ASSE I Obiettivo Operativo Azione II Art.1 Art. 2

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1 AVVISO DI SELEZIONE DI PERSONALE DOCENTE PER LO SVILUPPO DI SPECIFICI MODULI DIDATTICI Programma Operativo Nazionale Ricerca e Competitività Regioni Convergenza ASSE I Sostegno ai mutamenti strutturali Obiettivo Operativo Reti per il rafforzamento del potenziale scientifico- tecnologico delle Regioni della Convergenza Azione II Laboratori Pubblico- Privati e Relative Reti PROGETTO DI FORMAZIONE: progetto prot. DM23492 dal titolo Laboratorio per lo sviluppo di strumenti bioinformatici Integrati per la genomica, la trascrittomica e la proteomica (LAB GTP) concepita in risposta al bando per la realizzazione e/o il potenziamento di laboratori di ricerca pubblico- privati, attraverso il finanziamento di progetti di ricerca industriale e di formazione Decreto Direttoriale 14 marzo 2005 prot. n. 602/Ric/2005 Obiettivo 8a Progetto e sviluppo di nuove tecnologie per l analisi e la identificazione, per via informatica, di geni e dei meccanismi della loro espressione. Titolo del progetto: Specialisti nei settori della Genomica e Bioinformatica a supporto dello sviluppo di nuove tecnologie per l analisi e la identificazione di geni e dei meccanismi della loro espressione. Art.1 Disposizioni Generali Il Consorzio Biogene, è soggetto attuatore del progetto di Formazione in epigrafe, collegato al seguenti progetto di ricerca, finanziato nell ambito del PROGRAMMA OPERATIVO NAZIONALE RICERCA E COMPETITIVITA : progetto prot. DM23492 dal titolo Laboratorio per lo sviluppo di strumenti bioinformatici Integrati per la genomica, la trascrittomica e la proteomica (LAB GTP) In quanto soggetto attuatore del sopraelencato progetto di ricerca, il Consorzio BIOGENE provvederà, attraverso la Società Consortile CEINGE Biotecnologie Avanzate di Napoli alla realizzazione di moduli didattici per i quali risulta necessario selezionare professionalità per lo svolgimento di una qualificata attività di docenza multidisciplinare ed interdisciplinare in favore dei partecipanti alle attività dei progetti formativi. Art. 2 Progetti formativi e moduli didattici

2 Il Progetto formativo include, tra gli altri, i seguenti moduli didattici: 1C. Algoritmi e strutture dati MA1 (81ore) Obiettivo del corso è uniformare le conoscenze di base relative agli algoritmi e strutture dati, nell ottica della loro applicazione a problemi di bioinformatica. Programma: modelli di calcolo e strategie d analisi, progettazione di algoritmi, analisi probabilistica e algoritmi randomizzati, strutture dati di base ed avanzate, algoritmi di base ed avanzati, studio di casi di interesse per la bioinformatica applicata alla genomica, proteomica e transcrittomica. 5 C. Sistemi operativi, calcolo parallelo e distribuito, griglie computazionali MA5 (81 ore) Scopo della parte iniziale del corso è di illustrare la struttura e le funzioni dei sistemi operativi mediante lo studio di metodologie, algoritmi e strutture dati e della loro implementazione in sistemi reali. Sara poi mostrato come utilizzare macchine parallele e clusters di workstations per raggiungere la potenza di calcolo necessaria a risolvere i problemi di interesse. Il corso presenta inoltre i concetti che stanno alla base delle griglie computazionali e discute i modelli e i sistemi di elaborazione e comunicazione dell informatica distribuita. Il corso introduce i concetti di Web Service e Grid Service, presenta ambienti e strumenti per lo sviluppo di applicazioni su griglie computazionali, studia applicazioni distribuite su griglie dàinteresse della bioinformatica. Programma: processi e Thread, Scheduling, memoria, sottosistema di I/O, file system, sicurezza, sistemi distribuiti. Algoritmi, strutture dati, metodi e strumenti del calcolo parallelo e distribuito per l assemblaggio di sequenze, analisi di sequenze, ricerca in grandi basi di dati di sequenze, ricostruzione di alberi filogenetici, predizione della struttura e la classificazione di proteine, individuazione di reti regolatorie di geni. Definizioni, architettura delle Grid, il Globus Toolkit (GT2) e altri sistemi di Grid computing, SOA, Web Services e Grid Services, Open Grid Services Architecture, Security, Resource Management, Information Services, Data Management, il Globus Toolkit v. 4 (GT4). Applicazioni a casi di studio di interesse per la bioinformatica applicata alla genomica, proteomica e transcrittomica. 9C Tecnologie e piattaforme di analisi e acquisizione di dati nanobiomedici MA9 (81ore) In questo modulo saranno approfondite le problematiche strettamente legate alla strumentazione disponibile nel campo della biologia molecolare, riprendendo le basi teoriche del modulo MA4 ma con un focus orientato sulla natura e forma dei dati provenienti dalla strumentazione high throughput.

3 11C Algoritmi per l allineamento di sequenze biologiche MA11 (81ore) In questo modulo saranno insegnate le basi di utilizzo delle principali applicazioni bioinformatiche nel campo della sequence analisys (BLAST, HMM, BLAT, Clustal, etc). 13C Analisi comparativa dei genomi MA13 (81ore) Scopo di questo modulo è l apprendimento delle basi teoriche di analisi comparativa di genomi di specie diverse, finalizzate alla ricostruzione della storia evolutiva dei singoli geni ed all utilizzo di informazioni derivanti dallo studio di modelli animali per comprendere i meccanismi molecolari. 14C. Data Warehouse e datamining, machine learning MA14 (81ore) Il corso fornisce gli strumenti necessari per la progettazione e la costruzione di un sistema di data warehouse per il supporto alle decisioni per sequenze biologiche e conoscenze riguardo agli algoritmi metodi e strumenti del data mining che vengono utilizzati nella bioinformatica applicata alla genomica, proteomica e transcrittomica. Il corso propone inoltre di presentare i principi, la tecnologia e le metodologie di progettazione e di utilizzo dei metodi attualmente disponibili per la predizione delle caratteristiche strutturali e funzionali di sequenze biologiche. In particolare verranno illustrati gli approcci di machine learning caratterizzati da una elevata efficienza predittiva e consolidati a livello internazionale. Programma: introduzione al data warehousing, il ciclo di vita dei sistemi di data warehousing, analisi e riconciliazione delle fonti dati, analisi dei requisiti utente, modellazione concettuale, progettazione concettuale, carico di lavoro e volume dati, modellazione logica, progettazione logica, progettazione dell alimentazione, indici per il data warehouse, progettazione fisica, analisi esplorativa dei dati, metodi computazionali per il data mining, modelli statistici per il data mining, valutazione dei metodi di data mining, studio di casi di applicazioni alla bioinformatica applicata alla genomica, proteomica e transcrittomica. Sistemi biologici, modelli discreti per processi cellulari, reti di geni, le tecnologie microarray per il DNA, pre- processing in esperimenti di cdna microarray, single gene analysis of differential expression, metodi di clustering per l analisi di dati di espressione, classificazione funzionale di tessuti e geni con metodi di apprendimento supervisionato. 15C Project management MC1 (81 ore) Il modulo intende fornire ai partecipanti metodi e strumenti di organizzazione e gestione dei progetti aziendali a contenuto organizzativo ed informatico.

4 Costituiscono argomento del corso: modelli descrittivi di progetti di organizzazione e di sistemi informativi; metodi e strumenti di pianificazione e controllo del progetto; logiche di impostazione del team di progetto; strumenti software di supporto alla attività di progetto. Al termine del corso lo studente sarà in grado di impostare un piano di progetto utilizzando le tecniche di definizione di tempi, risorse e costi, e di valutare, proponendo possibili soluzioni operative, le principali criticità riscontrabili in progetti a forte coinvolgimento di persone e tecnologie informatiche. Per la realizzazione dei moduli di insegnamento sopraindicati sarà necessario selezionare i seguenti docenti e tutor: titolo del corso n. ore Docenti Tutor 1C Algoritmi e strutture dati C 9C Sistemi operativi, calcolo parallelo e distribuito, griglie computazionali Tecniche e piattaforme di analisie acquisizioni di dati nano biomedici* C Algoritmi per l allineamentodi sequenze biologiche C Analisi comparativa dei genomi* C Data warehousee datemining,machine learning C Project management 81 1 *I corsi così contrassegnati potranno essere erogati dallo stesso docente anche in favore dei formandi afferenti ai progetti di formazione: Formazione di giovani ricercatori esperti nell applicazione della biologia computazionale e bioinformatica alla ricerca e diagnostica biotecnologica- PON02_00619_ CUP: B28J e PROGETTO DI FORMAZIONE: Formazione di giovani ricercatori esperti in biologia computazionale e bioinformatica e nella loro applicazione all'analisi dell'espressione genica in corso di terapia genica e cellulare - PON02_00619_ CUP: B28J , nell ambito dello stesso laboratorio pubblico - privato. Art. 3 Impegno dei docenti e dei tutor e luogo di svolgimento attività L attività dovrà essere svolta a favore del Consorzio BIOGENE, nell'ambito dei progetti di formazione indicati in epigrafe ed avrà luogo presso il CEINGE e/o nelle sedi degli altri partner di

5 progetto, nei tempi previsti per la conclusione del progetto attualmente indicati per il 03/02/2015 salvo eventuali estensioni derivanti dalla concessione di proroga. Il docente/esperto al quale è conferito l'incarico avrà il compito di curare l'esecuzione di uno dei moduli didattici indicati nel precedente art. 2, svolgendo un numero di lezioni frontali corrispondenti ad almeno il 40% della durata prevista del modulo, e interagendo con i tutor e gli studenti per garantire il complessivo processo di apprendimento sviluppato nelle diverse attività di lezioni in aula, esercitazioni, casi di studio e 'training on the job'. Dovrà inoltre fornire il materiale didattico predisposto in formato digitale (esempio PDF, PowerPoint, Word, etc.) e interfacciarsi con il personale incaricato dell organizzazione di moduli in formato e- learning per la fornitura di materiale riepilogativo e per i test di apprendimento. Il docente/esperto dovrà produrre la "Dichiarazione Liberatoria" per l eventuale pubblicazione del predetto materiale didattico e della eventuale video registrazione delle lezioni nella piattaforma e- learning del progetto. Il docente/esperto ha l'obbligo di attenersi alle linee generali del programma didattico e di garantire la propria disponibilità sia in orario antimeridiano che pomeridiano per lezioni in aula, esercitazioni e casi di studio. Il calendario delle lezioni sarà concordato con il Coordinatore del Progetto di formazione. Il docente/esperto è tenuto a rispettare il calendario delle lezioni. Il tutor interagirà con gli studenti per garantire il complessivo processo di apprendimento sviluppato nelle diverse attività di lezioni in aula, esercitazioni, casi di studio e 'training on the job attraverso discussioni, esercitazioni, attività di studio collettivo e seminariale e occasionalmente lezioni frontali su tematiche concordate con il docente. Dovrà inoltre fornire il materiale didattico predisposto in formato digitale (esempio PDF, PowerPoint, Word, etc.) e interfacciarsi con il personale incaricato della organizzazione di moduli in formato e- learning per la fornitura di materiale riepilogativo e per i test di apprendimento. Il tutor dovrà produrre la "Dichiarazione Liberatoria" per la eventuale pubblicazione del predetto materiale didattico e della eventuale video registrazione delle lezioni nella piattaforma e- learning del progetto. Il tutor ha l'obbligo di attenersi alle linee generali del programma didattico e di garantire la propria disponibilità sia in orario antimeridiano che pomeridiano per lezioni in aula, esercitazioni e casi di studio. Il calendario delle lezioni sarà concordato con il Coordinatore del Progetto di formazione. Il tutor è tenuto a rispettare il calendario delle lezioni. Art. 4 Durata e corrispettivo Il corrispettivo e la durata saranno determinati in sede contrattuale sulla base del numero di ore sviluppate nell ambito del modulo formativo ed in relazione allo specifico compenso orario calcolato sulla base dei massimali di costo per Fascia di appartenenza come previsti dal

6 documento Linee guida per le modalità di rendicontazione e per la determinazione delle spese ammissibili - Progetti a valere sull Avviso n. 713/Ric. del 29 ottobre Titolo II: Sviluppo/Potenziamento di Distretti ad Alta Tecnologia e di Laboratori Pubblico - Privati. Il suddetto corrispettivo sarà riconosciuto da Biogenesolo in seguito all effettiva erogazione dei fondi da parte del MIUR. Art. 5 Requisiti richiesti per la partecipazione Ai fini della presentazione della domanda sono richiesti i seguenti requisiti: Cittadinanza italiana Godimento dei diritti civili e politici Comprovata esperienza scientifica e didattica nel campo di docenza specifico secondo i profili appresso indicati: Docenti: docenti di ogni grado del sistema universitario/scolastico e dirigenti dell Amministrazione Pubblica impegnati in attività formative proprie del settore/materia di appartenenza e/o di specializzazione; funzionari dell Amministrazione Pubblica impegnati in attività formative proprie del settore/materia di appartenenza e/o di specializzazione con esperienza almeno quinquennale; ricercatori senior (dirigenti di ricerca, primi ricercatori) impegnati in attività proprie del settore/materia di appartenenza e/o di specializzazione; dirigenti d azienda o imprenditori impegnati in attività del settore di appartenenza, rivolte ai propri dipendenti, con esperienza professionale almeno quinquennale nel profilo o categoria di riferimento; esperti di settore senior e professionisti impegnati in attività di docenza, con esperienza professionale almeno quinquennale nel profilo /materia oggetto della docenza. Tutor: ricercatori universitari di primo livello e funzionari dell Amministrazione Pubblica impegnati in attività proprie del settore/materia di appartenenza e/o di specializzazione; ricercatori junior con esperienza almeno triennale di docenza e/o conduzione/gestione progetti nel settore di interesse; professionisti o esperti con esperienza almeno triennale di docenza e/o di conduzione/gestione progetti nel settore/materia oggetto della docenza. Per i dipendenti di pubbliche amministrazioni, ove prevista per legge, è necessaria altresì la autorizzazione dell amministrazione di appartenenza. L incarico sarà affidato dal CONSORZIATO CEINGE BIOTECNOLOGIE AVANZATE scarl sulla base della valutazione dei curricula pervenuti e di un eventuale colloquio, ove ritenuto necessario,

7 attraverso una Commissione nominata dal Responsabile Scientifico. Per coloro che hanno svolto attività scientifiche coerenti con lo specifico profilo di docenza presso il CEINGE, sarà riconosciuta una premialità in termini di valutazione dei titoli scientifici e didattici, fino al 50% in più, in relazione alla esperienza scientifica e professionale pregressa. Art. 6 Modalità e termini di presentazione della domanda Gli interessati dovranno far pervenire, entro il termine perentorio di 10 giorni a decorrere dalla data ufficiale di pubblicazione del presente avviso sul sito web del CEINGE e, comunque, entro e non oltre il 15 dicembre 2014, le domande redatte secondo il facsimile allegato, unitamente al proprio curriculum nel formato europeo Europass. La domanda, in busta chiusa, dovrà contenere il recapito ed un indirizzo di posta elettronica del candidato, e dovrà essere inviata al seguente indirizzo: CEINGE Biotecnologie Avanzate scarl, Via Gaetano Salvatore 486, Napoli. Sulla busta dovrà essere indicata la dicitura Candidatura all incarico di docenza (o di tutorato) per la formazione relativa al modulo.. (indicare il modulo prescelto) per il Progetto Prot. N. DM23492 dal titolo laboratorio pubblico e privato per lo sviluppo di strumenti bio- informatici integrati per la genomica, la trascrittomica e la proteomica ( LAB GTP) presentato a valere del DM 593/00 ART. 12 e ammesso alle agevolazioni con decreto direttoriale N del 30/11/2006 rettificato con decreto direttoriale N del 07/11/2008 a sua volta rettificato con decreto direttoriale N.1144 del 18/06/2013. La domanda potra anche essere consegnata a mano, dalle ore 10 alle ore 13 nei giorni feriali, presso l ufficio Personale del CEINGE, all indirizzo sopra indicato. Le domande dovranno comunque pervenire entro il termine sopra indicato. Non si terra conto della data del timbro di spedizione postale. l curriculum dovrà essere anche allegata una dichiarazione autocertificata, resa ai sensi dell art. 46 del DPR 445/2000, attestante il godimento dei diritti civili e politici, nonché il possesso della cittadinanza italiana e, per i dipendenti di pubbliche amministrazioni, del possesso o della richiesta della relativa autorizzazione dell amministrazione di appartenenza, ove richiesta dalla normativa vigente. Ogni candidato può presentare domanda per non più di 2 dei moduli indicati nella tabella riportata nell art. 2 del presente avviso, e per ogni modulo, un solo profilo (docente o tutor) Art. 7 Trattamento dei dati personali Ai sensi del D.Lgs. 196/2003, si garantisce che i dati personali dei candidati acquisiti con l iscrizione o con successive eventuali modifiche, saranno trattati per lo svolgimento delle proprie attività

8 istituzionali, nei limiti stabiliti dal citato decreto legislativo e dai regolamenti, nel rispetto dei principi generali di trasparenza, correttezza e riservatezza.