CURRICULUM VITAE LUCA BORTOLUSSI

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1 CURRICULUM VITAE LUCA BORTOLUSSI Nome: Luca Bortolussi Dati Biografici Data e Luogo di Nascita:/07/1980, Latisana (UD), Italy. Residenza: Via G.B. Vico 21, Portogruaro (VE). Ufficio: Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università degli Studi di Udine, Via delle Scienze 206, 33100, Udine (phone ; fax ). Telefono: [email protected] Home Page: CF: BRTLCU80L01E473N Esperienze Lavorative 01/05/ /07/2003: membro del Consiglio di Amministrazione dell'università di Trieste, Italia. 01/10/ /07/2003: tutor di Analisi Matematica e Fisica per il corso di Laurea in Matematica, Università di Trieste, Italia. 1/11/ : studente di Dottorato in Informatica, Università di Udine, Italia. 15/01/ /07/2005: Visitatore al Dipartimento di Informatica, Imperial College, Londra, UK, sotto la supervisione di Chris Hankin e Herbert Wiklicky. Studies 01/09/ /07/1999: diploma di liceo scientifico, con valutazione di 100/100, presso il Liceo scientifico "XXV Aprile" Portogruaro (VE), Italy. 01/09/ /07/2003: laurea in Matematica, conseguita il 9 luglio 2003 con la valutazione di 110/110 e lode, e con menzione speciale di eccellenza, presso l'università di Trieste. Tesi dal titolo: "Le Possibilità come Previsioni Coerenti. Tecniche di Rappresentazione e Gestione della Conoscenza Incompleta".

2 Premi Premio Marco Reni 2006, per l'eccellenza della tesi di laurea, attribuito dal Dipartimento di Matematica ed Informatica, Unversità di Trieste. Scuole e Conferenze frequentate 15/06/ /06/2003: partecipazione al primo incontro del gruppo di ricerca INdAM di bioinformatica. 17/04/ /04/2004: partecipazione alla International School on Computational Sciences for Complex System in Biology, Rovereto, Italia ( 29/05/ /06/2004: partecipazione alla 1st International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics, Lipari, Italia ( 15/06/ /06/2004: partecipazione al CILC04 (conferenza italiana di programmazione logica) 30/08/2004: partecipazione a BIOCONCUR04 (workshop satellite di CONCUR 04) 19/09/ /09/2004: partecipazione alla 1 st International school of Biology, Information and Computation, Dobbiaco, Italia (BCI 04). 25/09/2004: partecipazione al workshop GISC04, Dobbiaco, Italia. 16/12/ /12/2004: partecipazione alla conferenza CONVERGING SCIENCES, Trento, Italy. 18/03/ /03/2005: partecipazione a BITS 2005, meeting annuale della società italiana di Bioinformatica, Milano. 11/06/ /06/2005: partecipazione a 3 rd Bertinoro Meeting in Computational Biology, Bertinoro (FC). 18/07/ /07/2005: partecipazione a EASSS 2005, 7 th European School on Agent Systems, Utrecht, NL. 25/07/2005: partecipazione a MAS-BIOMED 2005 (workshop satellite di AAMAS 2005). 11/09/ /09/2005: partecipazione a 2 nd international school of Biology, Information and Computation, Dobbiaco, Italia (BCI 05). 1/10/2005 4/10/2005: partecipazione a ICLP 2005, 21 st Internationa Conference on Logic Programming, Sitges, Spagna.

3 5/10/2005: partecipazione a 1 st Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics (WCB2005), workshop satellite di ICLP, Sitges, Spagna. 28/10/2005 6/11/2005: partecipazione a 1 st international school on the Analysis of Patterns, Erice, Italy. 14/02/ /02/2006: partecipazione al meeting annuale del GNCS, Milano, Italia. 01/04/ /04/2006: partecipazione a 4 th international workshop on Quantitative Aspects of Programming Languages, QAPL 2006, Vienna, Austria. 17/04/ /04/2006: partecipazione al workshop Simulation and Verification of Dynamical Systems, Dagsthul, Saarland, Germania. 21/05/ /05/2006: partecipazione al 6 congresso della società italiana di matematica applicata ed industriale, SIMAI 2006, Baia Samuele, Ragusa, Italia. Attività Membro del GULP (Gruppo Utenti di Programmazione Logica) Membro del comitato organizzativo di 1 st Int. School on Biology, Computation and Information (BCI 2004), Settembre 2004, Dobbiaco (BZ), Italia ( Membro del comitato organizzativo di 2 nd Int. School on Biology, Computation and Information (BCI 2005), Settembre 2005, Dobbiaco (BZ), Italia ( Membro del comitato organizzativo di RCRA 2006, Italian Conference on Knowledge representation and Automated Reasoning. Membro del comitato organizzativo di 3 rd Int. School on Biology, Computation and Information (BCI 2006), Settembre 2006, Dobbiaco (BZ), Italia ( Attività di Revisione per: WCB 2005, Sitges. IPMU 2006, Paris. ICLP 2006, Seattle. CMSB 2006, Trento.

4 Seminari Tenuti "Interpretation of Fuzzy Membership Function - Philosophical and Mathematical Issues", 12 febbraio 2003, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università di Trieste. "Suffix Trees: from exact to approximate string matching", 17 dicembre 2003, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università di Trieste. Kolmogorov Complexity and lower bound proving, 23 Febbraio 2004, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università di Udine. Kolmogorov Complexity and its informational meaning, 2 Marzo 2004, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università di Trieste. Protein Folding Simulation in CCP, 3 Giugno 2004, student session at 1st International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics, Lipari, Italy. BuST - Bundled Suffix Trees, 21 Marzo 2005,, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Università di Udine. Multi-Agent Simulation of Protein Folding, 8 Luglio 2005, EBI, Cambridge, UK. Multi-Agent Simulation of Protein Folding, 20 Luglio 2005, EASSS 2005, Utrecht, NL. Multi-Agent Simulation of Protein Folding, 16 Settembre 2005, BCI 2005, Dobbiaco, IT. Perspectives on concurrency and Biological Systems, 12 dicembre 2005, SISSA, Trieste, IT. Multi-Agent Simulation of Protein Folding, 13 dicembre 2005, FIRB meeting, Verona, IT. Perspectives on concurrency and Biological Systems, 9 febbraio 2006, Workshop on Bioinformatics, Trieste, IT. Fuzzy Codebooks and Fuzzy Channels, 15 febbraio 2006, GNCS meeting, Milano, IT. Stochastic Concurrent Constraint Programming, 10 aprile 2006, PRIN meeting, Padova, IT. From Process Algebras to Differential Equations and Return, 21 Aprile 2006, Dagsthul, Germany. Bioinformatica: un mix tra biologia, matematica ed informatica, 28 aprile 2006, Trieste, IT (lezione per il corso di Biotecnologie Mediche).

5 Corsi Tenuti: Teaching Activity Teoria dell 'Informazione (Secondo Modulo- Codici di Canale). AA , Laurea Specialistica in Informatica, Università di Udine. Laboratorio di Algoritmi e Strutture Dati AA , Laurea Triennale in Informatica, Università di Udine. Fondamenti Logici dell'informatica. AA , Laurea Triennale in Informatica, Università di Trieste. Other Teaching Activity: Tutor per i corsi di Analisi 1 e Fisica 1, AA , Laurea Triennale in Matematica, Università di Trieste. Correlatore delle seguenti tesi: Bosco Matteo, Studio dei SAW su reticolo SQ. Laurea di 1 Livello in Informatica, Universita di Udine. Relatore: prof. Agostino Dovier. D Arrigo Giulio, Determinazione dei Self-avoiding Walks su vari reticoli: algoritmo del pivot. Laurea di 1 Livello in Informatica, Universita di Udine. Relatore: prof. Agostino Dovier. Pivetta Fabio, Determinazione dei Self-avoiding Walks su vari reticoli: algoritmo slithering snake. Laurea di 1 Livello in Informatica, Universita di Udine. Relatore: prof. Agostino Dovier. Pignaton Fabio, Simulazione multiagente del processo di folding di proteine. Laurea di 1 Livello in Informatica, Universita di Udine. Relatore: prof. Agostino Dovier. Zardini Marco, Simulazione concorrente del processo di folding di proteine. Laurea di 1 Livello in Informatica, Universita di Udine. Relatore: prof. Agostino Dovier.

6 Pubblicazioni Articoli su Giornali Scientifici P. Vicig, L. Bortolussi. Fuzzy Possibilities as Upper Previsions, International Journal of Uncertainty, Fuzziness and Knowledge-based Systems, Vol. 12, No. 5, , October L. Bortolussi, A. Dal Palu', A. Dovier, F. Fogolari. Agent-based Protein Folding Simulation. In Intelligenza Artificiale, Anno II, n. 1, Marzo A. Sgarro, L. Bortolussi. Codeword Distinguishability in Minimum Diversity Decoding. To appear in Journal of Discrete Mathematics and Criptography. Atti di Conferenze L. Bortolussi, A. Dal Palu', A. Dovier. Constraint-based tools for protein folding. DEMO. Proceedings of Convegno Italiano di Logica Computazionale, CILC'04, pp , Parma, June L. Bortolussi, A. Sgarro. Fuzzy Integrals and Error Correction in a Telephone Network with Sensitive Users. Proceedings of the International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, IPMU 2004, Perugia, 4 9 July L. Bortolussi, A. Dal Palù, A. Dovier, and F. Fogolari. Protein Folding Simulation in CCP, Proceedings of 2 nd Workshop on Concurrent Models in Molecular Biology, BioConcur 2004, satellite of Concur 2004, London, 30 August L. Bortolussi, A. Dal Palù, A. Dovier, and F. Fogolari. Protein Folding Simulation in CCP, Proceedings of IX Convegno della Associazione Italiana Intelligenza Artificiale, AI*IA 2004, Perugia, September L. Bortolussi, F. Fabris, A. Policriti. Bundled Suffix Trees, Proceedings of annual meeting of the Bioinformatics Italian Society, BITS 2005, Milano, March L. Bortolussi, A. Dovier, F. Fogolari. Multi-Agent Simulation of Protein Folding.

7 Proceedings of 1 st International Workshop on Multi-Agent Systems for Medicine, Computational Biology, and Bioinformatics, MAS-BIOMED 2005, Utrecht (The Netherlands), 25 July L. Bortolussi, H. Wiklicky. A Distributed and Probabilistic Concurrent Constraint Programming Language.Proceedings of 21st International Conference of Logic Programming, ICLP 2005, Sitges (Spain), 2-4 October 2005, Lecture Notes in Computer Science, LNCS 3368, Springer-Verlag, M. Gabbrielli and G. Gupta (Eds.), pp L. Bortolussi. Concurrent Methodologies for Global Optimization. Doctoral Consortium. Proceedings of 21 st International Conference of Logic Programming, ICLP 2005, Sitges (Spain), 2-4 October 2005, Lecture Notes in Computer Science, LNCS 3368, Springer-Verlag, M. Gabbrielli and G. Gupta (Eds.), pp L. Bortolussi, A. Sgarro. Constraint Satisfaction Problems on DNA Strings. Proceedingsof 1 st Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics,, satellite of ICLP 2005, Sitges (Spain), 5 October L. Bortolussi. Stochastic Concurrent Constaint Programming. Proceedings of 4 th International Workshop of Quantitative Aspects of Programming Languages, QAPL 2006, Wien, Austria, 1-2 April F. Fogolari, L. Pieri, L. Bortolussi, A. Dovier. A statistical empirical energy function for proteins.proceedings of annual meeting of the Bioinformatics Italian Society, BITS 2006, Bologna, April L. Bortolussi, A. Sgarro. Channel Models for DNA Word Design. Proceedings of SIMAI, Baia Samuele, Ragusa, May Report Tecnici L. Bortolussi, P. Vicig, Fuzzy Possibilities as Upper Previsions, Quaderni del dipartimento di Matematica Applicata "B. de Finetti", 4/2003.

8 Articoli Sottomessi L. Bortolussi, A. Dovier, F. Fogolari. Multi-Agent Protein Structure Prediction. Submitted to Journal. L. Bortolussi, A.Sgarro. Fuzzy Codebooks for DNA Word Design. To be presented at IPMU 2006, Paris, July L. Bortolussi, F. Fabris, A. Policriti. BuST - Bundled Suffix Trees. To be presented at IFIP-TCS 2006, Santiago, Chile, August L. Bortolussi, A.Sgarro. Possibilistic channels for DNA word design. To be presented at SMPS 2006, Bristol, September In Preparazione L. Bortolussi, A. Policriti. Connecting Process Algebras and Differential Equations for Systems Biology. L. Bortolussi. Modeling Biological Systems in Stochastic Concurrent Constraint Programming. Tutte le pubblicazioni sono disponibili on line presso Ulteriori informazioni sono disponibili presso i seguenti esperti: Alberto Policriti Angelo Montanari Agostino Dovier Andrea Sgarro Francesco Fabris Herbert Wiklicky Luca Bortolussi