Manuela Oppo - Curriculum Vitae

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1 Manuela Oppo - Curriculum Vitae Dati Anagrafici Manuela Oppo Nata a Cagliari il 10 Luglio 1976 Residente in Via Asproni n 3 C.a.p.: Città: Pula (CA) Tel: ; moppo@crs4.it Nazionalità: Italiana Istruzione e formazione Giugno 2013 Partecipazione al corso teorico pratico dal titolo Analisi di dati Next Generation Sequencing in Galaxy:exome, Rna-Seq, meta genomica (18 ore) presso il Parco Tecnologico della Sardegna- Polaris loc. Piscinamanna, Pula (CA). 7 Febbraio 2013: Master di II livello in Bioinformatica conseguito presso l Università degli studi di Cagliari- Facoltà di Scienze MM.FF.NN. Titolo del Project Work: Analysis and Interpretation of NGS/Exome Sequencing Data in Biomedicine. Tirocinio (350 ore) svolto presso il Laboratorio di Bioinformatica del CRS4, Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). 5-9 Settembre Partecipazione alla Summer School Next Generation Sequencing and Genome Wide Association Studies presso il Parco Tecnologico della Sardegna- Polaris loc. Piscinamanna, Pula (CA) 24 Luglio 2008: Laurea in Scienze Biologiche (Vecchio Ordinamento-5 anni) con votazione 110/110 e lode conseguita presso : l Università degli studi di Cagliari Facoltà di MM.FF.NN., corso di laurea in Scienze Biologiche. Titolo della Tesi: Culicoides obsoletus s.l.: analisi della regione ITS 2 rdna in popolazioni della Sardegna e dell Italia centrale Studente interno, presso il Dipartimento di Biologia Sperimentale Bernardo Loddo - Sezione di Genetica, diretto dalla Prof.ssa Annalisa Marchi, per la preparazione della tesi di Laurea (sperimentale) dal titolo: Culicoides obsoletus s.l.: analisi della regione ITS2-rDNA in popolazioni della Sardegna e dell Italia centrale Diploma: Maturità Scientifica (5 anni)- Liceo Leon Battista Alberti Cagliari con votazione 48/60.

2 Abilitazioni Seconda Sessione 2008: Conseguita abilitazione per l iscrizione all Albo dei Biologi Lingue Straniere INGLESE: buona conoscenza della lingua sia scritta che orale. Attestato di partecipazione al corso Sardegna Speaks English livello CEFR B1. Esperienze Professionali 25 Luglio Luglio 2014: Contratto di lavoro a progetto per la messa in opera di una piattaforma di nuova generazione per l acquisizione a grande scala di dati biologici. CRS4; Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). 1 Luglio luglio 2013 Contratto di prestazione occasionale CNR. Applicazione protocollo Illumina per il sequenzismento dell esoma umano e successiva analisi bioinformatica dei dati ottenuti attraverso la piattaforma Galaxy. CNR-INN Istituto di ricerca Genetica e Biomedica Cittadella Universitaria di Monserrato, S.S. 554 bivio per Sestu Km 4,500, Monserrato (CA). 23 Aprile Aprile 2013: Contratto di lavoro a progetto per attività di ricerca e sviluppo relative alla Sequencing and Genotyping Platform (SGP) Generazione dati di sequenza di acidi nucleici e gestione di sequenziatori di ultima generazione. CRS4; Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). 21 Marzo Marzo 2012: Contratto di lavoro a progetto per attività di ricerca e sviluppo relative alla Sequencing and Genotyping Platform (SGP) Generazione dati di sequenza di acidi nucleici e gestione di sequenziatori di ultima generazione. CRS4; Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). Ottobre2010-Gennaio 2011: Collaboratrice esterna Fondi FISM (Fondazione Italiana Sclerosi Multipla). Svolta attività di sequenziamento massivo di campioni Sardi tramite l utilizzo di sequenziatori di ultima generazione (GAIIx e HiSeq 2000) presso il Laboratorio di Genotyping and Sequencing del CRS4, c/o Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). Febbraio Ottobre 2010: Vincitrice del Bando per l assegnazione di 20 borse di studio da svolgersi presso le aziende e i centri di ricerca insediati nella sede di Pula del Parco Tecnologico Sardegna Ricerche con il progetto di formazione dal titolo: Analisi della variabilità genetica in Sardegna che è stato svolto presso il Laboratorio di Immunogenetica Dip. Scienze Biomediche-Università degli studi di Sassari, blocco 5 e presso

3 il Laboratorio di Genotyping and Sequencing del CRS4, Edificio 3, Parco Tecnologico della Sardegna, Loc. Piscinamanna, Pula (CA). Anno accademico 2008/2009: Tutor di Genetica presso la facoltà di Scienze MMFFNN dell Università di Cagliari per il corso di studio di Biologia Sperimentale. Capacità e competenze organizzative - Buone capacità organizzative delle attività didattiche, di coordinamento e di interazione con i docenti e gli studenti affinate nel corso dell esperienza come tutor. - Organizzazione del lavoro in laboratorio: l esperienza lavorativa mi ha permesso di affinare le capacità e di svolgere la mia attività in maniera completamente autonoma, di occuparmi della progettazione del disegno sperimentale, della realizzazione pratica degli esperimenti e di partecipare attivamente all organizzazione del laboratorio. Competenze Tecniche - Ottima conoscenza e capacità di lavoro autonomo relativi alla gestione della piattaforma di sequenziamento di nuova generazione dell Illumina sia su Genome Analyzer IIx che HiSeq2000. Preparazione delle librerie di DNA mediante sonicazione (sonicatore Covaris), ligazione degli adattatori ed amplificazione e successivi controlli di qualità (gel d agaroso) e di quantità (Agilent 2100 Bioanalyzer). Ottima conoscenza dei vari protocolli di preparazione di preparazione delle flowcell mediante l utilizzo della Cluster station e della c-bot cluster generation System. Attività di manutezione degli strumenti. Ottima conoscenza dei software di gestione Illumina, monitoraggio di qualità delle corse di sequenziamento e buona abilità nel risolvere i problemi inerenti il sequenziamento massivo. Durante gli ultimi anni, ho preparato le librerie e sequenziato con successo i Dna di svariati individui utilizzando diversi protocolli (preparazione librerie whole genome tru seq ed exome enrichment) e partecipando alla messa a punto degli strumenti HiSeq Ottima conoscenza delle principali metodologie di laboratorio di biologia molecolare: estrazione DNA da sangue umano mediante metodo del salting out e da insetti; analisi quantitativa e qualitativa del DNA mediante gel d agaroso e nanodrop 1000; PCR; clonaggio in vettori; digestioni con enzimi di restrizione e analisi dei frammenti di restrizione (RFLP); elettroforesi di proteine su gel di poliacrilamide. Estrazione RNA e linfociti da sangue periferico. Preparazione campioni per sequenziamento su 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems). - Ottima conoscenza e dimestichezza con le principali strumentazioni di un laboratorio chimico e biologico (es. vetreria, autoclave, bilancia, cappe, bagni termostatati, apparecchiature per l elettroforesi etc..) -Buona dimestichezza con allineamento, interpretazione e analisi di sequenze di DNA. - Capacità di sviluppo su Galaxy di un workflow per l analisi di dati NGS in particolare di Exome Data.

4 Conoscenze Informatiche - Buona conoscenza del computer, internet e dei principali software in ambiente windows XP, windows 7 e Vista e del pacchetto Office. Conoscenza base di Linux. Buona conoscenza di software specifici come : Bioedit, DNAsp, Darwin, IGV. - Ottima conoscenza dei software di gestione Illumina (HiSeq Control Software, Genome Analyzer Data Collection Software SCS2.8). - Buona conoscenza della piattaforma Galaxy. Pubblicazioni 2013 Alessandra Pangrazio, Alessandro Puddu, Manuela Oppo, Maria Valentini, Luca Zammataro, Ashok Vellodi, Blanca Gener, Isabel Llano-Rivas, Jamal Raza, Irum Atta, Paolo Vezzoni, Andrea Superti- Furga, Anna Villa, Cristina Sobacchi Exome sequencing identifies CTSK mutations in patients originally diagnosed as intermediate osteopetrosis. Bone Elsevier pages vol. 59 num february 2014 doi: doi: /j.bone Orrù V., Steri M., Sole G., Sidore C., Virdis F., Dei M., Lai S., Zoledziewska M., Busonero F., Mulas A., Floris M., Mentzen W. I., Urru S. A. M., Olla S., Marongiu M., Piras M. G., Lobina M., Maschio A., Pitzalis M., Urru M. F., Marcelli M., Cusano R., Deidda F., Oppo M., Pilu R., Reinier F., Berutti R., Pireddu L., Zara I., Porcu E., Kwong A., Brennan C., Tarrier B., Lyons R., Kang H.M., Uzzau S., Atzeni R., Valentini M., Firinu D.,Leoni L., Rotta G., Naitza S., Angius A., Congia M., Whalen M. B., Jones C. M.,Schlessinger D., Abecasis G. R., Fiorillo E., Sanna S., Cucca F.- Genetic variants regulating immune cell levels in health and disease. Cell, September 26, 2013; 155: Francalacci P, Morelli L, Angius A, Berutti A, Reinier F, Atzeni R, Pilu R, Busonero F, Maschio A, Zara I, Sanna D, Useli A, Urru MF, Marcelli R, Cusano R, Oppo M, Zoledziewska M, Pitzalis M, Deidda F, Poddie F, Kang HM, Li B, Tofanelli S, Alonso S, Dei M, Lai S, Mulas A, Whalen MB, Uzzau S, Jones C, Schlessinger D, Abecasis GR, Sanna S, Sidore C, and Cucca F.-Low pass DNA sequencing of 1,200 Sardinians reconstructs European Y chromosome phylogeny. Science, August 2, 2013; 341: Pili, E., Carcangiu, L., Oppo M., and Marchi, A.. - Genetic structure and population dynamics of the biting midges Culicoides obsoletus and Culicoides scoticus: implications for the transmission and maintenance of blue tongue. Med Vet Entomol Dec.; 24(4): Poster/Abstract/Comunicazioni a Congressi Ottobre E Porcu, C Sidore, M Steri, A Mulas, M Zoledziewska, F Busonero, A Maschio, F Danjou, G Pistis, MG Piras, M Dei, S Lai, HM Kang, C Brennan, R Berutti, MF Urru, M Oppo, A Angius, D schlessinger, F Cucca, G Abecasis,S Naitza, S Sanna -Sequencing-based GWAS contributes to the

5 refinement of association signals for inflammatory markers in Sardinians-ASHG/ Annual meeting, Ottobre 2013 Boston. Giugno E. Mereu, M. Pitzalis, R. Berutti, M. Oppo, C. Sidore, M. Zoledwieska, M. Valentini, A. Puddu, F. Deidda, R. Galanello, P. Pusceddu, M.P. Frongia, C. Jones, A. Angius, S. Sanna, F. Cucca. - Whole-exome sequencing in pedigrees segregating Type 1 Diabetes. - ESHG, giugno 2013, Paris, France, (European Society of Human Genetics) Novembre 2012-J.Bragg-Gresham, S. Sanna, C. Sidore, A. Mulas, F. Busonero, A. Maschio, M. Urru, F. Reinier, R. Berutti, M. Marcelli, R. Cusano, M. Oppo, D. Pitzalis, M. Zoledziewska, A. Angius, C. Jones, A. Cao, M. Uda, S. Kardia, D. Schlessinger, F. Cucca, G. Abecasis. Heritability of the Variation in Aging in Two Longitudinal Family Cohort Studies: SardiNIA/Progenia Study and Framingham Heart Study.- ASHG /Annual meeting, 6 Novembre 2012 San Francisco. Novembre 2012-C. Sidore, S. Sanna, A. Kwong, H.M. Kang, R. Cusano, M. Pitzalis, M. Zoledziewska, A. Maschio, F. Busonero, M.Lobina, A. Angius, R. Lyons, B. Terrier, C. Brennan, R. Atzeni, A.Mulas, M. Dei, M. Piras, S. Lai, F. Reinier, R. Berutti, C. Jones, M.Marcelli, M. Urru, M. Oppo, D. Schlessinger, G. Abecasis, F.Cucca- Whole Genome Sequencing of 2100 Individuals in the founder Sardinian Population.- ASHG /Annual meeting 6 Novembre 2012 San Francisco Novembre 2012-I.Zara, E. Porcu, M. Zoledziewska, M. Pitzalis, M. Valentini, A. Mulas, F. Busonero, R. Atzeni, M. Oppo, F. Reinier, R. Berutti, R. Pilu, F.Deidda, C. Sidore, R. Piras, A. Loi, Sonia. Sanna, E. Cocco, F. Poddie, G.Farina, G. Rosati, L. Lianas, G. Cuccuru, G. Zanetti, A. Angius, M.G. Marrosu, C.M. Jones, G.R. Abecasis, S. Sanna, F. Cucca- Sequencing-based and multiplatform Genome-Wide Association Study for Multiple Sclerosis and Type 1 Diabetes in Sardinians.- ASHG /Annual meeting 6 Novembre 2012 San Francisco Giugno I. Zara, M. Oppo, F. Chiappe, F. Reiner, R. Berutti, R. Atzeni, C. Jones, V. Dessì, C. Perria, V. Pes, G. Serra, M. Valentini, A. Angius, S. Sanna, F. Cucca, L. Crisponi.- Unravelling the genetic causes of syndromic Intellectual Disability in the era of exome sequencing- ESHG,21-26 Giugno 2012 Norimberga. Giugno R. Berutti, Reiner F., Atzeni R., Angius A., Cusano R., Marcelli M., Oppo M., Pilu R., Urru M. F., Valentini M., Zara I., Sanna S., Cucca F., Jones C. - QCTool: an efficient toolkit to automatically generate quality metrics of next-generation sequencing data.- ESHG, Giugno 2012 Norimberga Ottobre J.Bragg-Gresham, S. Sanna, S. Kardia, G. Abecasis, M. Uda, C. Sidore, F. Cucca, A. Cao, A. Mulas, F. Busonero, F. Reiner, R. Berutti, A. Maschio, M. F. Urru, M. Marcelli, R. Cusano, M. Oppo, M. Pitzalis, M. Zoladziewska, A. Angius, C. Jones, D. Schlessinger Genetic Association with the variation in Aging from the Sardinia/Progenia Project.- ASHG/ICHG, 11 Ottobre 2011 Montreal.

6 Ottobre C. Sidore, S. Sanna, F. Busonero, W. Chen, H. M. Kang, C. Fuchsberger, F. Reiner, R. Berutti, D. Hovelson, M. F. Urru, M. Marcelli, R. Cusano, M. Oppo, A. Maschio,, M. Pitzalis, M. Zoladziewska, A. Angius, R. Nagaraja, M. Uda, D. Schlessinger, C. Jones, F. Cucca, G. Abecasis- Whole Genome Sequencing of 1000 individuals in an Isolated Population ASHG/ICHG, 13 Ottobre 2011 Montreal. Ottobre 2011 S. Rashkin, T. Blackwell, C. Sidore, S. Sanna, F. Busonero, W. Chen, H. M. Kang, C. Fuchsberger,, F. Reiner, R. Berutti, F. Deidda, M. F. Urru, M. Marcelli, R. Cusano, M. Oppo, A. Maschio,, M. Pitzalis, M. Zoladziewska, A. Angius, R. Nagaraja, M. Uda, D. Schlessinger, C. Jones, F. Cucca, G. Abecasis- Likelihood Based Deletion Analysis in a Sample of Sequenced Sardinian Individuals.- ASHG/ICHG 13 Ottobre 2011 Montreal Pili, E., Carcangiu, L., Oppo M., and Marchi, A. - Genetic characterization and temporal distribution of Culicoides species belonging to the Obsoletus Complex. Atti Bluetongue Satellite Symposium, Brescia: 40. Partecipazione a Seminari e Congressi 27 Marzo 2012 Seminario Illumina Next Generation Sequencing: dalla ricerca di base alla future diagnostica molecolare -Cagliari 23 Giugno 2013 Simposio Illumina A Sequencer for every need. Every budget. Every lab. - Roma Bluetongue Satellite Symposium Bluetongue in Europe back to the future!! -june 7 th 2008,Brescia, Italy.