20. La traduzione contiene materiale protetto da copyright, ad esclusivo uso personale; non è consentita diffusione ed utilizzo di tipo commerciale 1
L RNA transfer è l adattatore 2
La struttura secondaria di ogni trna si ripiega in una struttura terziaria a forma di L con stelo accettore ed anticodone alle estremità opposte ñ Siti con funzioni particolari sono separati dalla max distanza 3
Modello a spazio pieno Il legame degli amminoacidi al trna 4
una volta che trna è caricato, aa NON ha influenza sulla specificità data solo dall an5codone esperimento 5
Denominazione - in apice abbreviazione a tre le8ere dell aa ex. trna Ala - in pedice numero se vi sono più trna per stesso aa ex. trna 1 Ala trna 2 Ala - se trna porta già l aa aggiungere prefisso dell aa ex. Ala- trna L RNA messaggero viene trado8o dai ribosomi 6
7
S = coefficiente di sedimentazione 8
Coefficiente di sedimentazione s = v / ω 2 r v = velocità di sedimentazione (dipende da massa, densità propria e del mezzo, e dal campo centrifugo applicato) ω = velocità angolare del rotore in radianti/s r = distanza radiale della particella dall'asse di rotazione, cm 10-13 sec = 1 svedberg (S) 9
Confronto delle dimensioni dei componenti dell apparato della sintesi proteica 10
Il ciclo ribosomiale 11
COMPONENTI MACROMOLECOLARI E. COLI 25 % massa batterica secca è costituito da componenti dell espressione genica 12
13
Uno speciale trna iniziatore incomincia la sintesi La traduzione di un mrna comincia sempre con un codone AUG e richiede sempre un trna iniziatore che reca l aa METIONINA 14
Nei ba8eri (e negli organelli eucariomci) il trna iniziatore è formilato Impedisce allungamento ma permette l inizio Codoni d inizio nei ba8eri: AUG GUG (< efficienza) UUG ( ) NB non tutte le proteine presenti in natura cominciano con Met che verrà eliminata da ammino peptidasi 15
Specificità stru;urali del trna iniziatore NB è l unico trna che entra nel sito P 16
Nei batteri l inizio della traduzione richiede le subunità 30S e fattori accessori 17
IdenCficazione della tripleea d inizio [AUG] nei procarioc complementare! guida subunità minore x legare mrna contenente sempre GGAGG a monte codone di inizio NB: mol& RiBosomeSite (RBS): mrna procario& sono policistronici (codificano per + pep&di) Com è stata idencficata sperimentalmente? 18
Nell mrna eucariotico la subunità minore migra sui siti d inizio IndenCficazione dell AUG iniziale negli eucarioc Modello della scansione Importante presenza: - AUGG a valle - Coppia G/A a monte 19
Inizio alternativo: IRES Internal Ribosome Entry Site alcuni mrna utilizzano meccanismo di traduzione cap indipendente (utilizzato da molti mrna virali privi di cap) 20
complesso di inizio 48S hairpin eif4b (elicasi) eif4e: cap binding protein eif4g: adaeatore 21
complesso di inizio 80S 22
allungamento 23
EF- Tu scorta l amminoacil- trna sul sito A del ribosoma 24
MECCANISMI CHE GARANTISCONO CORRETTO APPAIAMENTO trna- mrna La catena polipep5dica si sposta sull amminoacil- trna Pep5dil trasferasi 25
TRASLOCAZIONE E RUOLO DI EF- G EF- Tu + amminoacil- trna EF- G EF- G può cosi entrare nel sito A e promuovere la traslocazione 26
I fattori di allungamento EF- Tu ed EF- G si legano alternativamente al ribosoma Attivi solo se legano il GTP 27
Puromicina inibisce sintesi proteica Ribosoma scambia puromicina per amminoacil- trna e trasferice la catena polipep&dica al NH2 della puromicina MolC ancbiocci inibiscono specifiche fasi della traduzione La traduzione è serie ordinata di evenm: completamento di quello precedente è necessario per l inizio di quello successivo. Se viene bloccato o inibito uno di quesm evenm, l intero processo si blocca. 40% degli ancbiocci conosciuc ha come bersaglio l apparato della traduzione. 28
Tre codoni causano la terminazione della sintesi proteica UAG (amber) UAA (ochre) UGA (opal) I codoni di termine sono riconoscium da FaEori di Rilascio (RF) RF1 riconosce UAA e UAG RF2 riconosce UGA e UAA 29
1. fattori di rilascio di classe I simulano un trna: peptide anticodone SPF (Ser- Pro- Phe) riconosce il codone di stop motivo GGQ (Gly- Gly- Gln) stimola l idrolisi del peptide. 2. fattore di rilascio di classe I viene rimosso da fattore di classe II (RF3). RF3 GDP si lega al ribosoma in presenza di RF1. 3. Rilascio peptide induce scambio GDP- GTP: è RF3 GTP è > affinità per il ribosoma è rilascio RF1. 4. l idrolisi GTP è rilascio di RF3 GDP. La terminazione richiede molteplici faeori proteici Ribosome Recycling Factor 30
Il ruolo dell RNA ribosomico nella sintesi proteica rrna 16S ruolo a]vo nelle funzioni della subunità 30S interagisce dire8amente con l mrna e con gli anmcodoni dei trna nei sim P ed A rrna23s a]vità pepmdiltrasferasica 31
SiC dell rrna 16S necessari per determinate funzioni LA REGOLAZIONE DELLA TRADUZIONE 32
PROCARIOTI EUCARIOTI 33