Via dei Castelli Romani 89, Rocca di Papa (RM) Telefono Casa: Cell: a.bruselles@gmail.com

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1 Alessandro Bruselles Nazionalità Italiana Data di nascita 21 Febbraio 1973 Luogo di nascita Frascati (RM) Residenza Via dei Castelli Romani 89, Rocca di Papa (RM) Telefono Casa: Cell: a.bruselles@gmail.com Stato civile Coniugato, 1 figlia. Obblighi di leva Assolti Formazione Dottorato di Ricerca in Biologia Cellulare e Molecolare, XVIII ciclo, Università degli Studi di Roma Tor Vergata. Titolo della Tesi: Studio delle proprietà strutturali e funzionali della DNA topoisomerasi I umana, attraverso simulazioni di Dinamica Molecolare Classica. Relatore Prof. A. Desideri Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Roma Tor Vergata. Titolo della Tesi: Analisi delle proprietà strutturali e delle modificazioni indotte dalla mutazione Ala653 Pro nel dominio linker della topoisomerasi I umana, attraverso simulazioni di Dinamica Molecolare Classica. 21 Maggio 2002; Relatore Prof. A. Desideri; Votazione: 107/ Liceo scientifico statale Touschek di Grottaferrata (Roma) Esperienze Professionali presente Contratto da ricercatore a tempo determinato (3 anni +2) con Istituto Superiore di Sanità nell ambito del progetto AIRC 5 Genetics- Driven targeted management of Lymphoid Malignancies Borsa di studio nell ambito del progetto AIRC 5 Genetics- Driven targeted management of Lymphoid Malignancies volta all attività di ricerca sull elaborazione ed il processamento dei dati di sequenze genomiche di Whole exome sequencing - Fondazione Adriano Buzzati Traverso (Pavia) presso l Istituto Superiore di Sanità Contratto a progetto AIRC 5 Prestazione del servizio di bioinformatica e di assistenza per l identificazione e la messa a punto di strumenti e strategie nelle fasi iniziali del workflow e per l organizzazione dei dati del sequenziatore genomico 454 GSFLX Roche Diagnostic presso l Istituto Superiore di Sanità Contratto a progetto Istituto Nazionale delle Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani di Roma Contratto a progetto Roche Diagnostics S.p.A. per la Prestazione di servizio bioinformatica a supporto della fornitura del sistema integrato GSFLX per l Istituto Nazionale delle Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani di Roma

2 Assegno di Ricerca Universitario CIBB (Centro Interdipartimentale di Biostatistica e Bioinformatica) presso l Università di Roma Tor Vergata Contratto di collaborazione professionale Business Lab Filas (Finanziaria Laziale di Sviluppo) per il progetto Sviluppo di un test farmacogenetico presso l Università di Roma Tor Vergata Borsa di studio CASPUR (Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Università e Ricerca) Lingue: Eccellente conoscenza della lingua inglese sia scritta che parlata. Esperienze di Ricerca: Durante il periodo della Tesi di Laurea e del Dottorato di Ricerca ha acquisito conoscenze approfondite sullo studio della correlazione struttura-funzione di proteine, studiando in dettaglio la DNA topoisomerasi I umana, un enzima responsabile dello stato topologico del DNA, unico target cellulare di farmaci antitumorali derivati dalla camptotecina, come il topotecano e l irinotecano. In tale periodo ha acquisito conoscenze di genomica, proteomica, bioinformatica strutturale e biochimica computazionale, attraverso l utilizzo di tecniche di sequence alignment, molecular modeling, molecular docking e molecular dynamics. Ha inoltre, attraverso corsi di specializzazione all estero, sviluppato approfondite conoscenze bioinformatiche per lo studio dell evoluzione virale e dell epidemiologia molecolare; ha inoltre partecipato alla progettazione ed allo sviluppo di banche dati genomiche e proteomiche, portali web per l analisi dei dati di DNA microarray così come lo sviluppo di nuove pipeline bioinformatiche per l analisi dei dati di Next Generation Sequencing, sia per studi di ultradeep amplicon sequencing che di whole genome sequencing per la ricostruzione di genomi sia virali che umani e per l identificazione di nuovi organismi presenti in campioni biologici (metagenomica). Esperienze tecniche Approfondita conoscenza di hardware e software per piattaforme PC, MAC, LINUX e UNIX: Installazione e amministrazione di Sistemi Operativi (LINUX Redhat, Suse, Debian, Ubuntu, Windows XP, Vista, 7 e Mac Os X) Approfondita esperienza nella compilazione, amministrazione, aggiornamento ed utilizzo dei software on-instrument GS FLX Roche e dei software off-instrument con esso forniti: gsrunbrowser, gs De Novo Assembler, gs Reference Mapper e Amplicon Variant Analyzer Software per l analisi filogenetica (MEGA, Phylip, MrBayes, PAML, PAUP, RAxML, Splitstree, BEAST, TreeView, ClustalW) Conoscenza di tutti i principali strumenti ed algoritmi di assemblaggio, mapping e visualizzazione di sequenze genomiche (CAP3, Lasergene Seqman, Celera Assembler, Velvet, AMOS, Geneious, EULER, Tablet, Eagleview, Galaxy) Strumenti di analisi e databases di Biologia Molecolare e Biochimica (EMBOSS, Protein Data Bank, MINT, trembl, Entrez, GCG, Fasta, Blast ecc) Programmazione Python e conoscenza dei linguaggi di programmazione FORTRAN77, FORTRAN90, C, Perl e PHP, Shell UNIX, script AWK e cenni di Java Script Programmazione HTML, amministrazione e gestione servers e siti Web (APACHE, MYSQL, PHPMyAdmin, JOOMLA, FRONTPAGE, DREAMWEAVER, FLASH); Preparazione testi, immagini e presentazioni (WORD, EXCEL, POWERPOINT, INDESIGN, ADOBE ACROBAT, ILLUSTRATOR, PHOTOSHOP);

3 Strumenti di analisi grafica di Biochimica strutturale (INSIGHT II, RASMOL, VMD, GOPENMOL, SWISS PDB-VIEWER, QuteMol, YASARA, VEGA); Compilazione ed installazione di softwares e suite di biochimica computazionale (GROMACS, AMBER, CHARMM) su varie architetture (IBM, HP) sia in seriale che in parallelo; Scuole di Specializzazione Bioinformatics using Python for Biologists. Instituto Gulbenkian de Ciência, Aprile 2010, Oeiras, Portugal 15th international workshop on virus evolution and molecular epidemiology, Rotterdam, The Netherlands, 7th-11th Settembre Corso di Addestramento sul Genome Sequencer. 4-5 Ottobre 2010, Roche Diagnostics, Monza, Italia Genome Sequencer FLX System. 1-3 Ottobre 2007, Roche Diagnostics, Penzberg, Germany Bologna Winter School - Hot Topics in Structural Genomics. Università di Bologna, 9-15 febbraio Message Passing Programming Course e Shared Memory Programming Course, Edinburgh Parallel Computing Centre (EPCC), University of Edinburgh, 4-6, 8-11 Novembre Esperienze didattiche Docente al corso Sequenziamento genico ed applicazioni bioinformatiche per lo studio dell evoluzione molecolare della filogenesi dei microorganismi dicembre 2010, presso l istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani, Roma. Docente all evento formativo Tavola rotonda sulle nuove frontiere della genomica: applicazioni in campo virologico 28 maggio 2010, presso l Istituto Nazionale per le Malattie Infettive L. Spallanzani, Roma Ha tenuto lezioni ed esercitazioni al computer per lo studio delle macromolecole biologiche ed ha partecipato attivamente alle esercitazioni ed agli esami sia scritti che orali dei corsi di Bioinformatica e Bioinformatica Strutturale, del corso di laurea in Biotecnologie e del corso di laurea specialistica in Bioinformatica (docente Prof. M. Falconi) e dei corsi di Biologia computazionale I e II del corso di laurea specialistica in Bioinformatica (docente Dott. G. Chillemi) del Dipartimento di Biologia dell Università di Roma Tor Vergata. Posters e partecipazioni ai congressi: Isabella Abbate, Gabriella Rozera, Chiara Tommasi, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini, Emanuele Nicastri, Pasquale Narciso, Maria R. Capobianchi Co-receptor usage prediction at quasispecies level using ultra-deep pyrosequencing on both circulating and proviral HIV in patients candidates to CCR5 antagonist treatment. Oral presentation 16th International Symposium on HIV and Emerging Infectious Diseases (ISHEID) Marseille, France, March 2010 Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Capobianchi MR. Dynamic variations of lymphocyte-and monocyte-associated HIV-1 quasispecies after discontinuation of highly active anti-retroviral therapy as assessed by massively parallel Pyrosequencing ICAR - Italian Conference on AIDS and Retroviruses May 2009, Milano Abbate I, Rozera G, Tommasi C, Bruselles A, I Bartolini B, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G, CApobianchi MR Ultra-deep pyrosequencingn to predict quasispecies co-receptor usage of circulating and proviral HIV in patients candidates to CCR5 antagonist treatment 4 Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano

4 Bartolini B, Chillemi G, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Castrignanò T, Paoletti D, Desideri A, Capobianchi MR, Pesole G. Direct metagenomic detection and complete characterization of pandemic influenza a H1N1 in nasopharingeal swabs using high-troughput pyrosequencing 4 Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano Santoro MM, Alteri C, Abbate I, Svicher V, Brusellas A, Bartolini B, Gori C, Rozera G, Capobinchi MR, Perno CF, Ceccherini Silvberstein F. Sentinel mutations in standard population sequencing predict a high prevalence of RTI-resistance minor varinats in both RNA plasma and DNA cellular samples from HIV-1 drug naive patients 4 Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano. Isabella Abbate, Gabriella Rozera, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini, Chrysoula Vlassi, Gianpiero D'Offizi, Pasquale Narciso, Giovanni Chillemi, Maria Rosaria Capobianchi. Quantitative Deep Sequencing Reveals Hidden Lineages and Shifts of Viral Population in Archived and Replicating HIV-1 Genomes CROI th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections February 16-19, 2010, San Francisco, CA Valentina Svicher, Claudia Alteri, Isabella Abbate, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini, Federica Forbici, Gabriella Rozera, Maria Mercedes Santoro, Maria Rosaria Capobianchi, Francesca Ceccherini-Silberstein. Sentinel Mutations in Standard Population Sequencing Can Predict the Presence of RT Major Mutations Detected Only by 454-Pyrosequencing CROI th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections February 16-19, 2010, San Francisco, CA Rozera G., Abbate I, Bruselles A., Bartolini B., D Offizi G., Nicastri E, Tommasi C. and Capobianchi MR. Comparison of commonly used Real-time PCR methods to detect and quantify HIV-1 proviral DNA in infected patients XXXVIII Congresso Nazionale AMCLI Rimini Novembre 2009 Alessandro Bruselles, Gabriella Rozera, Barbara Bartolini, Mattia Prosperi, Franca Del Nonno, Pasquale Narciso, Maria R. Capobianchi, Isabella Abbate. Near full-length characterization of a UNIQUE HIV-1 BF recombinant associated with a fatal primary infection through massive parallel pyrosequencing. Oral presentation 9th National Congress of the Italian Society of Virology September 7-9, 2009 Abbate I., Rozera G., Bruselles A., Bartolini B., Capobianchi MR. Dymamic variations of lymphocyte-and monocyte-associated HIV-1 quasispecies after discontinuation of highly active anti-retroviral therapy as assessed by massively parallel pyrosequencing ICAR-ITALIAN CONFERENCE on AIDS and RETROVIRUSES Milan Maggio 2009 Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Bartolini B., D Offizi G., Nicastri E., Tommasi C. and Capobianchi MR. Comparison of commonly used Real-time PCR methods to detect and quantify HIV-1 proviral DNA in infected patients - Poster no. 542 ECCMID - European Congress of Clininal Microbiology and Infectious Diseases Helsinki, Maggio 2009 A Bruselles, A Barbato, M Prosperi, MR Capobianchi, G Chillemi, A Desideri, I Abbate, G Rozera. A Web Server for HIV Ultra Deep Pyro-Sequencing Data Analysis. Oral presentation 7th European HIV Drug Resistance Workshop, March, 2009, Stockholm, Sweden Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Methods for Viral Population Reconstruction via Ultra-Deep Pyrosequencing: Hepatitis B Virus Case Study EASL the 44th annual meeting - Copenhagen, Denmark, April 22-26, 2009 Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Second generation GS FLX platform used to identify HBV mutations by ultra-deep sequencing.

5 AASLD Annual meeting. S. Francisco, October 31-November Prosperi M., Bruselles A., Capobianchi M.R., Vincenti D., Solmone M., Abbate I., Rozera G. Investigation of Techniques for Viral Population Reconstruction via Ultra-Deep Pyrosequencing: Hepatitis B Virus Case Study. Next-Generation Sequencing Data analysis and Exploring Next-Generation Sequencing, September 22-25, 2008, Providence, Rhode Island, US Solmone M., Vincenti D., Bruselles A., Prosperi M., Ippolito G., Capobianchi M.R.. Identification of drug-resistance mutations in HBV by ultra-deep pyrosequencing. Poster n.73. 8th National Congress of the Italian Society of Virology, September 2008, Orvieto (TR) Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Vlassi C., D Offizi G., Narciso P., Chillemi G., Ippolito G., Capobianchi M.R. Ultra-deep Pyrosequencing of HIV-1 Deriving From Lymphomonocyte Subpopulations in Chronically Infected Patients Interrupting Succesful HAART. 8th National Congress of the Italian Society of Virology, September 2008, Orvieto (TR) Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Chillemi G., Vlassi C., D Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R. Quasispecies analysis by ultra-deep pyrosequencing of HIV-1 deriving from lymphomonocyte sub-populations in chronically infected patients at the moment of HAART interruption. XVII International AIDS Conference 3-8 August 2008 Mexico City Solmone M., Vincenti D., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Ultra-deep pyrosequencing as novel, powerful tool to identify drug resistance mutations in HBV. 3 Congresso Nazionale SIVIM, Roma, 6-8 maggio Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Chillemi G., Vlassi C., D Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R.. Studio della Quasispecie HIV di Derivazione Monocitaria e Linfocitaria in Pazienti Cronici al Momento della interruzione della Terapia HAART Mediante Ultra-deep Pyrosequencing. 3 Congresso Nazionale SIVIM 6-8 maggio 2008, Roma Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Bueno S., Vlassi C., D Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R. Ultra-deep Pyrosequencing of HIV-1 ENV from Lymphocytes and Monocytes of Chronically Infected Patients at HAART Interruption. 25 Years of HIV, May 2008, Institut Pasteur, Paris, France G. Chillemi, A. Bruselles, P. Fiorani, S. Bueno, and A. Desideri. The open state of human topoisomerase I as probed by Molecular Dynamics Simulations. VII European Symposium of the Protein Society, Stockholm - Uppsala, Sweden, Maggio12-16, 2007 A. Bruselles, G. Chillemi, A. Desideri. Comparative MD simulations of wild type and T718A mutant in the DNA-human topoisomerase I complex. 2nd Workshop on "The state-of-the-art of Computational Chemistry in the Universities of Calabria and Basilicata", Università di Catanzaro 5-6 Febbraio 2004 A. Bruselles, M. Falconi, G. Chillemi, A. Desideri. Molecular Dynamics Simulation of the Linker Domain of Human Topoisomerase I: Structural and Functional Modifications Induced by the Ala653Pro Mutation. National Conference on Physics of Matter INFM, Bari giugno Co-organizzatore del 1st EMBL Monterotondo International PhD Students Minisymposium : Animal Models - Tips and Tricks from Nature. EMBL, Maggio 2005, Monterotondo (Roma).

6 Pubblicazioni 1. Rozera G, Abbate I, Ciccozzi M, Lo Presti A, Bruselles A, Vlassi C, D Offizi G, Narciso P, Giombini E, Bartolini B, Ippolito G, Capobianchi MR. Ultra-deep sequencing reveals hidden HIV-1 minority lineages and shifts of viral population between the main cellular reservoirs of the infection after therapy interruption, JVM Accepted 2. Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V, Palamara G, Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, Ceccherini-Silberstein F, Capobianchi MR, Perno CF. Sentinel' mutations in standard population sequencing can predict the presence of HIV-1 reverse transcriptase major mutations detectable only by ultra-deep pyrosequencing, J Antimicrob Chemother Nov 3. Bartolini B, Chillemi G, Abbate I, Bruselles A, Rozera G, Castrignanò T, Paoletti D, Picardi E, Desideri A, Pesole G, Capobianchi MR. Assembly and characterization of pandemic influenza A H1N1 genome in nasopharyngeal swabs using high-throughput pyrosequencing, New Microbiol Oct Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V, Palamara G, Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, Ceccherini-Silberstein F, Capobianchi MR, Perno CF. 'Sentinel' mutations in standard population sequencing can predict the presence of HIV-1 reverse transcriptase major mutations detectable only by ultra-deep pyrosequencing, J Antimicrob Chemother Sep 2 5. Abbate I, Vlassi C, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Giombini E, Corpolongo A, D Offizi G, Narciso P, Desideri A, Ippolito G, Capobianchi MR. Detection of quasispecies variants predicted to use cxcr4 by ultra-deep pyrosequencing during early HIV infection, AIDS Dec Prosperi MCF, Prosperi L, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Vincenti D, Solmone MC, Capobianchi MR, and Ulivi G. Combinatorial analysis and algorithms for quasispecies reconstruction using next-generation sequencing, BMC Bioinformatics 2011, 12:5 7. Abbate I, Rozera G, Tommasi C, Bruselles A Bartolini B, Chillemi G, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G, Capobianchi MR. Analysis of co-receptor usage of circulating viral and proviral HIV genome quasispecies by ultra-deep pyrosequencing in patients candidate to CCR5 antagonist treatment Clin Microbiol Infect Aug Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Bartolini B, D'Offizi G, Nicastri E, Tommasi C, Capobianchi MR. Comparison of real-time PCR methods for measurement of HIV-1 proviral DNA J Virol Methods Mar;164(1-2): Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Vlassi C, D'Offizi G, Narciso P, Chillemi G, Prosperi M, Ippolito G, Capobianchi MR. Archived HIV-1 minority variants detected by ultra-deep pyrosequencing in provirus may be fully replication competent AIDS Nov 27;23(18): Menzo S, Vincenti D, Solmone M, Prosperi M, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Capobianchi MR. Low-abundance drug resistance mutations: extending the HIV paradigm to hepatitis B virus J Infect Dis Dec 1;200(11): Bruselles A, Rozera G, Bartolini B, Prosperi M, Del Nonno F, Narciso P, Capobianchi MR, Abbate I. Use of massive parallel pyrosequencing for near full-length characterization of a unique HIV Type 1 BF recombinant associated with a fatal primary infection AIDS Res Hum Retroviruses Sep;25(9): Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Vlassi C, D'Offizi G, Narciso P, Chillemi G, Prosperi M, Ippolito G, Capobianchi MR. Massively parallel pyrosequencing highlights minority variants in the HIV-1 env quasispecies deriving from lymphomonocyte sub-populations Retrovirology. Febbraio ;6: Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Use of massively parallel ultradeep pyrosequencing to characterize the genetic diversity of hepatitis B virus in drug-resistant and drug-naive patients and to detect minor variants in reverse transcriptase and hepatitis B S antigen. Journal of Virology. Febbraio (4):

7 14. Chillemi G, Fiorani P, Bruselles A, Castelli S, Campagna A, Sarra O, Tesauro C, Fiorentini M, Vassallo O, D'Annessa I, Santoleri S, Desideri A. Role of flexibility and long range communication on the function of human topoisomerase I Ital J Biochem. Giugno (2): Review. 15. Chillemi G, Bruselles A, Fiorani P, Bueno S, and Desideri A. The open state of human topoisomerase I as probed by Molecular Dynamics Simulations Nucleic Acids Res Apr 16;35(9): Chillemi G, Fiorani P, Castelli S, Bruselles A, Benedetti P, Desideri A. Effect on DNA relaxation of the single Thr718Ala mutation in human topoisomerase I: a functional and molecular dynamics study. Nucleic Acids Res. Giugno ;33(10): Chillemi G, Redinbo M, Bruselles A, Desideri A. Role of the linker domain and the N- terminal residues in the human topoisomerase I DNA complex dynamics. Biophys J. Dicembre (6): Fiorani P, Bruselles A, Falconi M, Chillemi G, Desideri A, Benedetti P. Single mutation in the linker domain confers protein flexibility and camptothecin resistance to human topoisomerase I. J Biol Chem. Ottobre ; 278(44):