Il Dipartimento CIBIO

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Marcello Rosso
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2 Il Dipartimento CIBIO

Il progetto di sviluppo CIBIO 42 Ricercatori - 250 persone 2018 Centro > Dipartmento Investimento PAT (2012 2016): 18 M 23 tecnici - 10 core facilities

in Biologia Quantitativa e Computazionale 1 tecnico- 1 core facility 6 Ricercatori 9 Ricercatori 2007 2008 2009 2010 2011 2012 Dottorato internazionale

3 Il progetto di sviluppo CIBIO 42 Ricercatori persone 2018 Centro > Dipartmento Investimento PAT ( ): 18 M 23 tecnici - 10 core facilities Ricercatori 110 persone 5 tecnici 5 core facilities 27 Ricercatori 180 persone 12 tecnici 8 core facilities Laurea Magistrale in Biologia Quantitativa e Computazionale 1 tecnico- 1 core facility 6 Ricercatori 9 Ricercatori Dottorato internazionale in Biomolelcular Sciences Laurea Triennale in Scienze e Tecnologie Biomolecolari Laurea Magistrale in Biotecnologie Cellulari e Molecolari Inizio del progetto

4 Posizionamento Scientifico del CIBIO Ricerca di base ed applicata: Studio dei meccanismi biologici fondamentali in condizioni fisiologici e di malattia. Ricerca di nuovi marcatori e nuove terapie. Innovazione tecnologica. Al primo posto nel settore delle Scienze Biologiche tra le Università statali italiane nel rapporto per la Valutazione della Qualità della ricerca del ANVUR (rapporto ANVUR ).

5 The Group Leaders

Attractiveness of young talents CIBIO is the most funded centre by the Armenise-Harvard Foundation 2 ricercatori all Istituto Oncologico Europeo, Milano 2 ricercatori all Istituto Oncologico Europeo,

6 Attractiveness of young talents CIBIO is the most funded centre by the Armenise-Harvard Foundation 2 ricercatori all Istituto Oncologico Europeo, Milano 2 ricercatori all Istituto Oncologico Europeo, Milano 1 ricercatore all'università di Milano 4 ricercatori all Istituto San Raffaele, Milano Sheref Mansy 5 ricercatori al CIBIO, Trento Marie-Laure Baudet Andrea Lunardi Luca Tiberi Luca Fava 1 ricercatore al CNR Istituto di Neuroscienze, Milano 1 ricercatore all Istituto SISSA, Trieste 1 ricercatore all'università del Piemonte Orientale, Novara 1 ricercatore all'università di Pavia 1 ricercatore Venetian Institute of Molecular Medicine, Padova 1 ricercatore all'università di Padova 1 ricercatore all'università La Sapienza, Roma 1 ricercatore all Istituto EBRI, Roma 1 ricercatore all Istituto Tigem, Napoli 1 ricercatore all'università di Palermo

7 A «security» belt

8 The Core Facilities ADVANCED IMAGING CELL ANALYSIS & SEPARATION HIGH THROUGHPUT SCREENING & VALIDATION NEXT GENERATION SEQUENCING BIO-ANALYTICAL MASS SPECTROMETRY MODEL ORGANISM PROTEIN TECHNOLOGY BIOINFORMATICS CELL TECHNOLOGY GRANT SUPPORT LAB MANAGEMENT

9 Core Facilities: numbers 10 Core Facilities (CFs) 23 staff 1 coordinator 4 Laboratory Management 1 Research Support 4 Administrative Staff

10 Facility di Organismi Modello Facility di High Throughput Screening

11 Facility di Genomica Facility di Proteomica

12 Facility di Genomica DNA sequencing ChIP-seq Whole genome Exome Gene panels Mitochondial DNA sequencing RNA sequencing mirna-seq stranded mrna-seq stranded total RNA-seq low input RNA-seq Targeted RNA Bioinformatica Metagenomics 16S 18S ITS Shotgun Sequencing (Nextera XT) Facility di Proteomica Proteins/Peptides Identification Protein expression (Shotgun analysis) Data-independent analysis Targeted protein expression Top-down and Bottom-up approaches Post-translational modifications Protein-protein interaction Protein quantification Label-free quantitation Label-based methods Targeted quantitation

Fondazioni Nazionali Fondazione CARITRO Altre Fondazioni Locali 23% Ministero

13 Finanziamento Extramurale M 1% 0% 6% 5% 7% 2% 1% 33% Commissione Europea Fondazioni Internazionali Fondazioni Nazionali Fondazione CARITRO Altre Fondazioni Locali 23% Ministero Istruzione, Università e Ricerca 22% Ministero Salute Provincia Autonoma di Trento Governo americano Progetti di ricerca ateneo UniTrento

14 Prodotto Scientifico 2013/2018 Circa 90 articoli/anno Impact factor medio = 7.0 Impact factor medio 2017 = 8.3 Più alto impact factor = articoli/anno su riviste con IF > Impact Factor (media) Numero pubblicazioni 40

15 CIBIO startups Stilla Biotech Alia Therapeutics

CIBIO Startup - Alia Therapeutics La piattaforma tecnologica di Alia permette di ridurre l attività aspecifica di Cas9 e facilita la sua somministrazione in

della tecnologia disponibile presso Alia sono state sviluppate attraverso progetti di ricerca all Università di Trento: A highly specific SpCas9 variant is

16 CIBIO Startup - Alia Therapeutics La piattaforma tecnologica di Alia permette di ridurre l attività aspecifica di Cas9 e facilita la sua somministrazione in vivo: 1) Ottimizzazione della specificità di Cas9 2) Ottimizzazione della somministrazione di Cas9 Terapie genetiche innovative per malattie incurabili Le basi della tecnologia disponibile presso Alia sono state sviluppate attraverso progetti di ricerca all Università di Trento: A highly specific SpCas9 variant is identified by in vivo screening in yeast Hit and go Cas9 delivered through a lentiviral based self-limiting circuit Nature Biotechnology, 2018 Nature Communications, 2017

17 I temi: «biologia integrata» BIOLOGIA CELLULARE e MOLECOLARE MICROBIOLOGIA e BIOLOGIA SINTETICA NEUROBIOLOGIA e NEUROPATOLOGIA BIOLOGIA e GENOMICA DEL CANCRO

18 Cancer Biology and Genomics PIs & Laboratories: 14 out of 40 PIs = 35%

Cancer Biology and Genomics Resistance to therapy Biomarkers Tumor evolution Drug screening RNA binding proteins Translational control in

19 Cancer Biology and Genomics Resistance to therapy Biomarkers Tumor evolution Drug screening RNA binding proteins Translational control in cancer human specimens, mouse, zebrafish, yeast organoids cell lines Prostate cancer Breast cancer Neuroblastoma Glioblastoma Medulloblastoma Melanoma

20 Cancer Biology and Genomics Defining Heritable Cancer Risk Variants in the Prostate; Functional Validation of Prostate Cancer Driving Mutations Prostate Cancer Secretome: biomarkers, oncogenic mechanisms, and novel therapeutic targets Designing and implementing novel computational strategies to understand the intricate links between inherited polymorphisms and somatic events in cancer Molecular and cellular mechanisms that regulates neural stem cells and neurons biology during brain cancer development (medulloblastoma, glioblastoma) Understanding the function and regulation of TERRA non coding RNA in human cancer cells Study and exploit Extracellular Vesicles to develop new liquid biopsy tools Using zebrafish models for cancer biology (melanoma, ocular melanoma, glioblastoma and myeloid leukemia)

21 Cancer Biology and Genomics Deciphering the role of epigenetic reprogramming in driving cell plasticity during tumor progression and metastasis Characterize the transcriptional and epigenetic mechanisms required for the growth of hepatic metastasis from colorectal cancer Determining crystallographic structures of proteins with an oncogenic role (Bromodomains, YTH domains) and develop chemical probes Developing new candidate drugs for neural cancers (neuroblastoma, glioblastoma) Development of HuR (ELAVL1) inhibitors; NAMPT inhibitors in cancer cells Mechanisms of chemoresistance in breast cancer (ETV7 & LAMPs) An mrna translation program in the p53-induced apoptotic responses

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