Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni )
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1 Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni ) Dr. Marco Fondi Lezione # 5 Corso di Laurea in Scienze Biologiche, AA giovedì 3 novembre
2 Sequenziamento ed analisi di genomi: la genomica Identificazione di SNPs giovedì 3 novembre
3 La genomica è una branca della biologia molecolare che si occupa dello studio del genoma degli organismi viventi. In particolare si occupa della struttura, contenuto, funzione ed evoluzione del genoma. È una scienza che si basa sulla bioinformatica per l'elaborazione e la visualizzazione dell'enorme quantità di dati che produce. venerdì 17 dicembre 2010
4 giovedì 3 novembre
5 giovedì 3 novembre
6 giovedì 3 novembre 2011
7 giovedì 3 novembre
8 Next Generation Sequencing 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina PACIFIC BIOSCIENCES Desktop Ion torrent 454 GS junior Illumina miseq giovedì 3 novembre 2011
9 giovedì 3 novembre 2011
10 giovedì 3 novembre strategy
11 454 strategy 454 Platform Strategy Sample preparation : overview Genomic DNA Fragmentation Adaptor ligation Single Strand Library (sstdna) Emulsion PCR (clonal amplification) Beads Recovery and Count PicoTiterPlate (PTP) Bead Deposition Pyrosequencing giovedì 3 novembre 2011
12 giovedì 3 novembre strategy
13 454 strategy PicoTiterPlate (PTP) Loading And Sequencing Run. CCD camera : pyrosequencing spot light detection giovedì 3 novembre 2011
14 giovedì 3 novembre strategy
15 giovedì 3 novembre strategy
16 giovedì 3 novembre strategy
17 giovedì 3 novembre strategy
18 giovedì 3 novembre strategy
19 giovedì 3 novembre strategy
20 sequenced DNA fragment 454 reads sequenced DNA fragment Illumina reads giovedì 3 novembre 2011
21 Genomica: le 4 A Genomica: le 4 fasi 1. Assemblaggio 2. Assegnazione 3. Annotazione 4. Analisi (genomica comparativa) venerdì 17 dicembre 2010
22 Genomica: le 4 A Genomica: le 4 fasi 1. Assemblaggio 2. Assegnazione 3. Annotazione 4. Analisi (genomica comparativa) venerdì 17 dicembre 2010
23 genoma 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina venerdì 17 dicembre 2010
24 genoma 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina venerdì 17 dicembre 2010
25 genoma 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina campione venerdì 17 dicembre 2010
26 genoma 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina campione venerdì 17 dicembre 2010
27 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina sequenza genoma venerdì 17 dicembre 2010
28 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina sequenza genoma venerdì 17 dicembre 2010
29 454, Roche ABI's SOLiD Method. Solexa, Illumina reads sequenza genoma venerdì 17 dicembre 2010
30 genome venerdì 17 dicembre 2010
31 genome reads venerdì 17 dicembre 2010
32 genome reads reads assembly contigs A B C venerdì 17 dicembre 2010
33 contigs A B C GAP GAP venerdì 17 dicembre 2010
34 contigs A B C oppure GAP GAP contigs B A C GAP GAP venerdì 17 dicembre 2010
35 contigs A B C oppure GAP GAP contigs B A C GAP GAP oppure... venerdì 17 dicembre 2010
36 GAP closure 1 A B reads venerdì 17 dicembre 2010
37 GAP closure 1 A B reads no overlap? sì A B contig esteso venerdì 17 dicembre 2010
38 GAP closure 2 1. reference genome A B venerdì 17 dicembre 2010
39 GAP closure 2 1. reference genome A B 2. reference genome reads venerdì 17 dicembre 2010
40 GAP closure 2 1. reference genome A B 2. reference genome reads 3. reference genome A contig esteso B venerdì 17 dicembre 2010
41 giovedì 3 novembre 2011
42 draft genome giovedì 3 novembre 2011
43 complete genome draft genome giovedì 3 novembre 2011
44 giovedì 3 novembre 2011
45 giovedì 3 novembre 2011
46 giovedì 3 novembre 2011 Genoma completamente sequenziato
47 E ora?? giovedì 3 novembre 2011
48 Genomica: le 4 A Genomica: le 4 fasi 1. Assemblaggio 2. Assegnazione 3. Annotazione 4. Analisi (genomica comparativa) venerdì 17 dicembre 2010
49 annotation quanti e quali geni sono presenti nel genoma sequenziato? giovedì 3 novembre 2011
50 from prediction to FASTA!"#$"%&'()*+%,-./-01-%23-4% "$A"$B"BA$A"$B"BB"$BA"$A$BA"$BA"$B$"AB$"BA"$B A"$BA"$BA$"BA$"AB$"AB$"AB$"AB$"A$"AB$"BA"$"$ $"$"$"$"BA$BAB$"A"$AB"$"$AB"A$"$"B$"AB$""BAAA A"B$A"$A"$""$$"$"$"$"BABABAB$"AB$"AB$"BA$"B$" $"$B"AB$"A$BA"$BA"$AB$"AB$"AB$"AB$"AB$"AB$"A B$AB$"AB$"AB$"AB$"$AB$"""$"$"$"$"BABA"$B"$A"B $ABA"A$B"AB$"B$A"$B"A$BA"$BA"$BA"$BA% giovedì 3 novembre 2011
51 2. Assegnazione 3. Annotazione venerdì 17 dicembre 2010
52 Genomica: le 4 A Genomica: le 4 fasi 1. Assemblaggio 2. Assegnazione 3. Annotazione 4. Analisi (genomica comparativa) venerdì 17 dicembre 2010
53 Genomica comparativa genoma 1 genoma 2 genoma 3 venerdì 17 dicembre 2010
54 core genome genoma 1 genoma 2 genoma 3 venerdì 17 dicembre 2010
55 accessory genome genoma 1 genoma 2 genoma 3 venerdì 17 dicembre 2010
56 1. GC% Misurare la composizione GC% = ng + nc N?!"#$"%&'()*+%,-./-01-%23-4% 56+'3'7,-./-08*%9-,:%;<#7=(/>>'???@% "$A"$B"BA$A"$B"BB"$BA"$A$BA"$BA"$B$"AB$"BA"$B A"$BA"$BA$"BA$"AB$"AB$"AB$"AB$"A$"AB$"BA"$"$ $"$"$"$"BA$BAB$"A"$AB"$"$AB"A$"$"B$"AB$""BAAA A"B$A"$A"$""$$"$"$"$"BABABAB$"AB$"AB$"BA$"B$" $"$B"AB$"A$BA"$BA"$AB$"AB$"AB$"AB$"AB$"AB$"A B$AB$"AB$"AB$"AB$"$AB$"""$"$"$"$"BABA"$B"$A"B $ABA"A$B"AB$"B$A"$B"A$BA"$BA"$BA"$BA%? giovedì 3 novembre 2011
57 giovedì 3 novembre GC%
58 assegnazione funzionale giovedì 3 novembre 2011
59 identificazione di SNPs e metagenomica giovedì 3 novembre 2011
60 identificazione di SNPs 1. batteri resistenti ad un antibiotico X 1. batteri sensibili ad un antibiotico X 2. Cellule tumorali 2. Linea cellulare sana 3. ceppi produttori di una certa sostanza 3. ceppi iper- o ipoproduttori di una certa sostanza giovedì 3 novembre 2011
61 identificazione di SNPs 1. batteri resistenti ad un antibiotico X 1. batteri sensibili ad un antibiotico X 2. Cellule tumorali 2. Linea cellulare sana 3. ceppi produttori di una certa sostanza 3. ceppi iper- o ipoproduttori di una certa sostanza ri-sequenziamento del genoma genoma completo giovedì 3 novembre 2011
62 identificazione di SNPs 1. batteri resistenti ad un antibiotico X 1. batteri sensibili ad un antibiotico X 2. Cellule tumorali 2. Linea cellulare sana 3. ceppi produttori di una certa sostanza 3. ceppi iper- o ipoproduttori di una certa sostanza genoma completo milioni di reads giovedì 3 novembre 2011
63 identificazione dei mutanti ri-sequenziamento reads mapping identificazione SNPs giovedì 3 novembre 2011
64 identificazione dei mutanti ri-sequenziamento bioinformatica reads mapping identificazione SNPs giovedì 3 novembre 2011
65 giovedì 3 novembre 2011
66 giovedì 3 novembre 2011
67 giovedì 3 novembre 2011
68 giovedì 3 novembre 2011
69 giovedì 3 novembre 2011
70 identificazione dei mutanti lista di geni con mutazioni ri-sequenziamento sinonime vs. reads mapping non sinonime identificazione SNPs PCR di conferma giovedì 3 novembre 2011 gene(i) responsabili del fenotipo osservato
71 PARTE 1 Assegnazione Funzionale (KEGG) GI sequenza fasta Ricerca Sequenze Simili (BLAST) BLAST Multiallineamento (ClustalW) clustalw (bioedit) Conservazione allineamento (Entropia) giovedì 3 novembre 2011
72 PARTE 2 file di sequenze Fiologenesi, albero filogenetico clustalw (bioedit) Multiallineamento Conservazione allineamento (Entropia) Editing allineamento WEBLOGO giovedì 3 novembre 2011
73 giovedì 3 novembre 2011
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