Il meccanismo di riparazione per escissione nucleotidica prevede: Un incisione in prossimità del danno L escissione del tratto che porta il danno La

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3 Il meccanismo di riparazione per escissione nucleotidica prevede: Un incisione in prossimità del danno L escissione del tratto che porta il danno La sintesi di nuovo DNA La risaldatura del filamento per mezzo della ligasi

4 La riparazione per ricombinazione usa due molecole di DNA

5 Il genoma umano possiede differenti geni che sono coinvolti nei processi di riparazione

6 Sistemi di Riparazione del danno al DNA Numero di geni coinvolti Riparazione diretta del danno Base excision repair Nucleotide excision repair Mismatch excision repair Ricombinazione omologa Non homologous end joining 1 gene 15 geni 28 geni 11 geni 14 geni 5 geni Subunità catalitiche delle DNA Polimerasi :16 geni

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8 Trascrizione

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10 La trascrizione dell RNA avviene in maniera asimmetrica sulla molecola del DNA Trascrizione a tratti alterni delle due catene di una molecola di DNA

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12 La trascrizione avviene in direzione 5-3

13 Come la DNA polimerasi anche l RNA polimerasi agisce in direzione 5-3. A differenza della DNA polimerasi, l RNA polimerasi non necessita di un primer per iniziare la sintesi

14 Trascrizione nei Procarioti Ruolo della subunità durante la trascrizione

15 Fattore La terminazione della trascrizione

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17 Il codice genetico e la relazione che esiste fra la sequenza delle basi del DNA o dell RNA e la sequenza degli amminoacidi delle proteine Qual e il rapporto di codificazione?

18 Rapporto di codificazione Un codice a triplette di basi e il minimo codice proponibile Poiche gli amminoacidi codificati sono 20 e le basi azotate del DNA sono 4 ogni unità di codificazione deve essere costituita da piu basi Se associo le basi a due a due ho 4 2 (16) possibili combinazioni che sono insufficienti a codificare i 20 amminoacidi Se associo le basi a gruppi di tre ottengo 4 3 (64) possibili combinazioni; esse eccedono il numero dei 20 amminoacidi Un codice a triplette di basi e il minimo codice proponibile anche se c e una eccedenza di triplette Quale significato puo avere questa eccedenza? 1)O solo 20 delle 64 combinazioni sono significative e le altre sono prive di significato 2)O ad uno stesso amminoacido corrispondono piu codoni sinonimi; in questo caso si parla di degenerazione del codice genetico La seconda alternativa e quella coerente con i risultati sperimentali

19 Diversi tipi di codice 1)codice continuo non sovrapposto senza virgole 2)codice continuo non sovrapposto con virgole 3)codice embricato con sovrapposizione di una lettera 4) Codice embricato con sovrapposizione di due lettere Prove sperimentali hanno dimostrato che il codice e continuo, non sovrapposto, senza virgole

20 Caratteristiche del codice genetico Il codice e a triplette, continuo, senza virgole, degenere, non ambiguo, universale Degenere: Triplette diverse fanno da codice per uno stesso amminoacido Non Ambiguo:una specifica tripletta fa da codice per un determinato amminoacido Il codice sarebbe ambiguo se una tripletta facesse da codice per due amminoacidi diversi

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22 Il trna e una molecola adattatrice

23 L amminoacil trna

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25 I trna sono legati a ciascun amminoacido dalle amminoacil trna sintetasi 1) Le amminoacil trna sintetasi sono enzimi che presentano ed uniscono i trna ai rispettivi amminoacidi; la reazione avviene in due stadi ed utilizza ATP 2) Ci sono 20 amminoacil trna sintetasi in ciascuna cellula. 3) Poiche ogni amminoacido e rappresentato da piu di un codone, ogni enzima contatta tutti i trna che rappresentano un particolare amminoacido; pertanto una ed una sola amminoacil trna sintetasi e in grado di legare l amminoacido a tutti i trna ( cognate, isoaccepting ) per quell amminoacido. 4) Il riconoscimento di uno specifico trna e basato su specifici contatti fra enzima e trna ( e chiamato secondo codice genetico)

26 L amminoacil trna sintetasi ha tre siti L amminoacido reagisce con l ATP formando amminoacil-amp Il trna si lega all enzima Si forma l amminoacil trna

27 Controllo idrolitico: Somiglianze fra il meccanismo d azione delle Amminoacil trna sintetasi (in alto) e quello della DNA polimerasi (in basso)

28 Un ribosoma si lega sia alll mrna che al trna trna mrna

29 Gli stadi della sintesi proteica: Formazione del complesso di inizio Allungamento Terminazione

30 Inizio I tre momenti della sintesi proteica: Allungamento Terminazione

31 Nella fase di allungamento si distinguono tre momenti : 1)Adattamento dell amminoacil trna sul sito A del ribosoma 2)Formazione del legame peptidico 3)Traslocazione

32 Siti A e P del ribosoma Sito P Sito A Prima della formazione del legame peptidico : il peptidil trna occupa il sito P, l amminoacil trna si trova sul sito A Formazione del legame peptico: il polipeptide e trasferito dal peptidil trna che si trova nel sito P all amminoacil trna nel sito A Traslocazione: un codone dell mrna si sposta dal sitoa al sitop; il peptidil trna si localizza sul sito P; il trna scarico lascia il ribosoma attraverso il sito E; il sito A ora e vuoto e puo ricevere un nuovo amminoacil trna

33 La formazione del legame peptidico coinvolge il trasferimento del polipeptide all amminoacil trna

34 I ruoli dei tre siti ribosomici (A,P,E) durante la sintesi proteica

35 La formazione del legame peptidico