Curriculum vitae et studiorum ELEONORA MANGANO

Curriculum vitae et studiorum ELEONORA MANGANO TITOLI DI STUDIO 2009 Dottorato di Ricerca in Medicina Molecolare, Università degli Studi di Milano 2004 Laurea Specialistica in Bioinformatica, Università degli Studi di Milano-Bicocca 1997 Diploma di Abilitazione all esercizio della professione di Biologo, Università degli Studi di Messina 1996 Laurea in Scienze Biologiche indirizzo Fisio-Patologico, Università degli Studi di Messina FORMAZIONE POST-LAUREA Corso General Linear Model and Experimental Design using R, Milano 23-27 Marzo 2015 Training Tecnico sul software Cytogenomics v.3.0 per l analisi di array CGH (Comparative Genomic Hybridization), Cernusco su Naviglio (MI), 25 febbraio 2015 Corso RNA-seq Workshop, An introductory course to RNA-seq, AIRBB, Dip. Scienze Cliniche e Bilogiche, Az. Ospediera di Orbassano (TO), 1-2 marzo 2012 Corso Elementi di Bioinformatica per l analisi di dati NGS, Azienda Ospedaliero-Universitaria Careggi, Firenze, 21-23 settembre 2011 Corso Introduction to R, Cineca Casalecchio di Reno (BO), giugno 2008 Corso di scrittura articoli scientifici Effective Biomedical Writing, LITA Segrate (MI), marzo - giugno 2007 Corso di Programmazione Perl for Biologist, Cineca Casalecchio di Reno (BO), 11-15 ottobre 2004: Corso pratico sull analisi dati da Piattaforme Microarray, Dip. Processi Chimici dell Ingegneria Università di Padova, 16-20 febbraio 2004 ESPERIENZE PROFESSIONALI Febbraio 2014 - oggi: Ricercatrice con Assegno di Ricerca presso l Istituto di Tecnologie Biomediche - CNR, Segrate (MI), nell ambito del progetto di ricerca del Progetto bandiera NanoBreastImaging NANOMAX dal titolo Functionalized nanoparticles in the detection and treatment of mammary adenocarcinoma Marzo 2014 oggi: Ricercatrice con Assegno di Ricerca presso l Istituto di Tecnologie Biomediche - CNR, Segrate (MI), nell ambito del progetto Sviluppo di metodologie di indagine genomica basate su piattaforme tecnologiche ad alta produttività Modulo Epigenomica (EPIGEN) e Tecnologie ad Array prot. 0000482 attività svolta: analisi e sviluppo di metodologie bioinformatiche di dati derivati da piattaforme tecnologiche di sequenziamento ultramassivo e tecnologie ad array. 2011 Febbraio 2014: Ricercatrice con Assegno di Ricerca presso l Istituto di Tecnologie Biomediche - CNR, Segrate (MI), nell ambito del progetto finanziato dalla Fondazione CARIPLO From Genome to Antigen: a Multidisciplinary Approach towards the Development of an Effective Vaccine Against Burkholderia pseudomallei, the Etiological Agent of Melioidosis - Vaccini - prot. 2009/3577

attività svolta: analisi e sviluppo di metodologie tecnologiche di sequenziamento ultramassivo. bioinformatiche di dati derivati da piattaforme 2009-2011: Ricercatrice con Contratto di collaborazione Coordinata e Continuativa a Progetto, presso l Istituto di Tecnologie Biomediche - CNR, Segrate (MI), nell ambito del progetto FIRB Grandi Laboratori Laboratorio Nazionale sulle nanotecnologie per Genomica e Post-Genomica - NG_Lab, prot. RBLA03ER38_004 attività svolta: analisi bioinformatica e statistica di dati ottenuti dall applicazione di tecnologie microarray 2007-2009: Ricercatrice con Assegno di Ricerca presso l Università degli Studi di Milano, nel programma di ricerca Sicurezza Agroalimentare: protocolli diagnostici ed innovazione tecnologica per il benessere e la prevenzione delle malattie, Progetto Safe-eat attività svolta: sviluppo di tecnologie informatiche nell ambito del settore della diagnostica molecolare e clinica per l analisi trascrizionale e per lo studio della variabilità genetica ad alta definizione 2004-2005: Ricercatrice con Contratto di collaborazione coordinata e continuativa a Progetto, Università degli Studi di Milano, nell ambito del progetto FIRB Identificazione di alterazioni molecolari per la diagnosi e la prognosi del carcinoma renale con tecniche Genomiche e Proteomiche, prot. RBNE01HCKF_002 attività svolta: elaborazioni bioinformatiche di dati genomici relativi alla variazione del numero di copie cromosomiche (CNV) e alla perdita di eterozigosità (LOH). Analisi bioinformatica e statistica dei profili di espressione genica ottenuti da piattaforme microarray. 1998-2002: Impiegata presso la Società LSG Sky Chef S.p.A (Azienda di Catering) Malpensa (VA), svolgendo attività di Controllo di Qualità 1997-1998: Impiegata presso il centro Nuclear Laser Medicine Settala (MI), svolgendo attività di Product Specialist per la diagnostica di laboratorio 1996-1997: Tirocinio pratico presso gli Ospedali Riuniti di Reggio Calabria 1992-1996: Impiegata presso il laboratorio d analisi chimico cliniche e radioimmunologiche IDEA di Reggio Calabria ATTIVITA DIDATTICA 12 Marzo 2015: Relatrice per una lezione del Dottorato di Ricerca in Medicina Molecolare e Traslazionale, Università degli Studi di Milano - Palazzo LITA, Segrate (MI) 25-27 Ottobre 2010: Relatrice al Corso di aggiornamento di Virtual Karyotyping attraverso la tecnologia SNP-array: analisi dati - Centro Congressi IST, Genova 15 Giugno 2004: Relatrice per una lezione del Dottorato di Ricerca in Medicina Molecolare, Università degli Studi di Milano - Palazzo LITA, Segrate (MI)

COMPETENZE TECNICHE Ottima conoscenza del sistema operativo Windows e Unix del pacchetto Office 2010 (Word, Excel, Publisher, Power Point e Access). Conoscenze di base della programmazione Perl e in ambiente R Ottima conoscenza di software e strumenti per l'analisi statistica e bioinformatica: - Analisi dati di microarray: epressione genica e genotipizzazione (R, Genotyping Console, CNAG, dchip, TmeV) - Analisi funzionale e analisi di Pathway : arricchimento, annotazione (DAVID, GSA, ToppGene, ToppCluster) - System biology e analisi di network - Database e repository: Ensembl, UCSC, Uniprot - Analisi dati di sequenziamenti ultramassivi (Exome, Exome CNV, Targeted Resequencing, RNAseq) da differenti piattaforme (Roche 454, Roche Junior, Illumina GAIIx e Illumina Miseq): CLC Genomics, Partek GS, SAMtools, Bioconductor, Affy Power Tools, BWA, GATK, ExCavator, Revister. - allineamento di sequenze e strutture proteiche:blast, ClustalW, Rasmol, SwissPdbviewer. PARTECIPAZIONI A CONFERENZE E SEMINARI 1 Simposio Nazionale SLA, Napoli 12-13 Novembre 2015 XVIII Congresso Nazionale della Società di Genetica Umana, Rimini 23 Ottobre 2015 Congresso Human Gut Microbiome and Disesase, Milano 26-26 Giugno 2015 Congresso Scientifico AISM Insieme,più forti della sclerosi multipla 27-29 Maggio 2015 5 Convegno AriSLA Nuove Prospettive di Ricerca. per un Futuro senza SLA, Milano 26 settembre 2014 Workshop RNA-Seq Workshop for Bioinformatician, Milano 11 giugno 2014 Workshop Tecnologia 454: una finestra sulla biodiversità microbica, Milano 21 novembre 2013 4 Convegno AriSLA Nuove Prospettive di Ricerca. per un Futuro senza SLA, Milano 21 giugno 2013 XV Congresso Nazionale della Società di Genetica Umana, Sorrento 21 23 novembre 2012 Convegno Iperinsulinismi Congeniti, aspetti epidemiologici, clinici e genetici, Varese 16 novembre 2012 Workshop Sequenziamento di nuova generazione (NGS): applicazioni in ricerca e diagnostica, E.O. Ospedali Galliera di Genova 24 ottobre 2012 Workshop Ricerca AISM progetti centrati sulla persona, Roma 30-31 maggio 2012 Seminar Illumina A Sequenzer for every need. Every budget. Every lab, Milano 16 giugno 2011 Seminario Regolare I geni con I microrna, LITA di Segrate (MI) 05 maggio 2010 Convegno 8 a Giornata di Studio sulle Cellule Staminali (UniStem), Milano 29 gennaio 2010 Workshop Educational Workshop - Istituto Nazionale dei Tumori, Milano 06 ottobre 2008 Convegno 5 a Giornata di Studio sulle Cellule Staminali (UniStem), Milano 20 giugno 2008 Convegno Bioforum, Milano 22-23 settembre 2004

Convegno Reti neurali artificiali (ANNs): un valore aggiunto in Oncologia?, Istituto Ricerche Farmacologiche Mario Negri Milano 29 ottobre 2003 Meeting Microarray 2004 IV Convegno Nazionale sulla Tecnologia, LITA di Segrate (MI) 11 giugno 2003 LINGUA STRANIERA Buona conoscenza della lingua inglese, scritta e orale PUBBLICAZIONI Longhin E, Capasso L, Battaglia C, Proverbio MC, Cosentino C, Cifola I, Mangano E, Camatini M, Gualtieri M. Integrative transcriptomic and protein analysis of human bronchial BEAS-2B exposed to seasonal urban particulate matter. Environ Pollut. 2016 Feb;209:87-98. doi: 10.1016/j.envpol.2015.11.013. Epub 2015 Dec 7. Cifola I, Lionetti M, Pinatel E, Todoerti K, Mangano E, Pietrelli A, Fabris S, Mosca L, Simeon V, Petrucci MT, Morabito F, Offidani M, Di Raimondo F, Falcone A, Caravita T, Battaglia C, De Bellis G, Palumbo A, Musto P, Neri A. Whole-exome sequencing of primary plasma cell leukemia discloses heterogeneous mutational patterns. Oncotarget. 2015 Jul 10;6(19):17543-58. Sancini G, Farina F, Battaglia C, Cifola I, Mangano E, Mantecca P, Camatini M, Palestini P. Health risk assessment for air pollutants: alterations in lung and cardiac gene expression in mice exposed to Milano winter fine particulate matter (PM2.5) PLoS One. 2014 Oct 8;9(10) :e10968 Magi A, Tattini L, Cifola I, D'Aurizio R, Benelli M, Mangano E, Battaglia C, Bonora E, Kurg A, Seri M, Magini P, Giusti B, Romeo G, Pippucci T, Bellis GD, Abbate R, Gensini GF. EXCAVATOR: detecting copy number variants from whole-exome sequencing data Genome Biol. 2013 Oct 30;14(10):R120 M. C. Proverbio, E. Mangano, A. Gessi, R. Bordoni, R. Spinelli, R. Asselta, P. Sogno Valin, S. Di Candia, I. Zamproni, C. Diceglie, S. Mora, M. Caruso-Nicoletti, A. Salvatoni, G. De Bellis, C. Battaglia. Whole genome SNP genotyping and exome sequencing reveal novel genetic variants and putative causative genes in congenital hyperinsulinism PLoS One. 2013 Jul 15;8(7):e68740 Cifola I, Pietrelli A, Consolandi C, Severgnini M, Mangano E, Russo V, De Bellis G, Battaglia C. Comprehensive genomic characterization of cutaneous malignant melanoma cell lines derived from metastatic lesions by whole-exome sequencing and SNP array profiling PLoS One. 2013 May 21;8(5):e63597

Sogno Valin P, Proverbio MC, Diceglie C, Gessi A, di Candia S, Mariani B, Zamproni I, Mangano E, Asselta R, Battaglia C, Caruso-Nicoletti M, Mora S, Salvatoni A. Genetic analysis of italian patients with congenital hyperinsulinism of infancy Horm Res Paediatr. 2013;79(4):236-42 Gualtieri M, Longhin E, Mattioli M, Mantecca P, Tinaglia V, Mangano E, Proverbio MC, Bestetti G, Camatini M, Battaglia C. Gene expression profiling of A549 cells exposed to Milan PM2.5 Toxicol Lett. 2012 Mar 7;209(2):136-45 C. Battaglia, E. Mangano, S. Bicciato, F. Frascati, S. Nuzzo, V. Tinaglia, C. Bianchi, R. A. Perego and Ingrid Cifola Capitolo Libro: Molecular Portrait of Clear Cell Renal Cell Carcinoma: An Integrative Analysis of Gene Expression and Genomic Copy Number Profiling Emerging Research and Treatments in Renal Cell Carcinoma, Robert J. Amato (Ed.), ISBN: 978-953-51-0022-5, InTech Cifola I, Bianchi C, Mangano E, Bombelli S, Frascati F, Fasoli E, Ferrero S, Di Stefano V, Zipeto MA, Magni F, Signorini S, Battaglia C, Perego RA. Renal cell carcinoma primary cultures maintain genomic and phenotypic profile of parental tumor tissues BMC Cancer. 2011 Jun 13;11(1):244 V. Tinaglia, I. Cifola, F. Frascati, E. Mangano, M. Biasolo, M.C. Proverbio, S. Bortoluzzi, V. Di Stefano, C. Bianchi, R. Perego, C. Battaglia. Poster: Integrated genomics analysis of gene and mirna expression profiles in clear cell renal carcinoma cell lines (CNIO Frontiers Meeting 2011 Madrid, 28-30 Marzo 2011) C. Battaglia, V. Tinaglia, I. Cifola, F. Frascati, E. Mangano, M. Biasiolo, S. Bortoluzzi, S. Bombelli, C. Bianchi, R. Perego. Meeting Abstract: Integration of gene and mirna expression profiles in clear cell renal carcinoma cell lines and relationship with VHL gene status EJC SUPPLEMENTS, 8 (5): 206-206 817 JUN 2010 C. Battaglia, V. Tinaglia, I. Cifola, F. Frascati, E. Mangano, M. Biasiolo, S. Bortoluzzi, S. Bombelli, C. Bianchi, R. Perego. Poster: Integration of gene and mirna expression profiles in clear cell renal carcinoma cell lines and relationship with VHL gene status (EACR21 Oslo, 26-29 Giugno 2010) Bardini M, Spinelli R, Bungaro S, Mangano E, Corral L, Cifola I, Fazio G, Giordan M, Basso G, De Rossi G, Biondi A, Battaglia C, Cazzaniga G. dna copy-number abnormalities do not occur in infant all with t(4;11)/mll-af4 LEUKEMIA, (2010). vol. 24; p. 169-176, ISSN: 0887-6924, doi: 10.1038/leu.2009.203 S. Bicciato, R. Spinelli, M. Zampieri, Mangano E, F. Ferrari, L. Beltrame, I. Cifola, C. Peano, A. Solari, C. Battaglia.

A computational procedure to identify significant overlap of differentially expressed and genomic imbalanced regions in cancer datasets NUCLEIC ACIDS RESEARCH, (2009). vol. 37; p. 5057-5070, ISSN: 0305-1048, doi: 10.1093/nar/gkp520 S. Di Candia, A. Gessi, G. Pepe, P. Sogno Valin, Mangano E., G. Chiumello, L. Gianolli, M.C. Proverbio, S. Mora. Identification of a diffuse form of hyperinsulinemic hypoglycemia by 18-fluoro-L-3,4 dihydroxyphenylalanine positron emission tomography/ct in a patient carrying a novel mutation of the HADH gene. EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY (2009). vol. 160; p. 1019-1023, ISSN: 0804-4643, doi: 10.1530/EJE-08-0945 I. Cifola, C. Bianchi, Mangano E., S. Bombelli, S. Ferrero, E. Fasoli, P. Brambilla, L. Beltrame, R. Perego, C. Battaglia (2008). Poster: Renal cell carcinoma primary cultures as in vitro model to study genomic profile of parental tumor tissues. International Congress of the European Association for Cancer Research (EACR). Lion, 2008 S. Bicciato, R. Spinelli, Mangano E, F. Ferrari, L. Beltrame, L. Zampieri, I. Cifola, C. Peano, C. Battaglia (2008). Oral presentation: A computational procedure to identify significant overlap of differentially expressed and genomic imbalanced regions in cancer datasets International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Riva del Garda, 2008 R. Spinelli, A. Gessi, M. Proverbio, Mangano E, F. Ferrari, I. Cifola, M. Bardini, G. Cazzaniga, A. Salvatoni, C. Battaglia. Poster: A computational approach to identify whole genome homozygosity mapping across multiple SNP mapping experiments. International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Riva del Garda, 2008 M. Bardini, L. Corral, Mangano E. R. Spinelli, G. Fazio, I. Cifola, A. Biondi, C. Battaglia, G. Cazzaniga. Poster: Infant ALL patients carrying t(4;11) have a different genotypic profile than older ALL children. Congress of the European Hematology Association (EHA). Copenhagen, 2008 F. Ferrari, R. Spinelli, Mangano E, L. Beltrame, M. Zampieri, I. Cifola, C. Peano, S. Bicciato, C. Battaglia. Poster: Identification of significant overlap of differentially expressed and genomic imbalanced regions in cancer datasets European conference on computational biology (ECCB). Cagliari, 2008 S. Di Candia, M. Bove, P. Sogno Valin, I. Zamproni, S. Mora, M.C. Proverbio, A. Gessi, Mangano E, R. Spinelli, C. Battaglia, L. Bosio, M. Caruso, A. Salvatoni, G. Chiumello. Poster: The first mutation in HADHSC gene in a Italian infant with congenital hyperinsulinism ESPE : Annual Meetic of the European Society for Paediatric Endocrinology. Istambul, 2008 A. Gessi, M.C. Proverbio, Mangano E. R. Spinelli, M. Bove, P. Sogno Valin, S. Di Candia, I. Zamproni, S. Mora, L. Bosio, M. Caruso, A. Salvatoni, G. Chiumello, C. Battaglia. Poster: Homozygousity mapping of congenital hyperinsulinism of infancy (CHI) in Italian patients. European Human Genetics Conference. Barcellona, 2008 M. Bove, P. Sogno Valin, S. Di Candia, I. Zamproni, S. Mora, M.C. Proverbio, Mangano E. R. Spinelli, C. Battaglia, L. Bosio, M. Caruso, A. Salvatoni, G. Chiumello.

Poster: Congenital hyperinsulinism of infancy (CHI) : clinical and metabolic evaluation, molecular analysis and phenotype correlation : Institution of the Italian National Registry.Retreat HSR. Stresa, 2008 Gessi, M.C. Proverbio, Mangano E. R. Spinelli, M. Bove, P. Sogno Valin, S. Di Candia, I. Zamproni, S. Mora, L. Bosio, M. Caruso, A. Salvatoni, G. Chiumello, C. Battaglia. Oral presentation: Defect in β-oxidation SCHAD enzyme in familial congenital hyperinsulinism of infancy (CHI) SIB LLP. Segrate, 2008 Severgnini M, Bicciato S, Mangano E., Scarlatti F, Mezzelani A, Mattioli M, Ghidoni R, Peano C, Bonnal R, Viti F, Milanesi L, De Bellis G, Battaglia C. Strategies for comparing gene expression profiles from different microarray platforms: application to a case-control experiment. ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, vol. 353; p. 43-56, ISSN: 0003-2697, doi: 10.1016/j.ab.2006.03.023 Spinelli R., Cifola I., Mangano E,, Ferrero S., Cordani N., Signorini., Mocarelli P., Battaglia C. Poster: Genome-wide single-nucleotide polymorphisms mapping and analysis of loss of heterozyigosity in clear cell renal cell carcinoma 8th International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society, MGED8, Bergen, Norvegia, 2005. Bicciato S., Mangano E., Frosini A., Luchini A., De Bellis G., Battaglia C. Strategies and tools for upgrading the information content of regulated gene lists from microarray experiments.minerva Biotecnologica, Anno 2003- Vol. 15-N. 04 Dicembre pag 223 Autorizzo il trattamento dei miei dati personali ai sensi della normativa 196/03 del 2003 Segrate (MI) lì, 02/03/2016