Lezione 5. Next Generation Sequencing

Dimensione: px
Iniziare la visualizzazioe della pagina:

Download "Lezione 5. Next Generation Sequencing"

Transcript

1 Lezione 5 Next Generation Sequencing

2 Perchè Next Generation Sequencing Si possono generare centinaia di milioni di corte sequenze (35bp-250bp) in una sola corsa in un tempo breve con un basso prezzo per base sequenziata. Illumina HiSeq 2500, MiSeq, Next seq 500 Life Technologies Ion Proton/Ion PGM Applied Biosystems SOLiD e Roche/454 FLX, Titanium Reviews: Michael Metzker (2010) Nature Reviews Genetics 11:31 Quail et al (2012) BMC Genomics Jul 24;13:341.

3 Perchè bioinformatica Informatics (wall.hms.harvard.edu)

4 Bioinformatica: sfide in NGS Data Analysis File di testo MOLTO GRANDI (migliaia di milioni di righe) Non si possono usare gli strumenti soliti Enorme utilizzo di memoria e tempi di corsa Gestire, analizzare, accumulare, trasferire ed archiviare file giganteschi Necessità di computer potenti e di competenze Computer clusters Necessità di nuovi algoritmi e software spesso open source Unix/Linux based. Collaborazione tra chi sviluppa la tecnologia, i bioinformatici e i biologi

5 Samples preparation Library Basic NGS Workflow Application specific Olson et al.

6 Terminology Coverage (depth): The number of nucleotides from reads that are mapped to a given position. Quality Score: Each called base comes with a quality score which measures the probability of base call error. Paired-End Sequencing: Both end of the DNA fragment is sequenced, allowing highly precise alignment. Multiplex Sequencing: "barcode" sequences are added to each sample so they can be distinguished in order to sequence large number of samples on one lane. Mapping: Align reads to reference to identify their origin. Assembly: Merging of fragments of DNA in order to reconstruct the original sequence. Duplicate reads: Reads that are identical. Multi-reads: Reads that can be mapped to multiple locations equally well.

7 Applications Espressione genica Caratterizzazione regioni di interazione DNA-proteine Epigenetica

8 Applications: genomes, exomes, transcriptomes

9 Applications: RNA seq (trascrittoma)

10 Applications:ChIP-Seq

11 library Frammentazione Size selection Legame adattatori Template preparation Serve a reggiungere una quantità di DNA stampo sufficiente per la lettura del sequenziamento sequencing Sequencing by synthesis Lettura del segnale

12 Preparazione del DNA o dell RNA in una forma utilizzabile dalla tecnologia di sequenziamento (lunghezza adeguata tipicamente poche centinaia di bp, dsdna, adattatori)

13 Library preparation

14 With the exception of Illumina s Nextera prep, library preparation generally entails: (i) Fragmentation, size selection, end-repair, phosphorylation of the 5 prime ends, A-tailing of the 3 ends to facilitate ligation to sequencing adapters (ii) ligation of adapters (iii)some number of PCR cycles to enrich for product that has adapters ligated to both ends. The primary differences in an Ion Torrent workflow are the use of blunt-end ligation to different adapter sequences. (iv)to facilitate multiplexing, different barcoded adapters (index) can be used with each sample.

15 DNA fragmentation: ultra sonication (COVARIS) Sonicazione: l'utilizzo di onde acustiche, in particolare ultrasoniche, condotta con l'ausilio di un sonificatore, un apparecchio che genera vibrazioni meccaniche amplificate sfruttando corrente elettrica ad elevata frequenza prodotta da un generatore. Gli ultrasuoni vengono trasmessi in una vasca contenente acqua. The Covaris process is conducted under isothermal conditions, ensuring the integrity of the nucleic acid sample is maintained and providing high recovery of double-stranded DNA. Combined with the specifically engineered AFA Tubes it is possible to precisely and accurately fragment DNA and RNA to the bp range (microtube), or 2 5kb range (minitube).

16 Size selection: gel o beads magnetiche

17 Illumina adaptors (gli adattatori servono a legare il frammento alla cella dove avviene l amplificazione e il sequenziamento (P5/P7) e fungono da primer per la reazione di amplificazione prima e di sequenziamento poi) (Rd1 e Rd2 servono per il paired-end sequencing = sequenziamento a partire da entrambe le estremità di un frammento) P5/ P7: binding sites to the flow cell Rd 1 SP: read1 sequencing primer Rd 2 SP: read2 sequencing primer

18 Tagmentation (nextera): non rottura meccanica+ligazione adattatori, ma tagmentazione enzimatica + inserzione adattatori

19

20 Mate-pair sequencing Pensato per affrontare il problema dei de novo assembly e delle regioni complesse non leggibili con frammenti corti tipici dell NGS Il paired-end seq costituisce già un passo avanti Punti chiave mate-pair: frammenti lunghi (2-10Kb) + estremità marcate con biotina + circolarizzazione + taglio random + recupero frammenti con biotina + sequenziamento delle due estremità

21 The two sequence reads (arrows) will be directed outwards from the original fragment (6). Preparation of Illumina mate-pair libraries. Long fragments are end-repaired using biotinylated nucleotides (1). After circularization, the two fragment ends (green and red) become located adjacent to each other (2). The circularized DNA is fragmented, and biotinylated fragments are purified by affinity capture. Sequencing adapters (A1 and A2) are ligated to the ends of the captured fragments (3) and the fragments are hybridized to a flow cell, in which they are bridge amplified. The first sequence read is obtained with adapter A2 bound to the flow cell (4). The complementary strand is synthesized and linearized with adapter A1 bound to the flow cell, and the second sequence read is obtained (5).

22 Library quality control and quantitation

23 Prima del sequenziamento dobbiamo sapere se i frammenti hanno un certo range di lunghezze, se il DNA è di buona qualità e la concentrazione Fluorometer (Qubit) qpcr (real time PCR usando primer che riconoscono gli adattatori all estremità dei frammenti della library) Agilent Bioanalyser

24 Amplificazione clonale della library (già nello strumento per NGS!)

25 Metodologie principali Emulsion PCR (Roche 454, Ion torrent) https://www.youtube.com/watch?v=bfnjxkhp8jc https://www.youtube.com/watch?v=mxkya9xcvbq

26 Metodologie principali Solid-phase cluster generation (Illumina) 1,000 copies of each fragment are generated by bridge amplification, creating clusters (30-50 million of clusters). https://www.youtube.com/watch?v=l99akkhcxc4

27

28

29 Illumina: summary

30 Sequenziamento e rilevazione del segnale

31 Pyrosequencing (Roche 454) Zombie platform Field guide to next-generation DNA sequencers TRAVIS C. GLENN

32 Reversible terminators (Illumina) Mod. from Metzker 2010

33

34 Reversible terminaotrs (Ion torrent) No fluorescence! No need to translate signal!

35

36 Per una guida comparata alle piattaforme

Summer School 2015. Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi

Summer School 2015. Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi Summer School 2015 Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi Applicazioni della Next-Generation Sequencing con tecnologia Illumina Roberto Cusano 04-06

Dettagli

Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni )

Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni ) Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni ) Dr. Marco Fondi Lezione # 5 Corso di Laurea in Scienze Biologiche, AA 2011-2012 giovedì 3 novembre 2011 1 Sequenziamento ed analisi di genomi: la genomica

Dettagli

Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data. Valeria Michelacci NGS course, June 2015

Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data. Valeria Michelacci NGS course, June 2015 Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data Valeria Michelacci NGS course, June 2015 COSTS ASSOCIATED WITH DNA SEQUENCING 80-100 $ per Bacterial Genome!! Benefits from NGS Massive

Dettagli

Biologia Molecolare. CDLM in CTF 2010-2011 L analisi del genoma

Biologia Molecolare. CDLM in CTF 2010-2011 L analisi del genoma Biologia Molecolare CDLM in CTF 2010-2011 L analisi del genoma L analisi del genoma n La tipizzazione del DNA n La genomica e la bioinformatica n La genomica funzionale La tipizzazione del DNA DNA Fingerprinting

Dettagli

Applicazioni biotecnologiche in systems biology

Applicazioni biotecnologiche in systems biology Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #2 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Contatti Dr. Marco Galardini Dip. Di Biologia Via Madonna del Piano 6, Polo Scientifico S. Fiorentino (c/o Incubatore

Dettagli

Mutation screening mediante PCR

Mutation screening mediante PCR Mutation screening mediante PCR Denaturing High-Perfomance Liquid Chromatography (DHPLC) E una tecnica di analisi cromatografica ad alta pressione che consente di discriminare tra homoduplex ed heteroduplex

Dettagli

Avanzamento dei sistemi di sequenziamento

Avanzamento dei sistemi di sequenziamento Avanzamento dei sistemi di sequenziamento Sistemi di sequenziamento capillare basati su: Lunghezza delle read: 800 basi Poche sequenze prodotte in una singola corsa Second Generation Sequencing (SGS):

Dettagli

Lezione IX-X martedì 25-X-2011

Lezione IX-X martedì 25-X-2011 Lezione IX-X martedì 25-X-2011 corso di genomica laurea magistrale Biotecnologia Industriale aula 8 orario : Martedì ore 14.00-16.00 Giovedì ore 13.00-15.00 non ci sarà lezione martedì 1 e giovedì 3 Novembre

Dettagli

HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale

HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA'.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale NGS: IMMUNOGENETICA E TRAPIANTI Michela Mazzocco S.C.Laboratorio di istocompatibilità

Dettagli

Lezione 8. DNA sequencing informatics

Lezione 8. DNA sequencing informatics Lezione 8 DNA sequencing informatics Il materiale di questa lezione è contenuto nel libro Next-generation DNA sequencing informatics Edited by Stuart M Brown Disponibile in biblioteca (CHIOSTRO 572.8633

Dettagli

Lezione XLI-XLII martedì 17-1-2012

Lezione XLI-XLII martedì 17-1-2012 Lezione XLI-XLII martedì 17-1-2012 corso di genomica aula 8 orario : Martedì ore 14.00-16.00 Giovedì ore 13.00-15.00 Esami 31- gennaio 2012 7- febbraio 2012 28 - febbraio 2012 D. Frezza Esercitazione II

Dettagli

PCR - Polymerase Chain Reaction. ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993).

PCR - Polymerase Chain Reaction. ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). End point PCR vs quantitative Real-Time PCR PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando

Dettagli

Esercitazioni di Genomica

Esercitazioni di Genomica Esercitazioni di Genomica Bioinformatica ai tempi del NGS, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua BMR Genomics srl, Spin-Off Giovanni Birolo, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of

Dettagli

Sfrutta subito i Vantaggi! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005. Scopri la qualità e il risparmio!

Sfrutta subito i Vantaggi! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005. Scopri la qualità e il risparmio! www.eppendorf.com/advantage/32 Get Eppendorf quality today! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005 Sfrutta subito i Vantaggi! Scopri la qualità e il risparmio! www.eppendorf.com/advantage/32 Get Eppendorf quality

Dettagli

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2014-2015. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2014-2015. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2014-2015 Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Fonti e testi di riferimento Dan Graur: http://nsmn1.uh.edu/dgraur/ >courses > bioinformatics

Dettagli

HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale

HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale L evoluzione della professione tecnica tra robotica, automazione e nuove tecnologie

Dettagli

lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM)

lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM) lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM) AFLP Amplified restriction fragment lenght polymorphisms Ogni genoma ha un certo

Dettagli

I geni marker sono necessari per l'isolamento di piante transgeniche (efficienza di trasf. non ottimale), ma poi non servono più.

I geni marker sono necessari per l'isolamento di piante transgeniche (efficienza di trasf. non ottimale), ma poi non servono più. Piante transgeniche prive di geni marker I geni marker sono necessari per l'isolamento di piante transgeniche (efficienza di trasf. non ottimale), ma poi non servono più. Possibili problemi una volta in

Dettagli

Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E

Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E possibile scegliere selettivamente cosa amplificare (specificità)

Dettagli

Verifiche qualitative dell RNA e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme. Massimo Degan, CRO Aviano (PN)

Verifiche qualitative dell RNA e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme. Massimo Degan, CRO Aviano (PN) e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme Massimo Degan, CRO Aviano (PN) perchè è importante verificare l RNA La verifica della qualità dell RNA nei saggi diagnostico-molecolari

Dettagli

Sequenziamento e analisi di genomi completi

Sequenziamento e analisi di genomi completi Sequenziamento e analisi di genomi completi Genoma L'insieme del materiale genetico di un organismo o cellula. (Hans Winkler, 1920) Un genoma è sequenziato quando viene stabilita interamente la successione

Dettagli

IBRIDAZIONE DNA:DNA. Tassonomia molecolare CHEMOTAXONOMY

IBRIDAZIONE DNA:DNA. Tassonomia molecolare CHEMOTAXONOMY IBRIDAZIONE DNA:DNA SOUTHERN blotting Hybridization Techniques Hybridization Techniques NOTHERN blotting FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) The sample is

Dettagli

DNA sequencing. Reading Genomes. Giovanni Bacci

DNA sequencing. Reading Genomes. Giovanni Bacci Reading Genomes Giovanni Bacci Evoluzione del sequenziamento 1977 Frederick Sanger Prima tecnica di sequenziamento 1987 Applyed Biosystems Prima macchina automatica per il sequenziamento del DNA 1998 Phil

Dettagli

David Caramelli Dipartimento di Biologia Evoluzionistica Laboratori di Antropologia. david.caramelli@unifi.it

David Caramelli Dipartimento di Biologia Evoluzionistica Laboratori di Antropologia. david.caramelli@unifi.it Nuovi metodi di analisi negli studi sul DNA antico David Caramelli Dipartimento di Biologia Evoluzionistica Laboratori di Antropologia UnitàdiAntropologia Molecolare /Paleogenetica, Università difirenze

Dettagli

Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie

Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie Graziano PESOLE Università di Bari & IBBE-CNR, Bari, Italy Seminari sulla Biodiversità Bari, 18 Febbraio 2011 La Biodiversità Per biodiversità

Dettagli

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016 Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Possibili testi di riferimento Introduction to Genomics, A.M. Lesk, Oxford Capitoli 1, 3,

Dettagli

La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione

La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione Raniero Lorenzetti Biotecnologie Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana PREMESSA

Dettagli

TNCguide OEM Informativa sull introduzione di documentazione aggiuntiva nella TNCguide

TNCguide OEM Informativa sull introduzione di documentazione aggiuntiva nella TNCguide Newsletter Application 4/2007 OEM Informativa sull introduzione di documentazione aggiuntiva nella APPLICABILITÀ: CONTROLLO NUMERICO itnc 530 DA VERSIONE SOFTWARE 340 49x-03 REQUISITI HARDWARE: MC 420

Dettagli

Genomica Servizio Sequenziamento DNA

Genomica Servizio Sequenziamento DNA Genomica Servizio Sequenziamento DNA Listino prezzi 1 maggio 2005 Value Read Codice Descrizione Prezzo / Lettura 1001-000000 Tubi 13,50 1001-000010 Tubi con etichetta codice a barre 12,00 1094-000050 Etichette

Dettagli

Decode NGS data: search for genetic features

Decode NGS data: search for genetic features Decode NGS data: search for genetic features Valeria Michelacci NGS course, June 2015 Blast searches What we are used to: online querying NCBI database for the presence of a sequence of interest ONE SEQUENCE

Dettagli

Painting with the palette knife

Painting with the palette knife T h e O r i g i n a l P a i n t i n g K n i v e s Dipingere con la spatola Painting with the palette knife Made in Italy I t a l i a n M a n u f a c t u r e r La ditta RGM prende il nome dal fondatore

Dettagli

Metodiche Molecolari

Metodiche Molecolari Metodiche Molecolari La rivelazione degli acidi nucleici virali è un altro saggio che può essere utilizzato sia per verificare la presenza di un virus in un determinato campione biologico, sia per studiare

Dettagli

MINISTERO DELLA DIFESA DIREZIONE GENERALE DI COMMISSARIATO E DI SERVIZI GENERALI ROMA

MINISTERO DELLA DIFESA DIREZIONE GENERALE DI COMMISSARIATO E DI SERVIZI GENERALI ROMA MINISTERO DELLA DIFESA DIREZIONE GENERALE DI COMMISSARIATO E DI SERVIZI GENERALI ROMA Avviso di Selezione Comparativa Pubblica per il conferimento di incarichi di ricerca IL RUP VISTO l art. 7 comma 6

Dettagli

Next-generation sequencing, annotazione, ed espressione genica. Giulio Pavesi Dip. Bioscienze Università di Milano giulio.pavesi@unimi.

Next-generation sequencing, annotazione, ed espressione genica. Giulio Pavesi Dip. Bioscienze Università di Milano giulio.pavesi@unimi. Next-generation sequencing, annotazione, ed espressione genica Giulio Pavesi Dip. Bioscienze Università di Milano giulio.pavesi@unimi.it Il primo passo... Abbiamo la sequenza completa del DNA di un organismo:

Dettagli

PCR - Polymerase Chain Reaction

PCR - Polymerase Chain Reaction PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando i principi della duplicazione del DNA,

Dettagli

Sequenziamento del DNA: strutture dei nucleotidi

Sequenziamento del DNA: strutture dei nucleotidi Sequenziamento del DNA: strutture dei nucleotidi il metodo di Sanger 2-3 DIDEOSSINUCLEOTIDI Il contenuto di ciascuna provetta viene caricato in 4 pozzetti separati di un gel di poliacrilammide * Indica

Dettagli

AMPLIFICAZIONE IN VITRO DEL DNA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI (PCR)

AMPLIFICAZIONE IN VITRO DEL DNA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI (PCR) AMPLIFICAZIONE IN VITRO DEL DNA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI (PCR) PCR: reazione polimerasica a catena Inventata da Kary Mullis negli anni 80 (premio Nobel 1993) Serve per ottenere una grande quantita

Dettagli

di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro

di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro Polymerase Chain Reaction Inventata a metà degli anni 80 da Kary Mullis, è a tutt oggi uno strumento

Dettagli

ENPCOM European network for the promotion of the Covenant of Mayors

ENPCOM European network for the promotion of the Covenant of Mayors ENPCOM European network for the promotion of the Covenant of Mayors Censimento e monitoraggio dei consumi energetici e comportamento dei cittadini Controllo Energetico dei Consumi degli Edifici Monitoraggio

Dettagli

M257SC. Scanner per lastre Scanner for slabs

M257SC. Scanner per lastre Scanner for slabs M257SC Scanner per lastre Scanner for slabs M257SC Scanner per lastre utilizzato per la creazione di foto digitali a colori ad alta defi nizione e per il rilevamento dei dati dimensionali. Per ogni lastra

Dettagli

electric lifting trolley Dimensioni 220 cm 42 (183) cm 72 cm Portata 175 kg Art. -CEAC041 Carrello elevatore Con rulli Altre VerSIONI OTHER VERSIONS

electric lifting trolley Dimensioni 220 cm 42 (183) cm 72 cm Portata 175 kg Art. -CEAC041 Carrello elevatore Con rulli Altre VerSIONI OTHER VERSIONS Elevatore elettrico electric lifting trolley 175 kg Art. -CEAC041 Lifting trolley with rolls Il carrello elevatore elettrico viene utilizzato sia per il trasporto delle salme su barelle, sia in abbinamento

Dettagli

A Solar Energy Storage Pilot Power Plant

A Solar Energy Storage Pilot Power Plant UNIONE DELLA A Solar Energy Storage Pilot Power Plant DELLA Project Main Goal Implement an open pilot plant devoted to make Concentrated Solar Energy both a programmable energy source and a distribution

Dettagli

REGISTRATION GUIDE TO RESHELL SOFTWARE

REGISTRATION GUIDE TO RESHELL SOFTWARE REGISTRATION GUIDE TO RESHELL SOFTWARE INDEX: 1. GENERAL INFORMATION 2. REGISTRATION GUIDE 1. GENERAL INFORMATION This guide contains the correct procedure for entering the software page http://software.roenest.com/

Dettagli

CORSO DI GENETICA. Roberto Piergentili. Università di Urbino Carlo Bo INGEGNERIA GENETICA

CORSO DI GENETICA. Roberto Piergentili. Università di Urbino Carlo Bo INGEGNERIA GENETICA CORSO DI GENETICA INGEGNERIA GENETICA Tecniche di DNA ricombinante: gli enzimi di restrizione Le tecniche di base del DNA ricombinante fanno prevalentemente uso degli enzimi di restrizione. Gli enzimi

Dettagli

Metodologie informa/che per l analisi dei genomi

Metodologie informa/che per l analisi dei genomi Metodologie informa/che per l analisi dei genomi Metodologie informa/che per l analisi dei genomi Perchè sono qui? Walter Sanseverino, CEO at !? Informa/cs = Genomics? We have a problem!!! Focus curve

Dettagli

Sezione 1 / Section 1. Elementi d identità: il marchio Elements of identity: the logo

Sezione 1 / Section 1. Elementi d identità: il marchio Elements of identity: the logo Sezione 1 / Section 1 2 Elementi d identità: il marchio Elements of identity: the logo Elements of identity: the logo Indice 2.01 Elementi d identità 2.02 Versioni declinabili 2.03 Versioni A e A1, a colori

Dettagli

Molle per stampi DIE SPRINGS ISO 10243

Molle per stampi DIE SPRINGS ISO 10243 Molle per stampi DIE SPRIGS ISO 10243 2 Die springs Molle per stampi Located in Colnago, Milano TIPCOCIMA S.r.l. is a joint-venture between TIPCO Inc., a global supplier of pierce punches and die buttons

Dettagli

Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica*

Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica* Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica* Karl V. Voelkerding 1,2, Shale A. Dames 1, Jacob D. Durtschi 1 1ARUP Institute for Experimental and Clinical Pathology, Salt Lake City,

Dettagli

Tecniche molecolari per lo studio degli acidi nucleici

Tecniche molecolari per lo studio degli acidi nucleici Tecniche molecolari per lo studio degli acidi nucleici Prof.ssa Flavia Frabetti aa. 2010-11 Estrazione acidi nucleici (DNA o RNA) Verifica tramite elettroforesi su gel di agarosio Amplificazione o clonaggio

Dettagli

Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon)

Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon) Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon) Obiettivi La procedura ha l obiettivo di sequenziare solo le regioni trascritte e codificanti del genoma che rappresentano, almeno nell uomo, circa

Dettagli

EVENTI (PRIVATE DINNER) F A B R I Z I O

EVENTI (PRIVATE DINNER) F A B R I Z I O F A B R I Z I O F A B R I Z I O La famiglia Pratesi produce vino nella zona di Carmignano da cinque generazioni. Fu Pietro Pratesi a comprare nel 1875 la proprietà Lolocco nel cuore di Carmignano dove

Dettagli

Marcatori molecolari per l iden3ficazione varietale. Tracciabilità molecolare

Marcatori molecolari per l iden3ficazione varietale. Tracciabilità molecolare Marcatori molecolari per l iden3ficazione varietale Tracciabilità molecolare Regolamento Europeo 178/2002 Nella tracciabilità rientrano le a.vità volte a iden1ficare le sostanze che cos1tuiscono il cibo

Dettagli

Guida all installazione del prodotto 4600 in configurazione plip

Guida all installazione del prodotto 4600 in configurazione plip Guida all installazione del prodotto 4600 in configurazione plip Premessa Questo prodotto è stato pensato e progettato, per poter essere installato, sia sulle vetture provviste di piattaforma CAN che su

Dettagli

e dei genotipi tossici

e dei genotipi tossici Metodi molecolari l per il riconoscimento dei cianobatteri e dei genotipi tossici Susanna Vichi Dip. Ambiente e Connessa Prevenzione Primaria Istituto Superiore di Sanità, Roma Workshop Sorveglianza delle

Dettagli

Tecniche biofisiche basate su nanopori

Tecniche biofisiche basate su nanopori Tecniche biofisiche basate su nanopori -Pori di dimensione nanometrica -Attraverso membrane lipidiche o inorganiche -Di natura proteica o scavati con tecnologie top-down Possono essere impiegati per -Studiare

Dettagli

Gruppo di lavoro 1 Metadati e RNDT. Incontro del 22 luglio 2014

Gruppo di lavoro 1 Metadati e RNDT. Incontro del 22 luglio 2014 Gruppo di lavoro 1 Metadati e RNDT Incontro del 1 Piano di lavoro 1. Condivisione nuova versione guide operative RNDT 2. Revisione regole tecniche RNDT (allegati 1 e 2 del Decreto 10 novembre 2011) a)

Dettagli

Alcuni aspetti legati al calcolo bioinformatico su CRESCO. Giuseppe Aprea UTMEA-CAL

Alcuni aspetti legati al calcolo bioinformatico su CRESCO. Giuseppe Aprea UTMEA-CAL Alcuni aspetti legati al calcolo bioinformatico su CRESCO Giuseppe Aprea UTMEA-CAL Principali attività bioinformatiche ENEA legate al calcolo Assemblaggio de Novo* Trascrittomica Analisi filogenetica Metagenomica*

Dettagli

Prova finale di Ingegneria del software

Prova finale di Ingegneria del software Prova finale di Ingegneria del software Scaglione: Prof. San Pietro Andrea Romanoni: Francesco Visin: andrea.romanoni@polimi.it francesco.visin@polimi.it Italiano 2 Scaglioni di voto Scaglioni di voto

Dettagli

Leggere il Dna. Innovazione. Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica.

Leggere il Dna. Innovazione. Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica. Innovazione Leggere il Dna Rosario Iacono Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica. Nel 1977 fu pubblicato il metodo per il sequenziamento delle

Dettagli

Data Alignment and (Geo)Referencing (sometimes Registration process)

Data Alignment and (Geo)Referencing (sometimes Registration process) Data Alignment and (Geo)Referencing (sometimes Registration process) All data aquired from a scan position are refered to an intrinsic reference system (even if more than one scan has been performed) Data

Dettagli

Il sequenziamento del genoma umano

Il sequenziamento del genoma umano Il sequenziamento del genoma umano 1. storia e risultati dei due progetti: HGP e Celera. 2. innovazioni e problematiche di ricerca connesse al progetto genoma umano: (a) sequenziamento su larga scala (b)

Dettagli

ISAC. Company Profile

ISAC. Company Profile ISAC Company Profile ISAC, all that technology can do. L azienda ISAC nasce nel 1994, quando professionisti con una grande esperienza nel settore si uniscono, e creano un team di lavoro con l obiettivo

Dettagli

ncdna Per ncdna si intende il DNA intronico, intergenico e altre zone non codificanti del genoma.

ncdna Per ncdna si intende il DNA intronico, intergenico e altre zone non codificanti del genoma. ncdna Per ncdna si intende il DNA intronico, intergenico e altre zone non codificanti del genoma. ncdna è caratteristico degli eucarioti: Sequenze codificanti 1.5% del genoma umano Introni in media 95-97%

Dettagli

Pellet cellulare. Vortexare per 10-30 sec. Riscaldare il campione in un termoblocco per 10 min a 100 C

Pellet cellulare. Vortexare per 10-30 sec. Riscaldare il campione in un termoblocco per 10 min a 100 C PrepMan Ultra Sample Preparation Reagent Guida Rapida Per informazioni sulla sicurezza far riferimento alla sezione Safety del PrepMan Ultra Sample Preparation Reagent Protocol (PN 4367554). Per tutti

Dettagli

GESTIONE IMMOBILIARE REAL ESTATE

GESTIONE IMMOBILIARE REAL ESTATE CONOSCENZA Il Gruppo SCAI ha maturato una lunga esperienza nell ambito della gestione immobiliare. Il know-how acquisito nei differenti segmenti di mercato, ci ha permesso di diventare un riferimento importante

Dettagli

T V A. Il processo analitico è costituito da tre fasi distinte: a) Estrazione - arricchimento b) Retrotrascrizione c) Amplificazione Real Time TM

T V A. Il processo analitico è costituito da tre fasi distinte: a) Estrazione - arricchimento b) Retrotrascrizione c) Amplificazione Real Time TM genedia DIVISIONE BIOMOLECOLARE DETERMINAZIONE QUANTITATIVA DI RNA HCV MEDIANTE HPA (HIGH PERFORMANCE AMPLIFICATION) T V A L HPA è un protocollo d amplificazione che coniuga le conoscenze acquisite con

Dettagli

Lezione XXXIII-XXXIV giovedì 15-XII-2011

Lezione XXXIII-XXXIV giovedì 15-XII-2011 Lezione XXXIII-XXXIV giovedì 15-XII-2011 D. Frezza corso di genomica Laurea Magistrale Biotecnologia Industriale aula 8 orario : Martedì ore 14.00-16.00 Giovedì ore 13.00-15.00 Esami: I appello Martedì

Dettagli

Hard Disk Drive Duplicator Dock USB 3.0 to SATA HDD Duplicator. StarTech ID: SATDOCK22RU3

Hard Disk Drive Duplicator Dock USB 3.0 to SATA HDD Duplicator. StarTech ID: SATDOCK22RU3 Hard Disk Drive Duplicator Dock USB 3.0 to SATA HDD Duplicator StarTech ID: SATDOCK22RU3 The SATDOCK22RU3 USB 3.0 to SATA Hard Drive Duplicator Dock can be used as a standalone SATA hard drive duplicator,

Dettagli

Pubblicazioni COBIT 5

Pubblicazioni COBIT 5 Pubblicazioni COBIT 5 Marco Salvato CISA, CISM, CGEIT, CRISC, COBIT 5 Foundation, COBIT 5 Trainer 1 SPONSOR DELL EVENTO SPONSOR DI ISACA VENICE CHAPTER CON IL PATROCINIO DI 2 La famiglia COBIT 5 3 Aprile

Dettagli

Guida utente User Manual made in Italy Rev0

Guida utente User Manual made in Italy Rev0 Guida utente User Manual Rev0 made in Italy Indice/Index Informazioni generali General Info... 3 Guida Rapida per messa in funzione Start Up procedure... 3 Login Login... 3 Significato dei tasti Botton

Dettagli

Unione europea Pubblicazione del Supplemento alla Gazzetta ufficiale dell'unione europea. Avviso di preinformazione (Direttiva 2004/18/CE)

Unione europea Pubblicazione del Supplemento alla Gazzetta ufficiale dell'unione europea. Avviso di preinformazione (Direttiva 2004/18/CE) Unione europea Pubblicazione del Supplemento alla Gazzetta ufficiale dell'unione europea 2, rue Mercier, 2985 Luxembourg, Lussemburgo Fax: +352 29 29 42 670 Posta elettronica: ojs@publications.europa.eu

Dettagli

HIGH PRECISION BALLS. 80 Years

HIGH PRECISION BALLS. 80 Years HIGH PRECISION BALLS 80 Years 80 ANNI DI ATTIVITÀ 80 YEARS EXPERIENCE ARTICOLI SPECIALI SPECIAL ITEMS The choice to look ahead. TECNOLOGIE SOFISTICATE SOPHISTICATED TECHNOLOGIES HIGH PRECISION ALTISSIMA

Dettagli

eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA

eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA 1 olymerase hain What is it? eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA What is for? Synthesis of several million copies of a specific DNA sequence within a few hours 2 PCR INGREDIENTS

Dettagli

Quality Certificates

Quality Certificates Quality Certificates Le più importanti certificazioni aziendali, di processo e di prodotto, a testimonianza del nostro costante impegno ed elevato livello di competenze. Qualità * certificata * Certified

Dettagli

Aggiornamenti di biologia molecolare nella diagnostica microbiologica. Pier Sandro Cocconcelli

Aggiornamenti di biologia molecolare nella diagnostica microbiologica. Pier Sandro Cocconcelli Aggiornamenti di biologia molecolare nella diagnostica microbiologica Pier Sandro Cocconcelli Istituto di Microbiologia Centro Ricerche Biotecnologiche Università Cattolica del Sacro Cuore Piacenza-Cremona

Dettagli

SAGE: Serial Analysis of Gene Expression

SAGE: Serial Analysis of Gene Expression SAGE: Serial Analysis of Gene Expression L insieme di tutti gli mrna presenti in una cellula si definisce trascrittoma. Ogni trascrittoma ha una composizione complessa, con migliaia di mrna diversi, ciascuno

Dettagli

Portale Materiali Grafiche Tamburini. Grafiche Tamburini Materials Portal

Portale Materiali Grafiche Tamburini. Grafiche Tamburini Materials Portal Portale Materiali Grafiche Tamburini Documentazione utente italiano pag. 2 Grafiche Tamburini Materials Portal English user guide page 6 pag. 1 Introduzione Il Portale Materiali è il Sistema Web di Grafiche

Dettagli

RAPPORTO DI PROVA TEST REPORT

RAPPORTO DI PROVA TEST REPORT RAPPORTO DI PROVA TEST REPORT Titolo (Title): VIBRATION TEST ON FRIGOBOX T0056 Richiedente (Customer): Ente/Società (Dept./Firm): Sig. (Mr.): Indirizzo (Address): EUROENGEL S.R.L. C. SCAMARDELLA Via Ferrini,

Dettagli

ITALTRONIC SUPPORT XT SUPPORT XT

ITALTRONIC SUPPORT XT SUPPORT XT SUPPORT XT 289 CARATTERISTICHE GENERALI Norme EN 60715 Materiale Blend (PC/ABS) autoestinguente GENERAL FEATURES Standard EN 60715 Material self-extinguishing Blend (PC/ABS) Supporti modulari per schede

Dettagli

Esercitazioni di Genomica

Esercitazioni di Genomica Bioinformatica ai tempi del NGS, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua BMR Genomics srl, Spin-Off Giovanni Birolo, PhD CRIBI Biotechnology Center, University of Padua Perché bioinformatica?

Dettagli

Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione

Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione Università degli Studi di Padova Dipartimento di Ingegneria dell Informazione Corso di Laurea in Ingegneria dell Informazione Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione Laureando:

Dettagli

LATRONICHORROR 2015. BANDO DI CONCORSO COMPETITION ANNOUNCEMENT DEADLINE: 30-03-2015 / March 30th, 2015 ENGLISH

LATRONICHORROR 2015. BANDO DI CONCORSO COMPETITION ANNOUNCEMENT DEADLINE: 30-03-2015 / March 30th, 2015 ENGLISH LATRONICHORROR 2015 BANDO DI CONCORSO COMPETITION ANNOUNCEMENT DEADLINE: 30-03-2015 / March 30th, 2015 1) Il festival si articola nelle seguenti categorie: The festival is structured in the following categories:

Dettagli

100 mm - 107,5 mm PCB Width: 3.937 in - 4.232 in (100 mm - 107.5 mm)

100 mm - 107,5 mm PCB Width: 3.937 in - 4.232 in (100 mm - 107.5 mm) STC107 STC107 Larghezza Scheda: Tipo Supporto: Colore Standard: Spessore Scheda: 100 mm - 107,5 mm PCB Width: 3.937 in - 4.232 in (100 mm - 107.5 mm) ESTRUSO Type of Support: EXTRUDED VERDE Standard Color:

Dettagli

"CRM - CITIZEN RELATIONSHIP MANAGEMENT NELLE AMMINISTRAZIONI"

CRM - CITIZEN RELATIONSHIP MANAGEMENT NELLE AMMINISTRAZIONI "CRM - CITIZEN RELATIONSHIP MANAGEMENT NELLE AMMINISTRAZIONI" Marco Beltrami COMPA, Novembre 2004 COMPA Bologna 2004 IBM oggi non solo Information Technology! L ottava società mondiale per dimensione 45%

Dettagli

Analisi dei dati MLPA con il nuovo Coffalyser.NET. MRC-Holland

Analisi dei dati MLPA con il nuovo Coffalyser.NET. MRC-Holland Analisi dei dati MLPA con il nuovo Coffalyser.NET MRC-Holland Contenuti Che cos è il Coffalyser.NET Analisi dei frammenti e del Copy number Interpretazione dei dati Che cos è il Cofffalyser.NET Software

Dettagli

Famiglie di tabelle fatti

Famiglie di tabelle fatti aprile 2012 1 Finora ci siamo concentrati soprattutto sulla costruzione di semplici schemi dimensionali costituiti da una singola tabella fatti circondata da un insieme di tabelle dimensione In realtà,

Dettagli

Algoritmi e strutture di dati 2

Algoritmi e strutture di dati 2 Algoritmi e strutture di dati 2 Paola Vocca Lezione 2: Tecniche golose (greedy) Lezione1- Divide et impera 1 Progettazione di algoritmi greedy Tecniche di dimostrazione (progettazione) o Greedy algorithms

Dettagli

Copyright 2012 Binary System srl 29122 Piacenza ITALIA Via Coppalati, 6 P.IVA 01614510335 - info@binarysystem.eu http://www.binarysystem.

Copyright 2012 Binary System srl 29122 Piacenza ITALIA Via Coppalati, 6 P.IVA 01614510335 - info@binarysystem.eu http://www.binarysystem. CRWM CRWM (Web Content Relationship Management) has the main features for managing customer relationships from the first contact to after sales. The main functions of the application include: managing

Dettagli

Pannello LEXAN BIPV. 20 Novembre 2013

Pannello LEXAN BIPV. 20 Novembre 2013 Pannello LEXAN BIPV 20 Novembre 2013 PANELLO LEXAN BIPV Il pannello LEXAN BIPV (Building Integrated Photovoltaic panel) è la combinazione di una lastra in policarbonato LEXAN con un pannello fotovoltaico

Dettagli

Combinazioni serie IL-MIL + MOT

Combinazioni serie IL-MIL + MOT Combinazioni tra riduttori serie IL-MIL e MOT Combined series IL-MIL + MOT reduction units Combinazioni serie IL-MIL + MOT Sono disponibili varie combinazioni tra riduttori a vite senza fine con limitatore

Dettagli

Piano Nazionale Banda Ultralarga. Trento Marzo 2015

Piano Nazionale Banda Ultralarga. Trento Marzo 2015 Piano Nazionale Banda Ultralarga Trento Marzo 2015 Chi siamo Infratel Italia S.p.A. (Infrastrutture e Telecomunicazioni per l Italia) è stata costituita su iniziativa del Dipartimento Comunicazioni del

Dettagli

On Line Press Agency - Price List 2014

On Line Press Agency - Price List 2014 On Line Press Agency - Price List Partnerships with Il Sole 24 Ore Guida Viaggi, under the brand GVBusiness, is the official publishing contents supplier of Il Sole 24 Ore - Viaggi 24 web edition, more

Dettagli

Analisi qualitativa con Agilent BioAnalyzer. cdna, RNA Totale e Messaggero e small RNA

Analisi qualitativa con Agilent BioAnalyzer. cdna, RNA Totale e Messaggero e small RNA Il Servizio di Biologia Molecolare si è di recente dotato di uno strumento per l analisi qualitativa e quantitativa degli acidi nucleici Agilent Bioanalyzer 2100 e ha implementato tale tecnologia nell

Dettagli

I Genomi degli Eucarioti:

I Genomi degli Eucarioti: I Genomi degli Eucarioti: Eucromatina ed Eterocromatina Eucromatina: regioni cromosomiche non condensate, attivamente trascritte e ad alta densità genica. Eterocromatina: (facoltativa o costitutiva): cromatina

Dettagli

Trecce Braid. material that is remarkably sturdy and durable.

Trecce Braid. material that is remarkably sturdy and durable. Trecce Braid Trecce Braid Forte e resistente, la treccia nautica FA.CO.PLAST. è un prodotto dalle performance elevate. Di colore bianco con banda rossa e blu, ha composizione esterna in nylon e interna

Dettagli

Parital da diversi anni è leader nell innovazione e sviluppo dei pavimenti in legno e laminati. Nostro fiore all occhiello è la straordinaria

Parital da diversi anni è leader nell innovazione e sviluppo dei pavimenti in legno e laminati. Nostro fiore all occhiello è la straordinaria Parital da diversi anni è leader nell innovazione e sviluppo dei pavimenti in legno e laminati. Nostro fiore all occhiello è la straordinaria gamma di prodotti: spaziamo dai parquet tradizionali (10/14-14

Dettagli

PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR (Polymerase Chain Reaction) PCR (Polymerase Chain Reaction) Metodo enzimatico estremamente rapido e semplice per produrre una quantità illimitata di copie della sequenza di un singolo gene Sometime a good idea comes to yow when you

Dettagli

Settori Applicativi Field of Application

Settori Applicativi Field of Application ERIMAKI Brochure_23 Luglio_okDEFINITIVO_Layout 1 23/07/12 12.51 Pagina 1 Settori Applicativi Field of Application Trattamento Plastica Plastic treatment Legno e Vetro Wood and glass Stoccaggio Storage

Dettagli

Il Futuro. The Future Tense

Il Futuro. The Future Tense Il Futuro The Future Tense UNIT GOALS Unit Goals By the end of this unit the learner will be able to: 1. Conjugate the Futuro Semplice Simple Future regular verbs of all three major Italian conjugations.

Dettagli

L enigma del XXI secolo: decifrare il codice della vita

L enigma del XXI secolo: decifrare il codice della vita L enigma del XXI secolo: decifrare il codice della vita David Horner Dipar9mento di Bioscienze Università degli Studi di Milano Via Celoria 26 Milano 20133 david.horner@unimi.it Regola di Chargaff %A =

Dettagli