Applicazioni biotecnologiche in systems biology

Dimensione: px
Iniziare la visualizzazioe della pagina:

Download "Applicazioni biotecnologiche in systems biology"

Transcript

1 Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #2 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013

2 Contatti Dr. Marco Galardini Dip. Di Biologia Via Madonna del Piano 6, Polo Scientifico S. Fiorentino (c/o Incubatore delle idee) Tel:

3 Systems biology

4 Principali tecnologie di sequenziamento e controllo qualità Lezione #2 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013

5 Sequenziamento del genoma Genoma: intera sequenza nucleotidica di un organismo Sequenziamento: determinazione di una sequenza nucleotidica Le tecniche di sequenziamento Generazione 0 Sequenziamento chimico Generazione 1 Dye-terminator Generazione 2 NGS con pre-amplificazione Generazione 3 NGS su singola molecola NGS: Next Generation Sequencing

6 Sequenziamento del genoma Le tecniche di sequenziamento Generazione 0 - Maxam & Gilbert Generazione 1 - Sanger Generazione 2 Pyrosequencing (454), Solexa-Illumina, Solid, Ion Torrent Generazione 3 PACBIO RS, Nanopore

7 Evoluzione del sequenziamento 1977 Frederick Sanger Prima tecnica di sequenziamento 1987 Applyed Biosystems Prima macchina automatica per il sequenziamento del DNA 1998 Phil Green and Brent Ewing Viene pubblicato il softwere Phred per l analisi di sequenze di DNA 1986 Leeroy E.Hoods Prima macchina semiautomatica per il sequenziamento del DNA 1996 Pål Nyrén Nascita del pyrosequencing 2000 Lynx Therapeutics Lancio sul mercato del MPSS e inizio del sequenziamento di nuova generazione (NGS)

8 Evoluzione del sequenziamento 1977 Frederick Sanger Prima tecnica di sequenziamento 1987 Applyed Biosystems Prima macchina automatica per il sequenziamento del DNA Quantità di dati nell unità di tempo 1998 Phil Green and Brent Ewing Viene pubblicato il softwere Phred per l analisi di sequenze di DNA 1986 Leeroy E.Hoods Prima macchina semiautomatica per il sequenziamento del DNA Qualità e controllo dei dati ottenuti Riduzione del costo 1996 Pål Nyrén Nascita del pyrosequencing 2000 Lynx Therapeutics Lancio sul mercato del MPSS e inizio del sequenziamento di nuova generazione (NGS)

9 Automatismi di sequenziamento?

10 Automatismi di sequenziamento Maggiore automazione, industrializzazione del sequenziamento Concentrazione di sequenziatori presso centri genomici (economia di scala) Riduzione del numero di singoli sequenziatori presso laboratori di ricerca Utilizzo della genomica per applicazioni cliniche, farmaceutiche, industriali

11 Incremento della complessità Sanger sequencing Quantità di basi lette Nell unità di tempo Risorse per la lettura ed immagazzinamento delle sequenze NGS

12 Sequenziamento del genoma Le tecniche di sequenziamento Generazione 0 - Maxam & Gilbert Generazione 1 - Sanger Generazione 2 Pyrosequencing (454), Solexa-Illumina, Solid, Ion Torrent Generazione 3 PACBIO RS, Nanopore

13 Generazione 1 - Sanger ovvero l idea geniale dei dideossi!

14 Sanger sequencing: Cycle Sequencing Molecola segnale La bassa percentuale di ddntp fa sì passi del tempo prima che la sintesi venga interrotta dnalc

15 Sequenziamento manuale Di-deossi nucleotidi radioattivi Una lane per ogni nucleotide Esistono sequenziatori automatici che leggono automaticamente i gel di poliacrilamide

16 Sequenziamento automatico Di-deossi nucleotidi fluorescenti Un colore per ogni nucleotide Una singola lane per i 4 nucleotidi Separazione attraverso elettroforesi capillare Lettura nucleotidi tramite laser Macchinari multi-capillari per letture in parallelo

17 Cromatogramma Lunghezza dei frammenti raggiunta: fino a 1000 bp

18 Cromatogramma possibili errori Sovrapposizione fra i picchi Omonucleotidi Difficile separazione fra i picchi Sovrapposizione fra i picchi Necessario un approccio algoritmico per determinare la qualità dei cromatogrammi ed individuare la giusta sequenza

19 Generazione 2 NGS con pre-amplificazione Pyrosequencing (454) Solexa-Illumina Solid (Anche la tecnica Sanger prevede un amplificazione del dna prima del sequenziamento, con successiva ligazione di un primer)

20 NGS, seconda generazione

21 NGS, seconda generazione Viene commercializzata la prima macchina automatica per il pirosequenziamento Prima pubblicazione sul pirosequenziamento Primo sequenziamento automatico Primo sequenziamento semi-automatico (Sanger dye-terminator)

22 NGS, seconda generazione 454 pyrosequencing Viene commercializzata la prima macchina automatica per il pirosequenziamento Illumina (Solexa) Prima pubblicazione sul pirosequenziamento Primo sequenziamento automatico Primo sequenziamento semi-automatico (Sanger dye-terminator) SOLiD Ion semiconductor DNA nanoball Helioscope SMRT/RNAP

23 NGS, seconda generazione 454 pyrosequencing Viene commercializzata la prima macchina automatica per il pirosequenziamento Illumina (Solexa) Prima pubblicazione sul pirosequenziamento Primo sequenziamento automatico Primo sequenziamento semi-automatico (Sanger dye-terminator) SOLiD Ion semiconductor DNA nanoball Helioscope SMRT/RNAP

24 Il Pyrosequencing (o 454) La tecnologia 454 Da 400 a 700 basi per read Circa la metà rispetto al Sanger megabasi ogni 10 ore Più veloce del Sanger Costi medio alti Impossibilità di sequenziare correttamente più di 8 basi identiche consecutive (omonucleotidi)

25 Il Pyrosequencing (o 454) La tecnologia 454 Amplificazione tramite emulsion PCR (empcr) Multiple reazioni di PCR nella stessa provetta Sospensioni acquose in olio Frantumazione DNA Primer di PCR legati a microsfere Intrappolamento microsfere in micropiastra Una microsfera per pozzetto

26 Il Pyrosequencing (o 454) La tecnologia 454 Pirosequenziamento Inserimento di un nucleotide per volta Incorporazione di un nucleotide da parte della DNA polimerasi comporta lo sviluppo di luce Rilevazione da parte di una videocamera

27

28 Importante: Cosa succede quando aggiungo ATP?

29 Importante: Cosa succede quando aggiungo ATP? Al posto dell ATP si usa d-alpha-thio triphosphate (non utilizzata dalla luciferasi)

30 Il Solexa-Illumina La tecnologia Solexa, cioè sequencing on-a-chip Circa 100 basi per read 10 milioni di reads per spot Ridotti costi di sequenziamento Profondità di sequenziamento elevata Video Overview

31 Frammentazione + ligazione adattatori Annealing sul chip Amplificazione tramite bridge PCR

32 Amplificazione tramite bridge PCR Formazione di cluster densi e separati Ogni cluster contiene una singola sequenza

33 Aggiunta di nucleotidi fluorescenti Terminatori reversibili (il fluoroforo può essere clivato) Lettura di una base per volta, ma in parallelo su molti cluster

34 Lunghezza dei frammenti raggiunta: 100 basi (in pair-end)

35 Il SOliD Sequencing by ligation No DNA polimerasi Utilizzo dell enzima ligasi Reads di 150 bp massimo (generalmente 35 bp) Massima accuratezza Vengono utilizzati sonde con due basi Ogni base della sequenza viene «letta» due volte Costi bassi Pre-amplificazione con empcr su microsfere Ligazione delle microsfere su un vetrino

36 Sequencing by Ligation 1. Primers hybridize to the P1 adapter sequence on the templated beads. 2. A set of four fluorescently labeled di-base probes compete for ligation to the sequencing primer. Specificity of the di-base probe is achieved by interrogating every 1st and 2nd base in each ligation reaction. 3. Multiple cycles of ligation, detection and cleavage are performed with the number of cycles determining the eventual read length. 4. Following a series of ligation cycles, the extension product is removed and the template is reset with a primer complementary to the n-1 position for a second round of ligation cycles. Lunghezza dei frammenti raggiunta: basi

37 Video

38 Ion Torrent

39 Amplificazione tramite empcr su microsfere (intrappolate in micropozzetti) Utilizzo di normali dntp L incorporazione di un dntp rilascia un protone (H+) Rilevazione della differenza di voltaggio (ΔV) ΔV proporzionale al numero di nucleotidi incorporati

40 Lunghezza dei frammenti raggiunta: oltre 100 basi Previsto nuovo CMOS chip da 400 basi entro dicembre 2011

41 Generazione 3 Oxford Nanopore PacBio Single Molecule Real Time sequencing (SMRT) Sequenziamento a singola molecola di DNA Amplificazione iniziale tramite PCR non necessaria Riduzione di bias dovuti all amplificazione (amplificazione differenziale di alcune parti della sequenza)

42 Oxford Nanopore Tecnologia ancora molto sperimentale Vari metodi per determinare i singoli nucleotidi

43 PacBio RS - SMRT Technology

44 Filmato SMRT Pozzetti con volume litri (zeptolitri) Aggiunta sequenziale di dntp marcati con fluorofori Determinazione incorporazione tramite ZMW (zero-mode waveguide)

45 Lunghezza dei frammenti raggiunta: bp (esperimenti con circa 2.5 kb)

46

47 Qualità dei sequenziamenti Dalla reazione alla sequenza

48 Qualità dei sequenziamenti Sequence:??????????????????????????????????

49 Qualità dei sequenziamenti Come è possibile risalire alla sequenza di DNA sequenziata? Necessità di trovare un modo univoco per l interpretazione dei cromatogrammi. E possibile ripetere il processo per milioni di volte? Necessità di sviluppare algoritmi in grado di assegnare ad ogni picco una determinata base in modo automatico.

50 Qualità dei sequenziamenti

51 Qualità dei sequenziamenti G

52 Qualità dei sequenziamenti G C

53 Qualità dei sequenziamenti G C A

54 Qualità dei sequenziamenti G C A G

55 Qualità dei sequenziamenti G C A G C G A Durante l elettroforesi capillare frammenti di lunghezza diversa possono non essere ben separati Lettura simultanea di basi diverse Man mano che il sequenziamento procede verso la fine del segmento di DNA, la qualità andrà a diminuire (anche all inizio) Una bassa qualità può significare una sequenza diversa da quella reale

56 Base-calling algorithm Algoritmo che, data una serie di picchi cromatografici, sia in grado di risalire alla corretta sequenza di DNA che li ha generati ed assegnare ad ogni base una certa «qualità» Phred E l algoritmo più utilizzato. Ad oggi la qualità delle sequenze di DNA viene espressa utilizzando il suo score

57 Base-calling algorithm Vengono presi in considerazione i principali parametri relativi alla forma ed all ampiezza dei picchi; in base a questi viene calcolato un certo valore di qualità relativo ad ogni base.

58 Base-calling algorithm Vengono presi in considerazione i principali parametri relativi alla forma ed all ampiezza dei picchi; in base a questi viene calcolato un certo valore di qualità relativo ad ogni base. La qualità così ottenuta è strettamente legata alla probabilità di ottenere quella determinata base in quel punto del cromatogramma Base A C Quality 40 30

59 Qualità e Probabilità Q = Qualità (Phred Score) P = Probabilità di errore Q = -10log 10 (P) P = 10 -Q/10 BASES A C T G ERROR QUALITY

60 Qualità e Probabilità Q = Qualità (Phred Score) P = Probabilità di errore Q = -10log 10 (P) P = 10 -Q/10 Ad esempio: una qualità pari a 20 si traduce in una probabilità di errore dell 1%, mentre una qualità pari a 30 si traduce in una probabilità dello 0.1% BASES A C T G ERROR 1% 0.1% 0.01% 0.001% QUALITY

61 Qualità e Probabilità BASES A C T G ERROR 1% 0.1% 0.01% 0.001% QUALITY Base scartata Qualità generalmente accettata Importante: Una probabilità d errore dell 1% può sembrare bassa Bisogna tenere conto che vengono sequenziate milioni di basi 1% = basi errate ogni Mb Queste basi errate possono essere confuse per mutazioni -> implicazioni cliniche gravi!

62 Dal sequenziamento al genoma Dalle reads alle sequenze (più o meno) complete

63 Tutte le tecniche di sequenziamento portano alla produzione di molte sequenze corte ( bp) Il genoma batterico più corto è circa 1Mb (500 volte la reads più lunga) Un gene batterico è lungo in media 300 bp Necessario unire insieme le varie reads per ottenere un genoma Trimming, Assembling, Scaffolding

DNA sequencing. Reading Genomes. Giovanni Bacci

DNA sequencing. Reading Genomes. Giovanni Bacci Reading Genomes Giovanni Bacci Evoluzione del sequenziamento 1977 Frederick Sanger Prima tecnica di sequenziamento 1987 Applyed Biosystems Prima macchina automatica per il sequenziamento del DNA 1998 Phil

Dettagli

Mutation screening mediante PCR

Mutation screening mediante PCR Mutation screening mediante PCR Denaturing High-Perfomance Liquid Chromatography (DHPLC) E una tecnica di analisi cromatografica ad alta pressione che consente di discriminare tra homoduplex ed heteroduplex

Dettagli

PCR - Polymerase Chain Reaction. ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993).

PCR - Polymerase Chain Reaction. ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). End point PCR vs quantitative Real-Time PCR PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando

Dettagli

Metodiche Molecolari

Metodiche Molecolari Metodiche Molecolari La rivelazione degli acidi nucleici virali è un altro saggio che può essere utilizzato sia per verificare la presenza di un virus in un determinato campione biologico, sia per studiare

Dettagli

Analisi di sequenziamento degli acidi nucleici

Analisi di sequenziamento degli acidi nucleici Analisi di sequenziamento degli acidi nucleici In questa lezione darò qualche breve cenno sui metodi di sequenziamento del DNA e specialmente quelli con marcatura fluorescente che attualmente vengono effettuati

Dettagli

SEQUENZIAMENTO DEL DNA

SEQUENZIAMENTO DEL DNA SEQUENZIAMENTO DEL DNA Il metodo di Sanger per determinare la sequenza del DNA Il metodo manuale La reazione enzimatica Elettroforesi in gel denaturante di poliacrilammide Autoradiografia Il metodo automatico

Dettagli

La reazione a catena della polimerasi (PCR) di Ofelia Leone e Vincenzo Mandarino

La reazione a catena della polimerasi (PCR) di Ofelia Leone e Vincenzo Mandarino La reazione a catena della polimerasi (PCR) di Ofelia Leone e Vincenzo Mandarino La Polymerase Chain Reaction (PCR) o reazione di amplificazione a catena è una tecnica che permette di amplificare una specifica

Dettagli

Leggere il Dna. Innovazione. Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica.

Leggere il Dna. Innovazione. Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica. Innovazione Leggere il Dna Rosario Iacono Dal metodo Sanger al Next generation sequencing: il genoma a disposizione della ricerca scientifica. Nel 1977 fu pubblicato il metodo per il sequenziamento delle

Dettagli

di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro

di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro Polymerase Chain Reaction Inventata a metà degli anni 80 da Kary Mullis, è a tutt oggi uno strumento

Dettagli

Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E

Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E Si può ottenere un a grande quantità di copie di DNA a partire da una singola molecola di DNA stampo La reazione è semplice ed automatizzabile E possibile scegliere selettivamente cosa amplificare (specificità)

Dettagli

Il sequenziamento del DNA

Il sequenziamento del DNA Il sequenziamento del DNA Si può ottenere la massima informazione sulla struttura di una molecola di DNA determinandone la sequenza nucleotidica completa Il sequenziamento del DNA è una componente irrinunciabile

Dettagli

PCR - Polymerase Chain Reaction

PCR - Polymerase Chain Reaction PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando i principi della duplicazione del DNA,

Dettagli

Francesca Ceroni. Biotecnologie tradizionali. Biologia Sintetica. F. Ceroni 16/09/2010. Bressanone GNB 2010 1. 1) DNA ricombinante 2) PCR

Francesca Ceroni. Biotecnologie tradizionali. Biologia Sintetica. F. Ceroni 16/09/2010. Bressanone GNB 2010 1. 1) DNA ricombinante 2) PCR XXIX Scuola Annuale di Bioingegneria. Bressanone, 13-17 settembre 2010 Francesca Ceroni Biotecnologie tradizionali 1) DNA ricombinante 2) PCR 3) Sequenziamento automatizzato Biologia Sintetica 4) Approccio

Dettagli

PRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b)

PRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b) PRINCIPALI TIPI DI PCR a) RT-PCR: serve a valutare l espressione di un gene tramite l amplificazione dell mrna da esso trascritto PCR COMPETITIVA: serve a valutare la concentrazione iniziale di DNA o RNA

Dettagli

Come si traccia un alimento di origine animale? Dalle lasagne con carne di cavallo. alla realtà di ogni giorno

Come si traccia un alimento di origine animale? Dalle lasagne con carne di cavallo. alla realtà di ogni giorno Editoriale n.10 Newsletter aprile 2013 Come si traccia un alimento di origine animale? Dalle lasagne con carne di cavallo alla realtà di ogni giorno Identificare la specie, un obiettivo fondamentale quando

Dettagli

ALGORITMI PER L'ANALISI ED IL TROUBLESHOOTING DI SEGNALI DI SEQUENZIAMENTO SANGER DEL DNA

ALGORITMI PER L'ANALISI ED IL TROUBLESHOOTING DI SEGNALI DI SEQUENZIAMENTO SANGER DEL DNA UNIVERSITA DEGLI STUDI DI PADOVA FACOLTA DI INGEGNERIA CORSO DI LAUREA SPECIALISTICA IN BIOINGEGNERIA ALGORITMI PER L'ANALISI ED IL TROUBLESHOOTING DI SEGNALI DI SEQUENZIAMENTO SANGER DEL DNA ALGORITHMS

Dettagli

Lezioni di biotecnologie

Lezioni di biotecnologie Lezioni di biotecnologie 2 Lezione 2 Analisi del DNA e delle proteine 3 Analizzare DNA e proteine Per le applicazioni delle biotecnologie è di fondamentale importanza: 1. essere in grado di identificare

Dettagli

Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica*

Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica* Next-generation sequencing : dalla ricerca di base alla diagnostica* Karl V. Voelkerding 1,2, Shale A. Dames 1, Jacob D. Durtschi 1 1ARUP Institute for Experimental and Clinical Pathology, Salt Lake City,

Dettagli

Lezione 4. Il sequenziamento del DNA, Sanger

Lezione 4. Il sequenziamento del DNA, Sanger Lezione 4 Il sequenziamento del DNA, Sanger Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori

Dettagli

Dopo aver effettuato la PCR, all interno della soluzione oltre al tratto amplificato sono presenti: primers, dntps, Taq polimerasi e tampone di

Dopo aver effettuato la PCR, all interno della soluzione oltre al tratto amplificato sono presenti: primers, dntps, Taq polimerasi e tampone di Dopo aver effettuato la PCR, all interno della soluzione oltre al tratto amplificato sono presenti: primers, dntps, Taq polimerasi e tampone di reazione Inizialmente i 20 µl dell amplificato vengono

Dettagli

SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO AUTOMATICO

SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO AUTOMATICO REPARTO GENOMICA LABORATORIO ANALISI GENOMICHE SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO AUTOMATICO DOCUMENTO ILLUSTRATIVO DEL SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO ACIDI NUCLEICI ISTITUTO ZOOPROFILATTICO SPERIMENTALE DELLA LOMBARDIA

Dettagli

Diagnosi genetiche molecolari

Diagnosi genetiche molecolari Diagnosi genetiche molecolari INDICAZIONI per la diagnosi genetica Ricorrenza nella famiglia di una malattia genetica - identificazione dei portatori - confermare la diagnosi basata sul quadro clinico

Dettagli

Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data. Valeria Michelacci NGS course, June 2015

Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data. Valeria Michelacci NGS course, June 2015 Next Generation Sequencers: from the bacterial culture to raw data Valeria Michelacci NGS course, June 2015 COSTS ASSOCIATED WITH DNA SEQUENCING 80-100 $ per Bacterial Genome!! Benefits from NGS Massive

Dettagli

Il primer utilizzato può essere specifico per il gene che si intende amplificare oppure aspecifico (oligo (dt) oppure random esameri).

Il primer utilizzato può essere specifico per il gene che si intende amplificare oppure aspecifico (oligo (dt) oppure random esameri). Retrotrascrizione l mrna viene convertito in cdna per mezzo dell enzima trascrittasi inversa (DNA polimerasi RNAdipendenti ricavate dai virus della mieloblastosi aviaria AMV o della leucemia murina di

Dettagli

Genomica Servizio Sequenziamento DNA

Genomica Servizio Sequenziamento DNA Genomica Servizio Sequenziamento DNA Listino prezzi 1 maggio 2005 Value Read Codice Descrizione Prezzo / Lettura 1001-000000 Tubi 13,50 1001-000010 Tubi con etichetta codice a barre 12,00 1094-000050 Etichette

Dettagli

PCR. Polymerase Chain Reaction

PCR. Polymerase Chain Reaction PCR Polymerase Chain Reaction PCR o Tecnica della reazione a catena della DNA polimerasi o PCR (Polymerase Chain Reaction) o Introdotta da Kary B. Mullis alla metà degli anni 80 ha rivoluzionato la genetica

Dettagli

Metodiche di analisi del DNA (cenni) (Ingegneria genetica)

Metodiche di analisi del DNA (cenni) (Ingegneria genetica) DNA Metodiche di analisi del DNA (cenni) (Ingegneria genetica) Principali tecniche di base Enzimi di restrizione (Endonucleasi) Gel elettroforesi Ibridizzazione PCR (Polymerase Chain Reaction) Sequenziamento

Dettagli

PROGETTO DNA chiavi in mano. Le Biotecnologie in classe e in laboratorio 11/03/2015 Prof.ssa Paola Cazzani I.T.E. A. Bassi - Lodi

PROGETTO DNA chiavi in mano. Le Biotecnologie in classe e in laboratorio 11/03/2015 Prof.ssa Paola Cazzani I.T.E. A. Bassi - Lodi PROGETTO DNA chiavi in mano Le Biotecnologie in classe e in laboratorio 11/03/2015 Prof.ssa Paola Cazzani I.T.E. A. Bassi - Lodi PROGETTO DNA chiavi in mano PROGETTO DNA chiavi in mano IFOM PROGETTO DNA

Dettagli

La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione

La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione La diagnostica biomolecolare a supporto dei controlli ufficiali per le api regine d importazione Raniero Lorenzetti Biotecnologie Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana PREMESSA

Dettagli

Analisi di polimorfismi usati per la caratterizzazione di profili genetici in campioni di. DNA umano. 22-26 giugno 2009

Analisi di polimorfismi usati per la caratterizzazione di profili genetici in campioni di. DNA umano. 22-26 giugno 2009 Analisi di polimorfismi usati per la caratterizzazione di profili genetici in campioni di 22-26 giugno 2009 DNA umano 1 GENETICA FORENSE La genetica forense applica tecniche di biologia molecolare al fine

Dettagli

Lezione 8. DNA sequencing informatics

Lezione 8. DNA sequencing informatics Lezione 8 DNA sequencing informatics Il materiale di questa lezione è contenuto nel libro Next-generation DNA sequencing informatics Edited by Stuart M Brown Disponibile in biblioteca (CHIOSTRO 572.8633

Dettagli

Applicazioni biotecnologiche in systems biology

Applicazioni biotecnologiche in systems biology Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #6 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Gene regulation analysis Lezione #6 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Regolazione genica Elementi molecolari e

Dettagli

Metodi di analisi mutazionale

Metodi di analisi mutazionale Metodi di analisi mutazionale I metodi impiegati per l analisi di mutazioni o polimorfismi nel DNA genomico possono essere suddivise in due principali categorie: (1) metodi per individuare mutazioni note,

Dettagli

TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE. LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA Principi teorici e aspetti pratici

TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE. LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA Principi teorici e aspetti pratici TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA Principi teorici e aspetti pratici POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) 1955 A. Kronembreg e coll. (Stanford University) scoprono la DNA-polimerasi

Dettagli

PCR. Polymerase Chain Reaction

PCR. Polymerase Chain Reaction PCR Polymerase Chain Reaction PCR o Tecnica della reazione a catena della DNA polimerasi o PCR (Polymerase Chain Reaction) o Introdotta da Kary B. Mullis alla metà degli anni 80 ha rivoluzionato la genetica

Dettagli

Verifiche qualitative dell RNA e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme. Massimo Degan, CRO Aviano (PN)

Verifiche qualitative dell RNA e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme. Massimo Degan, CRO Aviano (PN) e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme Massimo Degan, CRO Aviano (PN) perchè è importante verificare l RNA La verifica della qualità dell RNA nei saggi diagnostico-molecolari

Dettagli

PRINCIPALI APPLICAZIONI DELLA PCR. PRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b) PRINCIPALI TIPI DI PCR a)

PRINCIPALI APPLICAZIONI DELLA PCR. PRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b) PRINCIPALI TIPI DI PCR a) EAZIONE A CATENA DELLA POLIMEASI (PC) PINCIPALI APPLICAZIONI DELLA PC UPPE primer LOWE primer GENE X 1. Identificazione di agenti patogeni nell uomo, negli animali o negli alimenti (batteri e virus) 2.

Dettagli

Protocollo Crime Scene Investigation

Protocollo Crime Scene Investigation Protocollo Crime Scene Investigation Precauzioni da adottare in laboratorio: - non mangiare o bere - indossare sempre i guanti quando si maneggiano i tubini, i gel, le micropipette - nel dubbio, chiedere!

Dettagli

LEZIONE X FUNZIONAMENTO E APPLICAZIONI DELLA PCR. Dott. Paolo Cascio

LEZIONE X FUNZIONAMENTO E APPLICAZIONI DELLA PCR. Dott. Paolo Cascio LEZIONE X FUNZIONAMENTO E APPLICAZIONI DELLA PCR Dott. Paolo Cascio Tecnica della reazione a catena della DNA polimerasi o PCR (Polymerase Chain Reaction) 1) Introdotta da Kary Mullis alla metà degli anni

Dettagli

Lezione IX-X martedì 25-X-2011

Lezione IX-X martedì 25-X-2011 Lezione IX-X martedì 25-X-2011 corso di genomica laurea magistrale Biotecnologia Industriale aula 8 orario : Martedì ore 14.00-16.00 Giovedì ore 13.00-15.00 non ci sarà lezione martedì 1 e giovedì 3 Novembre

Dettagli

Analisi mutazionale di K-RAS metodiche a confronto

Analisi mutazionale di K-RAS metodiche a confronto Analisi mutazionale di K-RAS metodiche a confronto Aula Magna Villa Sironi Gallarate 16 ottobre Dott. Carmelo Lupo Coordinatore Tecnico Anatomia Patologica e Patologia Molecolare Oncologica PERCHÉ K-RAS

Dettagli

LA GENOMICA SYSTEM BIOLOGY

LA GENOMICA SYSTEM BIOLOGY LA GENOMICA Lo scopo della genomica funzionale è quello di capire la funzione dei geni e delle altre parti del genoma. Molte altre informazioni possono arrivare dalla genomica comparata, che consiste nel

Dettagli

Amplificazione del DNA tramite reazione a catena della polimerasi (POLYMERASE CHAIN REACTION; PCR) e sue applicazioni in ambito biomedico

Amplificazione del DNA tramite reazione a catena della polimerasi (POLYMERASE CHAIN REACTION; PCR) e sue applicazioni in ambito biomedico Amplificazione del DNA tramite reazione a catena della polimerasi (POLYMERASE CHAIN REACTION; PCR) e sue applicazioni in ambito biomedico Dottoressa Camerin Consuelo Laboratorio Oncoematologia Pediatrica

Dettagli

Avanzamento dei sistemi di sequenziamento

Avanzamento dei sistemi di sequenziamento Avanzamento dei sistemi di sequenziamento Sistemi di sequenziamento capillare basati su: Lunghezza delle read: 800 basi Poche sequenze prodotte in una singola corsa Second Generation Sequencing (SGS):

Dettagli

Bioinformatica. Marin Vargas, Sergio Paul

Bioinformatica. Marin Vargas, Sergio Paul Bioinformatica Marin Vargas, Sergio Paul 2013 Wikipedia: La bioinformatica è una disciplina scientifica dedicata alla risoluzione di problemi biologici a livello molecolare con metodi informatici. La bioinformatica

Dettagli

Genotipizzazione virale

Genotipizzazione virale Genotipizzazione virale Typing Separazione basata su maggiori differenze genetiche tra i membri di una singola specie virale Subtyping Individuazione di differenze stabili all interno di un gruppo di virus

Dettagli

Summer School 2015. Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi

Summer School 2015. Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi Summer School 2015 Alloreattività e trapianti nell uomo: le nuove metodiche di studio e i trapianti alternativi Applicazioni della Next-Generation Sequencing con tecnologia Illumina Roberto Cusano 04-06

Dettagli

Lezione 5. Next Generation Sequencing

Lezione 5. Next Generation Sequencing Lezione 5 Next Generation Sequencing Perchè Next Generation Sequencing Si possono generare centinaia di milioni di corte sequenze (35bp-250bp) in una sola corsa in un tempo breve con un basso prezzo per

Dettagli

Tecniche per il sequenziamento degli acidi nucleici

Tecniche per il sequenziamento degli acidi nucleici Tecniche per il sequenziamento degli acidi nucleici Nel 1965 viene determinata la prima sequenza completa di un Acido Nucleico: il trna dell alanina di lievito (78 nucleotidi) 1971: prima mappa di restrizione

Dettagli

LA TECNOLOGIA SANGER SEQUENCING RICERCATORE TEAM LEADER: DOTT.SSA VELCA BOTTI

LA TECNOLOGIA SANGER SEQUENCING RICERCATORE TEAM LEADER: DOTT.SSA VELCA BOTTI LA TECNOLOGIA SANGER SEQUENCING RICERCATORE TEAM LEADER: DOTT.SSA VELCA BOTTI 1953: scoperta del DNA (Watson e Crick) CENNI STORICI 1977: metodo di Sanger per il sequenziamento del DNA (pubblicazione della

Dettagli

Nel 1997 un gruppo di ricercatori dell Università di Monaco, guidato. Genomi e genomica. DOMANDE CHIAVE Come si ottengono

Nel 1997 un gruppo di ricercatori dell Università di Monaco, guidato. Genomi e genomica. DOMANDE CHIAVE Come si ottengono Genomi e genomica 14 DOMANDE CHIAVE Come si ottengono le sequenze del DNA genomico? Come viene decifrata l informazione contenuta nel genoma? Che cosa può rivelare la genomica comparata sulla struttura

Dettagli

Purificazione degli acidi nucleici

Purificazione degli acidi nucleici A cosa serve? Purificazione degli acidi nucleici DNA genomico: per costruire librerie genomiche e/o usato nell analisi d ibridazione Southern. mrna: sintesi del cdna; analisi d ibridazione Northern, o

Dettagli

Orga Bio Human S.r.l. DIREZIONE E UFFICI: Via Amsterdam 75, 00144 Roma Tel/fax: 06 99701675

Orga Bio Human S.r.l. DIREZIONE E UFFICI: Via Amsterdam 75, 00144 Roma Tel/fax: 06 99701675 Orga Bio Human S.r.l. DIREZIONE E UFFICI: Via Amsterdam 75, 00144 Roma Tel/fax: 06 99701675 SEDE LEGALE: Via Helsinki 21, 00144 Roma Tel. 06 97998273; Fax 06 52246148 e-mail: orgabiohuman@fastwebnet.it

Dettagli

ANALISI POST-GENOMICHE TRASCRITTOMA: CONTENUTO DI RNA DI UNA CELLULA.

ANALISI POST-GENOMICHE TRASCRITTOMA: CONTENUTO DI RNA DI UNA CELLULA. TECNICHE PER L ANALISI DELL ESPRESSIONE GENICA RT-PCR REAL TIME PCR NORTHERN BLOTTING ANALISI POST-GENOMICHE Conoscere la sequenza genomica di un organismo non è che l inizio di una serie di esperimenti

Dettagli

Sfrutta subito i Vantaggi! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005. Scopri la qualità e il risparmio!

Sfrutta subito i Vantaggi! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005. Scopri la qualità e il risparmio! www.eppendorf.com/advantage/32 Get Eppendorf quality today! Validità 1 Aprile 30 Giugno 2005 Sfrutta subito i Vantaggi! Scopri la qualità e il risparmio! www.eppendorf.com/advantage/32 Get Eppendorf quality

Dettagli

Tecniche biofisiche basate su nanopori

Tecniche biofisiche basate su nanopori Tecniche biofisiche basate su nanopori -Pori di dimensione nanometrica -Attraverso membrane lipidiche o inorganiche -Di natura proteica o scavati con tecnologie top-down Possono essere impiegati per -Studiare

Dettagli

Applicazioni biotecnologiche in systems biology

Applicazioni biotecnologiche in systems biology Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #3 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Analisi dati sequenziamento massivo Lezione #3 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 NGS: Next Generation Sequencing

Dettagli

PCR. Polymerase Chain Reaction

PCR. Polymerase Chain Reaction PCR Polymerase Chain Reaction PCR o Tecnica della reazione a catena della DNA polimerasi o PCR (Polymerase Chain Reaction) o Introdotta da Kary B. Mullis alla metà degli anni 80 ha rivoluzionato la genetica

Dettagli

Determinare la sequenza del DNA

Determinare la sequenza del DNA Corso di Laurea in Chimica e Tecnologie Farmaceu9che a.a. 2014-2015 Università di Catania Determinare la sequenza del DNA Sequenziamento Sanger, NGS e Bioinforma9ca Stefano Forte Sequenziare significa

Dettagli

Immagine di una sequenza ben riuscita. Sequences troubleshooting

Immagine di una sequenza ben riuscita. Sequences troubleshooting Immagine di una sequenza ben riuscita. Sequences troubleshooting Sequenza fallita Reazione fallita: non presenta picchi definiti e ha un alto rumore di fondo. il primer non trova sito di annealing il DNA

Dettagli

Metodi per il rilevamento degli OGM in matrici alimentari: principi ed i metodi di analisi basati sulla ricerca del DNA e delle proteine

Metodi per il rilevamento degli OGM in matrici alimentari: principi ed i metodi di analisi basati sulla ricerca del DNA e delle proteine Università degli Studi del Piemonte Orientale A. Avogadro CORSO DI ALTA FORMAZIONE IN LEGISLAZIONE ALIMENTARE Metodi per il rilevamento degli OGM in matrici alimentari: principi ed i metodi di analisi

Dettagli

PROGETTO DNA CHIAVI IN MANO

PROGETTO DNA CHIAVI IN MANO PROGETTO DNA CHIAVI IN MANO La collaborazione con il Virgilio e il progetto dell IFOM Il progetto DNA chiavi in mano è un percorso pensato dal Centro di Ricerca internazionale IFOM per avvicinare i ragazzi

Dettagli

DNA Memory. Approfondimento del corso di Bioinformatica. prof.ssa Cocco. Sebastiano Vascon

DNA Memory. Approfondimento del corso di Bioinformatica. prof.ssa Cocco. Sebastiano Vascon DNA Memory Approfondimento del corso di Bioinformatica prof.ssa Cocco DNA Memory (Outline) Nested PCR NPMM (Nested Primer Molecular Memory) Gerarchie di memoria Accesso ai dati Spazio di memoria Vincoli

Dettagli

Corso di aggiornamento

Corso di aggiornamento I n t r o d u z i o n e a l l e t e c n i c h e d i bi o l o g i a m o l e c o l a r e e l o r o a p p l i c a z i o n i ne l L a b o r a t o r i o C l i n i c o Corso di aggiornamento Milano - Sabato

Dettagli

Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie

Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie Biodiversità Molecolare: aspetti di base e nuove tecnologie Graziano PESOLE Università di Bari & IBBE-CNR, Bari, Italy Seminari sulla Biodiversità Bari, 18 Febbraio 2011 La Biodiversità Per biodiversità

Dettagli

ABI-7700 User Bulletin #5

ABI-7700 User Bulletin #5 ABI-7700 User Bulletin #5 1. halogen tungsten lamp 2b. emission filters 3. intensifier 5. ccd detector 350,000 pixels 2a. excitation filters 4. sample plate www.biorad.com 3 Real-time qpcr - La fluorescenza

Dettagli

INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE CLINICA (a cura del Responsabile Scientifico del Congresso: Dott. Paolo Lanzafame)

INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE CLINICA (a cura del Responsabile Scientifico del Congresso: Dott. Paolo Lanzafame) INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE CLINICA (a cura del Responsabile Scientifico del Congresso: Dott. Paolo Lanzafame) La Biologia Molecolare Clinica è il settore disciplinare afferente alla Medicina

Dettagli

Analisi Molecolare di sequenze di acidi nucleici

Analisi Molecolare di sequenze di acidi nucleici Analisi Molecolare di sequenze di acidi nucleici 1. L Analisi di restrizione di frammenti o RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism) di DNA comporta lo studio delle dimensioni dei frammenti di DNA

Dettagli

Metodica fu ideata nel 1983

Metodica fu ideata nel 1983 Metodica fu ideata nel 1983 PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando i principi

Dettagli

Progettazione di primer per PCR. Verifica della specificità

Progettazione di primer per PCR. Verifica della specificità Progettazione di primer per PCR. Verifica della specificità La PCR (Polymerase Chain Reaction) ha progressivamente assunto importanza tra le tecnologie ricombinanti in quanto in diversi protocolli applicativi

Dettagli

PROGETTO BIOFORM Corso didattico sperimentale. Esercizio. Tipizzazione del gene PV92

PROGETTO BIOFORM Corso didattico sperimentale. Esercizio. Tipizzazione del gene PV92 PROGETTO BIOFORM Corso didattico sperimentale Esercizio Tipizzazione del gene PV92 Elementi trasponibili Che cosa sono gli elementi trasponibili? Sono segmenti di DNA che sono in grado di trasferirsi in

Dettagli

Note Tecniche al LightCycler Selezione di sonde di ibridazione per LightCycler. Olfert Landt e Andreas Nitsche, TIB MOLBIOL, Berlino

Note Tecniche al LightCycler Selezione di sonde di ibridazione per LightCycler. Olfert Landt e Andreas Nitsche, TIB MOLBIOL, Berlino Note Tecniche al LightCycler Selezione di sonde di ibridazione per LightCycler Olfert Landt e Andreas Nitsche, TIB MOLBIOL, Berlino 1. Introduzione Scopo di questa nota La detezione di amplicon specifici

Dettagli

lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM)

lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM) lezione 19-20 martedi 13 aprile 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM) AFLP Amplified restriction fragment lenght polymorphisms Ogni genoma ha un certo

Dettagli

Protocollo di Real-Time RT-PCR per la diagnosi del fitoplasma della Moria del Pero. Claudio Ratti, Chiara Lanzoni e Carlo Poggi Pollini

Protocollo di Real-Time RT-PCR per la diagnosi del fitoplasma della Moria del Pero. Claudio Ratti, Chiara Lanzoni e Carlo Poggi Pollini Protocollo di Real-Time RT-PCR per la diagnosi del fitoplasma della Moria del Pero Claudio Ratti, Chiara Lanzoni e Carlo Poggi Pollini Moria del pero (Candidatus Phytoplasma pyri) Fitoplasmi: Microrganismi

Dettagli

Sequenziamento e analisi di genomi completi

Sequenziamento e analisi di genomi completi Sequenziamento e analisi di genomi completi Genoma L'insieme del materiale genetico di un organismo o cellula. (Hans Winkler, 1920) Un genoma è sequenziato quando viene stabilita interamente la successione

Dettagli

immagine Biologia applicata alla ricerca bio-medica Materiale Didattico Docente: Di Bernardo

immagine Biologia applicata alla ricerca bio-medica Materiale Didattico Docente: Di Bernardo Esperto in processi innovativi di sintesi biomolecolare applicata a tecniche di epigenetica Materiale Didattico Biologia applicata alla ricerca bio-medica immagine Docente: Di Bernardo TECNICHE PER L ANALISI

Dettagli

Istruzioni d uso. BAG Cycler Check. REF 7104 (10 test) REF 71044 (4 test) Kit per la validazione dell uniformità della temperatura nei termociclatori

Istruzioni d uso. BAG Cycler Check. REF 7104 (10 test) REF 71044 (4 test) Kit per la validazione dell uniformità della temperatura nei termociclatori Istruzioni d uso BAG Cycler Check REF 7104 (10 test) REF 71044 (4 test) Kit per la validazione dell uniformità della temperatura nei termociclatori pronto all uso, prealiquotato Indice 1. Descrizione del

Dettagli

Immunodiagnostica e Diagnostica Molecolare attualità e prospettive. Prof.ssa Anna Onofri Liceo Scientifico «Iris Versari» Maggio 2015

Immunodiagnostica e Diagnostica Molecolare attualità e prospettive. Prof.ssa Anna Onofri Liceo Scientifico «Iris Versari» Maggio 2015 Immunodiagnostica e Diagnostica Molecolare attualità e prospettive Prof.ssa Anna Onofri Liceo Scientifico «Iris Versari» Maggio 2015 DATI INFORMAZIONE CONOSCENZA La Diagnostica di Laboratorio permette

Dettagli

DOTTORATO DI RICERCA TITOLO TESI

DOTTORATO DI RICERCA TITOLO TESI Università degli Studi di Cagliari DOTTORATO DI RICERCA Terapia Pediatrica e Farmacologia dello Sviluppo Ciclo xxv TITOLO TESI Nuovi approcci molecolari per lo studio di malattie monogeniche rare: utilizzo

Dettagli

Maria Antonietta Lepore. Principali tecniche di biologia molecolare clinica

Maria Antonietta Lepore. Principali tecniche di biologia molecolare clinica Maria Antonietta Lepore Principali tecniche di biologia molecolare clinica Copyright MMIX ARACNE editrice S.r.l. www.aracneeditrice.it info@aracneeditrice.it via Raffaele Garofalo, 133 a/b 00173 Roma (06)

Dettagli

PROGETTO BIOFORM. Tipizzazione del locus PV92

PROGETTO BIOFORM. Tipizzazione del locus PV92 Ci fu un tempo in cui per amplificare il DNA, dovevi crescere tonnellate e tonnellate di piccole celle. Poi è arrivato un ragazzo di nome Dr. Kary Mullis, Ha detto che si può amplificare in vitro altrettanto

Dettagli

8-06-2010. BLOTTING degli acidi nucleici: RT-PCR SOUTHERN BLOTTING NORTHERN BLOTTING. BLOTTING delle proteine: NORTHERN BLOTTING SOUTHERN BLOTTING

8-06-2010. BLOTTING degli acidi nucleici: RT-PCR SOUTHERN BLOTTING NORTHERN BLOTTING. BLOTTING delle proteine: NORTHERN BLOTTING SOUTHERN BLOTTING 8-06-2010 TECNICHE PER L ANALISI DELL ESPRESSIONE GENICA BLOTTING degli acidi nucleici: RT-PCR REAL TIME PCR SOUTHERN BLOTTING NORTHERN BLOTTING NORTHERN BLOTTING BLOTTING delle proteine: MICROARRAYS MACROARRAYS

Dettagli

PRESENTAZIONE DEI RISULTATI FINALI DEL PROGETTO. Università degli Studi di Palermo C.I.R.I.T.A.

PRESENTAZIONE DEI RISULTATI FINALI DEL PROGETTO. Università degli Studi di Palermo C.I.R.I.T.A. PROGETTO POR SICILIA 2000/2006 1999.IT.16.1.PO.011/4.17b/8.3.7/0056 Università degli Studi di Palermo C.I.R.I.T.A. PRESENTAZIONE DEI RISULTATI FINALI DEL PROGETTO Studio della struttura genetica e demografica

Dettagli

Analisi del DNA genomico mediante Southern Blot Hybridization

Analisi del DNA genomico mediante Southern Blot Hybridization Analisi del DNA genomico mediante Southern Blot Hybridization Permette la mappatura dei siti di restrizione attorno al frammento di DNA genomico per il quale si dispone di una sonda specifica a) Il DNA

Dettagli

e dei genotipi tossici

e dei genotipi tossici Metodi molecolari l per il riconoscimento dei cianobatteri e dei genotipi tossici Susanna Vichi Dip. Ambiente e Connessa Prevenzione Primaria Istituto Superiore di Sanità, Roma Workshop Sorveglianza delle

Dettagli

INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME ONCOSCREENING

INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME ONCOSCREENING INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME ONCOSCREENING Il test OncoScreening OncoScreening è un test diagnostico, sviluppato da GENOMA Group, che permette di eseguire un analisi multipla per valutare

Dettagli

Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione

Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione Università degli Studi di Padova Dipartimento di Ingegneria dell Informazione Corso di Laurea in Ingegneria dell Informazione Analisi Critica di Tecniche di Sequenziamento di Nuova Generazione Laureando:

Dettagli

Biosensori 3: Biosensori a DNA e Bio- Gene Chip

Biosensori 3: Biosensori a DNA e Bio- Gene Chip Biosensori 3: Biosensori a DNA e Bio- Gene Chip mazzei@di.unipi.it (materiale parzialmente tratto da: http://nestor.med.unibo.it/shared_files/seminari/sartini_21-10-2004.ppt) Biosensori ad affinità basati

Dettagli

Esperienza 10: la PCR

Esperienza 10: la PCR Esperienza 10: la PCR La tecnica della polimerizzazione a catena (in inglese polymerase chain reaction) o PCR, permette di amplificare milioni di volte un unico frammento di DNA. Questo metodo è diventato

Dettagli

Quantitative Real-time PCR

Quantitative Real-time PCR Quantitative Real-time PCR Tecnica che consente la simultanea amplificazione e quantificazione del DNA target AMPLIFICAZIONE: prevede essenzialmente gli step di una classica PCR QUANTIFICAZIONE: effettuata

Dettagli

RELAZIONE TECNICA. Indagini Biologico-Molecolari per Accertamento di Paternità

RELAZIONE TECNICA. Indagini Biologico-Molecolari per Accertamento di Paternità RELAZIONE TECNICA Indagini Biologico-Molecolari per Accertamento di Paternità PROSPETTO RIASSUNTIVO DELL'ANALISI ANALISI INDAGINE DI PATERNITA' PERSONE SOTTOPOSTE AL TEST QUESITO Campione Biologico Tampone

Dettagli

eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA

eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA 1 olymerase hain What is it? eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA What is for? Synthesis of several million copies of a specific DNA sequence within a few hours 2 PCR INGREDIENTS

Dettagli

Analisi qualitativa con Agilent BioAnalyzer. cdna, RNA Totale e Messaggero e small RNA

Analisi qualitativa con Agilent BioAnalyzer. cdna, RNA Totale e Messaggero e small RNA Il Servizio di Biologia Molecolare si è di recente dotato di uno strumento per l analisi qualitativa e quantitativa degli acidi nucleici Agilent Bioanalyzer 2100 e ha implementato tale tecnologia nell

Dettagli

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it

Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016. Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Introduzione al corso di bioinformatica e analisi dei genomi AA 2015-2016 Docente: Silvia Fuselli fss@unife.it Possibili testi di riferimento Introduction to Genomics, A.M. Lesk, Oxford Capitoli 1, 3,

Dettagli

Applicazione dei metodi rapidi alla microbiologia alimentare: Real Time PCR per la determinazione dei virus enterici

Applicazione dei metodi rapidi alla microbiologia alimentare: Real Time PCR per la determinazione dei virus enterici "Focus su sicurezza d'uso e nutrizionale degli alimenti" 21-22 Novembre 2005 Applicazione dei metodi rapidi alla microbiologia alimentare: Real Time PCR per la determinazione dei virus enterici Simona

Dettagli

L espressione genica e il trascrittoma

L espressione genica e il trascrittoma L espressione genica e il trascrittoma Genoma Insieme delle informazioni genetiche che caratterizzano un organismo. Trascrittoma Insieme degli RNA messaggeri prodotti da una determinata popolazione cellulare.

Dettagli

Genoma per TUTTI. Tra meno di dieci anni la lettura del DNA diventerà. un'operazione rapida, poco costosa e accessibile a molti,

Genoma per TUTTI. Tra meno di dieci anni la lettura del DNA diventerà. un'operazione rapida, poco costosa e accessibile a molti, Genoma per TUTTI Tra meno di dieci anni la lettura del DNA diventerà un'operazione rapida, poco costosa e accessibile a molti, rivoluzionando il mondo della ricerca e dando inizio all'era della medicina

Dettagli

INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME COLONSCREEN

INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME COLONSCREEN INFORMATIVA E CONSENSO INFORMATO ALL ESAME COLONSCREEN Il test ColonScreen ColonScreen è un test diagnostico, sviluppato da GENOMA Group, che permette di eseguire un analisi genetica multipla per valutare

Dettagli

Identificazione di mutazioni e analisi dei polimorfismi del DNA

Identificazione di mutazioni e analisi dei polimorfismi del DNA Identificazione di mutazioni e analisi dei polimorfismi del DNA L identificazione delle mutazioni che causano malattie può oggi essere effettuata con metodiche relativamente semplici e pratiche in un laboratorio

Dettagli

Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon)

Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon) Sequenziamento ed analisi dell esoma intero (All Exon) Obiettivi La procedura ha l obiettivo di sequenziare solo le regioni trascritte e codificanti del genoma che rappresentano, almeno nell uomo, circa

Dettagli