MODELLO PER LA DEFINIZIONE DEL PROGRAMMA DI CORSO RESIDENZIALE su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 1 di 5

Transcript

1 su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 1 di 5 Introduzione alle tecniche di Bioinformatica per analisi epidemiologico - molecolari 2 5 ottobre 2007 organizzato da ISTITUTO SUPERIORE DI SANITA' Dipartimento di Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate Reparto di Epidemiologia N ID Corso: 028C Rilevanza per il SSN: La Bioinformatica e' una disciplina emergente che affronta con metodiche proprie delle Scienze dell'informazione e Computazionali i problemi della Biologia, dell Igiene e della Sanità Pubblica. Le tecniche di bioinformatica permettono la conoscenza della distribuzione di tipi e sottotipi virali e non, e della loro circolazione in specifiche aree, aprendo nuove prospettive per studi di biosicurezza, di epidemiologia, di diagnosi, di trattamento e prevenzione delle infezioni associate. Obiettivi generali: Il corso si pone l obiettivo di preparare lo studente al concetto e ai determinanti molecolari di salute e di malattia, fornire le basi concettuali e tecniche di epidemiologia molecolare per l utilizzo dei biomarcatori per lo studio dei fattori eziologici, di rischio e protettivi, intrinseci ed estrinseci, dei loro meccanismi eziopatogenetici e del loro ruolo nella distribuzione e controllo delle malattie. Obiettivi specifici: 1. Permette di apprendere i concetti di base sulle più recenti tecniche di Bioinformatica e di Filogenesi 2. Utilizzare determinati software (Blast, Subtyping-tool, Sim-plot v2.5, Phylip v.3.57) circa l'analisi di sequenze geniche e/o aminoacidiche che permettono sia una prima grossolana assegnazione ad un determinato sottotipo che una successiva analisi filogenetica per stabilire una definitiva attribuzione 3. Utilizzo ed interrogazione di banche dati specifiche su siti WEB Metodo didattico: Lezioni teorico-pratiche. Lezioni teoriche sulla statistica su cui si basano gli algoritmi dei software bioinformatici utilizzati nel Corso. Tecniche statistiche per l'analisi dei dati derivanti dall'analisi delle sequenze geniche e/o aminoacidiche. Lezioni teorico-pratiche sull'assegnazione genotipica a determinati tipi e sottotipi mediante l'applicazione dei software bioinformatici con l'utilizzo di PC

2 su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 2 di 5 Martedì 2 ottobre Registrazione dei partecipanti Benvenuto ai partecipanti e introduzione al corso Antonio Cassone Storia delle malattie infettive Giovanni Rezza Fondamenti di Evoluzione Molecolare Intervallo Genomica Computazionale Luiz De Alcantara Algoritmi di allineamento (base e banche dati teoria) Massimo Ciccozzi Intervallo Banche dati, BLAST, CLUSTAL X, BIOEDIT (teoria e pratica) Stefano Boros, Fabiana Tagli, Flavia Bernini, Alessia Lai, Massimo Ciccozzi, Stefania Chiusura della giornata Mercoledì 3 ottobre Costruzione e analisi di Alberi Filogenetici I: metodi basati sulla distanza genetica e massima verosimiglianza (Maximum Likelihood) Gianguglielmo Zehender Costruzione e analisi di Alberi Filogenetici II: metodi basati sulla distanza genetica e massima verosimiglianza (Maximum Likelihood) Intervallo Costruzione e interpretazione di Alberi Filogenetici I. (Esercitazione) Stefano Boros, Fabiana Taglia, Flavia Bernini, Alessia Lai, Massimo Ciccozzi, Stefania Chiusura della giornata Giovedì 4 ottobre Modelli statistici in evoluzione molecolare (Model Test) Modelli statistici in evoluzione molecolare (PAUP) Stefania Montieri Intervallo L'importanza dell'analisi filogenetica nei retrovirus Luiz De Alcantara Modelli statistici in evoluzione molecolare. (Esercitazione) Stefano Boros, Fabiana Taglia Flavia Bernini Alessia Lai, Massimo Ciccozzi, Stefania Chiusura del corso

3 su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 3 di 5 Venerdì 5 ottobre Basi del Molecolar Modelling Andrea Savarino Analisi di virus ricombinanti: il software SIMPLOT Alessia Lai Orologi Molecolari (Molecular Clocks) Conclusioni, test di apprendimento e consegna diplomi DOCENTI ED ESERCITATORI Massimo Ciccozzi - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS - Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, USA Gianguglielmo Zehender - Sez. Malattie Infettive, Università di Milano Stefania Montieri - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Stefano Boros - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Fabiana Taglia - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Francesca Farchi - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Alessia Lai - Sez. Malattie Infettive, Università di Milano Flavia Bernini - Sez. Malattie Infettive, Università di Milano Andrea Savarino - Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Luiz De Alcantara - Scuola di Bioinformatica, Fiocruz, Salvador de Bahia, Brasile Giovanni Rezza - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Direttore del corso: Massimo Ciccozzi - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Segreteria Scientifica: Farchi Francesca e Stefano Boros - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Tel , francesca.farchi@iss.it, stefano.boros@iss.it Segreteria Tecnica e Organizzativa: ALESSIA CARATELLI Dipartimento MIPI, Istituto Superiore di Sanità (Tel , Fax , alessia.caratelli@iss.it) VERONICA BIZZOTTI DANIELA CASALE VALERIO OCCHIODORO MARZIA PALMIERI Dipartimento MIPI, Istituto Superiore di Sanità (Tel , Fax , sgp.mipi@iss.it) INFORMAZIONI GENERALI Sede: Istituto Superiore di Sanità, Aula Informatica Ingresso: Via del Castro Laurenziano 10, Roma

4 su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 4 di 5 Destinatari e numero massimo partecipanti Il corso è destinato prioritariamente al personale del Servizio sanitario nazionale o di altri enti di promozione e tutela della salute che svolgono attività relative alla Biologia, Igiene e Sanità Pubblica con metodiche proprie delle Scienze dell Informazione e Computazionali. Saranno ammessi un massimo di 15 partecipanti. Quota di iscrizione 200,00 + bollo di 1,81 (per gli enti pubblici) in caso contrario 200,00 +IVA 20% Modalità di iscrizione, pagamento e disdetta (vedi: Domanda di iscrizione a Corsi ISS ) La domanda di iscrizione, debitamente compilata e sottoscritta, deve essere inviata alla Segreteria Organizzativa al fax n 06/ La selezione sarà effettuata 7 giorni prima dell inizio del corso e comunicata agli interessati (via fax o/e ). Al partecipante è richiesto di inviare alla Segreteria Organizzativa (via fax) conferma o disdetta della propria partecipazione. Il pagamento dovrà essere effettuato mediante bonifico bancario con le seguenti specifiche: Banca Nazionale del Lavoro - Tesoreria dell'istituto Superiore di Sanità IBAN: IT49J CIN: J - ABI: CAB: C/C: Causale: Nome e cognome del partecipante, titolo e codice della manifestazione. Al partecipante è richiesto di inviare alla Segreteria Organizzativa (via fax) copia del bonifico bancario relativo al pagamento della quota di iscrizione. Non saranno ammessi in aula partecipanti non in regola con la quota di iscrizione. Le spese di viaggio e soggiorno sono a carico del partecipante. Attestati Al termine del Corso, ai partecipanti che avranno frequentato regolarmente il corso (almeno tre quarti del programma) sarà rilasciato l'attestato di frequenza La chiusura del corso e la consegna dei relativi attestati non verrà anticipata per nessun motivo ed i partecipanti sono pregati di prenotare il proprio rientro di conseguenza. Per ogni informazione attinente al Corso si prega di contattare la Segreteria Scientifica: Farchi Francesca e Stefano Boros - Reparto Epidemiologia, Dip. Malattie Infettive, Parassitarie e Immunomediate - ISS Tel , francesca.farchi@iss.it, stefano.boros@iss.it Per informazioni generali: Ufficio Relazioni Esterne Corsi Lun.-Ven. h tel Data Firma del Direttore del Corso 20/09/

5 su fondi Art. 140 Rev. 3, 1/03/07 Pag 5 di 5 Dichiarazione ECM e autorizzazione del programma da parte del Presidente ISS Il legale rappresentante dell Istituto Superiore di Sanità, struttura organizzatrice di eventi formativi, consapevole che chiunque rilascia dichiarazioni mendaci è punito ai sensi del codice penale e delle leggi speciali in materia, dichiara ai sensi e per gli effetti dell'art. 48, comma 25, del d. l. 269/2003, convertito in legge 25 novembre 2003, n.326 l'assenza di conflitto d'interessi dell evento formativo descritto nel presente programma che contestualmente autorizza. Data.. Il Presidente Prof. E. Garaci