Classificazione genetica dei roditori
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- Emilio Mari
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1 Classificazione genetica dei roditori Ceppi Inbred Ceppi Outbred F1 Ibridi F2 Ibridi Mutanti Coisogenetici, Congenici, Transgenici, Knock-out, Knock-in
2 Inbreeding Animali da Laboratorio Quando la scelta del partner riproduttivo non è casuale rispetto al suo genotipo: accoppiamento assortativo L unione assortativa positiva (inbreeding o inincrocio) avviene quando l accoppiamento tra individui imparentati avviene con frequenza maggiore di quella dovuta al caso; provoca un deficit di eterozigoti rispetto alle attese di H-W. Il deficit di eterozigoti viene misurato dal coefficiente F di inbreeding Una popolazione può essere definita inbred soltanto dopo un minimo di 20 generazioni successive di accoppiamenti tre fratelli e sorelle o genitori e figli. Alla 21 generazione il coefficiente di inbreeding sarà del 98,4%, cioè il 98,4% dei geni sarà in uno stato di omozigosi
3 Ceppi Inbred Animali da Laboratorio Isogenicità: tutti gli animali di quel ceppo sono uguali al 99% dei loci genetici; quindi istocompatibili Omozigosi: 99% Stabilità genetica:può cambiare solo per mutazione Individualità:ogni ceppo inbred è una combinazione unica di alleli e differisce da ogni altro cepppo Uniformità fenotipica Ceppi di topi inbred: C57BL/6 BALB/c FVB/N DBA/2 R d Ceppi ratti inbred: Fisher 344 (F344) Brown Norway(BN) SHR ACI
4 Accoppiamento Fratello - Sorella Animali da Laboratorio
5 Tutte lettere maiuscole!!!! 1913, Dr. Halsey J. Bagg??? BALB/c Bagg ALBinos
6 Tutte le lettere sono maiuscole!!!! BALB/c Una sola eccezione c/c= color locus albino
7 Nomenclatura basata sul colore del mantello C57BL (Black) C57BR (Brown) C57L (Leaden)
8 Abbreviazioni nomenclatura comune Per i principali ceppi inbred Animali da laboratorio
9 Sotto-ceppi di topi Inbred Harlan C57BL/6 C57BL/6JRccHsd Nel 1967 venne stabilita una colonia nel RCC (Svizzera), proveniente dal Laboratorio Jackson, acquisito da Harlan nel C57BL/6NHsd La colonia venne trasferita al National Institutesof Health (NIH), in America. C57BL/6JOlaHsd Colonia originata nei laboratori Jackson, Bar Harbor, Maine, al Laboratory Animal Centre, Carshalton UK; nel 1983 vennero trasferiti all OLAC, oggi Laboratori Harlan. Attualmente la HARLAN è stata acquisita da ENVIGO
10 Nomi di topi inbred basati sull origine Animali da Laboratorio SJL: Swiss, Jim Lambert NZB: New Zealand Brown NZW: New Zealand White
11 Nomenclatura Mutanti basata sul fenotipo NOD Non Obese Diabetic NU Nude DW Dwarf
12 Mutazioni recessive nei topi Animali da Laboratorio Nudi (nu/nu) Hairless (hr/hr) Microftalmia (mi/mi) Obesi (ob/ob)
13 Nuova nomenclatura per il ceppo 129 di topo Designazione abbreviata Designazione completa Designazione precedente 129P1-Lama2dy 129P1/ReJ-Lama2dy 129/ReJ-Lama2dy 129P1 129P1/ReJ 129/ReJ 129P2 129P2/OlaHsd 129/OlaHsd 129P3 129P3/J 129/J 129X1 129X1/SvJ 129/SvJ 129S1 129S1/Sv-+p+Tyr-cKitlSl- J/+ 129/Sv-+p+Tyr-c+MgfSl- J/+ 129S1 129S1/SvImJ 129S3/SvImJ(formerly 129/SvImJ, 129/Sv- +p+tyrc+ Mgf-Sl/J)
14 Nuova nomenclatura per il ceppo 129 di topo Designazione abbreviata Designazione completa Designazione precedente 129S2 129S2/SvPas 129/SvPas 129S4 129S4/SvJae 129/SvJae 129S5 129S5/SvEvBrd 129/SvEvBrd 129S6 129S6/SvEvTac 129/SvEvTac 129S7 129S8 129T1 129T2 129T2/SvEms 129T2 129T2/SvEmsJ
15 Ibridi F1 Sono eterozigoti solo per i geni che differiscono nei ceppi parentali. (BALB/c x DBA/2)F1 o CD2F1
16 Nomenclatura ibridi Agouti
17 Ceppi Co - isogenici Animali da Laboratorio Mutazioni bersaglio, indotte o spontanee in ceppi inbred C57BL/6
18 Ceppi Congenici Possiedono una regione genetica di un altro ceppo Derivati da backcrossing da un ceppo inbred parentale Selezionati per eterozigosi in un particolare Locus
19 Ceppo donatore Ceppo ricevente Selezione degli animali con l allele di interesse Totalmente congenico
20 Caratteristiche dei ceppi Outbred Animali da Laboratorio Eterozigosi indefinita Profilo genetico sconosciuto Accoppiamenti random, colonie chiuse Alto rendimento riproduttivo Alto vigore Fenotipicamente variabili Nessuna possibilità di caratterizzazione genetica
21 Le prime tre lettere indicano il luogo in cui vengono conservati gli stock (Hsd) Seguita dalla colonia ( : ) Le ultime quattro lettere indicano i nomi degli stock (Wist) Il nome viene dato dopo la separazione di tre generazioni. Per esempio: Hsd:Wist RccHan: WIST BRL(Rcc1989) Harlan 1993 (HsdHan: WIST). In 2008 è cambiato in RccHan. Hsd: ICR (CD-1)
22 Topi transgenici Nome completo del ceppo, compreso il fornitore. Linea Topo Transgenico Transgene Codice linea topi TOPI KO Codice Laboratorio Ceppo topo risultate tra cellule Embrionali Staminali originali R1 (129X1x129S1) ed F1 reincrociate con topi C57BL/6J Gene bersaglio Mutazione bersaglio Codice laboratorio
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