn Pro Arg Favors a-helix Favors b-sheet Favors Turns Unlike the more complex GOR method, it does not reflect the conditional probabilities of an amino acid to form a particular secondary structure given that its neighbors already possess that structure.
19 Looking for sequence physico-chemical properties The primary sequences translated in a string of characters A. Each monomer (aa) a symbol (e.g. a letter) B. Each class (chemical properties) a symbol (e.g. a letter, a number, ) C. each monomer (aa) a real number (e.g. hydropathy) D. A. One-letter-code Translation D Y L A T E E Q W G I H B. Example of classification a c b b c a a c d b b a C. Hydropathy index 1. ali: catene laterali alifatiche 2. aro: catene laterali aromatiche 3. ali + OH: catene laterali alifatiche + OH 4. pol: catene laterali polari a) D, E, R, H, K: catene laterali cariche b) A, I, L, V, + G: alifatici + Glicina c) N, C, Q, S, T, Y: polari non carichi d) M, P, F, W: non polari
20
21 Profilo di proprietà La «traduzione» definisce una funzione discreta g(n) dove n è la posizione lungo la sequenza n g(n) : peso M ( n) A(m) g( n) M( n) k m n 2 k m n 2 1 A( m) g( m) : smoothing = valore medio calcolato in una finestra di ampiezza k 1 k
22 movie
23
24
25
26
27
28 Spettro di potenza k 1 m n 2 G( n) g( m) e k 1 m n 2 1wm 2 ad w fissato La funzione G(n) avrà dei picchi in corrispondenza di quei valori di w che corrispondono ad un andamento periodico della g(n) apri pdb
29 miosina F( w) L m 1 g( m) e 2p i mw L a elica
30 vedi pdb Miosina
amminico è legato all atomo di carbonio immediatamente adiacente al gruppo carbonilico e hanno la seguente
Gli amminoacidi naturali sono α-amminoacidi : il gruppo amminico è legato all atomo di carbonio immediatamente adiacente al gruppo carbonilico e hanno la seguente formula generale: gruppo funzionale carbossilico
Dettagli2011 - G. Licini, Università di Padova. La riproduzione a fini commerciali è vietata
Ammino acidi Composto che contiene una funziome acida e amminica. Usualmente però con amminoacidi si intendono gli alfa- amminoacidi. Tra questi composti ve ne sono 20 che vengono definiti geneticamente
DettagliAMMINOACIDI E PROTEINE
AMMINOACIDI E PROTEINE Vengono chiamate amminoacidi quelle molecole organiche in cui sono contemporaneamente presenti sia un gruppo acido carbossilico -COO che un gruppo amminico -N2. Una molecola appartenente
DettagliLe proteine. Polimeri composto da 20 diversi aminoacidi
Le proteine Polimeri composto da 20 diversi aminoacidi (D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004) PROTEINE come ATTUATORI nella cellula Trasporto elettronico Trasporto di ioni e
DettagliI gruppi R differenziano i 20 amminoacidi standard. Tratto da D. Voet, G. Voet e C.W. Pratt Fondamenti di biochimica
Gli aminoacidi NOMENCLATURA Aminoacido Abbr. tre lettere Abbr. una lettera Aminoacido Abbr. tre lettere Abbr. una lettera Alanina ALA A Lisina LYS K Arginina ARG R Metionina MET M Asparagina ASN N Fenilalanina
DettagliREPLICAZIONE DEL DNA
REPLICAZIONE DEL DNA La replicazione (o anche duplicazione) è il meccanismo molecolare attraverso cui il DNA produce una copia di sé stesso. Ogni volta che una cellula si divide, infatti, l'intero genoma
DettagliCaratteristiche generali
AMMINOACIDI Gli amminoacidi sono le unità costruttive (building blocks) delle proteine. Come dice il termine, gli amminoacidi naturali sono costituiti da un gruppo amminico (-NH 2 ) e da un gruppo carbossilico
DettagliAMINOACIDI - 1 AMINOACIDI - 2
AMINOAIDI - 1 Proteine (gr. pròtos = primo) 50-80% peso secco cellulare GENE POTEINA EFFETTO proteine calore idrolisi acida o alcalina α-aminoacidi proteasi Struttura generale degli α-aminoacidi primari
DettagliAMINOACIDI. GENE PROTEINA EFFETTO. calore. idrolisi acida (o alcalina) Struttura generale degli α-aminoacidi primari (standard, normali):
AMINOAIDI. Proteine (gr. pròtos = primo) > 50% peso secco cellulare GENE POTEINA EFFETTO proteine calore idrolisi acida (o alcalina) α-aminoacidi Struttura generale degli α-aminoacidi primari (standard,
DettagliVisualizzazioni 3D. Informatica. Matrice di voxel. Tipi di dato. Dati vettoriali. Tecniche di rappresentazione
Informatica Lezione VIII Visualizzazione 3D di proteine Visualizzazioni 3D Rappresentazione di strutture/oggetti tridimensionali Risultato di un esperimento modello teorico dati fisici astrazione 1 Lezione
DettagliUna proteina nella rete: Caccia al tesoro bioinformatica
Una proteina nella rete: Caccia al tesoro bioinformatica Nel corso di questa attivita utilizzeremo alcune delle piu importanti banche dati disponibili in rete per cercare informazioni su una proteina.
DettagliProf. Maria Nicola GADALETA
Prof. Maria Nicola GADALETA Email: m.n.gadaleta@biologia.uniba.it Facoltà di Scienze Biotecnologiche Corso di Laurea in Biotecnologie Sanitarie e Farmaceutiche Biochimica e Biotecnologie Biochimiche DISPENSA
DettagliMacromolecole Biologiche. I domini (III)
I domini (III) Domini α/β La cross over connection è l unità costitutiva su cui si basa la topologia di 3 tipi di domini α/β osservati nelle proteine: - α/β barrel - motivi ricchi di Leu (fold a ferro
DettagliTraduzione dell informazione genetica (1)
Traduzione dell informazione genetica (1) 1 Traduzione dell informazione genetica (2) Il processo negli eucarioti richiede: 70 diverse proteine ribosomiali >20 enzimi che attivano i precursori degli amminoacidi
Dettagli3.3. UMAMI NEGLI ALIMENTI
3.3. UMAMI NEGLI ALIMENTI In questo capitolo saranno esaminati i vari cibi, ad esclusione di quelli ittici che verranno presi in considerazione successivamente, allo scopo di scoprire se in essi è presente,
DettagliPROTIDI: LE PROTEINE E GLI AMMINOACIDI
PROTIDI: LE PROTEINE E GLI AMMINOACIDI GLI AMMINOACIDI Struttura generica di un amminoacido. R rappresenta un gruppo laterale specifico di ogni amminoacido. In chimica, gli amminoacidi (impropriamente
DettagliSTRUTTURA E FUNZIONE DELLE PROTEINE
STRUTTURA E FUNZIONE DELLE PROTEINE Le PROTEINE sono i biopolimeri maggiormente presenti all interno delle cellule, dal momento che costituiscono dal 40 al 70% del peso secco. Svolgono funzioni biologiche
DettagliLe proteine rappresentano gli elementi strutturali e funzionali più importanti nei sistemi viventi. Qualsiasi processo vitale dipende da questa
Gli amminoacidi Le proteine rappresentano gli elementi strutturali e funzionali più importanti nei sistemi viventi. Qualsiasi processo vitale dipende da questa classe di molecole: p. es. la catalisi delle
DettagliElementi di Bioinformatica. Genomica. Introduzione
Corso di Elementi di Bioinformatica Ingegneria Biomedica AA 2013-14 Elementi di Bioinformatica Genomica Introduzione Genomica Genomica (genomics) Riguarda lo studio del genoma degli organismi viventi e,
DettagliLe proteine. Le proteine sono macromolecole che presentano differenze funzionali e strutturali
Le proteine Le proteine sono macromolecole che presentano differenze funzionali e strutturali LE PROTEINE HANNO FUNZIONI BIOLOGICHE DIVERSE enzimi proteine di trasporto proteine strutturali proteine di
DettagliMacromolecole Biologiche. I domini (I)
I domini (I) I domini I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I domini sono definiti come una
Dettagli3.3.2. ALIMENTI DI ORIGINE VEGETALE. 3.3.2.1. Verdure
3.3.2. ALIMENTI DI ORIGINE VEGETALE 3.3.2.1. Verdure Nella Tabella 9 sono riportati i valori degli aminoacidi liberi presenti in alcune fra le più diffuse verdure in commercio. In un passato recente era
DettagliRappresentazione dei Dati Biologici
Rappresentazione dei Dati Biologici CORSO DI BIOINFORMATICA C.d.L. Ingegneria Informatica e Biomedica Outline Proteine ed Amminoacidi Rappresentazione di Amminoacidi Rappresentazione delle strutture Proteiche
Dettagligruppo amminico Gli aminoacidi polimerizzano durante la sintesi delle proteine mediante la formazione di legami peptidici. gruppo carbossilico
gruppo amminico Gli aminoacidi polimerizzano durante la sintesi delle proteine mediante la formazione di legami peptidici. gruppo carbossilico Il legame peptidico si ha quando il gruppo carbossilico (-
Dettaglidelegate a conservare e trasmettere l'informazione genetica. Oggi é noto che sono gli acidi
8. Le proteine Il termine "proteina" (dal greco προτειος: di primaria importanza) fu coniato nel 1838 dal chimico svedese J. Berzelius 1 quando ancora si riteneva che le proteine fossero le molecole delegate
DettagliAminoacidi e proteine
Prof. Giorgio Sartor Aminoacidi e proteine Copyright 2001-2012 by Giorgio Sartor. Versione 1.7.1 mar 2012 All rights reserved. Le cellule V.1.7.1 gsartor 2001-2012 Aminoacidi e proteine -2- Aminoacidi
DettagliIl DNA e la duplicazione cellulare. Acidi nucleici: DNA, materiale ereditario
Il DN e la duplicazione cellulare Il DN, materiale ereditario Struttura del DN Replicazione del DN Dal DN alla proteina Il odice genetico iclo cellulare Mitosi Meiosi Da Figura 8-11 ampbell & Reece cidi
DettagliDomini nelle Proteine
Struttura secondaria, Motivi e Domini nelle Proteine Proprietà generali Le forme ioniche degli aminoacidi, senza considerare alcuna ionizzazione delle catene laterali. Proprietà generali Tutti gli aminoacidi
DettagliMODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI DELLE PROTEINE
MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI DELLE PROTEINE Nell ultima fase della sintesi proteica la catena polipeptidica neosintetizzata assume spontaneamente la sua conformazione nativa (massimo numero di legami
DettagliContinua. Peptidasi H 2 O
Continua Peptidasi H 2 O Classificazione delle peptidasi 1. Meccanismo catalitico 2. Tipo di reazione catalizzata 3. Struttura molecolare e omologia 1. Meccanismo catalitico (mostrato per la chimotripsina)
DettagliFUNZIONI DELLE PROTEINE
FUNZIONI DELLE PROTEINE 1 CATALISI ENZIMATICA 2 TRASPORTO E DEPOSITO 3 MOVIMENTO COORDINATO 4 SUPPORTO MECCANICO 5 PROTEZIONE IMMUNITARIA 6 GENERAZIONE E TRASMISSIONE DELL IMPULSO NERVOSO 7 CONTROLLO DELLA
DettagliFORMAGGIO - DETERMINAZIONE DEL CONTENUTO DI AMMINOACIDI LIBERI
Decreto n. 6890 ALLEGATO : METODO DI ANALISI FORMAGGIO - DETERMINAZIONE DEL CONTENUTO DI AMMINOACIDI LIBERI 1. SCOPO E CAMPO DI APPLICAZIONE Questo standard descrive la determinazione del contenuto di
DettagliINTRODUZIONE ALLA PROTEINE BCP 1-2
INTRODUZIONE ALLA BIOCHIMICA DELLE PROTEINE BCP 1-2 Pietre miliari Lehninger 1973 Biochemistry Proteine ricombinanti Protein engineering Cristallografia, NMR, EM, MS, spettroscopie... Computing Bioinformaticai
DettagliCorso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA. Angela Chambery Lezione 9
Corso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA Angela Chambery Lezione 9 Funzioni delle proteine Concetti chiave: La varietà strutturale delle proteine consente loro di svolgere un enorme quantità
DettagliProf. Maria Nicola GADALETA
Prof. Maria Nicola GADALETA E-mail: m.n.gadaleta@biologia.uniba.it Facoltà di Scienze Biotecnologiche Corso di Laurea in Biotecnologie Sanitarie e Farmaceutiche Biochimica e Biotecnologie Biochimiche DISPENSA
DettagliI motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini.
I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita da uno o più domini. I domini sono definiti come una catena polipeptidica
DettagliLa diagnosi genetica della talassemia. Dott.ssa L.Pagano. Unità Operativa Microcitemia Dipartimento di Onco-Ematologia A.O.R.N. A.
Diapositiva 1 La diagnosi genetica della talassemia Dott.ssa L.Pagano Unità Operativa Microcitemia Dipartimento di Onco-Ematologia A.O.R.N. A. Cardarelli Napoli 2 Dicembre 2005 Castel dell Ovo Sala Virgilio
Dettaglimediante proteasi industriali
Valorizzazione delle farine disoleate mediante proteasi industriali Alessandra Stefan Unità operativa: CSGI (Consorzio per lo Sviluppo dei Sistemi a Grande Interfase, Firenze) Dipartimento di Farmacia
DettagliLa sintesi delle proteine
La sintesi delle proteine Struttura del trna In che modo l informazione contenuta sotto forma di sequenze nucleotidiche nel DNA e nell RNA si traduce nella sequenza amminoacidica delle proteine? Esperimenti
DettagliGli amminoacidi Il legame peptidico Motivi strutturali classificazione, architettura topologia delle strutture tridimensionali di proteine.
Struttura di proteine Gli amminoacidi Il legame peptidico Motivi strutturali classificazione, architettura topologia delle strutture tridimensionali di proteine. Correlazioni struttura-funzione Gli amminoacidi
DettagliBIOMOLECOLE STRUTTURA E FUNZIONE
BIOMOLECOLE STRUTTURA E FUNZIONE Lo studio delle relazioni tra struttura e funzione nelle biomolecole è uno degli aspetti più importanti per la comprensione del funzionamento dei processi biologici La
Dettagliproteasi (distrugge le proteine) batteri virulenti del ceppo S e del ceppo R
unità 1. La funzione del DN negli organismi La funzione del DN L acido desossiribonucleico o DN (dall inglese deoxyribonucleic acid) è la molecola informazionale delle cellule. Essa contiene e trasmette
DettagliAmminoacidi e Proteine
Amminoacidi e Proteine Struttura generale di un α-amminoacido R = catena laterale AMMINOACIDI (AA) CELLULARI Gli amminoacidi presenti nella cellula possono essere il prodotto di idrolisi delle proteine
DettagliDipartimento Di Scienze Della Vita STRUTTURA DELLE PROTEINE
Dipartimento Di Scienze Della Vita STRUTTURA DELLE PROTEINE LE PROTEINE possono assumere 4 LIVELLI DI ORGANIZZAZIONE STRUTTURA PRIMARIA SEQUENZA degli amminoacidi STRUTTURA SECONDARIA Ripiegamento locale
Dettagliformare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita i da unoo più domini.
Idomini(I) I domini I motivi generalmente si combinano a formare strutture globulari compatte, chiamate domini. Una proteina può essere costituita i da unoo più domini. I domini sono definiti come parte
Dettagli4x4x4=4 3 =64 codoni. 20 aminoacidi
4x4x4=4 3 =64 codoni 20 aminoacidi 1 Le 20 diverse catene laterali (gruppo R) che costituiscono gli aminoacidi si differenziano considerevolmente per dimensioni, volume e per le loro caratteristiche fisico-chimiche,
DettagliMacromolecole Biologiche. I domini (II)
I domini (II) Domini β Nonostante l elevato numero di possibili disposizioni di filamenti β (a costituire foglietti β antiparalleli) connessi da tratti di loop, i domini β più frequentemente osservati
Dettagliaa 2013-14 Proteine Struttura delle Proteine α Amminoacidi
Proteine Biopolimeri degli α-amino acidi. Amino acidi sono uniti attraverso il legame peptidico. Alcune funzioni: Struttura (collagene, cheratina ecc.) Enzimi (maltasi, deidrogenasi ecc) Trasporto (albumine,
DettagliInsulina e cancro. Luca Monge SSD Diabetologia AO CTO/Maria Adelaide - Torino
Insulina e cancro Luca Monge SSD Diabetologia AO CTO/Maria Adelaide - Torino Insulino-resistenza Iperinsulinismo Lo stato iperglicemico/iperinsulinemico dell insulino-resistenza è proinfiammatorio ed è
DettagliMetalli in Biologia. Metalli e leganti bio
Metalli in Biologia Metalli e leganti bio La struttura della mioglobina La struttura della emoglobina John Cowdery Kendrew MRC, Cambridge, UK Nobel Prize in 1962 Max Ferdinand Perutz MRC, Cambridge, UK
DettagliMutagenesi: introduzione di alterazioni in una sequenza nucleotidica. Mutagenesi random: le mutazioni avvengono a caso su un tratto di DNA.
Mutagenesi: introduzione di alterazioni in una sequenza nucleotidica Mutagenesi random: le mutazioni avvengono a caso su un tratto di DNA. In genere si ottengono trattando il DNA con agenti chimici (es.
DettagliLE PROTEINE. Le proteine sono i biopolimeri piu' abbondanti negli organismi viventi e svolgono funzioni biologiche di fondamentale importanza:
LE PRTEINE Le proteine sono i biopolimeri piu' abbondanti negli organismi viventi e svolgono funzioni biologiche di fondamentale importanza: PRTEINE CATALITICHE PRTEINE REGLATRICI PRTEINE DIFESA PRTEINE
DettagliLe Biomolecole I parte. Lezioni d'autore di Giorgio Benedetti
Le Biomolecole I parte Lezioni d'autore di Giorgio Benedetti LE BIOMOLECOLE Le biomolecole, presenti in tutti gli esseri viventi, sono molecole composte principalmente da carbonio, idrogeno, azoto e ossigeno.
DettagliMODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI DELLE PROTEINE
MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI DELLE PROTEINE Nell ultima fase della sintesi proteica la catena polipeptidica neosintetizzata assume spontaneamente la sua conformazione nativa (massimo numero di legami
DettagliLa funzione delle proteine dipende dalla loro struttura tridimensionale
La funzione delle proteine dipende dalla loro struttura tridimensionale La struttura dipende dal ripiegamento di particolari sequenze aminoacidiche La sequenza aminoacidica della catena polipeptidica è
Dettaglidieta vengono convertiti in composti dei corpi chetonici.
Metabolismo degli aminoacidi Metabolismo degli aminoacidi Gli aminoacidi introdotti in eccesso con la dieta vengono convertiti in composti precursori del glucosio, degli acidi grassi e dei corpi chetonici.
DettagliPROTEINE RESPIRATORIE DEI VERTEBRATI EMOGLOBINA E MIOGLOBINA
PROTEINE RESPIRATORIE DEI VERTEBRATI EMOGLOBINA E MIOGLOBINA Svolgono la loro funzione legando reversibilmente l OSSIGENO. Aumentano la solubilità dell ossigeno nel plasma, da 3ml/L a 220 ml/l. La mioglobina
DettagliStruttura delle proteine
Struttura delle proteine Nelle proteine vi sono quattro livelli di organizzazione strutturale Struttura Primaria: sequenza di aminoacidi legati tra loro da legami peptidici Tutte le proteine esistenti
DettagliL'energia media V di interazione fra uno ione avente carica q e un dipolo permanente ad una distanza r Ä
Interazioni intermolecolari Interazioni ione-dipolo Interazioni dipolo-dipolo Interazione dipolo permanente-dipolo indotto Interazione dipolo istantaneo-dipolo indotto Forze di Van der Waals Legame idrogeno
Dettaglicorta catena (meno di 20 ammino acidi) mancanza di una struttura spaziale organizzata lunga catena di ammino acidi struttura spaziale organizzata
STRUTTURA DELLE PROTEINE Peptide: corta catena (meno di 20 ammino acidi) mancanza di una struttura spaziale organizzata Polipeptide (proteina): lunga catena di ammino acidi struttura spaziale organizzata
DettagliGli amminoacidi Gli amminoacidi sono dei composti polifunzionali che hanno formula generale:
Gli amminoacidi Gli amminoacidi sono dei composti polifunzionali che hanno formula generale: N 2 Il nome ordinario degli amminoacidi prevale su quello della nomenclatura IUPA. Si possono avere α-amminoacidi,
DettagliDEAMINAZIONE AA - 7. ADP + Pi ATP. glutamina sintetasi. glutaminasi COO CH 2 NH + 4. + _ COO L-glutamato (Glu) COO. L-glutamina (Gln) COO 2 H2O
C DEAMIAZIE AA - 7 ATP ADP Pi C C C C 3 4 glutamina sintetasi C C 3 L-glutamato (Glu) L-glutamina (Gln) C C 4 C C C 3 L-glutamina (Gln) glutaminasi C C 3 L-glutamato (Glu) DEAMIAZIE AA - 8 tessuti extraepatici,
DettagliCapitolo 17. Risposte alle domande interne al capitolo. 17.1 (p. 501) a. glicina. b. prolina. c. treonina. d. aspartato
apitolo 17 Risposte alle domande interne al capitolo 17.1 (p. 501) a. glicina b. prolina c. treonina d. aspartato e. 17.2 (p. 501) a. La glicina è un aminoacido idrofobico. b. La prolina è un aminoacido
DettagliTrasduzione del Segnale da Recettori di Superfice
Trasduzione del Segnale da Recettori di Superfice MEMBRANA 1. Legame recettore-ligando 2. oligomerizzazione 3. Attivazione TYR-K -Dominio citosolico dei RTK -Reclutamento TYR-K (src, jak, fak, abl) 4.
DettagliREGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA
REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA Solo una piccola parte dei 4000 geni che costituiscono il genoma batterico o dei circa 30000 geni del genoma umano viene espressa in maniera costante (GENI COSTITUTIVI)
Dettagliscaricato da www.sunhope.it Proteine semplici costituite dai soli amminoacidi
Proteine semplici costituite dai soli amminoacidi Proteine coniugate costituite dagli amminoacidi + porzioni di natura non amminoacidica dette GRUPPI PROSTETICI Le Proteine coniugate prive del gruppo prostetico
Dettaglila struttura tridimensionale può essere ottenuta solo per Un intero dominio in genere da 50 a 300 residui
Durante la traduzione l informazione di ripiegamento codificata nella sequenza aminoacidica diventa disponibile in maniera vettoriale la struttura tridimensionale può essere ottenuta solo per Un intero
DettagliD ora in poi ci occuperemo, per semplicità, soltanto della RNA polimerasi II.
RNA Polimerasi di eucarioti (vedi Alberts III ed. pag.483) Il processo di sintesi di RNA su di uno stampo di DNA presenta, negli eucarioti, una complessità assai elevata. A tutt oggi mancano ancora alcune
DettagliStruttura elettronica e tavola periodica
Struttura elettronica e tavola periodica La tavola è suddivisa nei blocchi s, p, d e f Eccezioni: 1) Elio (He) il quale pur appartenendo al blocco s, compare in quello p. Possiede uno strato di valenza
DettagliCARBOIDRATI C H O ZUCCHERO SACCARIDE GLUCIDE CARBOIDRATO
CARBOIDRATI ZUCCHERO SACCARIDE GLUCIDE CARBOIDRATO C H O carboidrati C n H 2n O n H C O C O Il glucosio è un monosaccaride con 6 atomi di carbonio GLUCOSIO Forma ciclica Forma lineare a ph 7 circa lo 0,0026%
DettagliGerarchia della struttura delle proteine
Si indica con CONFORMAZIONE la disposizione tridimensionale degli atomi di una molecola, cioè la loro organizzazione spaziale. Gerarchia della struttura delle proteine struttura primaria: sequenza degli
DettagliSTUDIO E SPERIMENTAZIONE DI METODOLOGIE
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI CAGLIARI DOTTORATO DI RICERCA IN INGEGNERIA ELETTRONICA ED INFORMATICA XVII CICLO STUDIO E SPERIMENTAZIONE DI METODOLOGIE INNOVATIVE PER L ANALISI DI SEQUENZE BIOLOGICHE Relatore:
DettagliPROTEINE. Amminoacidi
PROTEINE Le proteine sono le macromolecole alla base delle attività cellulari. Sono oltre diecimila per cellula, dove svolgono differenti funzioni: Sono ad esempio: enzimi: aumentano la velocità delle
DettagliGli attivatori trascrizionali sono delle proteine modulari. domini funzionali sovrapposti
Gli attivatori trascrizionali sono delle proteine modulari domini funzionali sovrapposti DIMOSTRAZIONE SPERIMENTALE DI DOMINI FUNZIONALI SEPARATI NEL TF DI LIEVITO GAL 4! Esperimenti di Ptshane. Cellule
DettagliTRADUZIONE LA TRADUZIONE E QUEL PROCESSO ATTRAVERSO CUI SI PASSA DAL LINGUAGGIO RIBONUCLEOTIDICO DELL RNA A QUELLO AMINOACIDICO DELLE PROTEINE. IL CODICE GENETICO E L INSIEME DI CODONI (TRIPLETTE NUCLEOTIDICHE)
Dettagli7. Introduzione a PyMol
7. Introduzione a PyMol PyMol (versione utilizzata: 1.1r1) PyMol è un programma di grafica e modellistica molecolare open source ed estendibile attraverso l implementazione di script in linguaggio Python
DettagliSintesi e maturazione del collageno
Sintesi e maturazione del collageno Modifiche intracellulari - idrossilazione (RE) - glicosilazione (RE) - formazione dei ponti S-S (Golgi) - formazione della tripla elica (Golgi) GLICOSILAZIONE I due
DettagliINTERAZIONE DI PROTEINE CON SFINGOLIPIDI
Seminario Rafts INTERAZIONE DI PROTEINE CON SFINGOLIPIDI Motivi strutturali coinvolti nell interazione di proteine con sfingolipidi e colesterolo (1) Uno dei primi passi per l identificazione di tale motive
DettagliLa biochimica è anche definita la chimica del C :
Tutte le cellule viventi sono composte da macromolecole simili, costituite dalle stesse piccole molecole di base. La grande diversità è data dalle diverse combinazioni di 4 principali elementi C H O N
DettagliLaurea Magistrale in Biologia
Laurea Magistrale in Biologia Laboratorio del corso di Chimica Fisica Biologica Anno accademico 2009/10 SCOPO Determinazione dei parametri termodinamici associati alla denaturazione termica di una piccola
DettagliLA TRADUZIONE E IL CODICE GENETICO
LA TRADUZIONE E IL CODICE GENETICO La traduzione La traduzione è il processo di sintesi di una catena polipeptidica, un polimero costituito da amminoacidi legati insieme da legami peptidici Le molecole
DettagliMarinella Bosetto Irene Lozzi. Elementi di biochimica agraria
A07 25 Marinella Bosetto Irene Lozzi Elementi di biochimica agraria Copyright MMVI ARACNE editrice S.r.l. www.aracneeditrice.it info@aracneeditrice.it via Raffaele Garofalo, 133 A/B 00173 Roma (06) 93781065
DettagliLIPIDI. I lipidi sono suddivisi in due gruppi principali.
LIPIDI I lipidi sono una classe eterogenea di composti organici, raggruppati sulla base della loro solubilità. Sono insolubili in acqua, ma solubili nei solventi organici non polari, quali l etere dietilico,
DettagliMutazioni. Un cambiamento nel materiale genetico che non venga riparato dai meccanismi di riparo costituisce una mutazione
Mutazioni Un cambiamento nel materiale genetico che non venga riparato dai meccanismi di riparo costituisce una mutazione Le mutazioni possono essere spontanee oppure causate da agenti fisici, chimici
DettagliCorso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA. Angela Chambery Lezione 10
Corso di Laurea in Farmacia Insegnamento di BIOCHIMICA Angela Chambery Lezione 10 Funzioni delle proteine Concetti chiave: La varietà strutturale delle proteine consente loro di svolgere un enorme quantità
DettagliBIOLOGIA GENERALE. Alessandro Massolo Dip. Biologia Animale e Genetica c/o Prof. F. Dessì-Fulgheri (Via Romana 17) massolo@unifi.
Biologia generale Massolo Alessandro massolo@unifi.it; Tel. 347-9403330 BIOLOGIA GENERALE Facoltà di Scienze della Formazione Scienze della Formazione Primaria Alessandro Massolo Dip. Biologia Animale
DettagliIl flusso dell informazione genica Le proteine natura ed informazione Il codice genetico La traduzione (sintesi proteica) Cenni sul folding delle
Il flusso dell informazione genica Le proteine natura ed informazione Il codice genetico La traduzione (sintesi proteica) Cenni sul folding delle proteine Genotipo e fenotipo Mutazioni e polimorfismi Il
DettagliMEMBRANE. struttura: fosfolipidi e proteine
MEMBRANE struttura: fosfolipidi e proteine I lipidi sono sostanze di origine biologica insolubili in acqua. Vi fanno parte: trigliceridi, fosfolipidi, colesterolo, sfingolipidi, alcoli alifatici, cere,
DettagliL UNIONE COME PARADIGMA UNIVERSALE DI CREAZIONE CONTINUA: L ORIGINE DELLA VITA
L UNIONE COME PARADIGMA UNIVERSALE DI CREAZIONE CONTINUA: L ORIGINE DELLA VITA Leonardo Angeloni, Università di Firenze Sintesi: L unione, come effetto delle interazioni correlative di entità diverse,
DettagliPROTEINE. sono COMPOSTI ORGANICI QUATERNARI
PROTEINE sono COMPOSTI ORGANICI QUATERNARI Unione di elementi chimici diversi Il composto chimico principale è il C (carbonio) Sono quattro gli elementi chimici principali che formano le proteine : C (carbonio),
DettagliPredizione della struttura terziaria
Predizione della struttura terziaria Metodi di predizione La predizione della struttura tridimensionale è di gran lunga la predizione più complessa che si possa fare su una proteina. Esistono 3 metodi
DettagliRelazione struttura-funzione
Biotecnologie applicate alla progettazione e sviluppo di molecole biologicamente attive A.A. 2010-2011 Modulo di Biologia Strutturale Relazione struttura-funzione Marco Nardini Dipartimento di Scienze
DettagliAnalisi della sequenza nucleotidica AP001519 (gene BH3701) Davide Cittaro Valerio Reguzzi Marco Stefani
Analisi della sequenza nucleotidica AP001519 (gene BH3701) Davide Cittaro Valerio Reguzzi Marco Stefani Informazioni di base Sequenza estratta dal batterio Bacillus halodurans Codice di accesso sequenza
DettagliPredire la struttura terziaria
Predire la struttura terziaria E di gran lunga la predizione più complessa che si possa fare su una proteina. Esistono 3 metodi principali di predizione: 1 - Homology modelling: se si conoscono proteine
DettagliLE BIOMOLECOLE DETTE ANCHE MOLECOLE ORGANICHE; CARBOIDRATI PROTEINE. sono ACIDI NUCLEICI. molecole complesse = POLIMERI. formate dall'unione di
LE BIOMOLECOLE LE BIOMOLECOLE DETTE ANCHE MOLECOLE ORGANICHE; CARBOIDRATI LE BIOMOLECOLE sono LIPIDI PROTEINE ACIDI NUCLEICI molecole complesse = POLIMERI formate dall'unione di molecole semplici = MONOMERI
DettagliSperimenta il BioLab
Sperimenta il BioLab Attività di Bioinformatica Le proteine in 3D Università degli Studi di Milano Settore Didattico, via Celoria 20, Milano Laboratorio 105 LE PROTEINE IN 3D Obiettivo dell'attività è
DettagliProf. Giorgio Sartor. Sintesi proteica. Trasmissione dell informazione
rof. Giorgio Sartor Sintesi proteica Copyright 2001-2013 by Giorgio Sartor. All rights reserved. B15 -Versione 1.0 nov2013 Trasmissione dell informazione L informazione è contenuta nel DA ed è trasferita
DettagliLa biologia è lo studio scientifico della vita e delle diverse forme viventi
La biologia è lo studio scientifico della vita e delle diverse forme viventi Negli ultimi decenni enorme sviluppo di questa disciplina Importanti ricadute su settori come medicina, agricoltura, rapporti
DettagliDai raggi-x alla progettazione di farmaci: le radici matematiche e fisiche della biologia del XXI secolo
Dai raggi-x alla progettazione di farmaci: le radici matematiche e fisiche della biologia del XXI secolo Martino Bolognesi Dipartimento di BioScienze Università di Milano http://users.unimi.it/biolstru/home.html
Dettaglidominio strutturale dominio modulo
Riepilogo 2^lezione DOMINI Si definisce dominio strutturale (o dominio o modulo) di una proteina: un'unità globulare o fibrosa formata da catene polipeptidiche ripiegate in più regioni compatte le quali
Dettagli